Distributions dans lesquelles le logiciel est intégré
Indiquer les distributions (version courante ou à partir de). L’objectif est double : donner un élément sur l’importance de la diffusion et éviter une perte de temps s’il n’est pas nécessaire d’installer le logiciel.
Plate-formes
Préciser les plates-formes logicielles et/ou matérielles sur lesquelles le logiciel fonctionne correctement (y compris la langue et les versions si nécessaire)
Logiciels connexes
Donner ici les noms et références (type de licence, url du site…) des logiciels connexes, i.e. dont l’utilisation peut-être liée à celle du logiciel décrit dans la fiche. Indiquer succintement l’obligation ou non d’utilisation et les fonctionnalités principales apportées.
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Pour chaque logiciel listé, préciser le type de licence. L’objectif de cette liste est d’une part de situer l’utilisateur par rapport à des logiciels qu’il connaît ou pratique déjà, d’autre part de l’aider à différencier celui qui est décrit dans la fiche des autres logiciels existants par une fonctionnalité, le type de licence. Attention à ne donner ici que des informations objectives.
Environnement de développement:
Type de structure associée au développement
Décrire la structure éditant le logiciel (éditeur professionnel, association, projet ou groupement, particulier…)
Eléments de pérennité
Complémentaire au « type de structure », donner ici des indications sur ce qui peut permettre au logiciel de « vivre ». Cette indication est importante pour évaluer les chances d’évolution et/ou de succès du logiciel.
Références d’utilisateurs institutionnels
Indiquer les institutions utilisatrices ou des chiffres ou statistiques d’utilisation ou toute information susceptible de donner des indications sur l’utilisation.
Environnement utilisateur:
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Indiquer les urls où les trouver. Préciser la langue qui y est utilisée. Donner de préférence celles en langue française mais aussi celles en anglais si elles sont plus riches.
Documentation utilisateur
Indiquer des pointeurs sur de la documentation en ligne, des tutoriels, des « how-to » ou tout autre type de documentation. Préciser la langue utilisée. Donner de préférence celles en langue française mais aussi celles en anglais si elles sont plus riches.
Divers (astuces, actualités, sécurité)
Cette rubrique est libre pour toute information qui peut aider le futur utilisateur, en particulier pour commencer une utilisation standard.
Contributions
Indiquer s’il y a lieu comment contribuer au logiciel décrit.
Plates-formes :
Cytoscape est multiplateforme : il s’installe sur Windows, Linux/Unix et Mac OS X
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes:
Une étude comparative[9] a été menée entre Cytoscape, Mapman et visant, qui utilise la méthode QSOS.
Eléments de pérennité:
Le logiciel est téléchargeable depuis juillet 2002. La version 2.6 vient de sortir et les développeurs continuent de faire évoluer le logiciel et prévoient une version majeure de Cytoscape (3.0) [10] .
On peut recenser en moyenne 64 mails par mois pour l’année dernière sur la mailing list de cytoscape.
C’est un projet collaboratif : Institute for Systems Biology, University of California at San Diego, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, Institut Pasteur, Agilent Technologies, University of California at San Francisco.
Références d'utilisateurs institutionnels:
Institut Pasteur - Paris
Plateforme transcriptome de Nantes
Institut for Systems Biology
…
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums:
