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Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 23/06/08
  • Correction mineure : 24/06/08
Auteur :
  • Marc Wessner - MIG (INRA)
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Mots-clés

Taverna : conception de workflows et moteur d'exécution

Description
Fonctionnalités générales : 

Taverna est une application qui permet de construire et exécuter des workflows (enchaînements de tâches élémentaires). Chaque étape de ces chaînes de traitements correspond à l’exécution d’un outil disponible localement ou sous forme de service web. L’outil, fortement typé bioinformatique, propose en standard de nombreux services spécifiques (NCBI, Kegg, SoapLab, BioMoby…).

Autres fonctionnalités: 
  • Ouverture d’un workflow à partir d’une URL.
  • Suivi de l’exécution d’un workflow.
  • Partage de workflows sur le site MyExperiment.
  • L’onglet Results affiche les résultats de l’exécution avec le détail des sorties.
  • Compatible avec le standard BioMOBY .
  • L’architecture par plugin garantit l’intégration des développements externes.
  • Tout type de Web service utilisant WSDL peut être exécuté dans un workflow Taverna.
  • Les résultats typés par MIME sont directement visualisés dans Taverna si un plugin est disponible (HTML, molécule 3D, text brut…).
Interopérabilité: 
  • Les workflows créés sont sauvegardés sous un format XML propre à Taverna : le XSCUFL (Simple Conceptual Unified Flow Language).
  • Les autres langages de description de workflows ne sont pas gérés.
Contexte d'utilisation: 
  • A l’INRA, Taverna est utilisé par un public de biologistes et de bioanalystes.
  • Des journées de formation dédiées à l’usage de cet outil ont été proposées dans le cadre du projet SIGENAE.
  • Au sein du laboratoire MIA du centre de Jouy-En-Josas, Taverna permet de récupérer et traiter des données de la base KEGG. Ainsi, un workflow cherche à partir de l’identifiant KEGG d’un organisme, les relations deux à deux des gènes impliqués dans des voies métaboliques (pathways). Le résultat obtenu, sous forme de liste, peut être écrit dans un fichier texte.
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes: 
  • La construction des workflows se fait entièrement à l’aide de listes. Même s’il existe une représentation graphique du workflow résultant, celle-ci n’est pas interactive.
  • La gestion des boucles n’est pas très intuitive.
  • Les scavengers (composants qui parcourent les annuaires de services Web) affichent les services disponibles sur une machine donnée. Ceux créés par l’utilisateur sont régulièrement perdus et doivent être restaurés à moins que le fichier de configuration ne soit renseigné manuellement.
  • Le traitement d’un grand nombre de données semble poser des problèmes de mémoire sur la version 1.7.0.
  • Les fonctionnalités de recherche de services sont limitées et les services peu documentés.

Mais l’équipe de développement est très réactive aux besoins des utilisateurs et tout ou partie de ces limitations devrait être levée dès la version 2 (éditeur graphique de workflow, gestion différentes des itérations, persistance des données).

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré: 

A ma connaissance, Taverna n’est intégré à aucune distribution.

Plates-formes : 

Windows : Taverna 1.7.0 - anglais
MacOS : Taverna 1.7.0 - anglais
Linux & Unix-like : Taverna 1.7.0 - anglais

Logiciels connexes: 

SoapLab est la solution serveur proposée par Martin Senger. Elle permet le déploiement d’outils sous la forme de web services à partir d’un fichier ACD les décrivant. Une fois déployés, ces services peuvent être intégrés dans un workflow en tant qu’ étape de traitement, viaTaverna.

De nombreux plugins sont disponibles pour Taverna (Feta, LogBook, SoapLab, …)
Certains plugins apportent de nouvelles fonctionnalités(recherche…), d’autres des nouveaux types de services.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes: 

Kepler
BioSide

Environnement de développement
Type de structure associée au développement: 

L’université de Manchester (UK) est principalement impliquée dans le développement de Taverna.

Eléments de pérennité: 

Le développement de Taverna est mené par Tom OINN à l’EBI (European Bioinformatics Institute, Cambridge UK).
Le projet est une collaboration qui fait intervenir les entités suivantes : School of Computer Science Université de Manchester, IT Innovation, the School of Computer Science, Université de Newcastle, Newcastle Centre for Life, Nottingham University Mixed Reality Lab.
Les contributions communautaires sont intégrés notamment sous la forme de plugins.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums: 

http://sourceforge.net/mail/?group_id=74874
http://taverna.sourceforge.net/lists

Documentation utilisateur: 

La documentation écrite en anglais est disponible sur la forge dédiée au logiciel : http://taverna.sourceforge.net/doc
Le manuel de l’utilisateur peut être téléchargé en version .pdf : http://prdownloads.sourceforge.net/taverna/taverna...
http://www.mygrid.org.uk/usermanual1.7/user_guide....

Divers (astuces, actualités, sécurité): 

Dernièrement l’activité autour de ce logiciel est importante. La version 1.6.2 a été remplacée par la version 1.7.0 en fin d’année 2007. La version 1.7.1, disponible depuis début avril 2008, inclut un aperçu des fonctionnalités de la version 2.0 où la création d’un workflow se fait sur un graphique interactif.

Contributions: 

http://www.mygrid.org.uk/dev/blog/

Commentaires

Mar, 24/06/2008 - 18:00 — Jean-Luc Archimbaud

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