Taverna

Contributeur(s)

Prénom:

Marc

Nom:

Wessner

Email:

marc.wessner@jouy.inra.fr

Laboratoire ou service:

MIG

Tutelle principale (Université X, CNRS, ...):

INRA

Date de mise à jour majeure:

23/06/2008

Contact:

Christophe Caron

Relecteur 1:

Caroline Bidot

Relecteur 2:

Mark Hoebeke

Relecteur 3:

François Moreews

Description

Description courte:

conception de workflows et moteur d’exécution

Fonctionnalités générales :

Taverna [1] est une application qui permet de construire et exécuter des workflows (enchaînements de tâches élémentaires). Chaque étape de ces chaînes de traitements correspond à l’exécution d’un outil disponible localement ou sous forme de service web. L’outil, fortement typé bioinformatique, propose en standard de nombreux services spécifiques (NCBI, Kegg, SoapLab, BioMoby…).

Autres fonctionnalités:

Ouverture d’un workflow à partir d’une URL.
Suivi de l’exécution d’un workflow.
Partage de workflows sur le site MyExperiment [2].
L’onglet Results affiche les résultats de l’exécution avec le détail des sorties.
Compatible avec le standard BioMOBY [3].
L’architecture par plugin garantit l’intégration des développements externes.
Tout type de Web service utilisant WSDL peut être exécuté dans un workflow Taverna.
Les résultats typés par MIME sont directement visualisés dans Taverna si un plugin est disponible (HTML, molécule 3D, text brut…).

Interopérabilité:

Les workflows créés sont sauvegardés sous un format XML propre à Taverna : le XSCUFL (Simple Conceptual Unified Flow Language).
Les autres langages de description de workflows ne sont pas gérés.

Contexte d'utilisation:

A l’INRA, Taverna est utilisé par un public de biologistes et de bioanalystes.
Des journées de formation dédiées à l’usage de cet outil ont été proposées dans le cadre du projet SIGENAE.
Au sein du laboratoire MIA du centre de Jouy-En-Josas, Taverna permet de récupérer et traiter des données de la base KEGG. Ainsi, un workflow cherche à partir de l’identifiant KEGG d’un organisme, les relations deux à deux des gènes impliqués dans des voies métaboliques (pathways). Le résultat obtenu, sous forme de liste, peut être écrit dans un fichier texte.

Support via PLUME:

J'accepte de faire un support léger pour ce logiciel

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes:

La construction des workflows se fait entièrement à l’aide de listes. Même s’il existe une représentation graphique du workflow résultant, celle-ci n’est pas interactive.
La gestion des boucles n’est pas très intuitive.
Les scavengers (composants qui parcourent les annuaires de services Web) affichent les services disponibles sur une machine donnée. Ceux créés par l’utilisateur sont régulièrement perdus et doivent être restaurés à moins que le fichier de configuration ne soit renseigné manuellement.
Le traitement d’un grand nombre de données semble poser des problèmes de mémoire sur la version 1.7.0.
Les fonctionnalités de recherche de services sont limitées et les services peu documentés.

Mais l’équipe de développement est très réactive aux besoins des utilisateurs et tout ou partie de ces limitations devrait être levée dès la version 2 (éditeur graphique de workflow, gestion différentes des itérations, persistance des données).

Caractéristiques

URL du site web du logiciel :

http://taverna.sourceforge.net/index.php

Page de téléchargement de la version décrite :

http://taverna.sourceforge.net/download

Licence(s) du logiciel :

LGPL

URL de la licence :

http://www.gnu.org/licenses/lgpl.html

Commentaires sur la licence :

Licence modérée située entre les deux extrêmes GPL (stricte) et BSD (permissive).

Version majeure :

1.7.0

Langue(s) de l'interface :

anglais

Environnement logiciel:

Distributions dans lesquelles le logiciel est intégré
Indiquer les distributions (version courante ou à partir de). L’objectif est double : donner un élément sur l’importance de la diffusion et éviter une perte de temps s’il n’est pas nécessaire d’installer le logiciel.

Plate-formes
Préciser les plates-formes logicielles et/ou matérielles sur lesquelles le logiciel fonctionne correctement (y compris la langue et les versions si nécessaire)

Logiciels connexes
Donner ici les noms et références (type de licence, url du site…) des logiciels connexes, i.e. dont l’utilisation peut-être liée à celle du logiciel décrit dans la fiche. Indiquer succintement l’obligation ou non d’utilisation et les fonctionnalités principales apportées.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Pour chaque logiciel listé, préciser le type de licence. L’objectif de cette liste est d’une part de situer l’utilisateur par rapport à des logiciels qu’il connaît ou pratique déjà, d’autre part de l’aider à différencier celui qui est décrit dans la fiche des autres logiciels existants par une fonctionnalité, le type de licence. Attention à ne donner ici que des informations objectives.

Environnement de développement:

Type de structure associée au développement
Décrire la structure éditant le logiciel (éditeur professionnel, association, projet ou groupement, particulier…)

Eléments de pérennité
Complémentaire au « type de structure », donner ici des indications sur ce qui peut permettre au logiciel de « vivre ». Cette indication est importante pour évaluer les chances d’évolution et/ou de succès du logiciel.

Références d’utilisateurs institutionnels
Indiquer les institutions utilisatrices ou des chiffres ou statistiques d’utilisation ou toute information susceptible de donner des indications sur l’utilisation.

Environnement utilisateur:

Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Indiquer les urls où les trouver. Préciser la langue qui y est utilisée. Donner de préférence celles en langue française mais aussi celles en anglais si elles sont plus riches.

Documentation utilisateur
Indiquer des pointeurs sur de la documentation en ligne, des tutoriels, des « how-to » ou tout autre type de documentation. Préciser la langue utilisée. Donner de préférence celles en langue française mais aussi celles en anglais si elles sont plus riches.

Divers (astuces, actualités, sécurité)
Cette rubrique est libre pour toute information qui peut aider le futur utilisateur, en particulier pour commencer une utilisation standard.

Contributions
Indiquer s’il y a lieu comment contribuer au logiciel décrit.

Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré:

A ma connaissance, Taverna n’est intégré à aucune distribution.

Plates-formes :

Windows : Taverna 1.7.0 - anglais
MacOS : Taverna 1.7.0 - anglais
Linux & Unix-like : Taverna 1.7.0 - anglais

Logiciels connexes:

SoapLab [4] est la solution serveur proposée par Martin Senger. Elle permet le déploiement d’outils sous la forme de web services à partir d’un fichier ACD les décrivant. Une fois déployés, ces services peuvent être intégrés dans un workflow en tant qu’ étape de traitement, viaTaverna.

De nombreux plugins sont disponibles pour Taverna (Feta, LogBook, SoapLab, …)
Certains plugins apportent de nouvelles fonctionnalités(recherche…), d’autres des nouveaux types de services.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes:

Kepler [5]
BioSide [6]

Type de structure associée au développement:

L’université de Manchester (UK) est principalement impliquée dans le développement de Taverna.

Eléments de pérennité:

Le développement de Taverna est mené par Tom OINN à l’EBI (European Bioinformatics Institute, Cambridge UK).
Le projet est une collaboration qui fait intervenir les entités suivantes : School of Computer Science Université de Manchester, IT Innovation, the School of Computer Science, Université de Newcastle, Newcastle Centre for Life, Nottingham University Mixed Reality Lab.
Les contributions communautaires sont intégrés notamment sous la forme de plugins.

Liste de diffusion ou de discussion, support et forums:

http://sourceforge.net/mail/?group_id=74874 [7]
http://taverna.sourceforge.net/lists [8]

Documentation utilisateur:

La documentation écrite en anglais est disponible sur la forge dédiée au logiciel : http://taverna.sourceforge.net/doc [9]
Le manuel de l’utilisateur peut être téléchargé en version .pdf : http://prdownloads.sourceforge.net/taverna/taverna... [10]
http://www.mygrid.org.uk/usermanual1.7/user_guide.... [11]

Divers (astuces, actualités, sécurité):

Dernièrement l’activité autour de ce logiciel est importante. La version 1.6.2 a été remplacée par la version 1.7.0 en fin d’année 2007. La version 1.7.1, disponible depuis début avril 2008, inclut un aperçu des fonctionnalités de la version 2.0 où la création d’un workflow se fait sur un graphique interactif.

Contributions:

http://www.mygrid.org.uk/dev/blog/ [12]