Logiciels développés par l'Enseignement Supérieur et la Recherche en biologie
Cette liste présente les logiciels développés dans un laboratoire ou une université et indexés avec le mot-clé 'biologie'.
Logiciel | Description | Fonctionnalités | Origine (laboratoire/service) |
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ScientiFig |
création ou (re)formatage de figures pour les communications scientifiques |
traitement d'images | GReD |
T-lex |
annotation d'éléments transposables à partir de données de séquençage (NGS) |
traitement de données, workflow | Labo à l'étranger |
massXpert |
simulation de données de biochimie et de spectrométrie de masse |
modélisation, traitement de données | Régulations et dynamique des génomes |
SVDetect |
detection de variants structuraux à partir de lectures haut-débit appariées |
statistiques, traitement de données | INSERM-U900 |
myProMS |
validation, quantification et partage des données de spectrométrie de masse protéomique |
accès distant, authentification, base de données, diffusion information | INSERM-U900 |
X!TandemPipeline |
filtrage, édition, regroupement de résultats d'identifications MS |
traitement de données | Génétique Végétale |
CarthaGène |
logiciel de cartographie génétique |
traitement de données | Génétique Cellulaire, UBIA |
PFIM |
evaluation et optimisation de protocoles de population |
traitement de données | INSERM-U738, LJK |
EuGène |
prédicteur de gènes pour les organismes eucaryotes et procaryotes |
traitement de données | LIPM, UBIA |
MoPro |
analyse de la structure et densité électronique moléculaire (cristallographie) |
traitement de données, visualisation | CRM2 |
masschroq |
analyse et quantification de données issues de la spectrométrie de masse |
tableur, traitement de données | PAPPSO |
serial cloner |
manipuler & visualiser des séquences d'ADN, préparer des projets de clonage |
traitement de données | CDC |
Geant4 |
boîte à outils pour la simulation du passage des particules à travers la matière |
visualisation | CC-IN2P3, CENBG, CERN, IPHC, IPNO, LAL, LAPP, LLR, LPC Clermont, LPNHE, SOLEIL Synchrotron |
ActivPlanning |
système de réservation pour équipements mutualisés |
travail collaboratif, travail coopératif | LBP |
PlayMOBY |
environnement de déploiement et de surveillance de web-services BioMOBY |
environnement logiciel, service web, surveillance, workflow | LIPM |
BioRica |
décrire et simuler les systèmes multi-modèles en biologie |
modélisation | INRIA Bordeaux, LABRI |
FATAL |
génération automatique de portail Web pour l'annotation fonctionnelle |
base de données, service web, visualisation | LIPM |
ANISEED |
modélisateur du développement de l'ascidie |
base de données, bibliographie, visualisation | IBDML |
pDynamo |
modélisation moléculaire et simulation des protéines |
modélisation | IBS |
PyroCleaner |
nettoyer des lectures issues de pyroséquencage |
traitement de données | Genotoul |
TASE |
outil en ligne permettant la recherche de régions candidates par analyse de données SNP |
service web, tests, visualisation | INSERM-U583, LIRMM |
Stockoptions |
gestionnaire de containers virtuels pour le laboratoire |
gestion de contenu, travail coopératif | TIMC-IMAG |
Populations |
calculs de distances génétiques entre populations ou individus |
statistiques | Génétique Végétale |
QTLMap |
détection de QTL dans les populations animales expérimentales |
statistiques, traitement de données | Génétique Animale |
Gabedit |
interface graphique pour différentes applications de chimie computationnelle |
modélisation, visualisation | LASIM |
beads |
détection et quantification de spots sur des images de gels d'électrophorèse 2D |
Génétique Végétale | |
Free-D |
reconstruction, visualisation et analyse de modèles 3D générés à partir d'images 2D ou 3D (biologie) |
modélisation, traitement d'images | Autre |
EDNA |
environnement pour réaliser des programmes d'analyses de données en ligne |
calcul distribué, traitement de données | EMBL, ESRF, SOLEIL Synchrotron |
HECTAR |
localisation subcellulaire, heterokont, machine à vecteur support, metaclassifier, motif, annotation |
LORIA, Végétaux Marins et Biomolécules | |
VLE |
Virtual Laboratory Environment - plate-forme de multi-modélisation et de simulation |
environnement logiciel, modélisation | LIL, UBIA |
EZ-Rhizo |
analyse de l'architecture racinaire de plantes en boite de Pétri |
traitement d'images | ESIEE |
BioMAJ |
mise à jour et transformation automatique de banques biologiques |
traitement de données, transfert de fichiers | GenOuest, INRIA Rennes, IRISA, MIG, UBIA |
FactoMineR |
package du logiciel R dédié à l'analyse de données |
statistiques | Labo Maths Applis Rennes |
REPET |
annotation des éléments transposables (génomique) |
traitement de données | URGI |
GraMoFoNe |
un plugin pour Cytoscape |
LIGM | |
Mobyle |
framework pour intégrer les logiciels bioinformatiques |
GenOuest, Institut Pasteur, IRISA, LIPM, RPBS | |
Bio++ |
ensemble de bibliothèques C++ dédiées à la bioinformatique |
biblio. informatique, traitement de données | GenHort, ISEM, LBBE, LIRMM |
S-MART |
analyse de données de séquençage haut-débit |
traitement de données | URGI |
Narcisse |
navigateur de génomes comparés |
visualisation | Génétique Cellulaire, LIPM |
NemoFish |
analyse d'image pour les gènes et territoires chromosomiques en FISH 3D |
traitement d'images, visualisation | Génétique Cellulaire, Univ Paris 6 (UPMC) |
GAGG |
algorithme (codé en R) qui permet le clustering de gènes |
modélisation, statistiques, traitement de données | IGF |
ESPript |
visualisation d'alignements multiples corrélés à la structure secondaire |
visualisation | IBCP, IPBS |
BOMBEC |
simulation du couplage fluide-structure en coordonnées eulériennes |
modélisation | LJK, SPECTRO |
FLEXIBLE |
déformation et changement de conformation biomolécules par excitations externes (Modes Statiques) |
modélisation | LAAS |
Rheolef |
résolution des équations aux dérivées partielles par la méthode des éléments finis |
LJK | |
Monolix |
analyse de modèle non-linéaire à effets mixtes |
modélisation, statistiques | INRIA Saclay, Labo Maths Orsay, NeuroSpin |
SODA |
dessin des oligonucléotides pour la méthode de clonage SLIC |
traitement de données | CGM |
pyQPCR |
traiter les données de PCR quantitative pour obtenir les quantifications relatives ou absolues |
traitement de données | LBME |
Chemotaxis |
approximation de modèles EDP (parabolique, hyperbolique et cinétique) |
modélisation | ICJ |
OpenFLUID |
Plate-forme de modélisation du fonctionnement intégré du paysage |
environnement logiciel, modélisation | LISAH |
VLVDP |
manipulation de très gros volumes 3D (et 3D+temps) |
traitement d'images | LAGA |
Paraloop |
distribution de travaux en parallèle |
calcul distribué, workflow | LIPM |
Ed'Nimbus |
filtre de séquences ADN |
traitement de données | LIGM |
Minbrkpts |
tests des performances d'une heuristique permettant la linéarisation d'ordres partiels |
LIGM | |
Zebre |
résolution de systèmes de Réaction-Diffusion |
calcul distribué | ICJ |