Accueil
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 27/05/08
  • Correction mineure : 27/05/08
Auteur :
  • Sébastien Wieckowski - Centre Pluridisciplinaire d'Oncologie (Centre Hospitalier Universitaire Vaudois, Université de Lausanne)
Relecteur(s) :
Responsable thématique :
Mots-clés

WinMDI : analyse des données de cytométrie

  • Site web
  • Système : Windows
  • Téléchargement
  • Version évaluée : 2.9
  • Langue(s) de l'interface : anglais
  • Licence : Autre

  • winMDI est un programme gratuit, mais les sources ne sont pas disponibles.

Description
Fonctionnalités générales :

Analyses simples et rapides des données de cytométrie dans un environnement graphique commun.
L’utilisateur crée des fenêtres d’analyse dans lesquelles les données seront insérées.
Les fonctionnalités sont classiques pour l’analyse des marquages en fluorescence :
- moyennes géométrique et arithmétique de l’intensité de fluorescence
- statistiques par région/quadrant
- statistiques par marqueur sous forme d’histogramme

Autres fonctionnalités :
  • dotplot (nuage de points) en 2 couleurs et 3 dimensions
  • histogrammes, courbe de densité et contour
  • fonction de lissage, paramètres de probabilité pour la représentation des densités
  • le paramètre temps est pris en charge
  • zoom sur champs définis par l’utilisateur
  • définition des régions et statistiques complètes avec opérations sur les gates (les gates étant des ensembles de régions connectées par des opérateurs logiques. Des portes logiques, donc).
  • modification des polices de caractères, couleur de fond des graphiques, couleurs des points…
  • analyses par lots (batch)
Interopérabilité :

WinMDI ne reconnaît que le format standard FCS2.0, il est nécessaire d’exporter les données acquises sur les cytomètres récents (LSR, Array…) au bon format par l’intermédiaire du logiciel d’acquisition (Diva…).

Contexte d'utilisation :

Analyses courantes de marquages multi-couleurs, analyses en batch pour le criblage à 1 ou 2 couleurs.
Le logiciel est utilisé dans mon ancien laboratoire pour les analyses courantes de cytométrie.
Il permet de travailler sur des fichiers FACS depuis son poste ou à son domicile, éliminant les difficultés liées aux files d’attente pour utiliser le vieux CellQuest sur le vieux Mac…
Plus souple et rapide que CellQuest, on définit une seule fois les fenêtres d’analyse et on fait défiler les données avec Alt+Page Suivante/Précédente.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes :

Le tutoriel pointé ci-après permet de se familiariser rapidement avec le logiciel.
Bien qu’il diffère quelque peu de CellQuest ou FlowJo dans son utilisation, sa prise en main est rapide.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré :

La version 2.8 est la plus courante, mais c’est maintenant la version 2.9 qui est téléchargeable sur le site du Scripps.

Plates-formes :

Windows 95, Windows 98, Windows NT4, Windows XP (SP1 et SP2 aussi), Windows Vista (SP1 aussi).

Logiciels connexes :

Microsoft Office, Adobe Photoshop.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes :
Environnement de développement
Type de structure associée au développement :

Logiciel édité par Joseph Trotter, éditeur particulier du Scripps Research Institute (http://www.scripps.edu/e_index.html).

Eléments de pérennité :

Logiciel déjà complet, il restera très utile dans sa version 2.9 pendant longtemps. De plus il est compatible Vista et Vista SP1.
Une version compatible avec le format FCS 3.0 serait la bienvenue, mais aucun écho à ce sujet pour l’instant…

Références d'utilisateurs institutionnels :

Logiciel fréquemment cité dans les publications internationales à comité de lecture, il est le meilleur dans sa catégorie !

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums :

Listes de diffusion liées à la biologies : http://www.protocol-online.org/forums/index.php
Ressources liées à la biologie : http://www.protocol-online.org/

Documentation utilisateur :

Documentation en ligne : http://www.cyto.purdue.edu/flowcyt/software/Winmdi...

Divers (astuces, actualités, sécurité) :
  • Enregistrer les noms des fichiers au format 8.3 pour faciliter leur lecture et réaliser des analyses en batch.
  • Dessiner des nuages de points et des histogrammes ou des courbes de densités pour un premier fichier, analyser avec gates, puis copier-coller le tout vers Powerpoint; maintenir Alt+Page Suivante pour passer au fichier suivant sans avoir à tout redéfinir, et ainsi de suite.