BibTeX semble être intégré dans toutes les version LaTeX depuis de nombreuses années. Il semble être figé dans une très vieille mouture (0.99c), sans déficience connue. Dans les système Unix et BSD (dont Linux et MacOS-X), son arborescence est généralement sous: /usr/share/texmf/bibtex/ qui doit contenir les fichiers de style bibliographique ainsi que l'outil de génération de nouveaux fichiers de style (makebst). Il a été noté que certaines versions de BibTeX, souvent liées a des éditeurs de solutions sous plateformes MS-Windows et Apple-Mac incluent des possibilités de configuration non disponible dans la version de référence.

Les fichiers de style bibliographique ont un suffixe en .bst. Les plus fréquents, généralement présent dans les installations LaTeX actuelles, sont : acm.bst, apalike.bst, ieeetr.bst, alpha.bst ...

Par contre, il est fréquent que les styles des journaux "métier" (Nature, Science, A&A, Spie, ...) ne soient pas mis dans les arborescences communes. Les administrateurs système et réseau ne savent pas nécessairement que cela existe, ni les besoins concrets des utilisateurs. Le résultat est souvent que des co-auteurs d'un article, travaillant sur le même ordinateur d'équipe, ont des fichiers de style d'un journal dans des versions différentes ...

À notre connaissance, BibTeX est présent dans toutes les versions LaTeX récentes (moins de 20 ans d'âge). Et LaTeX est disponible sur presque toutes les plateformes !

Il existe des dizaines d'outils plus ou moins intéressants, récents, maintenus, pertinents, couvrant des manques de BibTeX, comme de disposer d'un mode de test simple des champs des fiches (il est fréquent d'oublier une accolade ou une virgule, et ça peut faire mal, comme toujours dans l'univers LaTeX !)

• JabRef - http://www.framasoft.net/article3111.html , interface graphique en Java permettant de gérer des bases bibliographique au format BibTeX, pour ceux qui aiment les clickodromes. JabRef présente l'avantage de proposer plusieurs filtres vers d'autres formats, tant en entrée qu'en sortie. Attention aux limites déjà mentionnées.
• Bibtool - http://www.gerd-neugebauer.de/software/TeX/BibTool... , outil de tri et d'extraction en mode commande. Autant son apprentissage initial peut être délicat, d'autant qu'une typo très gênante a traîné pendant des années dans son fichier PDF d'aide et que sa documentation en ligne est trop succincte en exemples élémentaires, autant son usage pour gérer de grosses bases (plusieurs milliers d'entrées, plusieurs fichiers) en mode script est très efficace (extraction par clef, année, auteur, type ...)
• (X)Emacs - http://www.gnu.org/software/emacs/, qui vient désormais le plus souvent avec des modes pré-intégrés pour LaTeX et BibTeX (syntax enligthning), propose un mode BibTeX avec de nombreuses options, les plus utilisés étant probablement la vérification syntaxique des fiches et le template pour les différentes fiches possibles (@author ...). Ces templates indiquent les champs obligatoires et optionnels.
• BibDesk - http://bibdesk.sourceforge.net/ est un gestionnaire graphique de bases bibliographiques écrit spécifiquement pour MacOS.
• PyBliographer - http://www.pybliographer.org/ est un gestionnaire graphique de bases bibliographiques écrit en Python qui propose également un accès facile aux bases bibliographiques aux programmeurs Python.
• CMFBibliographyAT - http://plone.org/products/cmfbibliographyat et ATBiblioList - http://plone.org/products/atbibliolist permettent d’intégrer des bases bibliographiques en format BibTeX dans un serveur Plone, ce qui est une bonne façon de gérer et en même temps publier la liste de publications d’une équipe ou d’un laboratoire.

Il existe des logiciels payants et non libres dans le monde Microsoft qui ont des usages proches et qui utilisent d'autres formats bibliographiques comparables (EndNote, CiteMed, DublinCore XML, ...).

En astronomie et les domaines connexes, toutes les revues de rang A proposent un style LaTeX et un style bibliographique (*.bst) associé. Je ne connais pas de collègues qui utilisent autre chose que BibTeX pour leurs bases bibliographiques en vue de publication.

BibTeX semble être figé vers 1988, en version 0.99c, mais son code source est disponible, et il est très simple.

Venant avec BibTeX, il existe un outil (makebst) qui permet de créer un nouveau fichier de style bibliographique (*.bst) en précisant, une à une, les règles voulues (nombre d'auteurs cités avant le et al., quel champ en gras, titre ou pas, tri alphabétique ou autre, ...). Des règles de typographie associées aux langues (de, fr, ...) sont incluses. Il faut bien voir que cette véritable usine à gaz ne doit pas être utilisée pour espérer contourner les choix stylistiques ou les supposées déficiences et limitations du style du journal dans lequel vous espérer publier ! Mais ceci peut être utilisé pour créer son style bibliographique pour sa thèse.

BibTeX est très largement utilisé, sans déficience connue (au sens de bug, je ne parle pas ici d'erreur de conception). C'est le format proposé par plusieurs bases bibliographiques en ligne, ouvertes ou fermées, dont ADS - http://cdsads.u-strasbg.fr/abstract_service.html
La vitalité dans les extensions (packages permettant de citer l'année au lieu de l'auteur et autres subtilités) et les outils périphériques doivent rassurer par rapport au côté figé de l'outil initial. Malheureusement, la plupart des grands journaux de rang A sont frileux sur les évolutions des outils périphériques.

Une version UTF-8 serait disponible ... Actuellement, il est nécessaire de coder les accents et autres diacritiques par les commandes classiques LaTeX () et de protéger avec des " et {}.

On pourra voir avec intérêt les Institutionnels référencés ici : http://en.wikipedia.org/wiki/BibTeX#Uses

La situation est très contrastée. Alors que dans certains domaines tels l'Astronomie les journaux scientifiques ne fournissent des styles (templates pour générer le camera ready ou le PDF) qu'en LaTeX, et les styles BibTeX associés, d’autres domaines, tel la Biologie, à l’inverse, fournissent plutôt des templates en MS-Word même si les exceptions sont nombreuses - http://www.ccrnp.ncifcrf.gov/~toms/latex.html#tex-....
En Mathématique et en Physique, la situation est plus ouverte, de très nombreux journaux proposant des styles LaTeX/BibTeX.

Il n'est malheureusement pas rare que des fichiers d'alias (telles les abréviations des noms des journaux pour un style donne ou pour une règle d'écriture donnée d'un *bib) ne soient pas directement associés aux bib, au bst, ou aux sorties d'outils tels ADS. (exemple: \ao pour Applied Optics)

Il existe de très nombreuses ressources en ligne, de qualité et pertinence variées. Un moteur de recherche invoqué avec habilité doit permettre de répondre aux problèmes classiques.

Le cœur du logiciel est fiable. Les outils connexes sont de qualités inégales. Il ne faut pas oublier qu'on parle d'un logiciel qui existe depuis plus de 5 lustres et est figé depuis 4 lustres ! Certains codes associes sortent directement de version donnée d'Unix (il y a un cas célèbre d'un outil lié a BibTeX, codé en C, ou il faut aller changer a la main une ligne dans le code source, posé sur un des premiers serveurs WEB ...) sans prévoir qu'ils seraient toujours utilisés aujourd'hui, en UTF8, avec un environnement pas nécessairement anglais (accents, option de tri, shells en obsolescence ...).

On se reportera aussi avec profit à l'annexe consacrée à BibTeX dans le livre de Leslie Lamport.

• le document de référence http://www.lsv.ens-cachan.fr/~markey/BibTeX/doc/bt... rédigé par Oren Patashnik à l'origine de cet outil.
• Deux hubs vers de la documentation en ligne: (fr) http://fr.wikipedia.org/wiki/BibTeX et (en) http://en.wikipedia.org/wiki/BibTeX
• La page de N. Markey http://www.lsv.ens-cachan.fr/~markey/bibla.php contient une excellente section sur BibTeX. Il a écrit une présentation de BibTeX, la version en Français étant non maintenue on se référera plutôt à la version en Anglais http://www.lsv.ens-cachan.fr/~markey/BibTeX/doc/tt... http://www.lsv.ens-cachan.fr/~markey/BibTeX/doc/tt...
• Une journée Plume a été consacrée aux outils bibliographiques, dont BibTeX http://www.projet-plume.org/fr/ressource/journee-p...
• Dans le champ de l'astronomie, on pourra jeter un œil sur la section dédiée http://aramis.obspm.fr/~coulais/BibTeX/bibtex.html avec un tutoriel et des exemples.

Dans de nombreux domaines scientifiques, des bases bibliographiques en ligne permettent de rechercher des articles à partir de mot-clefs. Dans certains cas, les fiches bibliographiques peuvent être exportées dans divers formats, dont BibTeX. Ceci permet un peuplement rapide d'une base locale et un ré-usage personnel rapide, sous réserve de bien s'assurer que le format généré est standard et que les fichiers connexes (par exemple contenant les alias des journaux) sont bien présents ... Dans certains cas, il existe même des scripts de requête sur des bases distantes pour extraire automatiquement les fiches bibliographiques à partir de mots clef (nom des auteurs, filtre sur les années, journaux, ...). À part le problème des homonymes, ceci peut aider à générer des bibliographies de laboratoires, à faire des statistiques, des taux de citation ...

Certaines équipes de laboratoire mutualisent des fichiers BibTeX. Des notices bibliographiques peuvent être ajoutées a chaque entrée, directement dans les fichiers *.bib.

Le format BibTeX est naturellement extensible, en ajoutant des champs non définis dans les types d'entrées classiques (articles, book, ...). Les champs non reconnus dans les entrées sont simplement ignorés a la compilation LaTeX. Des ajouts fréquemment rencontrés sont les liens (URL), le DOI, des notes. Malheureusement, la difficulté vient du fait qu'il faut gérer ces ajouts, en ajoutant pour chaque type de fiche, et pour tout style utilisé, des règles de transformation ... Ce n'est pas si difficile, mais les personnes compétentes sont plutôt rares, et la pérennité en souffre ...

À titre personnel, je pense que le meilleur service à rendre à BibTeX est d'aider avec abnégation les collègues qui utilisent LaTeX, par exemple en posant les fichiers de style là ou il faut et en le faisant savoir, en étant disponible pour répondre aux questions, en glissant tel ou tel conseil, avec espoir du côté des étudiants et des thésitifs, sans réel espoir de convaincre les chercheurs confirmés qui ne voient pas le gain de temps global et la démarche qualité mais surtout la petite perte de temps initiale, et qui se décourageront parce que le fichier d'alias n'est pas la, ou que telle formule chimique a été cassée en sortie d'ADS ... Bien maîtriser l'inclusion du fichier bbl dans le document source (*tex) aide à encourager les plus téméraires des collègues dans leurs premiers essais, le grief fréquent étant de ne pas savoir comment transmettre le tout aux co-auteurs distants ou à l'éditeur -qui ne veut bien sûr qu'un seul fichier !-.

Il ne faut pas avoir peur de répéter qu'un bon ensemble de fichiers BibTeX pourra être recyclé pour tout article, note, mémoire, et sera ré-employable après la thèse, ou pour le rapport du stagiaire ... Les entrées "en trop" seront simplement ignorées.