TeX

TeX (système logiciel de composition de documents)
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 30/07/13
  • Correction mineure : 12/09/13
Mots-clés

realtimez : générateur de diagrammes temps réel pour LaTeX en Python

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 0.0.1 - décembre 2011
  • Licence(s) : BSD
  • Etat : diffusé en beta, en développement
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Frédéric Fauberteau
  • Contact concepteur(s) : frederic@fauberteau.org
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIGM

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Production de code LaTeX TikZ pour dessiner un diagramme temporel en fonction des contraintes temporelles de travaux temps réel :

  • développé en python,
  • interface en ligne de commande.
Contexte d’utilisation du logiciel

Génération simple de diagramme temps réel pour les supports de présentations scientifiques.

Publications liées au logiciel

Sûreté temporelle pour les systèmes temps réel multiprocesseurs, Frédéric Fauberteau, thèse de doctorat, Université Paris-Est, décembre 2011.
http://pastel.archives-ouvertes.fr/tel-00668537

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 08/01/14
  • Correction mineure : 08/01/14
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Fiches logiciel PLUME connexes : LaTeX

Doxygen : Doxygen est un système de génération de documentation à partir du code source

Description
Fonctionnalités générales

Doxygen permet de créer des documentations à partir du code source sous différents formats qui vont du site web très interactif au document pdf (mais aussi LaTeX, XML, RTF, Man pages, ...).
La documentation est générée à partir de la syntaxe et de la grammaire du langage (classe, fonctions, ...) et peut être complétée par des informations (balises) insérées sous forme de commentaires interprétables par Doxygen (ex : /** ..**/)
Il accepte, entre autres, comme source les langages C++, C, Objective-C, C#, PHP, Java, Python, IDL, Fortran, VHDL, Tcl et peut-être étendu à d'autres langages non supportés nativement.

Autres fonctionnalités

Des sémaphores adaptées au langage ('!!', '///' ou '/**') permettent à Doxygen de repérer des informations à rajouter à la documentation, notamment à l'aide de mot-clés (@call @version, @author, @see, \brief, \laxtexonly ... \endlatexonly) pour spécifier les caractéristiques d'un module, un objet, une fonction, introduire des formules, etc...
On peut écrire des formules en TeX directement dans les fichiers source (par exemple pour les unités des variables en paramètres), mais aussi inclure des fichiers LaTeX pour rajouter de la documentation dans le guide de l'utilisateur (avec \input{my_doc_file.tex}).
Les fichiers d'en-tête à la production du site web ou au fichier pdf (via LaTeX) de la documentation sont modifiables, ce qui permet de faire ces propres présentations de la documentation.
Doxygen est intégré à certains IDE ( eclipse).
Doxygen peut s'utiliser en ligne de commande ou via Doxywizard (une interface graphique pour Doxygen).
En ligne de commande, il peut être paramétré avec :

  • un fichier de configuration (Doxyfile) regroupant les options, les préférences
  • un fichier 'layout' pour personnaliser plus finement les sorties
Interopérabilité

Les formats de sorties sont HTML, LATEX, MAN, RTF, XML, DOCBOOOK, Compiled HTML Help, Qt Compressed Help, Eclipse Help, XCode DocSets, PostScript et PDF.
On pourra également générer un module PERL qui contiendra la structure du logiciel.
Enfin, on peut lier plusieurs documentations par en générant des fichiers TAGFILE.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

C'est un excellent outil de documentation, qui permet de faire communiquer les développeurs d'outils de calcul scientifique
et de construire la documentation utilisateur et développeur en même temps. Cette documentation peut être versionnée et suivre alors l'évolution du code.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

La prise en compte du Fortran est assez pauvre.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Très nombreuses : Debian, Ubuntu, Fedora, MacPorts, etc.

Logiciels connexes
  • Doxywizard (interface graphique pour Doxygen)
  • graphviz
  • LaTeX
  • browser
  • mathjax
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Listes de discussion "annonces", "développeurs", "projets" et "utilisateurs : http://sourceforge.net/p/doxygen/mailman/

Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 10/11/11
  • Correction mineure : 17/01/12
Mots-clés

bibtex2html : collection d'outils pour traduire BibTeX vers HTML

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 1.96 - 29 septembre 2010
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, sans développement en cours
  • Concepteur(s) : Jean-Christophe Filliâtre et Claude Marché
  • Contact concepteur(s) : Jean-Christophe.Filliatre[at]lri.fr, Claude.Marche[at]lri.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LRI

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : bibtex2html
Fonctionnalités générales du logiciel

Les outils contenus dans le package bibtex2html permettent de produire, à partir de fichiers de bibliographie au format BibTeX, une bibliographie au format HTML. Voici quelques fonctionnalités :

  • comprend n'importe quel style BibTeX (y compris ceux produisant des bibliographies multiples) ;
  • exploite des champs supplémentaires comme abstract, url, ps, etc. et en fait des hyper-liens;
  • gère les références croisées ;
  • trie par date ou auteur, dans l'ordre croissant ou décroissant ;
  • exploite des macros simples TeX ou LaTeX définies dans un fichier ;
  • signale les erreurs présentes dans le fichier BibTeX ;
  • extrait d'un ou plusieurs fichiers BibTeX l'ensemble des entrées qui satisfont un certain critère.
Contexte d’utilisation du logiciel

Des chercheurs du LRI, Laboratoire de Recherche en Informatique, l'utilisent régulièrement pour réaliser leur bibliographie sur le web.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 29/06/10
  • Correction mineure : 29/06/10
Mots-clés

jPicEdt : générer du dessin vectoriel pour LaTeX

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 1.5_pre1 - 2007-11-04
  • Licence(s) : GPL - Il est possible que les futures versions du logiciel soient sous CeCILL.
  • Etat : diffusé en beta
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) :
    • Sylvain Reynal (maître de conférence à l'ETIS)
    • Jobst Hoffmann (professeur à la Fachhochschule de Aachen, Allemagne)
    • Mathieu Perez (ingénieur)
    • Vincent Guirardel (maitre de conference à l'université Paul Sabatier, Toulouse)
    • Vincent Belaïche (ingénieur chez Renesas Design France)
  • Contact concepteur(s) : Vincent Belaïche, Sylvain Reynal
  • Laboratoire(s), service(s)... : ETIS

 

Fonctionnalités générales du logiciel
  • éditeur graphique permettant de modifier le dessin par une interface utilisateur graphique
  • sauvegarde du dessin dans un format propre à jPicEdt (basé sur XML) enfoui dans un fichier dans l'un des formats suivants :

    • LaTeX de base
    • LaTeX avec le paquetage eepic
    • LaTeX avec PSTricks
    • LaTeX avec Tikz (en cours de développement)
    • DXF (exportation très basique)
  • extensible par scriptage en beanshell (proche du langage Java).
  • prévisualisation du dessin en le compilant de façon isolée (sans l'inclure dans un document)
  • extensible en créant ses librairies d'objets graphiques (fragments)
Contexte d’utilisation du logiciel

Rédaction de tout document en LaTeX contenant des figures telles que des schémas électriques, des diagrammes, etc…

Fiche logiciel à valider
  • Création ou MAJ importante : 07/06/10
  • Correction mineure : 07/06/10
Mots-clés
Pour aller plus loin

AFT (Almost Free Text) : système d'aide à la saisie de texte source (HTML, TeX...)

Ce logiciel est en cours d'évaluation par la communauté PLUME. Si vous utilisez ce logiciel en production dans notre communauté, merci de déposer un commentaire.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Téléchargement
  • Version évaluée : 5.097
  • Langue(s) de l'interface :
  • Licence : Autre

    La Clarified Artistic License est une licence Open Source, utilisée à l'origine pour les distributions Perl. Il s'agit d'une première version de l'Artistic License 2 avant son adoption définitive. Le texte de l'Artistic License 2.0 est trouvable sur le site de l'Open Source Initiative.

Description
Fonctionnalités générales

Almost Free Text (AFT) est un système d'aide à la saisie de texte source en LaTeX, écrit par Todd A. Coram. Grâce à un procédé de syntaxe simplifié, il est possible de générer des documents HTML (format de sortie par défaut), TeX, RTF, lout, Docbook de manière automatique et en un temps record sans avoir à saisir les nombreuses balises courantes qui structurent le code.

À l'aide d'un éditeur de texte, il suffit d'utiliser la syntaxe décrite dans le manuel (version Francaise). Après compilation du fichier, AFT produit un fichier de sortie au format désiré, avec un style prédéfini, et utilisant un code parfaitement lisible.

Dans la ligne des programmes Unix, AFT est un petit logiciel, fort spécialisé, mais remplissant parfaitement son rôle.

Autres fonctionnalités

AFT utilise essentiellement les astérisques, tabulations et espaces pour structurer le document. L'apprentissage lié à la syntaxe d'AFT est donc très rapide et intuitive.

AFT peut être utilisé pour saisir un source afin de pouvoir travailler sur une base facilement exploitable et obtenue très rapidement. L'utilisateur se concentre ainsi sur le contenu lui-même, comme c'est le cas avec LaTeX. L'essentiel du document est donc prêt à être exploité en vue d'une utilisation plus poussée. Pour les sorties HTML, il est possible de définir des styles différents. Il est de même possible de créer soi-même des filtres pour les formats de sortie.

On peut essentiellement utiliser AFT dans le cadre d'une saisie de texte que l'on souhaite rapidement mettre en forme, le tout en quelques en quelques commandes fort simples, pour obtenir un texte structuré et mis en page. Pour cela, après une première compilation avec aft, une simple compilation pdflatex produit un document pdf utilisant la classe [article].

Exemple :
Après saisie et enregistrement de votre fichier, lancer successivement :

$aft --type=tex monfichier.aft
$pdflatex monfichier.tex

Compte-tenu des faibles ressources nécessaires pour faire fonctionner un éditeur de texte et pour compiler le document final, AFT est utilisable même sur des machines fort anciennes.

AFT est présent dans les dépôts de la plupart des distributions GNU/Linux.

Interopérabilité

Les fichiers destinés à être compilés avec AFT, portant ou non l'extension .aft sont des fichiers texte, lisibles et modifiables avec un simple éditeur de texte sur n'importe quel système d'exploitation.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Outre les utilisations citées plus haut, AFT s'avère très utile lors de la prise de note durant une réunion ou une conférence. Après une simple relecture, il est possible de produire dans la foulée un compte-rendu de réunion structuré, sans avoir à travailler une mise en page, même succincte.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • Sous Windows, AFT nécessite d'installer Perl.
  • Non testé sur Mac OSX
Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

La plupart des distributions GNU/Linux

Plates-formes

GNU/Linux, Windows, Mac OS X

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

txt2tags, reStructuredText

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Logiciel développé par Todd Coram.

Environnement utilisateur
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
Contributions
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 27/04/10
  • Correction mineure : 29/04/10
Mots-clés
Pour aller plus loin

Kile : éditeur de texte Latex

Description
Fonctionnalités générales

Kile est un environnement intégré pour LateX :

  • Coloration syntaxique Latex
  • Outils de compilation et d'affichage DVI, PDF ou PS
  • Raccourcis typographiques (lettres grecques, symboles mathématiques, etc.)
  • Assistants d'environnements : tableaux, équations, listes
Autres fonctionnalités

Kile propose des modèles et un assistant à la création de documents LateX.
Il possède d'autres fonctionnalités :

  • Vérification orthographique.
  • Navigation dans le documents en fonction de la structure des sections, subsections etc.
  • Ouverture/fermeture des blocs de texte.
  • Simplifie la création des diaporamas de type beamer.
  • Auto-complétion des commandes latex.
  • Liste des références croisées.
  • Recherche et positionnement dans le fichier dvi à partir d'une position dans le texte LateX et inversement.
  • Possibilité de pré-visualiser des parties du document.
Interopérabilité
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Édition de textes en Latex : support de cours, articles de recherche, etc.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • Vérification orthographique perfectible
  • Auto-complétion parfois défaillante (notamment pour les références croisées)
Environnement du logiciel
Plates-formes
  • Debian-like
  • RedHat-like
  • Mac OS X
Logiciels connexes

Compilateurs LateX :

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Equipe de développement : http://kile.sourceforge.net/team.php.

Eléments de pérennité
  • Fait partie intégrante des applications KDE comme Kate, communauté de développeurs très conséquente
Environnement utilisateur
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 05/11/10
  • Correction mineure : 05/11/10
  • Rédacteur de la fiche : Frédéric Han - IMJ (Université Paris 7, CNRS, Université Paris 6)
  • Relecteur(s) : Alkis Akritas (University of Thessaly - Greece)
    Bernard Parisse (Institut Fourier)
  • Contributions importantes : Alkis Akritas
  • Responsable thématique : Loïc Gouarin (Laboratoire de Mathématiques Orsay)
Mots-clés
Pour aller plus loin

Giac/Xcas : le couteau suisse des mathématiques

Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations : Giac/Xcas
Description
Fonctionnalités générales

Giac/Xcas est un logiciel de calcul formel et scientifique de nature généraliste. Il est constituté d'une bibliothèque C++ et d'une version en ligne de commande nommée Giac. Il dispose de plus  d'une version graphique nommée Xcas.

  • Les fonctionalités usuelles d'analyse, d'algèbre linéaire et d'arithmétique sont présentes pour les flottants multi-précisions, les entiers multi-précisions, les objets formels, et aussi les modulaires et corps finis arbitraires. Il dispose aussi des outils statistiques classiques.
  • L'interface graphique permet de faire les opérations classiques d'un grapheur, mais aussi de faire simplement de la géométrie interactive et dynamique en 2D ainsi qu'en 3D via OpenGL. Elle possède aussi un éditeur de programmes, un debugger et un tableur.
  • Xcas implémente une variante de Logo (pour apprendre la programmation dés l'école primaire).
  • On peut facilement traduire l'interface et les mots clefs du langage de Xcas en d'autres langues.
  • La syntaxe possède une grande souplesse et peut être ajustée selon les goûts pour se rapprocher de maple ou des TI.
Autres fonctionnalités
  • La documentation interne au logiciel (disponible hors ligne) est très importante (elle est au format html, dans plusieurs langues). Non seulement en ce qui concerne la syntaxe du logiciel, mais aussi d'un point de vue mathématique.
  • Intégration totale de pari-gp et de sa documentation.
  • Des fonctions de nature pédagogique sont implémentées. Ex: étude graphique d'une suite récurrente;  effectuer un seul pivot; L'interface graphique donne de nombreuses facilités en ce qui concerne la syntaxe.
  • Interface graphique légère et efficace sur de petites configurations.
  • Sauvegardes automatiques de protection contre la perte de données.
  • Disponible aux agrégations externes et internes de mathématiques.
Interopérabilité
  • Ouverture de feuilles maple. TI.
  • Export Latex+pstricks, ou poscripts.
  • Et sorties graphiques vers PNG et EPS.
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • Ce logiciel est utilisé à l'Université Paris 7 en enseignement. Notamment dans les TPs de la préparation à l'agrégation externe option Calcul formel où il remplace maple depuis la rentrée 2007. (3h/sem)
  • La souplesse de syntaxe permet de démarrer rapidement avec des débutants.
  • La syntaxe proche de celle de maple m'a permis de mélanger pendant 1 an des étudiants souhaitant conserver maple à des étudiants sous xcas.
  • La disponibilité de binaires pour de nombreuses plateformes permet aux étudiants d'avoir le logiciel chez eux de manière légale, gratuite et durable.
  • Grâce à la sauvegarde automatique, les étudiants n'ont pratiquement plus de pertes de données contrairement à ceux sous maple.
Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré
Plates-formes

linux, macosx, windows, FreeBSD

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Eléments de pérennité

L'auteur est Bernard Parisse (Institut Fourrier), un mathématicien professionnel.
Depuis 3 ans j'ai régulièrement testé l'évolution de giac/xcas. La réactivité au bugs est excellente.

Références d'utilisateurs institutionnels

Préparations à l'agrégation externe des Universités Paris 6, Paris 7, Grenoble.
Préparation à l'agrégation interne de l'Université de Valencienne, Grenoble.
Utilisé depuis février 2010 en Grèce à l'University of Thessaly, Department of Computer and Communications Engineering.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 27/03/14
  • Correction mineure : 27/03/14
Mots-clés
Pour aller plus loin

AMC : création, gestion et correction de QCM

Description
Fonctionnalités générales

AMC (Auto Multiple Choice) permet de concevoir des questionnaires QCM à imprimer. Il permet de les corriger de manière automatique à partir des scans des copies des étudiants. Les scans sont aussi annotés (erreurs et notation) pour chaque étudiant, ce qui donne la possibilité de distribuer une correction individuelle en PDF à chaque étudiant.

Afin de rendre la triche plus difficile, l'ordre des questions, ainsi que l'ordre des réponses pour chaque question, peuvent être différents d'une copie à l'autre.

Un questionnaire peut être rédigé dans un format AMC-TXT facilement compréhensible, ou, pour plus de flexibilité, en LaTeX avec un style fourni (quelques exemples sont donnés dans la documentation). L'interface graphique permet ensuite de préparer les copies puis de les corriger après l'examen.

Autres fonctionnalités

L'utilisation de packages LaTeX comme fp, de LuaLaTeX ou pythonTex par exemple, permet de produire des questions dont les données numériques diffèrent d'une copie à l'autre.

Le barème utilisé pour la correction des copies est inclus dans le code LaTeX des questions. Il peut être mis à jour a posteriori pour adapter le barème au moment de la correction.

Les questionnaires peuvent comporter un nombre quelconque de pages, elles seront numérisées dans un ordre quelconque et le logiciel associera automatiquement les pages qui composent une copie.

L'association des copies aux étudiants peut être faite manuellement ou automatiquement : dans ce cas, chaque étudiant code lui-même son numéro unique (par exemple le numéro d'étudiant).

Pour faciliter le travail de numérisation des copies et/ou rendre plus difficile la copie entre voisins, il est possible de regrouper toutes les réponses (dans l'ordre de la copie) sur une feuille séparée par copie.

Interopérabilité

En entrée : AMC-TXT (format texte simple un peu codifié) ou LaTeX.

En sortie : notes dans un fichier csv ou ods lisible directement par OpenOffice, scans corrigés au format jpg ou pdf.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

J'utilise ce logiciel régulièrement depuis 2009, pour une classe de 90 étudiants et quatre ou cinq QCM très rapides durant le semestre.
Il est également utilisé de manière occasionnelle (une fois par semestre) par d'autres collègues sur d'autres formations.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

L'installation sur MacOSX via MacPorts est souvent délicate, mais bien documentée sur le wiki du projet, par un utilisateur francophone sur ce système d'exploitation.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

AMC fait partie de la distribution debian officielle, et est disponible dans Ubuntu depuis la version Natty Narwhal (11.4). Pour les versions précédentes d'Ubuntu ou pour installer une version plus à jour d'AMC, un dépôt personnel est disponible pour trouver le logiciel prêt à l'utilisation.
AMC fait également partie des distributions Mageia et Archlinux.
Un paquet RPM est disponible sur OpenSUSE Build Service pour les distributions OpenSUSE, Mandriva, Fedora.
Bien que plus laborieuse, l'installation sur Mac OS X est prévue à travers MacPorts.
On peut enfin utiliser une clé USB ad-hoc (voir wiki), ou une extension de la clé USB de l'agrégation de mathématiques pour utiliser AMC sans installation sur le disque dur.

Plates-formes

Linux, Mac OS X

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Sphinx Plus (licence commerciale, voir http://www.lesphinx-developpement.fr) offre plus de fonctionnalités (enquêtes sur des supports multiples : papier, web, téléphone, scanner, PDA) mais peut aussi être plus limité par la taille des réponses proposées et l'impossibilité d'incorporer des formules mathématiques complexes.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Une personne : Alexis Bienvenüe (ISFA)

Références d'utilisateurs institutionnels

Ce logiciel est utilisé depuis septembre 2009 pour l'évaluation de deux UE de licence de l'université Lyon 1 ("Mathématiques pour les Sciences de la Vie": plus de 300 étudiants par semestre, et "Biologie et Modélisation": environ 30 étudiants par semestre).

La plate-forme nationale de certification et de positionnement pour le C2i niveau 1 est interfacée avec AMC, ce qui permet d'utiliser AMC pour des QCM de certification C2i sur papier.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Le site http://project.auto-multiple-choice.net/ propose un gestionnaire de bogues, des forums et un wiki pour les utilisateurs d'AMC. Sous debian ou Ubuntu, vous pouvez également utiliser le gestionnaire de bogues lié à la distribution.

Documentation utilisateur

http://home.gna.org/auto-qcm/download : notes d'installation.
http://home.gna.org/auto-qcm/doc : documentation HTML ou PDF en français et en anglais.
http://project.auto-multiple-choice.net/projects/a... : wiki du projet.

Divers (astuces, actualités, sécurité)

Sur Ubuntu, ne pas hésiter à utiliser le dépôt PPA pour suivre plus rapidement l'évolution d'AMC.

Contributions

Le développement d'AMC est ouvert à toutes contributions !

Présentations et vidéos de la journée PLUME - Groupe Calcul ‘Les alternatives libres aux outils propriétaires de maths’ 02/2010

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 17/02/10
  • Correction mineure : 02/11/10
Mots-clés

Présentations et vidéos de la journée PLUME - Groupe Calcul ‘Les alternatives libres aux outils propriétaires de maths’ 02/2010

  • Type de ressource : événement, transparents, vidéo
  • Date de publication du document ou de l'événement : Fév 2010
  • Auteur(s) ou responsable(s) : PLUME et le Groupe Calcul
  • Accès restreint : Communauté Ens Sup Recherche et partenaires PLUME/Groupe Calcul
  • Contact pour plus d'informations : Contact PLUME

PLUME et le groupe calcul ont organisé une journée PLUME sur le thème ‘Les alternatives libres aux outils propriétaires de maths’ destinée aux utilisateurs de logiciels de mathématiques et de calcul des laboratoires de recherche et des universités, le 4 février 2010 à Paris, amphithéâtre du siège du CNRS.

Cette journée a été soutenue par le groupe calcul, l'UREC et le Centre de Calcul de l'IN2P3.

Pourquoi cette journée ?

Les logiciels propriétaires en mathématiques tiennent une place importante comme outils de recherche ou d'enseignement. Outre les aspects financiers, cette réalité va quelque peu à l'encontre de la rigueur scientifique qui exige une maîtrise complète des logiciels utilisés.
Le but de cette journée était de donner un aperçu non exhaustif de codes de calcul libres et open source qui sont des alternatives tout à fait crédibles aux outils propriétaires, et de montrer que la migration vers ces solutions est réalisable.

Comité de programme et d’organisation journée PLUME

Violaine Louvet (Institut Camille Jordan) responsable du programme, Christian Helft (LAL), Geneviève Romier (UREC) responsables de l’organisation, avec Loïc Gouarin (LAGA), Konrad Hinsen (CBM), Lucie Fréret (LIP), Sylvain Faure (Laboratoire de Mathématique d'Orsay), Thierry Dumont (Institut Camille Jordan).

 

Retransmission - enregistrement

Les présentations ont été retransmises en direct sur Internet par le service Webcast du Centre de Calcul de l’IN2P3. Elles ont également été enregistrées et sont disponibles ci-dessous au format realplayer présentation par présentation. Elles sont également disponibles pour les 4 parties de la journée, réencodées au format MP4 par le service Webcast (utilisation de VLC conseillée, mais QuickTime peut convenir).

Programme, supports des présentations et vidéos

9h15 - 9h30 : Présentation de la journée, de Plume et du Groupe Calcul, Jean-Luc Archimbaud, V. Louvet, Projet Plume et Groupe Calcul

Support de la présentation : Introduction / Calcul
Vidéo - Intoduction-Calcul Vidéo : Introduction / Calcul

Support de la présentation : Plume
Vidéo - Plume Vidéo : Plume

9h30 - 10h30 : Logiciels libres pour les mathématiques ? Retour d'expérience, Nicolas M. Thiery, Laboratoire de Mathématique, Université Paris Sud

Fiche Plume Fiche Plume sage-combinat

Support de la présentation
Vidéo -  Logiciels libres pour les mathématiques Vidéo : Logiciels libres pour les mathématiques

L'intérêt philosophique du libre pour l'enseignement et la recherche est bien connu. Il s'inscrit dans la tradition de transparence de la
démarche scientifique, garante de la reproductibilité des résultats expérimentaux, de l'accumulation du savoir et de sa diffusion à tous,
dans le monde entier, sans discrimination financière ou géopolitique.

Mais le libre est-il viable en pratique? Pendant longtemps, et en dehors de belles réussites en calcul numérique comme Scilab ou Octave,
les logiciels mathématiques libres se sont cantonnés par domaines (par ex. calcul symbolique: Maxima, géométrie algébrique: Cocoa, Singular, Macaulay, groupes: GAP, statistiques: R, arithmétique: Pari). Les systèmes à vocation généraliste, eux, étaient principalement
commerciaux ou semi-commerciaux (par ex. Maple, Mathematica, MuPAD). Un phénomène plus récent est l'émergence d'alternatives libres ou nouvellement libres telles que Axiom ou Sage/Python scientifique.

En nous basant sur notre expérience avec le projet libre *-Combinat et sa récente incarnation Sage-Combinat, nous tenterons de décrire ce que peut, ou pas, apporter concrètement un modèle de développement coopératif libre, à des chercheurs et enseignants en mathématiques, qu'ils soient utilisateurs ou contributeurs.

10h30 - 11h15 : Scilab, Claude Gomez, Consortium Scilab

Fiche Plume Fiche Plume Scilab

Support de la présentation
Vidéo - Scilab Vidéo : Scilab

Vidéo de la première partie de la journée en http, format MP4

Vidéo de la première partie de la journée en rtsp, format PM4

11h15-11h30 : Pause

11h30 - 12h10 : Présentation du logiciel libre freefem++, Olivier Pironneau, Laboratoire Jacques Louis Lions, Université Paris 6

Fiche Plume Fiche Plume FreeFem++

Support de la présentation
Vidéo - Présentation du logiciel libre freefem++ Vidéo : Présentation du logiciel libre freefem++

12h10 - 12h40 : NumPy et al.: le calcul scientifique en Python, Konrad Hinsen, Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS

Fiche Plume Fiche Plume Numpy
Fiche Plume Fiche Plume matplotlib
Fiche Plume Fiche Plume scientificpython

Support de la présentation
Vidéo - NumPy et al Vidéo : NumPy et al

Le langage Python est devenu très populaire dans le monde du calcul scientifique. Ce succès est dû à la disponibilité d'un
grand nombre de modules pour des applications scientifiques très diverses. Cet exposé présentera principalement le module
NumPy, qui permet de travailler avec des tableaux et d'interfacer avec les bibliothèques scientifiques écrites en C, C++, et Fortran.
Trois autres modules généralistes, matplotlib, SciPy et ScientificPython, ainsi que quelques modules plus spécialisés, seront également présentés.

Vidéo de la seconde partie de la journée en http, format MP4

Vidéo de la seconde partie de la journée en rtsp, format PM4

12h40 - 13h45 : Repas

13h45 - 14h30 : Exemple de migration réussie de MATLAB vers Python : Logiciels d'acquisition, de visualisation et de traitement de données - Calculs interactifs avec Spyder, Pierre Raybaut, CEA

Fiche Plume Fiche Plume Spyder
Fiche Plume Fiche Plume Python
Support de la présentation
Vidéo - Exemple de migration réussie de MATLAB vers Python Vidéo : Exemple de migration réussie de MATLAB vers Python

Au sein du centre de recherche du CEA/DAM Île-de-France, de nombreux laboratoires ont adoptés le langage Python pour le calcul scientifique. Si certains l'ont choisi pour l'interfaçage de codes de calcul, la majorité l'utilise pour du calcul interactif ou pour le développement de logiciels de traitement du signal ou de l'image, bien souvent en remplacement de logiciels commerciaux tels que MATLAB ou IDL. Nous montrerons ici un exemple de migration réussie de MATLAB vers Python qui résulte d'un travail entrepris courant 2009 dans un de ces laboratoires.
Tout d'abord, nous verrons que Python nous a permis de réaliser des bibliothèques efficaces pour la gestion de jeux de paramètres (saisie via des interfaces graphiques générées automatiquement) et la visualisation de signaux et d'images dans nos logiciels de traitement. Ensuite, nous présenterons un exemple de logiciel d'acquisition, de visualisation et de traitement de données avant et après sa migration de MATLAB vers Python : cela soulignera de manière spectaculaire les avantages de ce dernier. Enfin, nous verrons qu'il est possible de retrouver un environnement de développement interactif aussi efficace que celui de MATLAB grâce à Spyder.

14h30 - 15h30 : Sage : une alternative libre à Magma, Maple, Mathematica et Matlab, Paul Zimmermann, LORIA, INRIA

Fiche Plume Fiche Plume Sage

Support de la présentation
Vidéo - Sage Vidéo : Sage

Sage est un logiciel de calcul symbolique distribué sous licence GPL depuis sagemath.org. Initié par William Stein (Université de Washington à Seattle), la particularité de Sage est de ne pas chercher à "réinventer la roue", mais plutôt d'utiliser les meilleurs logiciels (libres) existants.
Ainsi Sage comprend plus de 80 logiciels ou bibliothèques, dont par exemple Atlas et LinBox pour l'algèbre linéaire, Maxima pour le calcul symbolique, ou encore Pari/GP pour les calculs en théorie des nombres. Cette philosophie d'utiliser au maximum ce qui existe s'étend au langage utilisateur de Sage (le langage Python) et à l'interface graphique (utilisant un simple navigateur Web). Après un bref historique de Sage, l'exposé montrera comment utiliser Sage pour résoudre de petits problèmes. On verra aussi comment communiquer
avec d'autres logiciels de calcul symbolique, qu'ils soient libres ou non, et comment contribuer à Sage.

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15h30 - 15h45 : Pause

 

15h45 - 16h00 : Un serveur Sage pour l'enseignement en Licence, Thierry Dumont, Philippe Malbos, Institut Camille Jordan, Université Lyon 1

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Vidéo - Sage en enseignement Vidéo : Sage en enseignement

Dans un enseignement dédié à un grand nombre d'étudiants, peut on se passer des logiciels de Calcul formel (et de mathématiques effectives) commerciaux?

En 2009, les deux auteurs ont obtenu un financement de la région Rhône-Alpes pour développer un serveur Sage pour l'enseignement en
L[1-3]. A notre connaissance, c'est la première fois qu'une expérience de cette taille est tentée.

Techniquement, il a fallu ajouter à Sage l'identification des enseignants et des étudiants auprès de l'annuaire ldap de
l'Université: c'est chose facile dans un logiciel écrit en Python.

A l'heure ou ses lignes sont écrites (15 Novembre 2009), il est trop tôt pour tirer un bilan d'une expérience qui vient de commencer.

Au 4 février 2010, il sera sûrement possible de tirer un premier bilan, en répondant à quelques questions comme:

  • le serveur tient il la charge ?
  • y a t-il des problèmes de sécurité ?
  • quelle aura été la réception de cette initiative, tant chez les étudiants que chez les enseignants ?
  • peut on aller au delà ?

16h00 - 16h40 : Statistique avec R : atouts et faiblesses, Eric Matzner-Lober, centre de recherche en Statistique de Rennes II, Pierre-André Cornillon , SupAgro, INRA Montpellier

Fiche Plume Fiche Plume R

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Vidéo - R Vidéo : R

16h40 - 17h10 : Développement de paquets R et valorisation de la recherche en
statistique appliquée, Christophe Ambroise, Laboratoire “Statistique et Génome”, CNRS/INRA, Evry

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Vidéo - Développement de paquets R Vidéo : Développement de paquets R

R est un langage de script initialement écrit par Robert Gentleman Ross Ihaka du département de statistique de l’université d’Auckland
pour illustrer l’enseignement des statistiques. Depuis 1993, année de la mise à disposition de la première version compilée de R, la
communauté des utilisateurs et développeurs n'a cessé de s'organiser et de croître.

Dans le domaine de la statistique appliquée, R est devenu un incontournable moyen, de diffuser de nouvelles méthodes, de valoriser
la recherche. La présentation illustrera le processus de développement, partant de l'idée algorithmique, en allant jusqu'à la
diffusion d'un paquet.

Cette illustration s'appuiera sur la conception des paquet R mixnet et simone (http://cran.r-project.org/).

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Le logiciel libre dans un laboratoire de recherche en chimie

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 16/02/10
  • Correction mineure : 01/12/11
Mots-clés

Le logiciel libre dans un laboratoire de recherche en chimie

Cette fiche se veut non exhaustive et traite des possibilités d'utilisation et du retour d'expérience de l'utilisation de logiciels libres dans un laboratoire.

Son unique but est de donner quelques pistes pour le déploiement de ressources informatiques dans le monde de la recherche en chimie.

On peut distinguer 3 principaux domaines :

  • les applications purement scientifiques ;
  • les applications liés à la « gestion administrative scientifique » : référencement, édition de documents scientifiques, etc ;
  • la gestion et l'administration d'un réseau dans un laboratoire de recherche.

1. Les applications scientifiques

Elles sont liées au domaine de recherche et aux équipements utilisés. Pour un équipement "commercial" et dans le cadre d'une acquisition de données, l'application principale est généralement un logiciel dit « constructeur ». Cela peut également être un développement local mais il s'agit plus rarement d'un logiciel dit « libre » et le système d'exploitation est le plus souvent basé sur Windows. Par contre, pour la partie traitement, il existe toute une panoplie de logiciels libres à disposition des utilisateurs et qui sont spécifiques pour chaque discipline ou chaque traitement. Entre autres, on trouvera des "outils" Open Source dans le cadre de la modélisation moléculaire, de la simulation, de l'analyse, etc… (développements pour tous les systèmes d'exploitation). Il est difficile de tous les lister, tant les spécialités sont nombreuses.

Quelques sites web qui répertorient les logiciels libres en chimie (il y en a beaucoup d'autres....) :

Une piste de recherche : dans un navigateur, taper « logiciel libre » + domaine (par exemple « spectroscopie ») ou type de traitement .....

2. Les applications de gestion administrative scientifique

Mots clés : bureautique, communication internet, bibliographie, graphisme

Les "puristes" choisiront bien entendu des suites LaTEX et autres TEX pour éditer leurs documents scientifiques.

Les outils classiques de bureautique et d'accès à internet sont également très utilisés (Firefox, Thunderbird, OpenOffice, Gimp, PDFCreator, etc).

L'aspect "gestion bibliographique" a été très bien traité lors d'une journée "Plume" :

http://www.projet-plume.org/fr/ressource/journee-plume-biblio-2009

Concernant la partie graphique, il existe une multitude d'outils de dessin de molécules dans tous leurs états.

Remarque : Pour ce qui est de notre propre expérience, le couple "Windows/Office" est préféré au package "Linux/OpenOffice" du fait des habitudes des chercheurs et d'importants échanges de documents avec l'extérieur, notamment le monde industriel (problèmes de compatibilité). Par contre, on trouvera du "Libre" dans tous les autres domaines.

3. Logiciels Open Source utilisés dans le cadre de la gestion et de l'administration réseau (cette rubrique n'est pas propre à un laboratoire de recherche en chimie)

L'utilisation des logiciels Open Source offre des services très intéressants dans la gestion et l'administration d'un réseau de laboratoire, notamment dans le cas d'une petite entité (une cinquantaine de personnes). Ces services ne sont pas spécifiques au domaine "chimie" et sont utilisés par beaucoup d'Administrateurs Systèmes et Réseaux.

Entre autres, on peut citer :

  • OCS Inventory NG : solution puissante d’inventaire du parc informatique via notamment la récuperation automatique de la configuration matérielle et logicielle des ordinateurs
  • GLPI : helpdesk, système de suivi des demandes, couplé avec OCS Inventory NG il facilite la gestion de parc
  • Syslog NG : gestion de traces (variante php-syslog-ng : interface web basée sur un script php qui permet de lire les logs générés par un serveur local ou une machine distante)
  • CUPS : serveurs d'impression
  • Apache : serveur http
  • Php : langage informatique orienté programmation Web
  • MySql : serveur de bases de données relationnelles

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Remarque 1 : Dans le cadre de la gestion et de l'administration d'une Unité de Recherche, il y a lieu de déployer les applications spécifiques à cet effet (par exemple catalogue de la DSI pour les unités CNRS).

Remarque 2 : Un aspect particulier, le développement d'applications dans un laboratoire de recherche(cf. http://www.projet-plume.org/relier - http://www.projet-plume.org/fr/breve/plume-juin-juillet-2009)

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Avez-vous un complément d'informations ou des références intéressantes à
nous signaler?

Merci de les indiquer dans un commentaire au bas de cette page ou d'écrire à plume [at] services [dot] cnrs [dot] fr (plume).

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