Logiciels développés dans les laboratoires de l'INRA
Logiciel![]() |
Description | Etat du développement | Laboratoire(s) |
---|---|---|---|
beads |
détection et quantification de spots sur des images de gels d'électrophorèse 2D |
diffusé, stable | Génétique Végétale |
Bio++ |
ensemble de bibliothèques C++ dédiées à la bioinformatique |
diffusé, stable diffusé en beta en développement |
GenHort, ISEM, LBBE, LIRMM |
BioMAJ |
mise à jour et transformation automatique de banques biologiques |
validé (au sens PLUME) diffusé, stable |
GenOuest, INRIA Rennes, IRISA, MIG, UBIA |
CarthaGène |
logiciel de cartographie génétique |
diffusé, stable | Génétique Cellulaire, UBIA |
Datum |
application web pour partager des données issues de différentes bases de données |
utilisé en interne en développement |
Environnement et Grandes Cultures |
EuGène |
prédicteur de gènes pour les organismes eucaryotes et procaryotes |
diffusé, stable | LIPM, UBIA |
FATAL |
génération automatique de portail Web pour l'annotation fonctionnelle |
diffusé en beta | LIPM |
Free-D |
reconstruction, visualisation et analyse de modèles 3D générés à partir d'images 2D ou 3D (biologie) |
diffusé, stable | Autre |
LibOdsStream |
lecture et écriture en flux de fichiers au format Open Document Spreadsheet |
diffusé, stable | Génétique Végétale |
masschroq |
analyse et quantification de données issues de la spectrométrie de masse |
diffusé, stable | PAPPSO |
MatGeom |
bibliothèque de calcul géométrique en 2D et 3D sous Matlab |
validé (au sens PLUME) | GMPA |
MixNet/MixeR |
statistiques : Mixture Models for Networks |
validé (au sens PLUME) | LBBE, MIA-UMR518, SG |
Monolix |
analyse de modèle non-linéaire à effets mixtes |
validé (au sens PLUME) en développement |
INRIA Saclay, Labo Maths Orsay, NeuroSpin |
Narcisse |
navigateur de génomes comparés |
diffusé, stable | Génétique Cellulaire, LIPM |
NemoFish |
analyse d'image pour les gènes et territoires chromosomiques en FISH 3D |
diffusé, stable | Génétique Cellulaire, Univ Paris 6 (UPMC) |
OpenFLUID |
Plate-forme de modélisation du fonctionnement intégré du paysage |
diffusé, stable | LISAH |
Paraloop |
distribution de travaux en parallèle |
diffusé, stable | LIPM |
PlayMOBY |
environnement de déploiement et de surveillance de web-services BioMOBY |
diffusé, stable | LIPM |
Populations |
calculs de distances génétiques entre populations ou individus |
validé (au sens PLUME) | Génétique Végétale |
PyroCleaner |
nettoyer des lectures issues de pyroséquencage |
diffusé, stable | Genotoul |
QTLMap |
détection de QTL dans les populations animales expérimentales |
validé (au sens PLUME) | Génétique Animale |
REPET |
annotation des éléments transposables (génomique) |
diffusé, stable | URGI |
S-MART |
analyse de données de séquençage haut-débit |
diffusé, stable | URGI |
VLE |
Virtual Laboratory Environment - plate-forme de multi-modélisation et de simulation |
validé (au sens PLUME) diffusé, stable en développement |
LIL, UBIA |
X!TandemPipeline |
filtrage, édition, regroupement de résultats d'identifications MS |
diffusé, stable | Génétique Végétale |
Ci-dessous sont listés les logiciels décrits dans PLUME sous forme de fiche Dév ESR, logiciels pour lesquels un des laboratoires rattachés à l'INRA a participé au (ou piloté le) développement.
Dans la liste des logiciels, en cliquant sur le nom du logiciel, vous accédez à sa description.