chimera

Description

Fonctionnalités générales :

Chimera est un logiciel de manipulation et visualisation de protéines et de petites molécules, permettant de visualiser des structures et des cartes de densité électronique dans de nombreux formats différents. Il permet de produire des images et des animations de haute qualité (voir la galerie sur le site). Il a de plus l’avantage d’être disponible pour de nombreuses plateformes (windows, Mac OS X, gnu/linux, IRIX) et architectures (intel, ppc, X86_64, ia64).
Il est de prise en main facile et rapide, grâce à de nombreux tutoriels disponibles, tout en permettant aussi de faire des choses très sophistiquées.

Autres fonctionnalités:

Les fichiers PDB : un grand nombre de visualisations différentes, Stick, Wire, ribbons, sont disponibles, la gestion des couleurs permet une discrimination des différents modèles très aisée.
La superposition de modèles est facile grâce à un module ” match align” qui fait de l’alignement de séquences, et permet donc de faire de la comparaison de structure de façon simple et rapide.
Les cartes de densité électronique : plusieurs types de formats de cartes sont accessibles, en mode mesh ou solid, avec des options de transparence très performantes.
Chimera permet également de visualiser des trajectoires de dynamique moléculaire, des résultats d’amarrage moléculaire (docking), des structures complexes (architectures supramoléculaires).

Interopérabilité:

Les formats donnés en exemple sont ceux les plus utilisés dans notre laboratoire mais il existe près de 50 formats différents.

Les formats lus sont :

pour les séquences, FASTA, .fasta , .afa, .afasta, .fa ;
pour les fichiers de structures, .pdb, .mol, .imol, .mol2 ;
les cartes de densité électronique XPLOR, CCP4, CNS, MRC ;
les fichiers de docking, type gaussian, dock.

Les formats d’enregistrements sont :

pour les fichiers de structures, .pdb, .mol2 ;
pour les images, .tiff, .jpg… ;
pour les videos, .mov, .mpeg(2,3,4).

Contexte d'utilisation:

Ce logiciel est utilisé dans notre laboratoire de façon quotidienne pour la visualisation de structures de protéine et de résultats de docking. Notre choix s’est porté sur ce logiciel pour plusieurs raisons :
La première étant sa gratuité pour le milieu académique, la deuxième sa prise en main plus simple que des logiciels déjà existants (tels que Pymol ou swisspdbviewer), troisièmement des tutoriels très bien faits qui montrent le potentiel du logiciel.
Le gros avantage de ce produit est sa prise en main très rapide, grâce à une logique de fenêtre bien pensée. Les plus gros utilisateurs pouvant comme avec pymol se lancer petit à petit dans un système de ligne de commande, l’avantage par rapport à pymol est que toutes les commandes sont accessibles par menu déroulant, les novices ne sont donc par obligés d’apprendre le langage du programme pour avoir accès à toutes les fonctionnalités.

Environnement du logiciel

Plates-formes :

Programme fonctionnant sous :

Les environnements windows (XP et vista), Mac OS X, linux(red hat ou fedora), IRIX (mips)
Architectures intel, ppc, amdX86_64, ia64 (version IRIX avec l’émulateur quicktransit)

Logiciels connexes:

python, nécessaire au fonctionnement du logiciel : http://www.python.org/
Dock, logiciel gratuit de docking disponible via le site de l’ucsf : http://dock.compbio.ucsf.edu/index.html
Amber, logiciel payant, ( 400$ pour le monde académique) : http://amber.scripps.edu/

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes:

Pymol : http://pymol.sourceforge.net/
Swisspdbviewer : http://www.expasy.ch/spdbv/
VMD : http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Ghemical : http://www.uiowa.edu/~ghemical/ghemical.shtml

Environnement de développement

Type de structure associée au développement:

Ce logiciel est développé par le laboratoire de l’Université San Francisco Californie, “resource for biocomputing, visualization, and informatics” : http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/

Eléments de pérennité:

Il s’agit d’un développement suivi, mené par une équipe de scientifiques reconnus du Computer Graphics Laboratory à l’UCSF. Il a fait l’objet de plusieurs publications (citées sur le site).

Environnement utilisateur

Liste de diffusion ou de discussion, support et forums:

Une “mailing list” est en place, avec une bonne réactivité, qui permet de poser des questions sur l’utilisation du logiciel, son installation et sur son évolution, cette “mailing list” est une aide précieuse dés que l’on avance dans la prise en main du logiciel : http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/feedback.html

Documentation utilisateur:

Nombreux tutoriels disponibles sur le site de l’ UCSF : http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/

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