Logiciel fonctionnant sous Windows et Macintosh (pas Linux) qui permet d’avoir un environnement très complet d’analyse et de gestion d’information de molécules biologiques de type ADN ou protéines. Il permet de :
- gérer des bases d’oligonucléotides, de générer des cartes de restrictions,
- effectuer des alignements multiples d’ADN ou de protéines,
- gérer des projets de séquençage à partir des traces de sortie de séquenceur.
Il propose aussi un environnement graphique pour gérer les annotations automatiques et manuelles sur des molécules d’ADN et de protéines.
- Gestion de bases de données de séquences ADN (plasmides, Oligos), protéines, enzymes de restrictions, résultats de Blast.
Les bases de données sont accessibles par différents utilisateurs ce qui permet de partager les informations. - Analyse ADN: design oligos, cartes de restriction, recherche de motifs, alignements (clustal), contig d’électrophorégrammes, clonage in silico (par recombinaison gateway, par enzymes de restriction).
- Analyse de protéines: recherche de motifs (Pfam, prosite…), alignements (clustal).
- Présentation: visualisation graphique d’annotations, avec possibilité d’exporter des images en vue de présentations.
- Autres: modules vers Blast et Entrez du NCBI.
Aucune : le format des fichiers est propriétaire, la base de donnée ne fonctionne qu’avec Vector NTI.
Dans notre unité, les personnes faisant de la biologie moléculaire ont toutes (ou presque) Vector NTI sur leur poste, c’est un très bon outil pour de la “bioinformatique de biologiste”, idéal pour gérer des clonages, des bases d’oligos et faire quelques alignements. L’outil de contigage est très utile, il permet de visualiser les électrophorégrammes en alignement avec d’autres séquences.
Outil assez complet donc peut être un peu difficile au début.