Logiciels développés dans les laboratoires de l'INRA

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Ci-dessous sont listés les logiciels décrits dans PLUME sous forme de fiche Dév ESR, logiciels pour lesquels un des laboratoires rattachés à l'INRA a participé au (ou piloté le) développement.
Dans la liste des logiciels, en cliquant sur le nom du logiciel, vous accédez à sa description.

Logiciel	Description	Etat du développement	Laboratoire(s)
beads	détection et quantification de spots sur des images de gels d'électrophorèse 2D	diffusé, stable	Génétique Végétale
Bio++	ensemble de bibliothèques C++ dédiées à la bioinformatique	diffusé, stable diffusé en beta en développement	GenHort, ISEM, LBBE, LIRMM
BioMAJ	mise à jour et transformation automatique de banques biologiques	validé (au sens PLUME) diffusé, stable	GenOuest, INRIA Rennes, IRISA, MIG, UBIA
CarthaGène	logiciel de cartographie génétique	diffusé, stable	Génétique Cellulaire, UBIA
Datum	application web pour partager des données issues de différentes bases de données	utilisé en interne en développement	Environnement et Grandes Cultures
EuGène	prédicteur de gènes pour les organismes eucaryotes et procaryotes	diffusé, stable	LIPM, UBIA
FATAL	génération automatique de portail Web pour l'annotation fonctionnelle	diffusé en beta	LIPM
Free-D	reconstruction, visualisation et analyse de modèles 3D générés à partir d'images 2D ou 3D (biologie)	diffusé, stable	Autre
LibOdsStream	lecture et écriture en flux de fichiers au format Open Document Spreadsheet	diffusé, stable	Génétique Végétale
masschroq	analyse et quantification de données issues de la spectrométrie de masse	diffusé, stable	PAPPSO
MatGeom	bibliothèque de calcul géométrique en 2D et 3D sous Matlab	validé (au sens PLUME)	GMPA
MixNet/MixeR	statistiques : Mixture Models for Networks	validé (au sens PLUME)	LBBE, MIA-UMR518, SG
Monolix	analyse de modèle non-linéaire à effets mixtes	validé (au sens PLUME) en développement	INRIA Saclay, Labo Maths Orsay, NeuroSpin
Narcisse	navigateur de génomes comparés	diffusé, stable	Génétique Cellulaire, LIPM
NemoFish	analyse d'image pour les gènes et territoires chromosomiques en FISH 3D	diffusé, stable	Génétique Cellulaire, Univ Paris 6 (UPMC)
OpenFLUID	Plate-forme de modélisation du fonctionnement intégré du paysage	diffusé, stable	LISAH
Paraloop	distribution de travaux en parallèle	diffusé, stable	LIPM
PlayMOBY	environnement de déploiement et de surveillance de web-services BioMOBY	diffusé, stable	LIPM
Populations	calculs de distances génétiques entre populations ou individus	validé (au sens PLUME)	Génétique Végétale
PyroCleaner	nettoyer des lectures issues de pyroséquencage	diffusé, stable	Genotoul
QTLMap	détection de QTL dans les populations animales expérimentales	validé (au sens PLUME)	Génétique Animale
REPET	annotation des éléments transposables (génomique)	diffusé, stable	URGI
S-MART	analyse de données de séquençage haut-débit	diffusé, stable	URGI
VLE	Virtual Laboratory Environment - plate-forme de multi-modélisation et de simulation	validé (au sens PLUME) diffusé, stable en développement	LIL, UBIA
X!TandemPipeline	filtrage, édition, regroupement de résultats d'identifications MS	diffusé, stable	Génétique Végétale