WinMDI

Contributeur(s)

Prénom:

Sébastien

Nom:

Wieckowski

Email:

sebastien.wieckowski@unil.ch

Laboratoire ou service:

Centre Pluridisciplinaire d'Oncologie

Tutelle principale (Université X, CNRS, ...):

Centre Hospitalier Universitaire Vaudois

Autres tutelles:

Université de Lausanne

Date de mise à jour majeure:

27/05/2008

Contact:

Emmanuel Courcelle

Relecteur 1:

Violaine Louvet

Description

Description courte:

analyse des données de cytométrie

Fonctionnalités générales :

Analyses simples et rapides des données de cytométrie dans un environnement graphique commun.
L’utilisateur crée des fenêtres d’analyse dans lesquelles les données seront insérées.
Les fonctionnalités sont classiques pour l’analyse des marquages en fluorescence :
- moyennes géométrique et arithmétique de l’intensité de fluorescence
- statistiques par région/quadrant
- statistiques par marqueur sous forme d’histogramme

Autres fonctionnalités:

dotplot (nuage de points) en 2 couleurs et 3 dimensions
histogrammes, courbe de densité et contour
fonction de lissage, paramètres de probabilité pour la représentation des densités
le paramètre temps est pris en charge
zoom sur champs définis par l’utilisateur
définition des régions et statistiques complètes avec opérations sur les gates (les gates étant des ensembles de régions connectées par des opérateurs logiques. Des portes logiques, donc).
modification des polices de caractères, couleur de fond des graphiques, couleurs des points…
analyses par lots (batch)

Interopérabilité:

WinMDI ne reconnaît que le format standard FCS2.0, il est nécessaire d’exporter les données acquises sur les cytomètres récents (LSR, Array…) au bon format par l’intermédiaire du logiciel d’acquisition (Diva…).

Contexte d'utilisation:

Analyses courantes de marquages multi-couleurs, analyses en batch pour le criblage à 1 ou 2 couleurs.
Le logiciel est utilisé dans mon ancien laboratoire pour les analyses courantes de cytométrie.
Il permet de travailler sur des fichiers FACS depuis son poste ou à son domicile, éliminant les difficultés liées aux files d’attente pour utiliser le vieux CellQuest sur le vieux Mac…
Plus souple et rapide que CellQuest, on définit une seule fois les fenêtres d’analyse et on fait défiler les données avec Alt+Page Suivante/Précédente.

Support via PLUME:

J'accepte de faire un support léger pour ce logiciel

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes:

Le tutoriel pointé ci-après permet de se familiariser rapidement avec le logiciel.
Bien qu’il diffère quelque peu de CellQuest ou FlowJo dans son utilisation, sa prise en main est rapide.

Caractéristiques

URL du site web du logiciel :

http://facs.scripps.edu/software.html

Page de téléchargement de la version décrite :

http://facs.scripps.edu/software.html

Licence(s) du logiciel :

Autre

Commentaires sur la licence :

winMDI est un programme gratuit, mais les sources ne sont pas disponibles.

Version majeure :

2.9

Langue(s) de l'interface :

anglais

Environnement logiciel:

Distributions dans lesquelles le logiciel est intégré
Indiquer les distributions (version courante ou à partir de). L’objectif est double : donner un élément sur l’importance de la diffusion et éviter une perte de temps s’il n’est pas nécessaire d’installer le logiciel.

Plate-formes
Préciser les plates-formes logicielles et/ou matérielles sur lesquelles le logiciel fonctionne correctement (y compris la langue et les versions si nécessaire)

Logiciels connexes
Donner ici les noms et références (type de licence, url du site…) des logiciels connexes, i.e. dont l’utilisation peut-être liée à celle du logiciel décrit dans la fiche. Indiquer succintement l’obligation ou non d’utilisation et les fonctionnalités principales apportées.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Pour chaque logiciel listé, préciser le type de licence. L’objectif de cette liste est d’une part de situer l’utilisateur par rapport à des logiciels qu’il connaît ou pratique déjà, d’autre part de l’aider à différencier celui qui est décrit dans la fiche des autres logiciels existants par une fonctionnalité, le type de licence. Attention à ne donner ici que des informations objectives.

Environnement de développement:

Type de structure associée au développement
Décrire la structure éditant le logiciel (éditeur professionnel, association, projet ou groupement, particulier…)

Eléments de pérennité
Complémentaire au « type de structure », donner ici des indications sur ce qui peut permettre au logiciel de « vivre ». Cette indication est importante pour évaluer les chances d’évolution et/ou de succès du logiciel.

Références d’utilisateurs institutionnels
Indiquer les institutions utilisatrices ou des chiffres ou statistiques d’utilisation ou toute information susceptible de donner des indications sur l’utilisation.

Environnement utilisateur:

Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Indiquer les urls où les trouver. Préciser la langue qui y est utilisée. Donner de préférence celles en langue française mais aussi celles en anglais si elles sont plus riches.

Documentation utilisateur
Indiquer des pointeurs sur de la documentation en ligne, des tutoriels, des « how-to » ou tout autre type de documentation. Préciser la langue utilisée. Donner de préférence celles en langue française mais aussi celles en anglais si elles sont plus riches.

Divers (astuces, actualités, sécurité)
Cette rubrique est libre pour toute information qui peut aider le futur utilisateur, en particulier pour commencer une utilisation standard.

Contributions
Indiquer s’il y a lieu comment contribuer au logiciel décrit.

Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré:

La version 2.8 est la plus courante, mais c’est maintenant la version 2.9 qui est téléchargeable sur le site du Scripps.

Plates-formes :

Windows 95, Windows 98, Windows NT4, Windows XP (SP1 et SP2 aussi), Windows Vista (SP1 aussi).

Logiciels connexes:

Microsoft Office, Adobe Photoshop.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes:

FlowJo, http://www.treestar.com/flowjo/ [1]
CellQuest, http://www.bdbiosciences.com/features/products/dis... [2]

Type de structure associée au développement:

Logiciel édité par Joseph Trotter, éditeur particulier du Scripps Research Institute (http://www.scripps.edu/e_index.html) [3].

Eléments de pérennité:

Logiciel déjà complet, il restera très utile dans sa version 2.9 pendant longtemps. De plus il est compatible Vista et Vista SP1.
Une version compatible avec le format FCS 3.0 serait la bienvenue, mais aucun écho à ce sujet pour l’instant…

Références d'utilisateurs institutionnels:

Logiciel fréquemment cité dans les publications internationales à comité de lecture, il est le meilleur dans sa catégorie !

Liste de diffusion ou de discussion, support et forums:

Listes de diffusion liées à la biologies : http://www.protocol-online.org/forums/index.php [4]
Ressources liées à la biologie : http://www.protocol-online.org/ [5]

Documentation utilisateur:

Documentation en ligne : http://www.cyto.purdue.edu/flowcyt/software/Winmdi... [6]

Divers (astuces, actualités, sécurité):

Enregistrer les noms des fichiers au format 8.3 pour faciliter leur lecture et réaliser des analyses en batch.
Dessiner des nuages de points et des histogrammes ou des courbes de densités pour un premier fichier, analyser avec gates, puis copier-coller le tout vers Powerpoint; maintenir Alt+Page Suivante pour passer au fichier suivant sans avoir à tout redéfinir, et ainsi de suite.