Le thème biologie a pour objectif de regrouper les fiches de logiciels (ainsi que d’autres informations relatives à des logiciels) utilisés dans les laboratoires de recherche et dans les enseignements en biologie. La thématique biologie se décline en trois groupes principaux: l’analyse de séquence, la bioinformatique structurale, l’intégration de données hétérogènes. Les moyens informatiques utilisés vont du poste de travail individuel (pour ses possibilités de visualisation avancée et ses navigateurs internet) au serveur de calcul multiprocesseur, certains problèmes demandant des calculs intensifs. La plupart des logiciels sont disponibles en environnement Unix (gnu/linux en particulier).

• L’analyse de séquence: comparaison de séquences (génomiques ou protéiques), alignements multiples, génétique, phylogénie, ou encore programmes de prédiction: prédiction de gênes, ou d’ARN, prédiction de structure.
• La bioinformatique structurale: analyse de données expérimentales (cristallographie ou RMN), modélisation moléculaire, amarrage (docking) ou cribblage, visualisation 3D.
• Intégration de données hétérogènes: cela va des LIMS (gestion des données) aux logiciels d’analyses ou de représentation de données spécialisés, en passant par des programmes spécialisés de transfert de fichiers.

Le principal mot-clé PLUME pour ce thème est : métier-activité = biologie

Les responsables du thème sont Emmanuel Courcelle (LIPM) et Christophe Caron (MIG INRA Jouy-en-Josas). Une troisième personne devrait prochainement les rejoindre.

Vous trouverez sur cette page différentes ressources :

• les fiches de logiciels validés référencés dans PLUME sur cette thématique
  
• le web bioinformatique
• les fiches de ressources sur ce thème référencées dans PLUME (à venir)

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