Description
Fonctionnalités générales :
- Calcul de distances génétique entre populations ou individus basé sur les fréquences allèliques.
- Reconstruction d’arbre phylogénétiques (UPGMA ou Neighbour Joining) à partir de matrices de distances, avec ou sans bootstrap sur les locus ou individus.
- Calculs de fréquences allèliques, Fstats.
- Lecture et conversion de données entre les formats Populations, Genepop, Immanc, microsat, LEA Likelihood Estimation of Admixture, Admix (G. Bertorelle), Genetix, Fstat (Jérôme Goudet)
Autres fonctionnalités :
Populations est apprécié pour le grand nombre de méthodes de distances disponibles :
- DAS, shared allele distance, http://bioinformatics.org/%7Etryphon/populations/f..., (Chakraborty et Jin., 1993)
- Nei, minimum genetic distance, http://bioinformatics.org/%7Etryphon/populations/f..., Dm (Nei,1987)
- Nei, standard genetic distance, http://bioinformatics.org/%7Etryphon/populations/f..., Ds (Nei, 1987)
- Cavalli-Sforza and Edwards, Dc (1967)
- Nei et al’s, Da (1983)
- Latter, Fst (1972)
- Prevosti et al.’s, Cp (1975)
- Rogers’, Dr (1972)
- Reynolds J. unweighted, Dru (1983)
- Reynolds J. weighted, Drw (1983)
- Reynolds J. least squares, Drl (1983)
- Microsatellites distances
- Goldstein et al., dmu2 (1995a)
- Average Square Distance ( ASD , Goldstein, Slatkin 1995)
- Shriver et al’s, Dsw (1995)
- Lev A. Zhivotovsky, DR (1999)
Interopérabilité :
Les formats principaux supportés en lecture et écriture sont Populations, Genepop, Génétix.
Populations permet la conversion des données entre ces 3 logiciels, et l’export dans les formats : Immanc, microsat, LEA Likelihood Estimation of Admixture, Admix (G. Bertorelle), Fstat (Jérôme Goudet).
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes :
L’absence d’interface graphique, la nécessité d’utiliser un outil annexe pour visualiser les arbres phylogénétiques (treeview par exemple).
