Présentations et vidéos de la journée PLUME - Groupe Calcul ‘Les alternatives libres aux outils propriétaires de maths’ 02/2010

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  • Création ou MAJ importante : 17/02/10
  • Correction mineure : 02/11/10
Mots-clés

Présentations et vidéos de la journée PLUME - Groupe Calcul ‘Les alternatives libres aux outils propriétaires de maths’ 02/2010

  • Type de ressource : événement, transparents, vidéo
  • Date de publication du document ou de l'événement : Fév 2010
  • Auteur(s) ou responsable(s) : PLUME et le Groupe Calcul
  • Accès restreint : Communauté Ens Sup Recherche et partenaires PLUME/Groupe Calcul
  • Contact pour plus d'informations : Contact PLUME

PLUME et le groupe calcul ont organisé une journée PLUME sur le thème ‘Les alternatives libres aux outils propriétaires de maths’ destinée aux utilisateurs de logiciels de mathématiques et de calcul des laboratoires de recherche et des universités, le 4 février 2010 à Paris, amphithéâtre du siège du CNRS.

Cette journée a été soutenue par le groupe calcul, l'UREC et le Centre de Calcul de l'IN2P3.

Pourquoi cette journée ?

Les logiciels propriétaires en mathématiques tiennent une place importante comme outils de recherche ou d'enseignement. Outre les aspects financiers, cette réalité va quelque peu à l'encontre de la rigueur scientifique qui exige une maîtrise complète des logiciels utilisés.
Le but de cette journée était de donner un aperçu non exhaustif de codes de calcul libres et open source qui sont des alternatives tout à fait crédibles aux outils propriétaires, et de montrer que la migration vers ces solutions est réalisable.

Comité de programme et d’organisation journée PLUME

Violaine Louvet (Institut Camille Jordan) responsable du programme, Christian Helft (LAL), Geneviève Romier (UREC) responsables de l’organisation, avec Loïc Gouarin (LAGA), Konrad Hinsen (CBM), Lucie Fréret (LIP), Sylvain Faure (Laboratoire de Mathématique d'Orsay), Thierry Dumont (Institut Camille Jordan).

 

Retransmission - enregistrement

Les présentations ont été retransmises en direct sur Internet par le service Webcast du Centre de Calcul de l’IN2P3. Elles ont également été enregistrées et sont disponibles ci-dessous au format realplayer présentation par présentation. Elles sont également disponibles pour les 4 parties de la journée, réencodées au format MP4 par le service Webcast (utilisation de VLC conseillée, mais QuickTime peut convenir).

Programme, supports des présentations et vidéos

9h15 - 9h30 : Présentation de la journée, de Plume et du Groupe Calcul, Jean-Luc Archimbaud, V. Louvet, Projet Plume et Groupe Calcul

Support de la présentation : Introduction / Calcul
Vidéo - Intoduction-Calcul Vidéo : Introduction / Calcul

Support de la présentation : Plume
Vidéo - Plume Vidéo : Plume

9h30 - 10h30 : Logiciels libres pour les mathématiques ? Retour d'expérience, Nicolas M. Thiery, Laboratoire de Mathématique, Université Paris Sud

Fiche Plume Fiche Plume sage-combinat

Support de la présentation
Vidéo -  Logiciels libres pour les mathématiques Vidéo : Logiciels libres pour les mathématiques

L'intérêt philosophique du libre pour l'enseignement et la recherche est bien connu. Il s'inscrit dans la tradition de transparence de la
démarche scientifique, garante de la reproductibilité des résultats expérimentaux, de l'accumulation du savoir et de sa diffusion à tous,
dans le monde entier, sans discrimination financière ou géopolitique.

Mais le libre est-il viable en pratique? Pendant longtemps, et en dehors de belles réussites en calcul numérique comme Scilab ou Octave,
les logiciels mathématiques libres se sont cantonnés par domaines (par ex. calcul symbolique: Maxima, géométrie algébrique: Cocoa, Singular, Macaulay, groupes: GAP, statistiques: R, arithmétique: Pari). Les systèmes à vocation généraliste, eux, étaient principalement
commerciaux ou semi-commerciaux (par ex. Maple, Mathematica, MuPAD). Un phénomène plus récent est l'émergence d'alternatives libres ou nouvellement libres telles que Axiom ou Sage/Python scientifique.

En nous basant sur notre expérience avec le projet libre *-Combinat et sa récente incarnation Sage-Combinat, nous tenterons de décrire ce que peut, ou pas, apporter concrètement un modèle de développement coopératif libre, à des chercheurs et enseignants en mathématiques, qu'ils soient utilisateurs ou contributeurs.

10h30 - 11h15 : Scilab, Claude Gomez, Consortium Scilab

Fiche Plume Fiche Plume Scilab

Support de la présentation
Vidéo - Scilab Vidéo : Scilab

Vidéo de la première partie de la journée en http, format MP4

Vidéo de la première partie de la journée en rtsp, format PM4

11h15-11h30 : Pause

11h30 - 12h10 : Présentation du logiciel libre freefem++, Olivier Pironneau, Laboratoire Jacques Louis Lions, Université Paris 6

Fiche Plume Fiche Plume FreeFem++

Support de la présentation
Vidéo - Présentation du logiciel libre freefem++ Vidéo : Présentation du logiciel libre freefem++

12h10 - 12h40 : NumPy et al.: le calcul scientifique en Python, Konrad Hinsen, Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS

Fiche Plume Fiche Plume Numpy
Fiche Plume Fiche Plume matplotlib
Fiche Plume Fiche Plume scientificpython

Support de la présentation
Vidéo - NumPy et al Vidéo : NumPy et al

Le langage Python est devenu très populaire dans le monde du calcul scientifique. Ce succès est dû à la disponibilité d'un
grand nombre de modules pour des applications scientifiques très diverses. Cet exposé présentera principalement le module
NumPy, qui permet de travailler avec des tableaux et d'interfacer avec les bibliothèques scientifiques écrites en C, C++, et Fortran.
Trois autres modules généralistes, matplotlib, SciPy et ScientificPython, ainsi que quelques modules plus spécialisés, seront également présentés.

Vidéo de la seconde partie de la journée en http, format MP4

Vidéo de la seconde partie de la journée en rtsp, format PM4

12h40 - 13h45 : Repas

13h45 - 14h30 : Exemple de migration réussie de MATLAB vers Python : Logiciels d'acquisition, de visualisation et de traitement de données - Calculs interactifs avec Spyder, Pierre Raybaut, CEA

Fiche Plume Fiche Plume Spyder
Fiche Plume Fiche Plume Python
Support de la présentation
Vidéo - Exemple de migration réussie de MATLAB vers Python Vidéo : Exemple de migration réussie de MATLAB vers Python

Au sein du centre de recherche du CEA/DAM Île-de-France, de nombreux laboratoires ont adoptés le langage Python pour le calcul scientifique. Si certains l'ont choisi pour l'interfaçage de codes de calcul, la majorité l'utilise pour du calcul interactif ou pour le développement de logiciels de traitement du signal ou de l'image, bien souvent en remplacement de logiciels commerciaux tels que MATLAB ou IDL. Nous montrerons ici un exemple de migration réussie de MATLAB vers Python qui résulte d'un travail entrepris courant 2009 dans un de ces laboratoires.
Tout d'abord, nous verrons que Python nous a permis de réaliser des bibliothèques efficaces pour la gestion de jeux de paramètres (saisie via des interfaces graphiques générées automatiquement) et la visualisation de signaux et d'images dans nos logiciels de traitement. Ensuite, nous présenterons un exemple de logiciel d'acquisition, de visualisation et de traitement de données avant et après sa migration de MATLAB vers Python : cela soulignera de manière spectaculaire les avantages de ce dernier. Enfin, nous verrons qu'il est possible de retrouver un environnement de développement interactif aussi efficace que celui de MATLAB grâce à Spyder.

14h30 - 15h30 : Sage : une alternative libre à Magma, Maple, Mathematica et Matlab, Paul Zimmermann, LORIA, INRIA

Fiche Plume Fiche Plume Sage

Support de la présentation
Vidéo - Sage Vidéo : Sage

Sage est un logiciel de calcul symbolique distribué sous licence GPL depuis sagemath.org. Initié par William Stein (Université de Washington à Seattle), la particularité de Sage est de ne pas chercher à "réinventer la roue", mais plutôt d'utiliser les meilleurs logiciels (libres) existants.
Ainsi Sage comprend plus de 80 logiciels ou bibliothèques, dont par exemple Atlas et LinBox pour l'algèbre linéaire, Maxima pour le calcul symbolique, ou encore Pari/GP pour les calculs en théorie des nombres. Cette philosophie d'utiliser au maximum ce qui existe s'étend au langage utilisateur de Sage (le langage Python) et à l'interface graphique (utilisant un simple navigateur Web). Après un bref historique de Sage, l'exposé montrera comment utiliser Sage pour résoudre de petits problèmes. On verra aussi comment communiquer
avec d'autres logiciels de calcul symbolique, qu'ils soient libres ou non, et comment contribuer à Sage.

Vidéo de la troisième partie de la journée en http, format MP4

Vidéo de la troisième partie de la journée en rtsp, format PM4

15h30 - 15h45 : Pause

 

15h45 - 16h00 : Un serveur Sage pour l'enseignement en Licence, Thierry Dumont, Philippe Malbos, Institut Camille Jordan, Université Lyon 1

Support de la présentation
Vidéo - Sage en enseignement Vidéo : Sage en enseignement

Dans un enseignement dédié à un grand nombre d'étudiants, peut on se passer des logiciels de Calcul formel (et de mathématiques effectives) commerciaux?

En 2009, les deux auteurs ont obtenu un financement de la région Rhône-Alpes pour développer un serveur Sage pour l'enseignement en
L[1-3]. A notre connaissance, c'est la première fois qu'une expérience de cette taille est tentée.

Techniquement, il a fallu ajouter à Sage l'identification des enseignants et des étudiants auprès de l'annuaire ldap de
l'Université: c'est chose facile dans un logiciel écrit en Python.

A l'heure ou ses lignes sont écrites (15 Novembre 2009), il est trop tôt pour tirer un bilan d'une expérience qui vient de commencer.

Au 4 février 2010, il sera sûrement possible de tirer un premier bilan, en répondant à quelques questions comme:

  • le serveur tient il la charge ?
  • y a t-il des problèmes de sécurité ?
  • quelle aura été la réception de cette initiative, tant chez les étudiants que chez les enseignants ?
  • peut on aller au delà ?

16h00 - 16h40 : Statistique avec R : atouts et faiblesses, Eric Matzner-Lober, centre de recherche en Statistique de Rennes II, Pierre-André Cornillon , SupAgro, INRA Montpellier

Fiche Plume Fiche Plume R

Support de la présentation
Vidéo - R Vidéo : R

16h40 - 17h10 : Développement de paquets R et valorisation de la recherche en
statistique appliquée, Christophe Ambroise, Laboratoire “Statistique et Génome”, CNRS/INRA, Evry

Support de la présentation
Vidéo - Développement de paquets R Vidéo : Développement de paquets R

R est un langage de script initialement écrit par Robert Gentleman Ross Ihaka du département de statistique de l’université d’Auckland
pour illustrer l’enseignement des statistiques. Depuis 1993, année de la mise à disposition de la première version compilée de R, la
communauté des utilisateurs et développeurs n'a cessé de s'organiser et de croître.

Dans le domaine de la statistique appliquée, R est devenu un incontournable moyen, de diffuser de nouvelles méthodes, de valoriser
la recherche. La présentation illustrera le processus de développement, partant de l'idée algorithmique, en allant jusqu'à la
diffusion d'un paquet.

Cette illustration s'appuiera sur la conception des paquet R mixnet et simone (http://cran.r-project.org/).

Vidéo de la quatrième partie de la journée en http, format MP4

Vidéo de la quatrième partie de la journée en rtsp, format PM4

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Les vidéos sont maintenant disponibles ici :
http://webcast.in2p3.fr/events-les_alternatives_li...

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