base de données

Base de données
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 11/04/10
  • Correction mineure : 13/04/10
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Fiches logiciel PLUME connexes : SPIP
  • Mots-clés principaux : photo

Gallery : gestion et diffusion d'images, photos et autres documents

Description
Fonctionnalités générales

Gallery est une application web de type photothèque.
Elle permet via une interface web de :

  • Télécharger des documents (tiff, jpeg, pdf, ...);
  • Organiser ces documents dans des albums (= dossiers).
  • Indexer ces albums et ces documents (titre, mots-clés libres, résumé).
  • Produire différentes versions d'images (imagette, retaillée(s), originale) avec la possibilité de les modifier (rotation 90°, homothétie).
  • Gérer le partage et la diffusion des documents ou albums pour des membres enregistrés ou des groupes prédéfinis.
Autres fonctionnalités
  • De très nombreux modules ou plugins permettent d'ajouter des fonctionnalités au logiciel (téléchargement de groupe de documents zippé, lecture des entêtes EXIF-IPTC, menus de navigation, ...).
  • Gestion de modèles paramétrables pour un choix personnalisé de l'affichage des albums.
  • Choix de la langue de l'interface (français, anglais, allemand, ...)
  • "Boite à outils" pour l'administration et la maintenance de la BDD (backup, refresh, ...)
  • Possibilité d'ajuster la gestion du cache pour gagner en rapidité
  • Gallery utilise une base de données pour stocker des informations (MySQL).
  • De nombreux hébergeurs proposent Gallery comme "add-on" aux utilisateurs.
Interopérabilité

Une API écrite en PHP propose l'ensemble des fonctions nécessaires à la synchronisation et à l'intégration de Gallery dans une autre application web du type gestionnaire de contenus.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Dans mon laboratoire Gallery a été utilisé comme réservoir de documents pour un projet de recherche comprenant des images (photos, scans) et documents texte (pdf).
Gallery a été intégré dans SPIP (voir la fiche Fiche Plume : http://www.projet-plume.org/fiche/spip) via un plugin développé à cette occasion. L'ensemble des comptes "membres" sont créés sous SPIP qui gère par ailleurs l'ensemble des contenus du site web associé au projet. L'interface web de Gallery est à accès restreint et permet à chacun des membres d'organiser, d'indexer ses documents comme bon lui semble mais aussi de les partager et de les diffuser.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

L'indexation des documents reste limitée (titre, résumé, description, mots-clés, date) et les mots-clés sont libres. Il existe cependant des modules additionnels développés par la communauté pour corriger en partie ce manque (module Tags & Custom Fields).

Le logiciel gère les connexions avec les cookies, sur certains hébergeurs la gestion des cookies peut poser des problèmes.

L'installation et le bon fonctionnement de Gallery nécessite d'ajuster la configuration coté serveur (entre autre : safe_mode=off, max_execution_time, memory_limit, post_max_size, upload_max_filesize) ce qui n'est pas toujours possible chez certains hebergeurs

Environnement du logiciel
Plates-formes

Gallery fonctionne sur les serveurs HTTP suivants :

  • Apache 1 et 2
  • IIS (Microsoft)
  • Zeus (mais pas entièrement compatible)

Gallery a besoin de PHP 4.x (4.1.0 ou plus récent ; Gallery 2.2 utilise 4.3.0 ou plus récent) ou 5.x (5.0.4 ou plus récent). Attention Gallery 2 a des problèmes avec PHP 5.0.5 à cause d'un bug de PHP.

Gallery 2 utilise l'une des bases de données suivantes : MySQL 3.x ou 4.x, 5.x, PostgreSQL 7.x, 8.x, Oracle 9i ou 10g, IBM DB2 8.2, Microsoft SQL Server.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

EasyPHPAlbum : http://www.mywebmymail.com propose la gestion d'un album photo avec un minimum d'installation. Il suffit d'installer un fichier PHP, aucune base de données n'est nécessaire. Le rendu graphique est intéressant pour un logiciel vraiment minimum.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement
Eléments de pérennité
  • première version en Mai 2000 (Bharat Mediratta est l'un des développeurs historiques de ce projet)
  • présent sur SourceForge.net en Juillet 2000
  • en 2006 : Gallery serait installé sur 300 000 sites web !
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur

Des vidéos de formation :
http://php.opensourcecms.com/free/videos.php

Divers (astuces, actualités, sécurité)

intégration de Gallery dans SPIP

A noter, la publication dans SPIP-Contrib de deux articles :

1) http://www.spip-contrib.net/Gallery2-pour-SPIP
Il présente le plugin "gallery2" pour l'intégration de gallery dans SPIP.
Tous les aspects liés à l'installation et à l'utilisation dans SPIP du plugin y sont traités.

2) http://www.spip-contrib.net/Integration-de-la-phot...
Il précise la manière d'installer (administrateur) et d'utiliser (membre référencé) gallery.

Contributions

MySQL : système de gestion de bases de données relationnelles

  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Téléchargement
  • Version évaluée : V 5.1
  • Langue(s) de l'interface : français, anglais
  • Licence : gpl

    Il y a deux versions : “MySQL Community Server” avec une licence libre et “MySQL Entreprise Server” dont la licence est propriétaire. Cette fiche décrit la version libre “MySQL Community Server”.

Description
Fonctionnalités générales

MySQL est un système de gestion de base de données relationnelles (SGBDR) qui permet de spécifier et de gérer des données structurées suivant les principes de l’algèbre relationnelle. Pour en savoir plus sur la théorie des bases de données relationnelles, consultez les travaux de Edgar Frank Codd.

Ces points forts sont :

  • Rapide et robuste, performances élevées en lecture
  • Multi-threads, multi-utilisateurs
  • Souple d'utilisation, manuel d'utilisation en ligne
Autres fonctionnalités

L'activité autour de ce logiciel étant considérable, des fonctionnalités sont ajoutées à chaque nouvelle version. En voici les principales :

Système de privilèges : A partir de la version 3.22.11, les commandes "GRANT" et "REVOKE" ont été introduites pour permettre à l'administrateur système de créer et supprimer des comptes utilisateur et de leur donner ou retirer des droits. Après authentification, les utilisateurs se voient accorder des privilèges (ou droits), leur donnant accès :
- aux tables,
- aux routines (requête ou fonction stockée),
- aux champs de tables (ou colonne).

Transactions : A partir de la version 3.23, les commandes "BEGIN", "COMMIT" et "ROLLBACK" ont été introduites pour assurer le bon fonctionnement des requêtes. Cette prise en charge des transactions permet d'annuler les modifications faites si ces dernières ne sont pas satisfaisantes ou si elles ne se sont pas bien déroulées. Cette prise en charge est indispensable dans le cas de bases de données financières. Attention, elles ne fonctionnent que sur des tables de type "innoDB".

Contraintes d'intégrité : la contrainte "clef primaire" est native par contre la contrainte "clef étrangère" nécessite un moteur de type innoDB.

Sous-requêtes : Depuis la version 4.1, MySQL supporte les sous-requêtes qui sont des requêtes imbriquées, (un "SELECT" à l'intérieur d'un autre "SELECT").

MySQL offre différents moteurs de persistance (développés par Sun/MySQL ou autres :Oracle/InnoDB, IBM, …). L’utilisation de ces moteurs peut se faire par table et on peut ‘mélanger’ ces technologies dans un schéma.

Interopérabilité

MySQL est souvent utilisé en conjonction avec des langages de scripts et programmes CGI dans les applications WEB.

Les langages tel que PHP et PERL ont des interfaces génériques permettant de converser avec des serveurs de bases de données supportant le standard SQL. Il existe des pilotes de base de données (DataBase Driver : DBD) permettant de communiquer avec le serveur de bases de données qu'on utilise. De cette manière, on peut écrire un programme avec des requêtes SQL standards et tout ce qu'il faut faire pour qu'il marche avec MySQL ou un autre SGBD est d'installer le pilote de base de données correspondant.

Il existe également des programmes passerelles pour traduire une base de données d'un tel type vers un autre et vice versa. Par exemple une base de données Oracle vers MySQL.

Des API de persistance de données permettent un niveau d'abstraction supérieur (exemple : Hibernate en Java et dbagen en C++) sous forme d'un schéma XML pour réaliser une traduction entre la représentation relationnelle et la représentation objet des données.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

MySQL est le SGBD le plus utilisé pour les sites web dynamiques et en particulier par les CMS (SPIP, Joomla , ...). Il est utilisé par Drupal, CMS avec lequel ce site est construit. Marten Mickos, le vice-président de Sun Microsystems et l'ancien exécutif en chef de MySQL AB a estimé en Janvier 2008, qu'il y a 12 millions de sites WEB qui utilisent MySQL.

MySQL est utilisé par exemple au LAAS/CNRS dans de nombreux projets comme STM (Source de Trafic et Métrologie), EMET (Pilotage d'injecteur de trafic).

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

On note de nombreux documents comparatifs citant les avantages et inconvénients de MySQL par rapport à PostgreSQL :
- http://www.siteduzero.com/tutoriel-3-31600-mysql-e...
- http://www.phpindex.com/index.php/2007/10/30/3896-...

Il y a également quelques restrictions dans MySQL par rapport à d'autres SGBD comme Oracle, telles que :

  • Restrictions par rapport aux procédure stockées, aux déclencheurs, et aux évènements
  • Restrictions sur les sous-requêtes
  • Restrictions sur les vues
  • Restrictions sur les transactions XA
  • Restrictions sur les jeux de caractères

Néanmoins ces restrictions sont minimes et ne posent pas de problème dans un contexte habituel, quand l'application est écrite dès le début en MySQL. Il faut être prudent quand on convertit une application d'un autre SGBD vers MySQL.

MySQL inclut des extensions qui ne respectent pas les normes SQL-92. Si on utilise ces extensions, le code ne sera pas compatible avec d'autres serveurs de bases de données. Voir http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/fr/differences...

Limitations dans MySQL :

  • Le nombre maximum de tables qui peuvent être référencées dans un même "join" est 61
  • Le nombre maximum de colonnes par table est 4096

MySQL est mis à jour régulièrement et ses restrictions et limitations diminuent chaque fois.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

MySQL fait partie d'un grand nombre de produits intégrés de type LAMP ou WAMP et en particulier
easyPHP (Environnement de développement Apache/PHP/MySQL/PHPMyAdmin) et toutes les distributions Linux

Plates-formes

MySQL fonctionne sur de nombreuses plateformes : Windows, Linux, Mac OS X, et de nombreux types d'UNIX.
Quelle que soit la plate-forme, MySQL est souvent associé à Apache et PHP (LAMP, WAMP...)
Voir la page de téléchargement : http://dev.mysql.com/downloads/mysql/5.0.html#downloads

Logiciels connexes

ODBC (Open DataBase Connectivity) : une API qui permet aux logiciels du monde Microsoft de communiquer avec MySQL
JDBC (Java DataBase Connectivity) : une API qui permet aux programmes Java de communiquer avec MySQL
PHPMyAdmin : un outil écrit en PHP pour effectuer la gestion d’un SGBD MySQL à travers une interface Web (cf la fiche plume du produit)
SQLYog : un outil Windows, concurrent à PHPMyAdmin, pour effectuer la gestion d'un SGBD MySQL.
MySQL Workbench : un logiciel pour concevoir, générer et gérer visuellement tous les types de bases de données
Hibernate, dbagen : des API de persistances de données

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
  • PostgreSQL,
  • Microsoft SQL Server,
  • Microsoft Access,
  • Oracle,
  • DB2,
  • Sybase...
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

MySQL est l'œuvre d'une société suédoise, MySQL AB, fondée par David Axmark, Allan Larsson et Michael Widenius.

MySQL AB a été acheté le 16 janvier 2008 par Sun Microsystems et en 2009, Sun Microsystems a été acquis par Oracle Corporation, mettant entre les mains d'une même société les deux produits concurrents que sont Oracle Database et MySQL (Ce rachat a été autorisé par l'Union européenne le 21 janvier 2010).

Depuis mai 2009, Michael Widenius a créé MariaDB pour continuer son développement en tant que projet Open Source.

A suivre ...

Eléments de pérennité

Avec 12 millions de sites WEB utilisant MySQL, la question de sa pérennité ne devrait pas se poser !

Depuis le 28 novembre 2008, la release 5.1 (version 5.1.30) est la version de production officielle, MariaDB se base sur le code source de MySQL 5.1.

A suivre ...

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Des listes de discussion pour MySQL peuvent être trouvées ici : http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/fr/mailing-lis...
Forum francophone :http://www.lemug.fr
Forum anglophone : http://forums.devshed.com/ms-sql-development-95

Documentation utilisateur

Manuel utilisateur (version anglaise) : http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/index.html
Manuel utilisateur (version francaise) : http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/fr/index.htm

GMOD : Generic Model Organism Database (pour la biologie)

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 06/11/08
  • Correction mineure : 01/12/11
Mots-clés

GMOD : Generic Model Organism Database (pour la biologie)

Description brève

GMOD est un projet qui regroupe une collection de bases de données et de logiciels libres interconnectés dédiés aux données biologiques.

Le projet GMOD :

Les techniques modernes, en biologie (séquençage, transcriptome, …), génèrent aujourd’hui des quantités de données de plus en plus importantes. Et la plupart des petites communautés n’ont pas les moyens matériels/humains de recréer leur propre système de gestion de données. De plus le développement d’une nouvelle base de données communautaire, ayant pour vocation de non seulement rendre disponible les données associées au génome, mais aussi rendre possible une curation de ces données par les biologistes, représente un coût non négligeable. De cette idée est né le projet GMOD.

L’objectif du projet GMOD est de fournir une série d’outils génériques, clé en main, pour gérer et visualiser tous types de données biologiques. Derrière le projet GMOD, il y a environ une centaine de développeurs répartis dans le monde, qui améliorent les différents logiciels, mais également aident les utilisateurs à la mise en place de ces outils.

Quelques composants du projet GMOD :

  • chado est le nom du schéma relationnelle (implémenté en PostgreSQL) permettant de stocker, potentiellement, tous les types de données biologiques. Ce schéma modulaire utilise les ontologies (Sequence Ontology, Gene Ontology, …), ce qui le rend extrêmement flexible mais également compatible avec les autres bases de données.
  • Gbrowse, pour Generic Genome Browser, est probablement le plus populaire des composants du projet GMOD. Cette application web interactive permet de visualiser des annotations sur un génome sous forme graphique.
  • Apollo est un éditeur graphique d’annotation de génome implémenté en Java.
  • La description des autres composants du projet GMOD est disponible sur le site web http://www.gmod.org
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 29/10/08
  • Correction mineure : 18/08/09
Mots-clés

Outilex : plate-forme de traitement automatique des langues naturelles

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : 1.0.4 - 1 novembre 2006
  • Licence(s) : LGPL - Les ressources linguistiques distribuées avec le logiciel sont sous licence LGPL-LR, une licence développée par l’Université de Marne-la-Vallée et validée par la FSF comme l’équivalent de LGPL pour des données linguistiques http://infolingu.univ-mlv.fr/lgpllr.html
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, sans développement en cours
  • Concepteur(s) : Olivier Blanc
  • Contact concepteur(s) : Olivier.Blanc @ univ-mlv.fr, Matthieu.Constant @ univ-mlv.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIGM

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Outilex est une plate-forme modulaire réunissant des outils, des dictionnaires et des grammaires relatifs au traitement automatique des langues naturelles (TALN). Le but est de faciliter le développement d'applications linguistiques et de permettre la réutilisation de composants logiciels linguistiques fondamentaux.

Notre approche a eu pour objectif, de produire un Applicatif Modulaire utilisable dans diverses applications et aisément extensible suivant l'apparition de nouveaux besoins.

Contexte d’utilisation du logiciel

Le projet Outilex (2002-2006) a été financé par le Ministère de l’Industrie dans le cadre du Réseau national des technologies logicielles (RNTL). Ce projet visait à mettre à la disposition de la recherche, du développement et de l’industrie une plate-forme logicielle de traitement des langues naturelles ouverte et compatible avec l’utilisation de:

  • XML
  • automates finis
  • ressources linguistiques

Le logiciel Outilex est le résultat de ce projet.

Publications liées au logiciel
  • BLANC, Olivier & DISTER, Anne. 2004. "Automates lexicaux avec structure de traits", In RECITAL 2004, VIIIe Rencontre des étudiants chercheurs en informatique pour le traitement automatique des langues, Fès, Maroc, pp. 23-32.
  • BLANC, Olivier & CONSTANT, Matthieu . 2005. Lexicalisation of grammars with parameterized graphs. Proceedings of the international conference Recent Advances in Natural Language Processing, RANLP 2005, 21-23 September 2005, Borovets, Bulgaria, pp. 117-121.
  • BLANC, Olivier & CONSTANT, Matthieu & LAPORTE, Eric. 2006. Outilex, plate-forme logicielle de traitement de textes écrits, Actes de la 13e conférence sur le traitement automatique des langues naturelles,TALN 2006, Leuven, 10-13 avril 2006, UCL Presses Universitaires de Louvain, pp. 83-92.
  • BLANC, Olivier & CONSTANT, Matthieu. 2006. Outilex, a platform for Text Processing, Interactive Presentation Session of Coling-ACL06, Sydney
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 21/10/08
  • Correction mineure : 25/05/12
Mots-clés

Hoop : plate-forme pour la gestion et l'exploitation distribuée de ressources linguistiques

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 1.0 (stable) - mars 2007
  • Licence(s) : LGPL - Le code de HOOP est en LGPL.
    Les ressources linguistiques distribuées avec le logiciel sont sous licence LGPL-LR, une licence développée par l’Université de Marne-la-Vallée et validée par la FSF comme l’équivalent de LGPL pour des données linguistiques. http://hoop.univ-mlv.fr/lgpllr.html
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Javier Sastre
  • Contact concepteur(s) : Javier.Sastre @ univ-mlv.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIGM

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Plate-forme pour la gestion et l'exploitation distribuée de ressources linguistiques au moyen d'interfaces graphiques Java Swing. Les objets peuvent être locaux (fichiers dans le système local de fichiers) ou distants.

La plate-forme supporte actuellement :

  • des tables de lexique-grammaire depuis un serveur de bases de données PostgreSQL, depuis le système de fichiers local ou depuis un serveur de pages Web
  • des collections d'hyperobjets : collections d'hyperpointeurs ou références aux objets permettant leur accès (c'est-à-dire, un index d'hyperobjets).
  • des alphabets depuis le système de fichiers local, serveur de pages web ou serveur de bases de données, avec formats XML ou Unitex.
Contexte d’utilisation du logiciel

Interface de gestion des collections des tables de lexique-grammaire publiques et privées, ces tables sont disponibles depuis le serveur PostgreSQL installé sur le serveur de l'IGM. L'accès aux tables privées est contrôlé (comptes d'utilisateur, communications encryptées avec SSL).

Publications liées au logiciel
  • Javier Sastre. Computer Tools for the Management of Lexicon-Grammar Databases. Poster session of 13eme Conférence sur le traitement automatique des langues naturelles (TALN'06). 10-13 April 2006.
  • Javier Sastre. XML-Based Representation Formats of Local-Grammars for the NL. 2nd Language & Techonology Conference (LTC'05). 21-23 April 2005.

Ressources éducatives libres

Ressources éducatives libres

Les Ressources Educatives Libres (REL) font référence à un mouvement mondial initié par des fondations, universités, enseignants et pédagogues visant à créer et distribuer via internet des ressources éducatives (cours, manuels, logiciels éducatifs, etc.) libres et gratuites. Ce sont des ressources d'apprentissages, des ressources de soutien pour les enseignants, des ressources pour assurer la qualité de l'éducation et des pratiques éducatives (définition extraite de Wikipédia).

Les REL en français sont moins développées que les ressources en anglais (OER : Open Educational Resources). Le Open Educational Resources Handbook est un guide pratique à l'usage des enseignants pour les aider à participer à la diffusion de leur ressources dans le monde éducatif (un appel est lancé par Framasoft pour participer à la traduction en français de ce guide en français). Des sessions de formation en ligne à la production de REL sont organisées pour les enseignants.

 

Quelques sites intéressants

  • UniversitySurf : malgré son nom anglophone, "UniversitySurf est un portail e-learning pluridisciplinaire en accès libre offrant une sélection de 1500 cours en ligne en langue française, et donnant accès à des milliers d'autres par le biais de liens. Les cours ou ressources pédagogiques proviennent de l'ensemble des 90 Universités françaises, Grandes Ecoles, Universités étrangères francophones, ou encore des nombreux sites personnels d'enseignants."
  • Encore un site français mais avec un nom français : UNIT (Université Numérique Ingénierie et Technologie). "UNIT associe tous les acteurs publics et privés de la formation supérieure en Sciences de l'Ingénieur et Technologie désireux de partager des ressources numériques existantes, des outils, des expériences, et de co-piloter des projets axés sur les TICE (Technologies de l'Information et de la Communication pour l'enseignement)." Près de 500 ressources (aux formats variés : cours, exercices, vidéos, didacticiels ...) mises à disposition par les enseignants.
  • Le portail TELESUP recense les formations en ligne proposées par la Fédération Interuniversitaire de l'Enseignement à Distance : se rapportant à tous les domaines, elles se présentent sous la forme de formations diplômantes (niveau BEPC à BAC+5) ou de modules autonomes (parmi lesquels, dans le contexte de Plume, nous citerons Impress, Traitement de l'image, The Gimp, Audacity, Outils du travail collaboratif, Thunderbird, Java, Javascript, LaTex, XML, MySQL, PHP, ...).
  • Le plus célèbre MIT Open Course Ware : 1800 cours dans toutes les disciplines, examens et solutions disponibles, vidéos complémentaires (pas d'exercices interactifs à première vue et en anglais...).
  • Open of Course : portails de cours multi-lingues se rapportant aux ordinateurs, à internet et aux langages de programmation (Moodle, Gimp, Linux, Thunderbird, Inkscape, Scribus, OpenOffice.org, Java, Freemind, Audacity, Ubuntu, Dreamweaver, CSS, Joomla!, NVU).
  • Stanford Educative Everywhere (SEE) : principalement des cours d'ingénierie, en anglais (présentation sur le framablog).
  • Des ressources libres à utiliser pour réaliser des REL : OER Commons.
  • L'académie technologique libre dispense des enseignements de niveau master sur les logiciels libres et les formats standards (fiche plume)
  • openSE a pour objectif est de réunir des institutions académiques, des projets ouverts et des entreprises d'une part et des étudiants et personnes intéressées de tout horizon d'une autre part pour développer de façon collaborative un écosystème d'apprentissage commun : http://www.opense.net
  • APRELI@ est une association de promotion pour les ressources éducatives libres : https://lcc77.org/aprelia/index.php?option=com_con...
  • Sésamath est une association de mise à disposition de cours de mathématiques : http://www.sesamath.net/
  • UNISCIEL, Université des Sciences en Ligne, est une UNT qui propose des ressources scientifiques : http://www.unisciel.fr

Avez-vous des références intéressantes à nous signaler?

Merci de les indiquer dans un commentaire au bas de cette page.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 27/01/09
  • Correction mineure : 03/06/13
  • Rédacteur de la fiche : Rémy Dernat - IBMM (Université Montpellier, CNRS)
  • Relecteur(s) : Anne Durand (CLEO)
    Martine Chazelas (CERMA)
    Laure Endrizzi (veille scientifique et technologique - INRP Lyon)
  • Contributions importantes : Laure Endrizzi, INRP
  • Responsable thématique : Raphaël Tournoy (Centre pour la Communication Scientifique Directe)
Fiche archivée
Fin mai 2010 le logiciel n'est plus maintenu depuis plus de 2 ans, et d'après Laure Endrizzi les perspectives d'évolution sont faibles.
Mots-clés
Fiche en recherche de repreneur
Cette fiche est en recherche d'un repreneur. Si vous êtes intéressé(e)s, contactez-nous !

WIKINDX : gestion de publications ou de bibliographies collectives

Cette fiche n'est plus à jour. Elle a été archivée pour la raison exposée ci-contre.
Description
Fonctionnalités générales

WIKINDX se présente comme une plate-forme bibliographique « full web », permettant à plusieurs contributeurs de gérer un nombre illimité de notices dans une logique « wiki » : les utilisateurs peuvent ou non s’enregistrer librement sur la plate-forme pour contribuer selon le paramétrage choisi.
La principale valeur ajoutée de Wikindx, par rapport à des outils tels que JabRef, Bibus ou bien encore Zotero, réside clairement dans les fonctionnalités collaboratives proposées et dans les possibilités multiples d’annotations : ajout illimité de citations, paraphrases et commentaires à chaque notice.
La gestion des références bibliographiques, appelées « ressources », peut être appréhendée selon une logique d’ensemble et de sous-ensembles : l'ensemble des notices est en effet stocké dans une sorte de pot commun (« general bibliography »), indépendant de la personne ayant créé ces notices.
L'intérêt de Wikindx pour un utilisateur enregistré est double : contribuer à alimenter ce pot commun en saisissant de nouvelles notices ou en enrichissant les fiches existantes et créer sa propre bibliographie par sélection de ressources dans la base bibliographique générale.

Chaque fiche peut être associée à une « catégorie » qui représente un des grands thèmes de la base bibliographique (ex. enseignement supérieur). Au cours de la saisie / modification d'une notice, chaque utilisateur enregistré peut « ranger » ladite notice dans la catégorie appropriée. La notion de « catégorie » donne ainsi tout son sens à l'aspect collaboratif de l'outil, chaque contributeur pouvant nourrir cette sélection thématique.
En revanche, la notion de « bibliographie » est étroitement liée à l'utilisateur enregistré : il s'agit d'un sous-ensemble de fiches sélectionnées par un utilisateur, ces fiches restant par ailleurs disponibles dans la base bibliographique générale. Elles ne sont en quelque sorte que « copiées » ou « dupliquées » dans une bibliographie personnelle.
Cette bibliographie personnelle (intitulé libre) est consultable et téléchargeable par tous, mais seul l'auteur peut en modifier le contenu (ajout ou retrait de fiches). L'utilisateur qui retire une fiche de sa bibliographie personnelle ne porte pas atteinte à la base bibliographique générale : seul l'administrateur peut supprimer définitivement une ressource.

Autres fonctionnalités

Certaines fonctionnalités sont disponibles pour les visiteurs et les utilisateurs enregistrés :

Des options multiples pour la consultation des références :

  • tri, sélection, recherche simple, recherche avancée,
  • nuages pour auteurs, éditeurs, collections, catégories, mots clés, permettant d'identifier ceux qui sont les plus productifs
  • choix de naviguer dans une bibliographie particulière, sous-ensemble de la bibliographie générale
  • abonnement à un flux RSS véhiculant les dernières notices ajoutées ou modifiées

Des options d'affichage et d'export :

  • choix du style bibliographique parmi les plus courants : Chicago, MLA, APA, Harvard, Turabian, British Medical Journal et IEEE
  • choix de la langue de l'interface (anglais par défaut, mais d'autres "packages" partiellement disponibles, dont le français)
  • affichage de la popularité de telle ou telle référence (nombre de fois que cette référence a été "vue")
  • export d’une sélection de notices (RTF, HTML, RIS, EndNote, Bibtex)‏, avec ou sans résumés et annotations pour le format RTF

Certaines fonctionnalités sont réservées aux utilisateurs enregistrés ou aux administrateurs

Pour la gestion et l'enrichissement des notices :

  • saisie et modification de notices parmi 39 types de documents différents
  • usage du BBcode dans tous les champs texte
  • création de renvois entre les différentes notices (sorte de citation automatique interne)
  • ajout d'un nombre illimité d'annotations (publiques ou privées) à chaque notice : citations, paraphrases ou commentaires ("musings")
  • ajout d'un nombre illimité de documents attachés à chaque notice (fonction à activer)
  • notifications des ajouts ou modifications par courriel, avec une fonction « digest »
  • tri des références dans une liste de résultats (par titre, auteur, éditeur, date de publication, date de saisie)
  • traitement par lots à partir d'une liste de résultats ou d'un panier de sélection : pour attacher une nouvelle catégorie ou un nouveau un mot clé à un ensemble de ressources ou bien pour ajouter un ensemble de références à une bibliographie personnelle

Pour la gestion globale de la plate-forme :

  • possibilité de rajouter des champs personnalisés dans chaque masque de saisie (ex. la cote d'un ouvrage dans la bibliothèque de l'organisme)
  • module d'édition des styles bibliographiques (APA, MLA, etc.) incluant la création d'un style propre
  • paramétrage initial du degré d'ouverture : l'inscription est ouverte à tous les visiteurs ou bien nécessite une validation des administrateurs ; module de gestion simplifié des utilisateurs (incluant une gestion de groupes)
  • suppression de notices et importation massive de notices BibTex ou Endnote XML, réservées aux administrateurs
  • édition ou suppression des catégories, édition ou fusion des mots clés et des auteurs, réservées aux administrateurs

Voir aussi :

Interopérabilité

TeX, EndNote, XML : il est possible d'importer des données en provenance d'EndNote ou bien encore de données BibTeX, d'exporter en rtf, en ris, en EndNote tabulé/XML, en BibTeX, en HTML. Les exports sont accessibles à tous les utilisateurs, enregistrés ou non. Les imports limités BibTex à quelques notices sont accessibles aux utilisateurs enregistrés. Les autres modalités d’import sont réservées aux administrateurs.

Depuis la version 3.7, WIKINDX peut s'interfacer facilement avec divers CMS, utilisant les "replacement tags". Il existe un filtre pour Moodle ( http://www.projet-plume.org/fr/fiche/moodle ), MediaWiki ( http://www.projet-plume.org/fr/fiche/mediawiki ), DokuWiki ( http://www.projet-plume.org/fr/fiche/dokuwiki ) et phpWCMS par exemple.
Avec certains modules, il est possible d'importer depuis PubMed, HAL (voir Halwkx) : http://www.projet-plume.org/fiche_deva/wikindx-hal

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Plusieurs contextes d'utilisation peuvent être envisagés, et dans chacun d'eux WIKINDX s'avère un bon compromis entre des besoins individuels et une logique de mutualisation à l'échelle d'un service, d'un laboratoire ou dans le cadre d'un projet de recherche particulier.
- Pour une équipe de recherche : gestion des bibliographies de travail de l’équipe,
- Pour un service d’appui à la recherche : édition de bibliographies thématiques,
- Pour un service d'édition : normalisation des bibliographies des auteurs,
- Pour une bibliothèque, un centre de documentation : capitalisation dans le cadre d’un service de référence,...

  • Exemple 1 : IBMM

Sert de base de données des publications du laboratoire. Le développement de l'outil halwkx nous a permis de récupérer les données de HAL. Le site Web SPIP récupère les données de cette base pour afficher les publications de nos utilisateurs/auteurs.

  • Exemple 2 : veille scientifique et technologique de l'INRP

WIKINDX est utilisé à la fois :
- comme outil de travail par les membres du service : des références sélectionnées pour leur pertinence (« incontournables sur tel ou tel sujet… »), vérifiées (document identifiable et localisable), enrichies (résumé, lien hypertexte, indexation)‏ et annotées au fil de la lecture (ajout de citations et de commentaires)
- comme service bibliographique offert à tout public travaillant avec de la bibliographie sur des sujets ayant trait aux sciences de l'éducation : des références consultables, téléchargeables et re-exploitables par tous (fonction d'export)‏

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Limitations liées à la gestion globale du projet

Le projet est fragilisé du fait qu’il s’appuie sur une communauté restreinte. L’évolution de la plate-forme s’est en effet ralentie en 2008, avec la sortie d’une seule nouvelle version (3.8.2) en un an. Concrètement, cette fragilité se traduit par un manque de documentation fonctionnelle et une disponibilité aléatoire des interfaces dans des langues autres que l’anglais.

Basiquement le fait que l’application soit peu « documentée », génère des incertitudes quant à son utilisation. Les types de documents par exemple ne sont pas intuitivement intelligibles pour les utilisateurs, avertis ou non. Comment différencier par exemple « proceedings article » de « conference paper » ? En sachant que le format BibTex inclut le type « proceedings article », il peut être pertinent de privilégier ce type de document au détriment de « conference paper ».
Dans tous les cas, il est préférable de désactiver un maximum de types de documents, considérés à la marge des besoins des utilisateurs, pour garantir une meilleure homogénéité des données bibliographiques. La compatibilité avec BibTex peut constituer un des critères de sélection.

De même, la logique qui sous-tend l’élaboration de ces types de documents, d’inspiration anglo-saxonne, peut dérouter l’utilisateur francophone. A titre d’exemple, les noms des champs dans les masques de saisie sont ceux utilisés par le Dublin Core : les termes « metadata », « creator », « resource » doivent être bien compris pour utiliser le logiciel facilement. De la même façon les « degree level » et « thesis label » proposé dans le masque de saisie du type « thesis / dissertation », sont difficiles à exploiter pour un francophone.

Plusieurs versions linguistiques existent cependant (dont une version francophone), mais il peut être préférable de travailler avec la version originale pour mieux appréhender cette logique anglo-saxonne.

Limitations liées aux usages

WIKINDX requiert un minimum de discipline collective, en particulier pour limiter les incohérences liées aux trois points suivants :
- choix et usage des types de documents
- usage des listes d’autorité (auteurs, éditeurs, collections)‏ : risque de doublons
- indexation non contrôlée : risque d'inflation de mots clés et de redondance

Toute la difficulté réside dans certains arbitrages qui, idéalement, doivent intervenir assez tôt (conventions de saisie notamment) pour garantir une certaine cohérence des données bibliographiques, mais qui nécessitent quand même une expérience d’utilisation suffisante pour définir des « bonnes pratiques ». Aucun logiciel ne peut décider à la place des utilisateurs s’il convient de créer un éditeur « PUF » ou « Presses universitaires de France ».

Limitations liées aux fonctionnalités

L’introduction d’un nouveau mode de gestion des listes d’autorité (auteur, éditeur, collection, mots clés) dès la version 8, s’avère en définitive assez peu intuitive, obligeant à des manipulations complexes, en particulier pour gérer les doublons « éditeurs » et « collections » (utilisées à la fois pour les ouvrages, les revues, les conférences et les sites web). De même, la suppression d’un mot clé nécessite d’intervenir dans la base de données directement, alors que l’interface permet en revanche de fusionner deux mots clés. Il est donc là aussi important de réfléchir assez tôt aux modalités d’indexation. Globalement, les contrôles de saisie sont insuffisants pour préserver la cohérence des données.

Il n'est pas aisé de faire des imports en grand nombre (plus de 100). Selon le paramétrage d'installation de WIKINDX il faut scinder les fichiers d'import.
Certains champs, importants dans tels ou tels contextes d’utilisation, ne sont pas présents, mais peuvent être rajoutés : laboratoires, affiliations, équipe, etc.
Les mises à jour à chaque nouvelle version sont systématiquement répercutées sur le style de l’APA ; les autres styles bibliographiques sont inégalement opérationnels, mais peuvent être là encore retouchés assez facilement avec le module d’édition proposé.

Le traitement de texte intégré, malgré tout l’intérêt que représente la gestion dynamique des références dans un document rédigé, est nettement moins performant que n’importe quel outil de traitement de texte en ligne, et reste difficile à utiliser. Cette fonctionnalité devrait bénéficier d’une mise à jour importante dans les prochaines versions.

Il n’y pas de connexion avec un annuaire LDAP. Mais l’interconnexion avec des applications externes constituent là aussi une préoccupation forte depuis la version 3.7.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Linux, Apache, MySQL, PHP (LAMP) ou bien Windows Apache MySQL PHP (WAMP)

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Projet OpenSource, sur sourceforge.

Références d'utilisateurs institutionnels

ENS-LSH Lyon - http://ens-web3.ens-lsh.fr/wikitic/index.php
INRP : http://wikindx.inrp.fr/biblio_vst et http://wikindx.inrp.fr/biblio_encyclen/
Equipe "CRAC", Université Paris 8 : http://paragraphe.crac.free.fr/wikindx/index.php
Institut des Biomolécules Max Mousseron - IBMM - http://www.ibmm.univ-montp1.fr
Institut Charles Gerhardt de Montpellier - ICGM - http://www.icgm.fr/
Département Mathématiques Université Montpellier 2... http://ens.math.univ-montp2.fr/

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur

Peu de documentations à l'heure actuelle.
Une FAQ : http://wikindx.sourceforge.net/faq.html

Pour l'installation : http://wikindx.sourceforge.net/install.html

Divers (astuces, actualités, sécurité)
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 02/03/16
  • Correction mineure : 09/06/16
  • Auteur de la fiche : Alban Politi (LCMCP)
  • Responsable thématique : Damien Ferney (Laboratoire de mathématiques - Clermont-Ferrand)
Mots-clés

ASPiC2 :

gestion de stock de produits chimiques et commandes

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows
  • Version actuelle : 2.6.1 - Mai 2016
  • Licence(s) : CeCILL
  • Etat : utilisé en interne
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Alban POLITI
  • Contact concepteur(s) : alban.politi@upmc.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LCMCP

 

Fonctionnalités générales du logiciel

ASPiC2 répond aux besoins de tous les laboratoires utilisant des produits chimiques :

  • optimiser la consommation des produits grâce au suivi des demandes
  • localiser précisément les produits dans le(s) lieu(x) de stockage (pièce, meuble, etc.) ou dans les lieux de manipulation
  • mieux maîtriser les risques chimiques en imposant des lieux dédiés (CMR, explosif, etc.)
  • identifier les conteneurs (référence, demandeur, date, lot, etc.)
  • mieux informer les utilisateurs sur la toxicité des produits (lien vers FDS)
  • répondre aux exigences en matière de sécurité (pouvoir fournir un inventaire détaillé des risques)
  • remplacer le cahier de commande papier

 

Historique des dernières versions :

Version 2.6 (mai 2016)

  • Gestion des entrées-sorties du stock central vers les lieux de manip
    • Emprunts, retours
    • Possibilité d'historique pour le suivi d'exposition des personnes
  • Gestion d'inventaire sous 2 formes :
    • 1. Inventaire "automatisé" d'un ensemble de conteneurs via leurs codes-barres
      • à partir d'une feuille excel listant les conteneurs d'un lieu
      • une feuille excel peut résulter d'un scan de codes-barres
      • controle de la compatibilité lieu/risques chimiques
      • modification automatique du lieu de stockage ou message de consigne
      • génération d'un fichier de consignes
    • 2. Inventaire manuel (conteneur par conteneur) réservé au gestionnaire de produits :
    • Pour inventorier un conteneur, on clique sur sa case 'inventaire' (en rouge)

      => la couleur passe en vert

Version 2.5 (juin 2015)

  • Gestion des risques chimiques
    • Nouvel étiquetage des risques chimiques (CLP)
    • Gestion des risques repensée et plus complète (réservée au gestionnaire de produits)
    • Accès direct aux fiches de sécurité (FDS) via la colonne no. CAS
    • Gestion du stockage des produits dangereux dans des lieux dédiés
    • Gestion des lieux réservée au gestionnaire de produits
  • Possibilité d'organisation en équipes / plateformes indépendantes :
    • Gestion séparée de chaque plateforme (avec protection des droits d'accès)
    • Consultation possible cross- plateformes
    • Supervision des plateformes par l'instance hiérarchique (base de données commun

 

  • Raccourcis rapides
    • Edition directe du lieu de stockage
    • Possibilité de suivi / modification directe de la quantité de produit restant

  • Autres fonctionnalités
    • Sélection de lignes pour appliquer d'un coup une même action (Supprimer, Changer de lieu, Régénérer etc.)
    • Controle des "dépendances" avant la suppression de références de produits
    • Controle de la compatibilité risques-lieu avant changement groupé de lieu (sur une sélection)
    • Opérateurs de recherche plus complets
    • Possibilité de "régénérer" des conteneurs supprimés par erreur (réservée au gestionnaire de produits)

 

Version 2.4 (juin 2013)

  • Ajout de rôles avec des pouvoirs spécifiques
    • simple user
    • gestionnaire produits
    • gestionnaire commandes
    • SUPER USER
  • Recherche simplifiée dans les listes de données ("in situ"):
    • formulaire de filtre placé en haut de chaque liste
    • recherche possible sur chaque champ de la liste (et plus)
    • choix de l'opérateur de recherche
  • Export des listes de résultats dans tableur (XLS)
  • Demandes en cours regroupables par Distributeur, Demandeur ou Date
  • Produits de références
    • Suppression sécurisée (impossible si référencé par des conteneurs)
  • Caractères accentués et spéciaux mieux gérés (ex.: 1 1' 4' 1''-terphenyl-4-thiol)
  • Controles de validité plus poussés (no. CAS, etc.)
Contexte d’utilisation du logiciel

ASPiC2 est utilisé dans notre laboratoire de Chimie depuis mars 2006 (actuellement plus de 4000 conteneurs pour plus de 2000 références de produits).

ASPiC2 a permis de générer le document-type demandé par l'EPA pour notre déménagement en 2009.

Le dernier  inventaire a été réalisé en mars 2016 avec la version 2.6.0 avant notre retour sur le site de Jussieu. Nous avons pu mettre à profit la  gestion des risques intégrée au logiciel pour réaliser le tri des conteneurs et leur affectation vers les nouvelles armoires de stockage.

Le stockage étant maintenant centralisé dans une pièce dédiée, le logiciel (version 2.6.1) offre une gestion rapide des entrées-sorties (emprunts et retour au stock après utilisation dans les pièces de manipulation).

ASPiC2 est développé en étroite collaboration avec les "A.P." du labo pour l'ajout de nouvelles fonctionnalités, ou les demandes d'améliorations, par exemple la mise en place d'étiquettes à code-barre.

Le logiciel est conçu pour être aisément paramétrable via des fichiers PHP simples:

=> paramétrage des rôles (droits), de l'affichage des listes, des actions possibles.

On peut ainsi activer ou non des fonctionnalités optionnelles du logiciel :
- cycle demande, commande, réception
- structure avec équipes indépendantes (hiérarchie),
- suivi de la consommation,
- gestion d'inventaires,
- gestion des entrées-sorties du stock

Langages : PHP5, HTML, Javascript, JQuery, MySQL

 

XAMPP : serveur web complet

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 22/09/08
  • Correction mineure : 15/05/09
Mots-clés

XAMPP : serveur web complet

Avec XAMPP, il devient facile et rapide d'installer, de configurer et d'utiliser un serveur web Apache, incluant PHP, Perl et MySQL. XAMMP est livré sous forme de 4 kits : Linux, Windows, MacOSX et Solaris 8. Pour en savoir plus, lire la description des Apache Friends français.

Le package complet comprend : Apache 2, MySQL 5, PHP 5 + PEAR, MiniPerl, OpenSSL, phpMyAdmin, XAMPP Control Panel, Webalizer, Mercury Mail Transport System, FileZilla FTP Server, SQLite, ADODB, Zend Optimizer, XAMPP Security.

XAMPP Lite est une version allégée portable fonctionnant sur un média USB (pas de modification de la base de registre). Elle comprend les logiciels Apache, mySQL, phpMyAdmin, SQLite. Sa mise à jour est moins fréquente que la version complète. Lire la présentation en français de la version Windows.

Vous pouvez consulter ce tutoriel pour une aide à l'installation.

WampServer est également une plateforme supportant  Apache 2.2.10, MySQL 5.1.30, PHP 5.2.7 (pour la version 2.0e).

EasyPHP est un produit similaire à XAMPP pour Windows, très simple d'utilisation également.

ZazouMiniWebServer est un serveur web gratuit, simple et efficace pour windows.

 

Le web BioInformatique

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 15/09/08
  • Correction mineure : 01/12/11
Mots-clés

Le web BioInformatique

Beaucoup de logiciels développés en bioinformatique disposent d'interfaces web. Il y a donc d'une part le programme à télécharger, mais celui-ci est souvent associé à un service en ligne. D'où l'importance pour les biologistes des ressources disponibles sur internet.
Les quelques sites suivants (essentiellement anglophones) sont autant de points de départ pour une exploration du web bioinformatique :

  • Les logiciels et les banques de données utilisés à l'Institut Pasteur.
  • European Bioinformatics Institute situé en Angleterre et en Allemagne, l'EBI maintient une des grandes banques internationales de séquence nucléique (EMBL), ainsi que la banque de domaines protéiques interpro. L'EBI est par ailleurs associé à l'Institut de bioinformatique Suisse (SIB), qui maintient la banque de données de protéines uniprot (autrefois appelée swissprot), ainsi que le serveur protéomique Expasy.
  • National Center for Biotechnology Information: situé aux U.S.A., le NCBI maintient Genbank, une autre banque de données de séquences nucléiques, et développe de nombreux logiciels d'analyse de séquence, à commencer par le plus connu d'entre eux: BLAST.
  • La Protein Data Bank est une banque de données de structures protéiques: toutes les structures protéiques publiées dans les revues scientifiques sont systématiquement déposées dans cette banque de données.
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