YML est un environnement de programmation/exécution pour les applications sur des systèmes distribués à grande échelle comme par exemple des grilles de calcul, des réseaux de PC utilisant des systèmes P2P, et des superordinateurs à structure très hiérarchisée.

Il vise à rendre l'utilisation de ces architectures transparente et indépendante de leurs intergiciels. Il est composé de trois parties qui se chevauchent : le frontal qui est l'interface utilisateur, le noyau, et le back-end qui est l'interface avec l'intergiciel. Le noyau d'YML est constitué par un langage de workflow (permettant en particulier de décrire des graphes de composants logiciels), un ordonnanceur et un système d'intégration des services représentant des données, des programmes ou des codes binaires. YML est conçu selon une approche par composants permettant la réutilisation et l'intégration des services externes tels que l'accès aux bases de données des matrices et des bibliothèques numériques standard.

Plus spécifiquement YML contient un certain nombre de composants permettant le déploiement d'applications sur des systèmes distribués à grande échelle :

• un compilateur qui transforme le programme YML en composants décorés avec des éléments de dépendances,
• un ordonnanceur (scheduler) chargé de faire fonctionner les composants via des backends,
• un catalogue de composants,
• un entrepôt de données,
• plusieurs back-end permettant d'utiliser un middleware pour exploiter l'architecture sous-jacente. Par défaut YML est installé avec le middleware Xtrem Web.

Drupal est un système de gestion de contenu Web (CMS) à même de créer et gérer des sites web d'informations structurées et classifiées.
Il permet de créer une grande variété de sites, du blog personnel au site communautaire ou d'information.
Il peut être utilisé pour gérer des sites collaboratifs regroupant forum d'échanges, annonces, agendas d'évènements, sessions de conférences, gestion de groupes de travail.
Drupal est maintenant totalement francisé mais pas l'intégralité des modules non officiels.
Le contenu informationnel se situe classiquement dans une base de données SQL. Le choix proposé de base est MySQL/ PostgreSQL, mais d'autres SGBD sont possibles car l'accès aux données repose sur une couche d'abstraction logicielle (cf. l'article d'IBM sur Drupal et DB2 Express-C, son produit gratuit).

Caractéristiques de base

• architecture en modules rendant le produit facilement extensible, grâce à une API, on peut ainsi activer ou non des modules optionnels du noyau et/ou ajouter des modules externes ;
• permissions basées sur des rôles pour définir les actions autorisées, les contenus visibles et les contenus éditables ;
• contenu totalement indexé pour le système de recherche ;
• support des blogs, forums, sondages, commentaires et fils RSS ;
• alias possibles pour les URL, ce qui permet de donner une URL "parlante" aux pages web ;
• interface unique pour le front-end et le back-end ;
• aide en ligne ;
• un mécanisme d'autorégulation permettant de contrôler l'encombrement du site ;
• authentification par OpenID ;
• déclenchement d'actions suite à certains événements systèmes, par exemple envoi d'un courriel quand un nouveau contenu est créé ;
• agrégateur de contenu syndiqué (flux RSS, RDF et Atom) ;
• suivi des logs, statistiques de visite, les événements systèmes peuvent être envoyés vers un démon Syslog

Quelques détails des principales fonctionnalités : rôles, types de contenu, classification, présentation du contenu et modules complémentaires.

Rôles

Suivant l'importance du rôle de l'utilisateur, l'interface se voit enrichie de menus d'administration et de possibilités d'édition du contenu.
Les rôles sont définissables très finement, en autorisant ou non des actions dans chaque domaine de fonctionnalités.
Par ex. tel "administrateur" pourra gérer les types de contenu et leur classification, tel autre les utilisateurs, un troisième les forums et les commentaires, et un autre jouer uniquement le rôle de modérateur.
Typiquement, on aura les rôles: visiteur (anonyme), rédacteur, responsable de rubrique ou d'équipe, administrateur.

Types de contenu

• Prédéfinis :

  • Page : conseillé pour les contenus qui constituent en eux-mêmes une page Web (statique ou dynamique), propre au site pour les pages personnelles par exemple.
  • Récit (story) : conseillé pour les informations souvent simples et courtes, destinées à être affichées en listes.

• Additionnels :

  • commentaire
  • billet personnel (blog)
  • sujet de discussion (forum)
  • sondage (poll)
  • livre (book) adapté à la rédaction collaborative de livres à contenu hiérarchisé en chapitres, sous-chapitres, etc.

Cette distinction a pour effet de proposer des catégories d'indexation spécifiques.

Le module CCK (Content Construction Kit) apparu depuis la v. 4.7 de Drupal permet de définir ses propres types de contenus.

CCK est presque toujours associé au module Views qui permet de contrôler l'affichage des contenus en construisant des requêtes complexes.

Présentation du contenu

On parle de "noeud" (node) pour désigner une information accessible par un identifiant.

Par défaut 3 "formats d'entrée" de données personnalisables sont proposés :

• HTML filtré
• HTML
• Code PHP

Un "nœud" peut recevoir plusieurs types de statuts : publié, à modérer, en page d'accueil, en tête de liste, nouvelle version.
Le statut "à modérer" peut, par défaut, être assigné au contenu créé par un rôle, s'il n'a pas l'autorisation "administrer les nœuds".

Classification
La puissance et l'originalité de Drupal réside dans sa gestion très évoluée de la classification des données selon un système taxinomique (taxonomy) dynamique.
La classification peut être simple, multiple, hiérarchisée, et même multi-hiérarchique (un terme d'indexation peut avoir plusieurs parents).
On n'est pas limité à 2 niveaux hiérarchiques seulement, comme dans beaucoup de CMS.
Les termes d'indexation (ou labels, tags) peuvent être regroupés en "vocabulaires" au sein desquels les termes peuvent être associés entre eux (related terms) et pour lesquels on peut définir des synonymes.
Une API existe pour accéder aux fonctions reliées à la taxinomie.

Cette gestion de la taxinomie permet par ex. ceci :

• indexer les informations sur la hiérarchie des services d'une organisation.
• générer un glossaire des informations classé par termes, avec synonymes et renvois vers des termes reliés.
• un laboratoire de recherche pourra indexer ses publications sur ses auteurs et sur la revue, grâce à des vocabulaires 'Revues' et 'Auteurs'.

Il faut noter la simplicité d'accès aux informations, par termes d'indexation, grâce à de simples URL, par ex. http://www.example.com/?q=taxonomy/term/37,94,125 génèrera la liste des publications (id. 37), pour l'année 2004 (id. 94), pour un chercheur donné (id. 125).

Présentation du contenu / thèmes

Le contenu et la présentation sont bien séparés (XHTML 1.0 Transitional, CSS).
Des templates (moteur officiel 'phptemplate' depuis la v. 4.7) gouvernent la présentation des "nodes", des commentaires, blocs, boîtes, ou tout type de donnée défini par l'utilisateur. En fonction du template choisit, il est en général possible de déplacer les blocs d'information sur les pages du site grâce à une interface graphique.
La version 6 propose une meilleure gestion des thèmes http://drupal.org/theme-guide/6 que les versions précédentes.

Modules complémentaires

Il en existe plusieurs centaines, qui ajoutent des fonctionnalités au logiciel de base : http://drupal.org/project/modules
Classement des modules par popularité.
Quelques exemples de modules :

• Bibliographie

  • Bibliography Module
  • OAI-PMH pour exposer les métadonnées du module de bibliographie avec le protocole OAI-PMH

• Recherche

  • Faceted Search recherche à facettes
  • Apache Solr Search Integration pour intégrer la plateforme de recherche Solr à Drupal
  • Search Lucene API ajoute des fonctionnalité de recherche du type de Solr à Drupal, en utilisant un portage de Lucene en PHP (Zend Framework)

• Communautés

  • Organic Groups (OG modules).

• Éditeurs HTML

  • Le module WYSIWYG permet d'utiliser les éditeurs HTML suivants : CKEditor, FCKeditor, jWysiwyg, markItUp, NicEdit, openWYSIWYG, TinyMCE, Whizzywig, WYMeditor et YUI editor

• Module LaTeX

  • DruTeX

• Modules d'internationalisation

  • i18n et les modules qui en dépendent

• Modules de Géolocalisation, Mapping/Geocoding

  • Location (API, module)
  • GMap Module, vue d'informations (articles, utilisateurs, photos) via une carte GoogleMap)
  • Le groupe Location and Mapping
  • News Tastes Better When Mapped: Using Fresh, Quality Ingredients to Geocode, Geotag, and Geoviews Your News

• Modules d'agendas et calendriers

  • Archive
  • Calendar

• Modules de calcul

  • Views Calc (tri de tables de résultats).

Export des pages Web en format XML (… et formats d'échange du SGBD)

Contexte pour le premier contributeur de cette fiche :

Site Web d'un laboratoire d'enseignement et de recherche (90 pers.) ouvert en avril 2007.
Gestion des membres, équipes, thèmes de recherche, cours, productions, annonces.

Quelques raisons du choix de Drupal
(début 2006, une évaluation des CMS Drupal, SPIP et Mambo (Joomla) nous a conduit au choix de Drupal)

• puissance du classement dynamique en catégories de Drupal
• prise en main facile de Drupal par rapport à Mambo
• une seule interface front-office et back-office) par rapport à SPIP
• cohérence, simplicité et robustesse de l'architecture de Drupal
• exotisme des "boucles" de SPIP, apparemment pas si simples à maitriser
• documentation et forums de Drupal, comme bonne source d'information vivante

Contexte pour PLUME :

Le site de Plume utilise Drupal et une trentaine de modules. La méthode du choix de ce CMS a fait l'objet d'un article :
Description du processus de choix d'un CMS pour le projet PLUME

Utilisé pour des sites collaboratifs, par exemple Groupe de travail sur les SIGB libres, MuTEC. Mais aussi pour remplacer des applications web à l'origine développées en interne : Calame : répertoire de bases de données en SHS

Le choix de l'éditeur HTML reste entier (éternel débat ?); "TinyMCE" a des défauts, notamment de ne pas afficher entièrement l'aspect réel de la page.
Il existe aussi le module widgEditor, plus simple (trop?), avec moins de fonctionnalités mais peut-être plus adapté aux rédacteurs HTML non spécialistes, qui importent par ex. du HTML/Word.

L'upgrade entre versions mineures ne pose pas de problème particulier en version 5 ou 6 mais nécessite de l'attention.

La version 6 apporte nombre d'innovations mais aussi de changements dans les fondements du système, ce qui peut rendre complexe la migration d'un site : les actions sont à reprendre par exemple. À noter également que les modules externes peuvent être intégrés, abandonnés, fusionnés et même qu'il arrive que certains modules optionnels deviennent externes. Avant toute migration d'un site utilisant des modules externes, il convient d'étudier très précisément la situation.

De même, de nombreuses améliorations, modifications sont référencées dans la version 7 à venir.

La fréquence de sortie des versions majeures est élevée (cf. la liste ci-dessous). Revers de la médaille, cela implique un travail de mise à jour en conséquence, car le support de sécurité d'un site pourra disparaitre après à peine une année, dans la mesure où seules les 2 dernières versions sont supportées.

• Drupal 7.0 est actuellement en version alpha
• Drupal 6.0, 2008-02-13 ( http://drupal.org/drupal-6.0 )
• Drupal 5.0, 2007-01-15 ( http://drupal.org/drupal-5.0 )
• Drupal 4 n'est plus supporté

L'envoi de fichiers (upload) implique de pouvoir configurer les droits d'accès aux répertoires d'upload en mode 777, donc d'avoir accès au système de fichiers du serveur.

Mobyle est un framework permettant l'exécution de logiciels de bioinformatique par l'intermédiaire d'un portail web.

À partir de fichiers XML décrivant chacun des logiciels mis à disposition (BLAST ou Clustal par exemple), une interface web est générée automatiquement au sein du portail web.

Cette interface permet aux utilisateurs de lancer les analyses bioinformatiques sur leurs données, via une interface web, et sans avoir à installer les logiciels et données nécessaires sur leur poste de travail.

L'accent est mis sur la réutilisation des données entre les différents logiciels grâce au typage de ces données. Chaque donnée envoyée sur le portail ou produite par un logiciel (par exemple : séquence d'ADN) est disponible pour tous les logiciels du portail capables de traiter des données de ce type. Ceci permet d'enchaîner les traitements directement sur le portail.

• Validation des données utilisateurs selon les critères définis dans chaque fichier XML de description.
• Stockage pérenne (durée configurable dans le système) des données et des jobs sur le portail pour les utilisateurs authentifiés.
• Utilisation transparente des banques de données intégrées au portail (l'utilisateur peut rentrer directement un numéro d'accession pour remplir un paramètre du formulaire d'un programme).
• Les logiciels sont exécutés soit directement sur le serveur ou bien (le plus souvent) en utilisant un gestionnaire de tâches de type SGE ou PBS pour une exécution sur un cluster de calcul.
• Possibilité sur chaque portail d'accéder de façon transparente à des logiciels mis à disposition sur d'autres sites (projet IBiSA MobyleNet). Par exemple : sur le portail web de GenOuest, possibilité d'exécuter des logiciels mis à disposition sur le site de l'Institut Pasteur.
• Déploiement de web services BioMOBY avec PlayMOBY.

Le format des fichiers XML de description est spécifique à Mobyle et hérité de ses prédécesseurs : Pise et le P-server.
Brièvement, chaque fichier comprend une description générale du logiciel et une liste de paramètres du logiciel.
Le format est documenté et un schéma Relax NG est fourni.

Le framework est livré avec une collection de plus de 300 fichiers de description pour les logiciels les plus courants.

D'autre formats comme ACD existent pour ce type d'usage, mais il n'existe pas de convertisseurs entre ces formats.

Mobyle est installé sur (au moins) 4 sites français : Institut Pasteur, RPBS, LIPM et GenOuest.

En ce qui concerne la plateforme GenOuest, son utilisation permet de mettre à disposition rapidement de nouvelles applications (en plus de celles déjà disponibles) dans un portail intégré. La mise en ligne d'un logiciel prend en général quelques dizaines de minutes.

Du point de vue des utilisateurs, le portail web a l'avantage d'être un environnement de travail permettant d'enchaîner les analyses de façon simple et assez conviviale. À condition bien sûr de traiter une quantité raisonnable de données (limitation commune à toutes les interfaces web).

Aladin est un logiciel qui permet aux astronomes de localiser, accéder, comparer et analyser les données images et catalogues issues de la plupart des serveurs astronomiques (images d'archives, relevés du ciel, catalogues, champs instrumentaux, bases bibliographiques). Ses caractéristiques techniques lui ont permis de devenir l'un des outils clés de la discipline aussi bien pour la préparation de missions d'observations (télescopes spatials Hubble et, bientôt, James Webb), que pour la visualisation de données des plus importants centres de données astronomiques européens (ESAC), états-uniens (MAST/NASA, NED/NASA), canadiens (CADC/CNRC), ...
Aladin se présente sous la forme d'une interface graphique permettant à l'utilisateur de visualiser des données sous la forme d'une pile de "calques" vus en transparence. Il offre une large palette d'outils pour le traitement des images et des données tabulaires.

Quelques points forts d'Aladin: simplicité de prise en main pour les fonctions élémentaires, surcharges graphiques souples et performantes, "annuaires" des données accessibles, visualisation synchronisée de plusieurs images du même champ, prise en charge des très grandes images (plusieurs giga pixels), possibilités de contrôle par langage script ou par interface de programmation...
La compacité du code d'Aladin lui permet d'être utilisé éventuellement en applet java afin d'éviter aux utilisateurs une installation locale.
Aladin est traduit en plusieurs langues dont l'anglais, l'allemand, l'italien, l'espagnol, le chinois, le japonais, le russe, le persan.

Aladin reconnait la quasi totalité des standards actuels de la discipline (les formats marqués d'une astérisque sont supportés non seulement en entrée mais également en sortie)

• Images : FITS*, FITS RGB*, JPEG*, PNG*, GIF, BMP (uniquement en sortie)
• Catalogues : FITS ascii ou binaire, VOTable* (ascii + binaire), CSV*, S-extractor, ASCII*
• Cubes : FITS
• Combinaisons: MultiExtension FITS
• Métadonnées (liste de données) : SIA, SSA, IDHA (standards IVOA)
• Champs instrumentaux : Footprint XML (draft IVOA)
• Compression : GZIP, HCompress, RICE
• Interfaçage: interfaces de programmation Java, commandes scripts via stdin, FITS ou JPEG ou PNG via stdout, interface SAMP (standard IVOA)
• Plugins : modules java externes (chargement dynamique)

Aladin a été développé à l'origine (1999) pour permettre aux astronomes d'accéder aux données du Centre de Données de Strasbourg. Actuellement Aladin est utilisé par un grand nombre d'instituts et de projets de la discipline (européens - ESAC, us-iens - NASA/NED et NASA/STScI, canadien - CADC/CNRC...) pour accéder non seulement aux bases de données du CDS mais également à leurs propres données.
Aladin est également utilisé dans des cours et TP en astronomie (supporte un mode simplifié "outreach").
Sur l'année 2009, Aladin a comptabilisé 10 000 sessions journalières et une centaine de nouvelles installations par jour.

• En mode applet, Aladin peut ne disposer que d'une taille mémoire limitée, voire ne pas pouvoir accéder aux ressources locales et donc devoir se passer de l'usage d'un cache disque. Le mode applet est donc à réserver à l'accès aux données n'excédant pas quelques dizaines de méga octets.
• Aladin n'a pas de limite RAM pour la taille des images, en revanche le nombre d'objets astronomiques (= entrées de catalogues) est plafonné par la RAM (environ 1 million pour 1Go)

Kepler est un gestionnaire de “Workflow” : une application Java qui permet d'exécuter des tâches élémentaires ou non suivant un modèle définissant en particulier comment celles-ci sont synchronisées. On dispose d’une bibliothèque "d'acteurs" que l’on connecte entre eux et l'exécution est contrôlée par un "directeur". Il est possible de créer ses propres acteurs en Java, mais également avec d'autres langages. Il permet aussi de les partager très facilement par l’intermédiaire d’un fichier unique de description au format XML.

• Les applications construites avec Kepler peuvent être exécutées avec l'interface graphique mais également par ligne de commande.
• L'exécution des tâches peut être réalisée aussi bien sur un cluster que sur une grille de calcul.

• Supporte le regroupement d'acteurs, cela permet d'utiliser ces nouveaux modules dans d'autres "workflow" mais aussi de les partager avec la communauté.
• Comporte un système d'annotations qui permet à l'utilisateur de commenter très précisément le workflow.
• Les nouveaux composants créés par un utilisateur sont exportables dans un fichier KAR qui est une archive basée sur le format JAR de Java.
• On peut importer ces archives KAR ou les déposer sur un portail web et l'acteur sera disponible directement dans l'interface graphique Kepler.
• On peut intégrer des acteurs R, MATLAB, PYTHON.
• L'ajout d'acteur initialement compilé en FORTRAN ou C est possible (réservé à un public averti)

Le logiciel peut interagir avec R, MATLAB et PYTHON. Kepler offre la possibilité de consommer des Web Services dans le cadre de traitements distribués et il permet également de de voir et d'exécuter un workflow sur une page web a l'aide d'applets.

Cette application est utilisée pour relier entre elles un ensemble d'applications pour la simulation numérique.
Nous développons actuellement des acteurs pour visualiser des données issues de simulation d'évolution de plasmas et de particules chargées. Le logiciel est surtout utilisé dans la communauté bioinformatique et en astrophysique. Le logiciel constitue une excellente plateforme pour relier et exécuter un ensemble de codes de simulation et de visualisation sur une grille de calcul. Son interface graphique la rend plus accessible à tout physicien non développeur.

• Ce logiciel est jeune, la première version stable date de mai 2008.
• Sur certains matériels le logiciel est assez lent surtout si on travaille à distance (via x11)
• La création d'acteurs nécessite d'utiliser la version source du logiciel avec des problèmes de compilation qui peuvent survenir.
• La communauté française est encore très restreinte.