Gabedit

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 13/01/12
  • Correction mineure : 13/01/12
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Pour aller plus loin

Gabedit : interface graphique pour différentes applications de chimie computationnelle

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Description
Fonctionnalités générales

Gabedit est une interface graphique pour les logiciels de chimie quantique, qui en sont en général dépourvus. Ces programmes sont, par exemple, Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, PCGamess, ORCA et Q-Chem.

Gabedit peut permettre de visualiser une grande variété de résultats issus de calculs quantiques et apporte une aide précieuse quand à la manipulation des différents formats de fichiers utilisés en chimie quantique.

Son constructeur de molécules (Molecule Builder) permet de rapidement dessiner une molécule et de l'examiner en 3D. Gabedit permet aussi d'éffectuer une recherche de conformations en utilisant un potentiel de type mécanique moléculaire ou semi-empirique. Il fournit également la possibilité d'exporter l'ensemble de ces données dans une large gamme de formats.

Gabedit peut créer des fichiers d'entrée pour Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, PCGamess, ORCA et Q-Chem. Après création du fichier d'entrée, Gabedit peut lancer le calcul, en utilisant l'un des 9 logiciels cités ci-dessus, sur la machine locale (Windows, Linux, ou Unix) mais aussi sur une machine serveur (Cluster, centre de calcul, ...)

Gabedit peut également interpréter graphiquement un large panel de résultats issus de calcul quantique tels que : les orbitales moléculaires, les surfaces de densité électronique, de potentiel électrostatique, de la fonction de localisation électronique (ELF), et d'autres propriétés. Les surfaces peuvent faire l'objet de différents rendus (solide, transparent, grille).

Gabedit permet de visualiser (avec animation) les modes vibrationnels calculés par les 9 logiciels cités ci-dessus. Il peut aussi aider à visualiser des spectres calculés en IR, UV-Vis et Raman. Il permet de simuler le spectre RMN ainsi que la distribution isotopique d'une molécule donnée. L'ensemble de ces résultats pouvant, bien entendu, être exportés dans des formats types BMP, JPEG, PNG, PPM, PDF, EPS, PS, afin de faire des images de qualité.

Autres fonctionnalités

Gabedit comporte des outils qui permettent de construire des polypeptides, polynucléotides (ADN, ARN), polysaccarides et des nanotubes. Il peut également servir à dessiner rapidement en 3D des petites molécules (sketcher) et de faire une optimisation de géométrie pour avoir une structure propre rapidement. Cependant la qualité du visualiseur graphique fait qu'on lui préfère des logiciel plus performants pour cette fonction.

Interopérabilité

Gabedit supporte un grand nombre de formats d'entrée et de sortie. On retrouve les standards comme pdb, mol2, mol, xyz, hin, ainsi que les fichiers d'entrées et de sorties de Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, PCGamess, ORCA et Q-Chem. OpenBabel peut être utilisé via Gabedit pour lire d'autres formats.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Gabedit est utilisé par le Service modélisation moléculaire de notre Institut (ICCF, Institut de Chimie de Clermont-Ferrand), service qui comprend trois personnes. Son utilisation est surtout centrée sur la visualisation sous forme graphique des fichiers de sortie de Gaussian03 et Gaussian09 ou pour réaliser des fichiers d'entrés pour MPQC, Mopac, ORCA. Un travail classique de modélisation en somme.

Il est particulièrement apprécié pour sa capacité à isoler les formats de fichiers intéressants en fonction des extensions, ce qui est très utile en modélisation moléculaire où chaque calcul peut générer une masse de fichiers de sortie.

Ce logiciel est utilisé depuis 4 ans dans notre laboratoire, il est difficile de donner une fréquence d'utilisation, car nous utilisons d'autres programmes en parallèle, mais son utilisation est régulière, surtout pour les novices en modélisation (étudiants, post-doc), qui sont rebutés par la ligne de commande sous linux.

Gabedit a aussi été utilisé pour visualiser les modes de vibrations des molécules et les IRC et produire des séries d'images avant de les monter en video avec Fiche Plume mencoder.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Fedora, version 2.4.0-1 dans les dépots officiels

Red-Hat entreprise linux RHEL5, version 2.1.4 dans les dépots

Debian, version 2.2.12, la version 2.4.0 est disponible pour Debian "sid"

Ubuntu, version 2.3.7, pour Oneiric 11.10

Plates-formes

UNIX
Linux.i686
Linux.X86_64
Windows
Mac OS

Logiciels connexes

Games, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, ORCA, OpenMopac, PCGAMESS (FireFly), Q-CHEM, OPENBABEL2.2

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

jmol (visualiseur seulement)

Avogadro

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Un développeur : Abdul-Rahman Allouche, au Laboratoire de Spectrométrie Ionique et Moléculaire, à Lyon.

Références d'utilisateurs institutionnels

Ce logiciel est déjà très largement diffusé (plus de 1000 téléchargements par mois). Il est utilisé dans le monde académique, en recherche et en enseignement, mais aussi dans les entreprises privées (HP, Nissan, Fujitsu).

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)