Mobyle

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 16/04/12
  • Correction mineure : 16/04/12
  • Rédacteur de la fiche : Anthony Bretaudeau - Plateforme de bio-informatique GenOuest (INRIA, CNRS, Université de Rennes 1, Biogenouest)
  • Relecteur(s) : Hervé Ménager (Institut Pasteur - Groupe Logiciels et Banques de Données)
    Julien Maupetit (Plateforme RPBS - INSERM)
  • Contributions importantes : Julien Maupetit, Olivier Sallou
  • Responsable thématique : Emmanuel Courcelle (LIPM)
Mots-clés
Pour aller plus loin

Mobyle : framework pour intégrer les logiciels bioinformatiques

Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations : Mobyle
Description
Fonctionnalités générales

Mobyle est un framework permettant l'exécution de logiciels de bioinformatique par l'intermédiaire d'un portail web.

À partir de fichiers XML décrivant chacun des logiciels mis à disposition (BLAST ou Clustal par exemple), une interface web est générée automatiquement au sein du portail web.

Cette interface permet aux utilisateurs de lancer les analyses bioinformatiques sur leurs données, via une interface web, et sans avoir à installer les logiciels et données nécessaires sur leur poste de travail.

L'accent est mis sur la réutilisation des données entre les différents logiciels grâce au typage de ces données. Chaque donnée envoyée sur le portail ou produite par un logiciel (par exemple : séquence d'ADN) est disponible pour tous les logiciels du portail capables de traiter des données de ce type. Ceci permet d'enchaîner les traitements directement sur le portail.

Autres fonctionnalités
  • Validation des données utilisateurs selon les critères définis dans chaque fichier XML de description.
  • Stockage pérenne (durée configurable dans le système) des données et des jobs sur le portail pour les utilisateurs authentifiés.
  • Utilisation transparente des banques de données intégrées au portail (l'utilisateur peut rentrer directement un numéro d'accession pour remplir un paramètre du formulaire d'un programme).
  • Les logiciels sont exécutés soit directement sur le serveur ou bien (le plus souvent) en utilisant un gestionnaire de tâches de type SGE ou PBS pour une exécution sur un cluster de calcul.
  • Possibilité sur chaque portail d'accéder de façon transparente à des logiciels mis à disposition sur d'autres sites (projet IBiSA MobyleNet). Par exemple : sur le portail web de GenOuest, possibilité d'exécuter des logiciels mis à disposition sur le site de l'Institut Pasteur.
  • Déploiement de web services BioMOBY avec PlayMOBY.
  • Définition de workflows en XML supporté.
  • Ontologie sur les types d'entrée/sortie pour lier les outils avec conversion de type automatique lorsque supportés.
  • Statistiques Google Analytics (option).
  • Possibilité de définir des Viewers i.e. attacher un outil de visualisation à un type de sortie particulier (Jalview sur un alignement par exemple).
  • Export/Import de programmes entre différents portails Mobyle.
Interopérabilité

Le format des fichiers XML de description est spécifique à Mobyle et hérité de ses prédécesseurs : Pise et le P-server.
Brièvement, chaque fichier comprend une description générale du logiciel et une liste de paramètres du logiciel.
Le format est documenté et un schéma Relax NG est fourni.

Le framework est livré avec une collection de plus de 300 fichiers de description pour les logiciels les plus courants.

D'autre formats comme ACD existent pour ce type d'usage, mais il n'existe pas de convertisseurs entre ces formats.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

En ce qui concerne la plateforme GenOuest, son utilisation permet de mettre à disposition rapidement de nouvelles applications (en plus de celles déjà disponibles) dans un portail intégré. La mise en ligne d'un logiciel prend en général quelques dizaines de minutes.

Du point de vue des utilisateurs, le portail web a l'avantage d'être un environnement de travail permettant d'enchaîner les analyses de façon simple et assez conviviale. À condition bien sûr de traiter une quantité raisonnable de données (limitation commune à toutes les interfaces web).

Environnement du logiciel
Logiciels connexes

PlayMOBY (Licence CeCILL) permet de déployer automatiquement des services webs BioMoby à partir des fichiers XML de description de programmes.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Galaxy est une plateforme similaire, avec, entre autres, la possibilité de créer des workflows graphiquement. Contrairement à Mobyle, Galaxy ne permet pas d'exécuter des programmes sur plusieurs sites géographiques.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement
Eléments de pérennité

Projet IBiSA MobyleNet lancé en 2009.

Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Liste de diffusion : http://sympa.pasteur.fr/wws/subrequest/mobyle-users
Support à l'installation : mobyle-support[at]pasteur.fr

Documentation utilisateur

Administrateur de portails Mobyle :
Une documentation (écrite en anglais) est incluse dans l'archive. Celle-ci est encore incomplète mais des efforts ont été faits sur les dernières versions : mise à disposition d'un installeur, configuration du portail, écriture de fichiers de description (dans le format XML Mobyle), utilisation de MobyleNet.

Utilisation du portail :
Tutoriels disponibles sur chaque portail et sur le site officiel.

Divers (astuces, actualités, sécurité)

A noter : Les logiciels publiés via Mobyle (BLAST, clustalw, etc.) ne sont bien entendus pas distribués avec le système. Il est de la responsabilité de chaque administrateur d'installer les outils qu'il souhaite publier.

Contributions

Les remontées de bugs, suggestions de fonctionnalités, et commentaires sont remontés via l'alias mobyle-bugs[at]pasteur.fr