base de données

Base de données
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 03/05/10
  • Correction mineure : 24/06/13
Mots-clés

BibTeX : outil de préparation des citations et de gestion de la bibliographie des articles

  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version évaluée : 0.99c
  • Langue(s) de l'interface : anglais
  • Licence : lgpl
Description
Fonctionnalités générales

Pour l'utilisateur final, typiquement un scientifique rédigeant un article en LaTeX - http://www.projet-plume.org/fr/fiche/latex, BibTeX est un outil logiciel transparent permettant d'oublier les détails de la gestion effective des citations et de la bibliographie du document en cours de création. Finies les bibliographies incomplètes ou contenant des entrées non citées, ou de style approximatif ou hétérogène. Lors de la compilation du document LaTeX, l'outil BibTeX cherche dans la base bibliographique (une liste de fichiers ASCII contenant des fiches bibliographiques au format BibTeX, de suffixe *bib) les références citées dans le *aux (sortie de la compilation LaTeX) et les ajoute, en les adaptant au style associé à l'article (un fichier *.bst (Bib STyle)), à la bibliographie en générant un fichier *bbl qui sera inclus de manière transparente dans le document. Le fichier d'information et d'erreurs sera de suffixe *blg (Bib LoG). De la même manière que LaTeX calcule et met à jour les valeurs des champs des références croisées, des numéros de pages, de figures, de sections et établit éventuellement la table des matières ..., BibTeX gère aussi la substitution des champs de citation bibliographique dans le corps du texte. Les citations manquantes sont évidemment indiquées. Le seul effort de l'auteur est de se souvenir des clefs des articles qu'il cite dans son document via la simple commande \cite{clef}.

BibTeX est aussi un format ouvert et extensible de fiches bibliographiques et un outil de gestion de base bibliographique (une collection de fiches dans un ou plusieurs fichiers). On peut inclure l'ensemble des entrées d'une base via la commande \nocite{*} dans un document LaTeX. Il sera ensuite aisé d'exporter en format PDF, HTML ou toute sortie LaTeX une base donnée et la rendre accessible a des tiers (exemple d'application: base de publication d'un laboratoire, sur un thème). Évidemment, des liens peuvent être prévus ...

Interopérabilité

Les fichiers BibTeX contenant les fiches bibliographiques sont en ASCII, modifiables par tout éditeur de texte (par exemple: Vim - http://www.projet-plume.org/fiche/vim (X)Emacs, Kedit, ...).

Il existe de nombreux filtres d'entrée et de sortie (conversion) entre le format BibTeX et d'autres formats bibliographiques, dont EndNote, CiteMed, DublinCore XML, ...

Il faut cependant voir que la conversion peut être sérieusement limitée par la non-bijectivité entre les formats (des champs dans certains formats n'existent pas dans d'autres, ou bien sont distribués dans plusieurs champs).

Certains outils tel JabRef peuvent modifier les fichiers *bib qu'il lit, par exemple les règles (début et fin des champs, protection des majuscules, des espaces, des formules chimiques).

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Pour compiler complètement un document en LaTeX avec calcul de toutes les valeurs variables, il faut trois passes du compilateur LaTeX. BibTeX s'insère simplement entre la première et la seconde passe, tout comme le générateur d'index makeindex, d'ailleurs. Bien évidemment, il faut indiquer dans le document maître en LaTeX que l'on va faire générer automatiquement la bibliographie via BibTeX en donnant dans le code LaTeX la liste des fichiers bibliographiques (les *.bib, via la commande \bibliography{bib1,bib2, ...})et le nom du fichier de style bibliographique (le fichier *.bst, via la commande \bibliographystyle{MonStyle}). (il est superflu d'indiquer les suffixes).

Comme les fichiers bibliographiques (*.bib) ne sont pas nécessairement dans le répertoire de travail, si leurs chemins ne sont pas pris en compte dans la configuration par défaut, il faudra les indiquer soit dans le fichier LaTeX (\bibliography{/mon/chemin/BibTeX/mybooks} avec mybooks un fichier de suffixe .bib et au format BibTeX), soit dans les variables d'environnement (BIBINPUTS), soit, pour certaines versions de BibTeX, lors de l'invocation du programme bibtex lui-même (bibtex --include-directory="F:\my bibliography folder").

On devra procéder de même pour le fichier de style (*.bst) via BSTINPUTS ou un chemin complet dans \bibliographystyle{}.

BibTeX est un outil logiciel très largement utilisé pour la préparation automatique de la bibliographie pour des articles, des thèses, des notes scientifiques. Il permet d'extraire un sous-ensemble de références bibliographiques d'une ou de plusieurs bases (qui sont en fait de simples fichiers ASCII dans un format trivial) pour faire deux actions simultanées dans un fichier LaTeX en cours de compilation :

  • remplir toutes les occurrences "\cite{}" par la bonne référence bibliographique dans le bon format du style de l'article ou du livre [i.e. quelque chose du genre : [1], (Bose & Einstein), (Bose & Einstein 1928), ...)]
  • rassembler les références dans le bon format correspondant au style de l'article, livre, ... pour générer un fichier *bbl qui, soit sera inséré automatiquement dans la version camera ready du papier (sortie DVI, PDF ou PS ...), soit pourra être inséré à la main dans le fichier LaTeX.

La plupart des journaux scientifiques travaillant avec LaTeX, soit indiquent un style bibliographique générique (une poignée est présente dans une distribution LaTeX de base), soit proposent un style bibliographique adapté (il en existe des centaines).

BibTeX est hautement recommandé pour les étudiants de thèse qui gèrent plusieurs centaines de références, corollairement, ils pourront recycler trivialement ces références pour les articles associés à cette thèse. L'idéal est de commencer à collecter les fiches bibliographiques au fur et à mesure de la recherche bibliographique, en n'hésitant pas à ajouter des commentaires, des liens Web, ... dans les fiches. Concrètement, ceci peut se faire en créant un champ (optionnel, non traite par les styles), par exemple nomme notes-perso="", ...

Via la commande \nocite{*}, il est trivial de générer, pour l'ensemble des entrées d'une base ou de plusieurs bases, une sortie de l'ensemble formatée (dvi, ps, pdf, HTML, ...) avec un style donné. Les doublons peuvent être gérés. Ceci peut être utile dans plusieurs contextes, dont la mise en ligne de bases, la préparation de liste de publication d'un chercheur ou d'un laboratoire ...

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

La principale limitation pour les utilisateurs occasionnels de BibTeX semble être de bien comprendre le mécanisme de génération du fichier "bbl" et, dans le cadre de la rédaction d'un article à plusieurs, d'utiliser les bons moyens pour échanger avec les collègues sans forcer à l'usage de BibTeX ...
Il s'agit là non pas d'une limitation de BibTex en lui-même mais des efforts acceptables par un ensemble de personnes, le maillon le moins curieux limitant l'usage de l'ensemble.

En mode avancé, une des carences de BibTeX semble bien être le choix de la dizaine de type de fiches pré-existants (dont le traitement est connu par la plupart des styles des grands journaux scientifiques). On citera : @article, @proceeding, @book, @inproceeding ... Autant ceci convient très bien pour la plupart des utilisateurs, autant cela peut être bloquant pour certains usages. Par exemple, il sera délicat de gérer une base bibliographique d'un laboratoire avec les catégories nécessaires pour un quadriennal CNRS ou Université sans certaines précautions : BibTeX n'a aucun moyen pour séparer les articles des journaux à referee des autres articles, ni les articles en Français de ceux en Anglais. Quelques "clefs" supplémentaires et quelques filtres à l'aide d'outils connexes (bibtool ...) permettent de contourner ceci sans trop de problème.

On peut mettre en commun certains champs (plusieurs articles d'une même conférence) via un mécanisme de références croisées (cross-ref). Quoique intellectuellement judicieux, je ne recommande pas l'usage extensif de ces cross-references pour des grosses bases à fichiers multiples et qui seraient scriptées, d'autant qu'il faut respecter un ordre. Ceci résiste mal aux fusions, tris, séparations ...

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

BibTeX semble être intégré dans toutes les version LaTeX depuis de nombreuses années. Il semble être figé dans une très vieille mouture (0.99c), sans déficience connue. Dans les système Unix et BSD (dont Linux et MacOS-X), son arborescence est généralement sous: /usr/share/texmf/bibtex/ qui doit contenir les fichiers de style bibliographique ainsi que l'outil de génération de nouveaux fichiers de style (makebst). Il a été noté que certaines versions de BibTeX, souvent liées a des éditeurs de solutions sous plateformes MS-Windows et Apple-Mac incluent des possibilités de configuration non disponible dans la version de référence.

Les fichiers de style bibliographique ont un suffixe en .bst. Les plus fréquents, généralement présent dans les installations LaTeX actuelles, sont : acm.bst, apalike.bst, ieeetr.bst, alpha.bst ...

Par contre, il est fréquent que les styles des journaux "métier" (Nature, Science, A&A, Spie, ...) ne soient pas mis dans les arborescences communes. Les administrateurs système et réseau ne savent pas nécessairement que cela existe, ni les besoins concrets des utilisateurs. Le résultat est souvent que des co-auteurs d'un article, travaillant sur le même ordinateur d'équipe, ont des fichiers de style d'un journal dans des versions différentes ...

Plates-formes

À notre connaissance, BibTeX est présent dans toutes les versions LaTeX récentes (moins de 20 ans d'âge). Et LaTeX est disponible sur presque toutes les plateformes !

Logiciels connexes

Il existe des dizaines d'outils plus ou moins intéressants, récents, maintenus, pertinents, couvrant des manques de BibTeX, comme de disposer d'un mode de test simple des champs des fiches (il est fréquent d'oublier une accolade ou une virgule, et ça peut faire mal, comme toujours dans l'univers LaTeX !)

  • JabRef - http://www.framasoft.net/article3111.html , interface graphique en Java permettant de gérer des bases bibliographique au format BibTeX, pour ceux qui aiment les clickodromes. JabRef présente l'avantage de proposer plusieurs filtres vers d'autres formats, tant en entrée qu'en sortie. Attention aux limites déjà mentionnées.
  • Bibtool - http://www.gerd-neugebauer.de/software/TeX/BibTool... , outil de tri et d'extraction en mode commande. Autant son apprentissage initial peut être délicat, d'autant qu'une typo très gênante a traîné pendant des années dans son fichier PDF d'aide et que sa documentation en ligne est trop succincte en exemples élémentaires, autant son usage pour gérer de grosses bases (plusieurs milliers d'entrées, plusieurs fichiers) en mode script est très efficace (extraction par clef, année, auteur, type ...)
  • (X)Emacs - http://www.gnu.org/software/emacs/, qui vient désormais le plus souvent avec des modes pré-intégrés pour LaTeX et BibTeX (syntax enligthning), propose un mode BibTeX avec de nombreuses options, les plus utilisés étant probablement la vérification syntaxique des fiches et le template pour les différentes fiches possibles (@author ...). Ces templates indiquent les champs obligatoires et optionnels.
  • BibDesk - http://bibdesk.sourceforge.net/ est un gestionnaire graphique de bases bibliographiques écrit spécifiquement pour MacOS.
  • PyBliographer - http://www.pybliographer.org/ est un gestionnaire graphique de bases bibliographiques écrit en Python qui propose également un accès facile aux bases bibliographiques aux programmeurs Python.
  • CMFBibliographyAT - http://plone.org/products/cmfbibliographyat et ATBiblioList - http://plone.org/products/atbibliolist permettent d’intégrer des bases bibliographiques en format BibTeX dans un serveur Plone, ce qui est une bonne façon de gérer et en même temps publier la liste de publications d’une équipe ou d’un laboratoire.
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Il existe des logiciels payants et non libres dans le monde Microsoft qui ont des usages proches et qui utilisent d'autres formats bibliographiques comparables (EndNote, CiteMed, DublinCore XML, ...).

En astronomie et les domaines connexes, toutes les revues de rang A proposent un style LaTeX et un style bibliographique (*.bst) associé. Je ne connais pas de collègues qui utilisent autre chose que BibTeX pour leurs bases bibliographiques en vue de publication.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

BibTeX semble être figé vers 1988, en version 0.99c, mais son code source est disponible, et il est très simple.

Venant avec BibTeX, il existe un outil (makebst) qui permet de créer un nouveau fichier de style bibliographique (*.bst) en précisant, une à une, les règles voulues (nombre d'auteurs cités avant le et al., quel champ en gras, titre ou pas, tri alphabétique ou autre, ...). Des règles de typographie associées aux langues (de, fr, ...) sont incluses. Il faut bien voir que cette véritable usine à gaz ne doit pas être utilisée pour espérer contourner les choix stylistiques ou les supposées déficiences et limitations du style du journal dans lequel vous espérer publier ! Mais ceci peut être utilisé pour créer son style bibliographique pour sa thèse.

Eléments de pérennité

BibTeX est très largement utilisé, sans déficience connue (au sens de bug, je ne parle pas ici d'erreur de conception). C'est le format proposé par plusieurs bases bibliographiques en ligne, ouvertes ou fermées, dont ADS - http://cdsads.u-strasbg.fr/abstract_service.html
La vitalité dans les extensions (packages permettant de citer l'année au lieu de l'auteur et autres subtilités) et les outils périphériques doivent rassurer par rapport au côté figé de l'outil initial. Malheureusement, la plupart des grands journaux de rang A sont frileux sur les évolutions des outils périphériques.

Une version UTF-8 serait disponible ... Actuellement, il est nécessaire de coder les accents et autres diacritiques par les commandes classiques LaTeX () et de protéger avec des " et {}.

Références d'utilisateurs institutionnels

On pourra voir avec intérêt les Institutionnels référencés ici : http://en.wikipedia.org/wiki/BibTeX#Uses

La situation est très contrastée. Alors que dans certains domaines tels l'Astronomie les journaux scientifiques ne fournissent des styles (templates pour générer le camera ready ou le PDF) qu'en LaTeX, et les styles BibTeX associés, d’autres domaines, tel la Biologie, à l’inverse, fournissent plutôt des templates en MS-Word même si les exceptions sont nombreuses - http://www.ccrnp.ncifcrf.gov/~toms/latex.html#tex-....
En Mathématique et en Physique, la situation est plus ouverte, de très nombreux journaux proposant des styles LaTeX/BibTeX.

Il n'est malheureusement pas rare que des fichiers d'alias (telles les abréviations des noms des journaux pour un style donne ou pour une règle d'écriture donnée d'un *bib) ne soient pas directement associés aux bib, au bst, ou aux sorties d'outils tels ADS. (exemple: \ao pour Applied Optics)

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Il existe de très nombreuses ressources en ligne, de qualité et pertinence variées. Un moteur de recherche invoqué avec habilité doit permettre de répondre aux problèmes classiques.

Le cœur du logiciel est fiable. Les outils connexes sont de qualités inégales. Il ne faut pas oublier qu'on parle d'un logiciel qui existe depuis plus de 5 lustres et est figé depuis 4 lustres ! Certains codes associes sortent directement de version donnée d'Unix (il y a un cas célèbre d'un outil lié a BibTeX, codé en C, ou il faut aller changer a la main une ligne dans le code source, posé sur un des premiers serveurs WEB ...) sans prévoir qu'ils seraient toujours utilisés aujourd'hui, en UTF8, avec un environnement pas nécessairement anglais (accents, option de tri, shells en obsolescence ...).

Documentation utilisateur

On se reportera aussi avec profit à l'annexe consacrée à BibTeX dans le livre de Leslie Lamport.

Divers (astuces, actualités, sécurité)

Dans de nombreux domaines scientifiques, des bases bibliographiques en ligne permettent de rechercher des articles à partir de mot-clefs. Dans certains cas, les fiches bibliographiques peuvent être exportées dans divers formats, dont BibTeX. Ceci permet un peuplement rapide d'une base locale et un ré-usage personnel rapide, sous réserve de bien s'assurer que le format généré est standard et que les fichiers connexes (par exemple contenant les alias des journaux) sont bien présents ... Dans certains cas, il existe même des scripts de requête sur des bases distantes pour extraire automatiquement les fiches bibliographiques à partir de mots clef (nom des auteurs, filtre sur les années, journaux, ...). À part le problème des homonymes, ceci peut aider à générer des bibliographies de laboratoires, à faire des statistiques, des taux de citation ...

Certaines équipes de laboratoire mutualisent des fichiers BibTeX. Des notices bibliographiques peuvent être ajoutées a chaque entrée, directement dans les fichiers *.bib.

Le format BibTeX est naturellement extensible, en ajoutant des champs non définis dans les types d'entrées classiques (articles, book, ...). Les champs non reconnus dans les entrées sont simplement ignorés a la compilation LaTeX. Des ajouts fréquemment rencontrés sont les liens (URL), le DOI, des notes. Malheureusement, la difficulté vient du fait qu'il faut gérer ces ajouts, en ajoutant pour chaque type de fiche, et pour tout style utilisé, des règles de transformation ... Ce n'est pas si difficile, mais les personnes compétentes sont plutôt rares, et la pérennité en souffre ...

Contributions

À titre personnel, je pense que le meilleur service à rendre à BibTeX est d'aider avec abnégation les collègues qui utilisent LaTeX, par exemple en posant les fichiers de style là ou il faut et en le faisant savoir, en étant disponible pour répondre aux questions, en glissant tel ou tel conseil, avec espoir du côté des étudiants et des thésitifs, sans réel espoir de convaincre les chercheurs confirmés qui ne voient pas le gain de temps global et la démarche qualité mais surtout la petite perte de temps initiale, et qui se décourageront parce que le fichier d'alias n'est pas la, ou que telle formule chimique a été cassée en sortie d'ADS ... Bien maîtriser l'inclusion du fichier bbl dans le document source (*tex) aide à encourager les plus téméraires des collègues dans leurs premiers essais, le grief fréquent étant de ne pas savoir comment transmettre le tout aux co-auteurs distants ou à l'éditeur -qui ne veut bien sûr qu'un seul fichier !-.

Il ne faut pas avoir peur de répéter qu'un bon ensemble de fichiers BibTeX pourra être recyclé pour tout article, note, mémoire, et sera ré-employable après la thèse, ou pour le rapport du stagiaire ... Les entrées "en trop" seront simplement ignorées.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 02/12/11
  • Correction mineure : 07/09/12
  • Rédacteur de la fiche : Stéphanie Rialle - Institut de Génomique Fonctionnelle/Plateforme MGX (CNRS, INSERM, Université de Montpellier 1 & 2)
  • Relecteur(s) : Philippe Bardou (INRA - LGC - Sigenae)
  • Contributions importantes : Christalle Dantec a rédigé la première version de cette fiche, elle a été remplacée par Stéphanie Rialles en Janvier 2012
  • Responsable thématique : Emmanuel Courcelle (LIPM)
Mots-clés
Pour aller plus loin

BASE : stockage et analyse de données de puces à ADN

Description
Fonctionnalités générales

BASE pour BioArray Software Environment est un LIMS (Laboratory Information Managment System) spécialisé dans le stockage des données de puces à ADN. Cette plateforme (interface web + base de données) permet le stockage et la gestion organisée :

  • Des informations biologiques (échantillons utilisés, protocole d'extraction, ...)
  • Du matériel (robot spotter, scanner, logiciel de quantification, ...)
  • De la technique utilisée (design de la puce, marqueur, design de l'expérience, protocole de spotting, de marquage, d'hybridation, ...)
  • Des données générées (fichiers de quantification, images, ...)

Elle permet également l’analyse (analyse statistique, mais aussi visuelle) des puces, grâce à des graphes que génère le logiciel et à des plugins (normalisation, visualisation, tests statistiques, clustering, ...).

BASE répond aux recommandations MIAME (Minimum Information About a Microarray Experiment), facilitant la publication vers les bases de données publiques (GEO - ArrayExpress - CIBEX).

Autres fonctionnalités

Le logiciel comporte un système de mise à jour pour bénéficier de la dernière version sans avoir à tout réinstaller à chaque nouvelle version... à condition de ne pas avoir fait de modifications dans le code ou le schéma de base de données.

De nombreux filtres sont accessibles dans le logiciel sur différents critères :

  • annotations des gènes (soit par identifiant, nom, synonyme, symbole, ...)
  • valeurs numériques (valeurs d'intensités, ratio, position sur la puce, ...)

Le logiciel permet de suivre 'la vie' d'un gène d'intérêt depuis sa position dans sa plaque 384 ou 96 puits jusqu'à ses valeurs de quantification et de normalisation. Il permet également de visualiser aisément le comportement d'un gène à travers différentes hybridations d'une même expérience. Grâce un système de couleur du ratio (du vert au rouge en passant par le jaune), on sait rapidement si le gène est up-régulé, down-régulé ou non différentiellement exprimé.

La dernière version intègre les données de séquençage haut débit liées à la transcription.
Ce logiciel permet également d'importer en masse des données provenant des expériences d'autres utilisateurs.

Interopérabilité
  • Importation des données
    BASE permet de rentrer des fichiers textes contenant les valeurs d'intensités de différents logiciels de quantifications, des expériences de macroarrays, microarrays, de puces à haute densité. Certains logiciels de quantification (genepix, imagene, ...) sont connus dans le logiciel, pour les autres on peut insérer les données en définissant le format de fichier approprié.

  • Exportation des données
    Des formats de fichiers sont prédéfinis pour l'exportation des données afin de les importer dans d'autres logiciels (MEV, Eisen, ...), mais l'utilisateur peut également choisir lui-même les données qu'il veut exporter.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • Je travaille sur une plateforme transcriptome qui fournit un service complet pour les puces à ADN (spotting, marquage, hybridation, scan, quantification et analyses statistiques). Pour mettre à disposition les données générées (protocoles, fichiers de quantifications, analyses) à plusieurs utilisateurs en même temps, nous avons choisi ce logiciel qui nous satisfait.
    Il facilite grandement le partage des informations et la consultation.
  • Bien que peu intuitif au départ car complet, les utilisateurs s'approprient la partie du logiciel pour consulter les résultats de leurs analyses assez facilement. L'insertion des données dans le logiciel est faite quant à elle par les spécialistes de la plateforme.
  • C'est pour moi un très bon logiciel qui correspond aux besoins d'une plateforme. Il est bien avancé, avec une communauté d'utilisateurs et de développeurs importante.
  • Puisque le code est libre, on peut même adapter le logiciel à ses besoins propres si nécessaire.
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • Ce logiciel est avant tout développé pour des biologistes, mais l'installation n'est possible que s'il y a un informaticien pour s'en occuper.
  • Le logiciel est un peu dur à prendre en main au premier abord.
  • L'insertion des données peut demander également de définir des formats de fichiers qui peuvent ne pas être intuitifs au départ.
Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Aucune, il faut soi-même l'installer, étant un logiciel très spécifique.

Plates-formes

Il s'installe sur linux.
Ce que j'ai testé :

  • Pour la première version sur fedora :
    BASE 1.2.17 : PHP 5.1.6 - Apache/2.2.3 - PostgreSQL 8.0.8
  • Pour la seconde version sur fedora :
    BASE 2.3 -> 2.5 : Tomcat 5.5.17 - Java SDK 1.5 (java 1.5.0_09) - PostgreSQL 8.0.8
Logiciels connexes
  • TMEV : permet d'analyser les données de puces à ADN. C'est un complément à BASE. Permet de faire du clustering hiérarchique, des k-means, SOM, SAM, ANOVA, t-tests, ... licence : Artistic License.
  • TreeView : permet de faire du clustering. C'est un complément à BASE.
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Plusieurs existent, ici une liste non exhaustive de logiciels avec des fonctionalités qui peuvent varier un peu, mais qui concernent les microarrays :

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

C'est un logiciel qui est développé depuis 2002 avec le soutien initial de :

  • la fondation Knut and Alice Wallenberg en Suède,
  • le consortium SWEGENE,
  • the Swedish Cancer Society,
  • l'Université de Lund.

Désormais il y a 3 sponsors : l'université de Lund, L'information Society Technologies et ACGT.

Eléments de pérennité
  • Le développement de la version 3 est en cours et intègre désormais les données de séquençages haut débit. Le logiciel pourrait avoir une seconde vie car la technologie des puces à ADN semble de moins en moins utilisées avec l'arrivée des séquenceurs nouvelle génération haut débit.
  • La communauté de développeurs est importante et active (9 développeurs actuellement) ainsi que la communauté d'utilisateurs qui contribuent par l'ajout de plugins ou tout simplement pour répondre sur la mailing list,
  • Les développements sont actifs,
  • La mailing list est active, puisqu'en moyenne l'an dernier, il y a eu 26 messages par mois.
  • Ce logiciel est très utilisé.
Références d'utilisateurs institutionnels

Endroits où est utilisé ce logiciel en France :

  • Plateforme MGX de Montpellier
  • Plateforme bioinformatique de l'INRA de Jouy-en-Josas
  • Plateforme de l'Inserm de Nantes
  • Génopole de Lille
  • INRA de Toulouse
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur

Documentation complète (pdf ou html) sur le site officiel

http://base.thep.lu.se/#Documentation

Contributions

Toutes les informations se trouvent sur le site officiel http://base.thep.lu.se/
Chacun peut participer au développement, créer des plugins.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 15/02/12
  • Correction mineure : 15/02/12
  • Rédacteur de la fiche : Laurent Costa - Archéologies et Sciences de l'antiquité (CNRS, Univ Paris X, Univ Paris I, Min. de la Culture)
  • Relecteur(s) : Sylvain Théry (Ecoanthropologie et Ethnobiologie)
    Frédéric Rousseaux (LIENS Université de la Rochelle)
  • Responsable thématique : Hervé Parmentier (Environnement Ville Société)
Mots-clés

gvSIG : Système d'Information Géographique (SIG) bureautique

Description
Fonctionnalités générales

GvSIG est sans doute un des produits SIG (Système d'Information Géographique) bureautique le plus complet de l’offre open source. L’étendue de ses fonctions lui permet de rivaliser avec la plupart des produits standards du marché. Son interface très inspirée du logiciel ArcView 3.x rend son utilisation agréable et très intuitive. Son fonctionnement l'est également, puisqu'il reprend le principe d'extension destiné à ajouter des fonctionnalités à la version de base.
De la saisie, l’édition, la consultation et l’interrogation à la mise en forme de documents cartographiques, cette application est, de plus, multi-systèmes (Windows, MacOS X, Linux) et permet de travailler sur des serveurs distants (SQL Server, MySQL, POSTGIS, Oracle (avec l'extension GeoDB) et via les protocoles WMS et WFS).
Du point de vue technique, l’application est développée sur la base du langage Java et accepte donc des personnalisations spécifiques.
Les outils existants en standard permettent de répondre à 90-95% des besoins d’un utilisateur lambda et la possibilité de développer en Java ses propres extensions laisse à l'utilisateur avancé toutes les possibilités.

Autres fonctionnalités
  • Production cartographique
  • Cartographies thématiques par valeurs qualitatives et quantitatives (symboles proportionnels ou gradients de couleurs)
  • Fonctions de mises en page avancées (échelle automatique et dynamique ; nord ; légende)
  • Gestion de données multi-sources
  • Connexion à des bases de données
  • Edition de données
  • Création de tables d'évènements
  • Sélection attributaires
  • Edition attributaires et édition des objets géographiques
  • Snaping géographique
  • Géotraitements (buffer, intersection, union, jointures spatiales, moyennes...)
  • Gestion d'hyperliens
  • Exports et imports de standards (Dxf, gml, shape, postgis)
  • Créations de graphiques sur la base des données attributaires
  • Ouverture de fichiers texte séparateurs tabulation
Interopérabilité
  • Respecte les normes de l’OGC ( open GIS consortium : http://www.opengeospatial.org/ ) et est associé avec une norme de métadonnées respectant la norme européenne ISO 19115.
  • Par défaut le produit est capable de lire les formats standards Shape, GML, PostGIS, Dwg, dxf et d'exporter dans ces mêmes formats.
  • Il se connecte aux bases de données par protocole JDBC, WFS, WMS, WCS ou sur des bases ArcIMS.
  • Il permet de géoréférencer des fichiers raster au format Tif, JPG, Gif ou Png.
  • La plupart des paramètres des systèmes de projection européens et mondiaux sont intégrés au logiciel.
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • Nous utilisons gvSig sur plusieurs projets de recherche en complément avec des outils propriétaires ArcGIS notamment sur le projet Alpage : Analyse diachronique du tissus urbain Parisien, projet associant quatre laboratoires : UMR 7041 Archéologie et Sciences de l'Antiquité, ArScAn (Archéologues), UMR 8506 LAMOP (Histoire médiéval de Paris I Panthéon Sorbonne), L3I (Informatique et mathématique appliquée université de La Rochelle), Otello (Géomatique, université de La Rochelle). Cette application permet de fédérer un réseau d'acteurs qui ne possèdent pas forcément les outils avancés standards (ArcGIS) qui se révèlent très coûteux. En outre, chacune des communautés en présence possède ses habitudes en terme de plate-forme. Les qualités transversales de GvSIG permettent de s'affranchir de ces différences et de ces habitudes pour échanger facilement à la fois les données et les compétences.
  • Le deuxième axe d'utilisation concerne les étudiants et notamment les doctorants pour qui l'accès à un logiciel SIG propriétaire est souvent problématique pour des questions de coût (encore !) et pour des questions de formation (souvent lourde). La gratuité de GvSIG résout de fait le premier problème. Son interface facile d'accès et ses fonctionnalités assez développées permettent de régler sans investissement en temps trop lourd la seconde question.
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • A l'exception de quelques exemples d'instabilité sur certaines machines aucun problème majeur dans la version 1.1.
  • Pas de requêtes spatiales disponibles dans GVSIG.
  • Pas de fonctionnalité de traitement spatial avancée ni de fonctionnalité de traitement de donnée type MNT (Modèle numériques de terrain). Pas de visualisations 3D.
  • La documentation officielle est livrée soit en anglais soit en espagnol (pas de français). Il existe cependant des tutoriels en français). On note que la communauté qui entoure ce logiciel est très active et s'internationalise.
  • Les outils de modélisation avancées sont limités (traitement des images ou des rasters).
Environnement du logiciel
Plates-formes

Toutes les plates-formes sont supportées : MacOS X, Windows ( 2000 - XP - Vista), Linux.

Logiciels connexes

D'autres logiciels open source plus pointus sur les questions d'analyse spatiale ou de traitement de données peuvent venir compléter efficacement GvSIG :

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Cette application est produite et maintenue, sur la base de crédits européens, par le conseil des infrastructures et des transports de la communauté de Valencia (Espagne). La communauté de Valencia correspond à l'échelon régional français à la différence près que les régions espagnoles bénéficient d'une beaucoup plus grande autonomie vis à vis de l'état.

Eléments de pérennité
  • Ce projet possède d'autant plus de chances de succès qu'il est soutenu par une volonté politique forte de la communauté de Valencia qui utilise cet outil au sein de ses services.
  • Le rattachement de GvSIG à cette institution Espagnole, permet de favoriser des développements continus.
  • Une communauté d’utilisateurs internationale se développe autour du produit permettant de cumuler les expériences (cf. site http://www.gvsig.org/web/).
  • Sa diffusion en progression et son utilisation comme outil pédagogique (université de Paris, université de Paris X, Université de La Rochelle) dans de plus en plus d'établissements laissent envisager un potentiel utilisateurs important particulièrement dans un proche avenir.
  • Depuis 2004, la communauté s'est structurée de manière très active autour de l'évolution du logiciel et de ses extensions.
Références d'utilisateurs institutionnels

A notre connaissance et dans notre environnement :

  • Communauté de Valencia
  • UMR 7041 ArScAn
  • UMR 8506 LAMOP
  • UMR 6250 LIENS
  • Ecole Nationale d'Architecture de Versailles
  • UMR ESO 6590
  • UMR 5145 Eco-Anthropologie et Ethnobiologie
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur

Joomla! : gestion de contenu Web (CMS)

Description
Fonctionnalités générales
  • Joomla! est un système de gestion de contenu (en anglais, CMS, pour Content Management System). Ce logiciel web permet de créer un site internet dynamique. Les informations sont rédigées dans des articles. Les articles sont classés dans des sections elles mêmes subdivisées en catégories.
  • Joomla! fonctionne avec une interface administration ("backoffice") et une interface utilisateur ("frontoffice"). Le "backoffice" permet de créer la structure du site web (sections, catégories, articles, items de menus, gestion des utilisateurs). La modification des articles existants peut se faire en mode Wysiwyg dans le "frontoffice", ce qui permet une délégation facile à des rédacteurs. L'éditeur des articles propose un mode Wysiwyg pour tout utilisateur mais aussi un mode texte HTML pour des utilisateurs avancés.
  • Joomla! dispose d'un système de modèles (templates) qui permet de modifier très facilement l'aspect graphique du site créé.
  • Joomla dispose d'un système d'extensions qui permet d'enrichir les fonctionnalités selon les besoins. Ces extensions font de Joomla! un CMS très modulaire. Le site officiel joomla recense 3357 extensions (septembre 2009).

  • Fonctionnalités principales :

    • Articles éditables et gérables sans limitations via un éditeur WYSIWYG.
    • Insertion de liens automatiques sur des fichiers téléchargés.
    • Gestion fine de la publication des informations (dates de début et fin de publication).
    • Facilités pour copier et déplacer le contenu entre différentes catégories.
    • Soumission d'articles par les contributeurs depuis l'interface publique (frontoffice).
    • Gestion des menus et paramétrage individualisé des liens de menus.
    • Templates et design complètement personnalisables incluant l’affichage des blocs (au centre, à droite, à gauche, en haut, en bas).
    • Librairie d'images et de fichiers multimédia (PNG, PDF, DOC, XLS, GIF, JPEG, FLASH, AVI, etc...).
    • Gestionnaire d'actualités, sondages, bannières, votes.
    • Multilingue (français compris).
  • Il existe deux versions de Joomla! :

    • Une version 1.5.x (1.5.14 au 15/09/2009) : il s'agit de la version actuelle stable de Joomla!.
    • Une version 1.0.x (1.0.15) : il s'agit de la version précédente de Joomla!. Cette version n'est plus maintenue depuis le 22 juillet 2009. Attention : Cela signifie qu'il n'y a plus de mises à jour de sécurité pour cette version 1.0.x.
  • Une version majeure 1.6 (actuellement disponible en version alpha) devrait voir le jour début 2010, les nouvelles fonctionnalités prévues sont :

    • Contrôle d'authentification amélioré (ACL)
    • Fonctionnalités multi-sites
    • Support multilingues amélioré
    • Un gestionnaire de mises à jour automatique
  • Améliorations principales de Joomla! 1.5.x par rapport à Joomla! 1.0.x :

    • Interface d'administration (backoffice) complètement revue et simplifiée
    • Gestionnaire d'extensions complètement revu et simplifié
    • Edition de templates multi-CSS
    • Support complet Atom 1.0 and RSS 2.0
    • Amélioration des options d'accessibilité
    • Internationalisation améliorée, support complet UTF-8, support RTL, traduction utilisant des fichiers .INI
    • Support LDAP natif
    • Support XML-RPC
    • Possibilité d'implémenter des applications Ajax
  • Quelle version de Joomla! choisir : 1.0.x ou 1.5.x ? Pour faire court : 1.5.x. Pour être plus précis :

    • Joomla! 1.0.x et ses 2700 extensions existent depuis 2005 mais le support de cette version est arrêté depuis le 22/07/2009. Joomla! 1.0.15 fonctionne toujours mais il n'y a plus de mises à jour de sécurité.
    • Joomla! 1.5.x est en version stable depuis janvier 2008. Il dispose d'une interface administrateur simplifiée (en particulier pour gérer les extensions) et de nouvelles fonctionnalités stables (mode LDAP, internationalisation, etc...). Les extensions sont désormais toutes développées pour cette version de Joomla!.
    • Quid du mode legacy de Joomla! 1.5.x (activable via la partie Administrator : Menu Extensions -> Gestionnaire des plugins -> publier le plugin nommé System-Legacy) ? Il permet en théorie de faire fonctionner sur la version 1.5.x les extensions développées pour la version 1.0.x. En pratique, même avec ce mode legacy, beaucoup d'extensions développées pour la version 1.0.x ne fonctionnent toujours pas correctement avec la version 1.5.x. De plus, ce mode legacy ne fonctionnera plus pour les extensions Joomla! 1.0.x au sein de la future version Joomla! 1.6. Il ne faut donc pas compter sur lui pour utiliser de façon durable des anciennes extensions Joomla! 1.0.x.
  • Joomla! 1.5.x et 1.0.x au cas par cas :

    • Vous créez votre premier site Joomla! :
    1. Choisissez Joomla! 1.5.x
    2. Choisissez des extensions développées nativement pour Joomla! 1.5.x. Evitez les anciennes extensions Joomla! 1.0.x.
    3. Choisissez un template graphique compatible Joomla! 1.5.x
    • Vous avez déjà un site Joomla! existant en 1.0.x et vous souhaitez mettre en oeuvre la migration en Joomla! 1.5.x :
    1. Après avoir fait toutes vos sauvegardes, effectuez la migration de 1.0.x à 1.0.15.
    2. Puis effectuez la migration de 1.0.15 à 1.5.x. (par création d'un nouveau site et utilisation de la solution "Migrator" décrite ci-dessous)
    3. Vous vérifiez que toutes vos extensions et votre template fonctionnent.
    4. Si certaines extensions ou certains templates ne fonctionnent pas : pas d'autre solution que d'en trouver une version native pour Joomla! 1.5.x
    • Vous avez déjà un site Joomla! existant en 1.0.x et vous n'avez pas le temps d'étudier tout de suite une migration en Joomla! 1.5.x :
    1. Après avoir fait toutes vos sauvegardes, effectuez la migration de 1.0.x à 1.0.15. C'est une migration généralement sans risques qui prendra en compte les dernières mises à jour de sécurité disponibles de cette version (juillet 2009).
    2. Planifiez dès que possible la mise à jour ultérieure en version 1.5.x.
  • Migration de Joomla! 1.0.x à 1.5.x :

    • Il existe une procédure appelée "Migrator" décrite dans les logiciels connexes.
    • Cette procédure est en version stable depuis avril 2008. Elle est surtout sans risques car elle ne détruit pas le site 1.0.x existant.
    • Elle permet une migration des données (toute la structure du site avec ses sections, catégories, articles et menus).
    • Mais elle ne gère pas le problème des extensions qui n'auraient pas évolué vers Joomla! 1.5.x.
    • Elle se présente sous la forme d'un composant (migrator v 1.5 au 13/07/2009) à installer sur la version 1.0.x de votre site Joomla! et de l'activation du mode migration dans l'installation de votre nouveau site Joomla! 1.5.x.
Autres fonctionnalités
  • Installation par script PHP avec interface graphique : très facile.
  • Interface LDAP : intégrée dans la version 1.5.x, disponible et opérationnelle sous forme d'extension/hack dans la version 1.0.x.
  • Moteur de recherche intégré.
  • Changement de l'ordre d'affichage des articles et autres objets.
  • Affichage de flashs infos aléatoires.
  • Gestionnaire de flux RSS, syndication paramètrable sur toutes les pages.
  • Envoi d'article par mail.
  • Article en format imprimable.
  • Création de pdf à la volée.
  • Installation simple et rapide des templates et des extensions.
  • Gestion des archives, stockage des anciens articles.
  • URLs SEF (Search Engine Friendly) permettant une meilleure indexation par les moteurs de recherche.
  • Édition des balises META (titres et mots clefs) pour chaque article.
  • Normes d’accessibilité.
  • Cache paramétrable et compression des pages pour augmenter les performances.
  • Possibilité de mettre le site "hors ligne" pour une maintenance tout en restant accessible par l'administrateur.
  • Extensions multisites et multilingues possibles.
  • Statistiques : par navigateur, par système d'exploitation client, par recherches effectuées. Les statistiques sur les recherches effectuées sont très utiles par exemple pour :
    • Identifier des informations cherchées mais non trouvées sur le site.
    • Identifier les types de systèmes d'exploitations et de navigateurs web utilisés pour accéder au site.
Interopérabilité
  • Les articles sont stockés dans une base de données mysql sous forme HTML.
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • Utilisations : en versions 1.5.14 et 1.0.15, serveur Apache 2.x, PHP5, MySQL 5
    • Intranet pédagogique et administratif Grenoble INP - ENSIMAG. 1000 utilisateurs. 80 utilisateurs/rédacteurs potentiels. 10 rédacteurs effectifs actuellement. 2 webmasters. 260 000 visites. Les articles initiaux ont été importés de l'ancien intranet HTML statique par des copier/coller du code HTML dans l'éditeur wysiwyg JCE. Version utilisée : 1.5.14
    • Extranet Tice Grenoble INP - ENSEEG/PHELMA (http://atelweb.enseeg.inpg.free.fr ) : portail d'un atelier de 100 sites web (dont 30 de type Joomla!). 140 000 visites. Versions utilisées : 1.5.7 et 1.0.15.
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • Comme tout CMS, la difficulté est principalement de comprendre la structuration des informations et de s'approprier son vocabulaire (sections, catégories, articles, menus).
  • Les extensions sont à choisir avec soin.
    • Ne pas en abuser.
    • Privilégier celles qui sont complètement indépendantes du noyau Joomla!.
    • Eviter celles qui modifient des parties du noyau Joomla!. Si elles sont vraiment nécessaires : à utiliser en connaissance de cause car des mises à jour du CMS nécessiteront presque toujours une réinstallation ou un redéveloppement de ces extensions.
  • Gestion des droits utilisateurs : Joomla ne dispose par défaut que de 2 groupes utilisateurs (public et membre). Cette limitation peut être levée par des extensions GMAccess (solution gratuite pour Joomla! 1.0.x) ou juga (solution commerciale pour Joomla! 1.5.x, tarif : 50$).
  • Comme toute solution PHP/MySQL, il est nécessaire d'être attentif à la sécurité et de suivre les mises à jour de sécurité de Joomla!. Le succès de joomla en fait une cible intéressante pour les hackers bien que Websecure Group garantisse la sécurité du CMS par un certificat décerné lors du festival russe : Chaos Construction (Août 2006).
  • Pas d'import et d'export faciles possibles depuis ou vers d'autres CMS.
  • Une migration éventuelle depuis ou vers un autre système CMS que Joomla! passera souvent par des copier/coller des articles HTML qui sont fastidieux mais facilités par un éditeur d'articles Wysiwyg/HTML.
Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré
  • Distribution sur clé USB pour environnement Windows (Movamp + Joomla pré-installé) : http://www.sarki.ch/jce15/index.php/telecharger/vo...
  • Attention : les différentes solutions ayant Joomla! pré-installé ne mettent pas toujours à disposition les toutes dernières versions de Joomla!. Pensez à appliquer les dernières mises à jour de sécurité.
Plates-formes
Logiciels connexes
  • L'éditeur d'articles est un aspect très important dans Joomla!, peut être le plus important. C'est en effet son niveau de convivialité qui facilite le travail quotidien des rédacteurs. Joomla! fournit un éditeur d'articles intégré en mode WYSIWYG. Il est possible d'installer sous forme d'extension un éditeur encore plus convivial pour l'utilisateur. Les deux meilleures solutions sont :

    • Joomla JCE : gratuit avec une contribution de 20 $/an pour des plugins supplémentaires (gestion d'images, flash, vidéos, autres fichiers téléchargés par fenêtre popup). Ce petit investissement apporte un vrai confort supplémentaire pour l'édition. Une petite préférence pour cet éditeur qui permet une personnalisation poussée (des types de fichiers autorisés à télécharger entre autres). Site officiel : http://www.joomlacontenteditor.net/. Site français : http://jce.sarki.ch/.
    • Joomla FCK : gratuit (mais un mode de donation de l'ordre de 20$/an semble être en cours de mise en place également) avec aussi une gestion d'images, flash, vidéos, autres fichiers téléchargés par fenêtre popup. Site officiel : http://www.joomlafckeditor.com/.
  • Authentification CAS

  • Migration d'un site Joomla! 1.0.x vers 1.5.x par le composant migrator, version stable 1.5 :

    • La migration n'est pas garantie à 100% mais le principe de la migration est sans risques car il ne détruit rien dans le site initial mais effectue la migration réelle dans une nouvelle installation de Joomla! 1.5.x.
    • Principe :
    1. Installation du composant migrator en tant qu'extension du site Joomla! 1.0.x existant.
    2. Ce composant permet principalement un export de la base de données dans un fichier.
    3. Nouvelle installation Joomla! 1.5.x à effectuer séparément dans un répertoire différent de l'installation 1.0.x.
    4. Lors de cette nouvelle installation, choisir une option "Script de migration" avec le téléchargement.
    5. La base de données est alors correctement migrée.
    6. Il reste à recopier les fichiers spécifiques du site initial 1.0.x vers le nouveau site 1.5.x : images, fichiers de données (flash, ppt, doc, vdéos, autres), template. Principalement, cela concerne les répertoires : "images" et "templates"
    7. Ce que ne couvre pas cette solution migrator : la migration des extensions du site Joomla! 1.0.x.
    8. Si le template de l'ancien site n'est pas compatible Joomla! 1.5.x, il faut également l'adapter ou le remplacer.
  • Extensions :

  • Modèles graphiques (templates) gratuits :

  • Prestations commerciales autour de la solution Joomla! :

    • Si vous avez besoin de développements (ou extensions) spécifiques autour d'une solution Joomla!, il existe de nombreux prestataires privés, SARL, EURL ou freelances qu'on peut trouver par exemple par une recherche sur internet.
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement
  • Le développement de Joomla! est en mode open source GPL depuis 2005.
Eléments de pérennité
  • Expérience conséquente de l'équipe de développement de ce type de CMS (> 5 ans).
  • Historiquement, Joomla! a été développé sur les idées initiales mises en oeuvre dans le logiciel CMS Mambo (2003). Le passage de Mambo à Joomla! s'est fait en douceur malgré la scission Mambo/Joomla (compatibilité ascendante pour assurer la transition).
  • La transition entre les versions majeures 1.0.x et 1.5.x de Joomla! s'est faite également en douceur. Etant donné le grand succès historique de ce CMS, la version 1.0.x a été maintenue jusqu'au 22/07/2009 malgré la sortie de la version 1.5.x en 2008.
  • La version 1.5.x a eu un temps de développement long mais est très réussie (simplicité d'utilisation accrue pour l'utilisateur et l'administrateur, mode d'extensions simplifié, LDAP intégré, internationalisation meilleure, normes d'accessibilité PDA/ téléphone/ordinateur)
  • La future version 1.6 a également un temps de développement très long. Mais dans le cas de Joomla!, cela semble être dans l'objectif de mettre à disposition une version fiable pour ce changement majeur.
  • Argument le plus important : l'équipe de développement réagit très vite à chaque faille de sécurité découverte. Les patchs (mises à jour de sécurité) sont mis à disposition très rapidement.
  • Une forte communauté d'utilisateurs à la fois internationale et française.
Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
  • Sécurité : Voici les trois mesures importantes à prendre pour préserver votre site et ses données. Les deux premières sont très simples à mettre en oeuvre.
    • Sauvegarde d'un site web Joomla! :
    1. Sauvegarde des fichiers du site : ces fichiers contiennent les images et autres fichiers liés (doc, flash, vidéos), les fichiers programmes et les extensions installées
    2. Sauvegarde de la base de données mysql : la base de données contient la structure du site (sections, catégories, articles, menus)
    3. Il est très important de mettre en oeuvre une procédure de sauvegarde quotidienne des fichiers et de la base de données de votre site. Joomla! est en effet une solution populaire en php/mysql et donc séduisante pour des attaques de hackers. La sauvegarde est donc une précaution nécessaire.
    • Mises à jour :
    1. Il est indispensable d'effectuer les mises à jour de sécurité au plus vite. En effet, l'exploitation d'une faille de sécurité peut se traduire de plusieurs façons sur votre site : simple détournement de la page d'accueil, suppression du contenu de la base de données, suppression des fichiers du site.
    2. Ces mises à jour sont très simples à appliquer, il s'agit en général d'un ensemble de fichiers à installer dans le répertoire du site web existant.
    • Sécurisation du serveur php/mysql :
    1. Cette mesure consiste à protéger non plus directement l'application Joomla! mais à protéger le serveur web/php/mysql qui l'héberge.
    2. Il n'y a pas de fiche de recette toute faite (même si certains points sont connus comme par exemple la mise à OFF de la variable php register_globals).
    3. Ce type d'opération nécessite l'intervention d'un administrateur système expérimenté.
  • Joomla : prix CMS Awards 2006, 2007 et 2008 (http://www.packtpub.com/open-source-cms-award-prev... )
  • Conseils :
    • Le vocabulaire "sections" et "catégories" est peu compréhensible au début. Pour simplifier, considérer les sections comme des dossiers/répertoires principaux et les catégories comme des sous-dossiers/sous-répertoires.
    • Chaque article doit en général appartenir à une section et une catégorie.
    • La version 1.5.x permet cependant d'avoir si nécessaire des articles indépendants des sections ou catégories.
    • Les étapes de création principales d'un site Joomla! sont :
    1. Création des sections et catégories pour ranger les articles
    2. Création des articles
    3. Création des menus liés à des sections ou catégories ou articles.
Contributions
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 07/12/12
  • Correction mineure : 04/04/13
Mots-clés

RRDTool : stockage et visualisation de données de monitoring

Description
Fonctionnalités générales

RRDtool est un outil de stockage et de visualisation de séries de données échantillonnées au cours du temps, couramment utilisé pour faire du monitoring (trafic réseau, charge serveur, ...) avec des sorties graphiques.
C'est un ensemble de commandes en ligne permettant :

  • de gérer le stockage des valeurs échantillonnées (création des bases de données, insertion des valeurs, etc.),
  • de générer des représentations graphiques de l'évolution de ces valeurs au cours du temps.

RRDtool généralise le concept de RRD (round robin databases) existant dans MRTG et développe les possibilités de visualisation, tout en abandonnant la fonctionnalité d'acquisition de données (qui était présente dans MRTG).

Autres fonctionnalités
  • Les bases de données Round Robin Databases sont des fichiers de taille fixe dans lesquels les données sont insérées séquentiellement au fil du temps.
  • A sa création, une RRD est initialisée avec des valeurs fictives, qui sont remplacées, au fil des insertions, par des valeurs réelles. Le nombre de données dans la base est constant : toute insertion d'une nouvelle donnée éjecte une donnée dont la durée de vie est dépassée.
  • Une RRD peut contenir une ou plusieurs séries de données (par exemple le volume entrant et le volume sortant d'une interface ethernet), et pour chaque série, une ou plusieurs archives (quotidienne, hebdomadaire, mensuelle, etc, ...).
  • Les différentes archives des différentes séries peuvent être visualisées sous forme de courbes, individuellement ou combinées entre elles.
  • Les courbes peuvent représenter les variations de séries de données issues de plusieurs RRD.
  • Les données peuvent être combinées entre elles à l'aide de divers opérateurs (arithmétiques, booléens, trigonométriques, statistiques, etc.) avant d'être visualisées.
Interopérabilité
  • Des fonctionnalités d'import/export des RRD au format XML sont disponibles.
  • Les images générées sont au format PNG, SVG, EPS ou PDF.
  • Il existe des interfaces de programmation pour les langages Perl, Python et Ruby, ainsi qu'une bibliothèque multi-threaded
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

RRDTool est utilisé dans le cadre de l'administration système et réseau, pour suivre l'évolution de divers paramètres : taux d'occupation des disques, temps de réponse des différents services réseaux, trafic réseau, consommation CPU/mémoire/swap des serveurs, températures des salles et des équipements, etc.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

RRDtool génère des courbes sous forme d'images, mais ne propose rien ni pour les organiser, ni pour les intégrer dans des pages web.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Linux Red Hat Enterprise, Fedora (et autres distributions de même souche).

Plates-formes

RRDTool est développé nativement pour plates-formes Unix, pour lesquelles il est distribué sous forme de tarball et de RPM. Il existe aussi des distributions binaires pour Windows, Netware et CygWin et divers Unix (AIX, HP-UX, Solaris, etc.)

Logiciels connexes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Développement individuel, par Tobias Oetiker.

Eléments de pérennité

RRDtool a été développé suite au succès de MRTG, The Multi Router Traffic Grapher (http://www.mrtg.org).

Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Listes de diffusion en anglais (annonces, utilisateurs, développeurs), accès au dépôt subversion, canal IRC, le tout référencé sur http://www.rrdtool.org/support.en.html.

Documentation utilisateur
  • Une documentation en anglais au format HTML est consultable depuis http://www.rrdtool.org/doc.
  • Des pages de manuel sont installées avec l'application et reprennent la documentation en ligne.
Contributions

Un très large ensemble d'outils logiciels développés avec RRDtool est répertorié sur http://www.rrdtool.org/rrdworld.

Parmi eux, à noter Systemgraph, http://www.decagon.de/sw/systemgraph, un petit outil élémentaire qui permet d'obtenir très simplement une panoplie de courbes essentielles (CPU, occupation partition, traffic réseau, etc.) au monitoring de la machine sur laquelle il est installé.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 06/01/14
  • Correction mineure : 06/01/14
  • Rédacteur de la fiche : Florence Petit - IGM (Université Paris-Est Marne-la-Vallée)
  • Relecteur(s) : Pierre-Yves Gosset (UREC puis Framasoft)
  • Contributions importantes : Geneviève Romier est le contributeur original de la fiche (elle a passé la main après sa migration vers Libre Office).
  • Responsable thématique : Anne Durand (CLEO)
Mots-clés

OpenOffice.org : suite bureautique intégrée

  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Téléchargement
  • Version évaluée : 4
  • Langue(s) de l'interface : français, anglais, autres
  • Licence : Autre
    • Licence Apache V2 depuis Apache Office v3.4
    • Versions précédentes d'OpenOffice.org <= 3.3 sous licence GPL v3
Description
Fonctionnalités générales

Suite bureautique intégrée comprenant :

  • un traitement de texte «Writer»,

  • un tableur «Calc», un module de création de présentation «Impress»,

  • un module de dessin «Draw»,

  • une base de données intégrée «Base», un éditeur d'équations «Math»,

  • des dictionnaires et une documentation associée.

De nombreuses extensions sont également disponibles.

Autres fonctionnalités
  • Par défaut format des documents texte en ODF - http://opendocument.xml.org - standard ouvert (OASIS et ISO), exportation possible en pdf y compris pour les formulaires.
  • Signatures numériques des documents au format ODF (utilise sur Win XP le magasin de certificats de IE).
  • A noter un grand nombre de langues possibles (y compris régionales) : http://www.openoffice.org/projects/native-lang.html
Interopérabilité
  • Peut traiter des fichiers créés avec Microsoft Office (.doc(x), .xls(x), .ppt(x) ...).
  • Peut sauvegarder les fichiers créés aux formats Microsoft Office sauf la dernière version de ces formats.
  • Sun fournit un greffon (plug-in) pour lire les fichiers ODT dans Word : http://www.lockergnome.com/windows/2012/01/18/how-...
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

J'utilise la version française en production principalement comme outil de traitement de texte, comme tableur et pour la création de diaporamas.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Voir la page des dysfonctionnements connus : http://fr.openoffice.org/problemes_connus.html

Environnement du logiciel
Plates-formes

Version 3.4 Fr:
- Windows XP, Vista, 7
- Linux RPM, Linux Deb
- Mac OS X

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement
  • Le projet OpenOffice.org a été créé à partir de la suite propriétaire StarOffice. Editée initialement par la société StarDivision, fondée en 1995 par Marco Börries, StarOffice est repris par Sun Microsystems en 1999 et est alors une suite propriétaire et commerciale.
    En 2000, Sun Microsystems met la plupart du code sous licence LGPL ce qui donne la suite libre OpenOffice.org.
  • Oracle rachète Sun Microsystems en 2009, puis cède OpenOffice.org à Apache. Le projet s'est alors scindé en deux après la version OpenOffice.org 3.3.
  • Une partie des développeurs continue le projet sous le nom de LibreOffice au sein de la fondation The Document Foundation.
  • La suite OpenOffice.org, confiée à l'Apache Software Foundation (http://www.apache.org/), s'appelle maintenant Apache OpenOffice (depuis la version 3.4).
    Pour en savoir plus : http://www.framablog.org/index.php/post/2012/05/27...
Eléments de pérennité
  • Le projet existe depuis la fin des années 1980, sous différentes formes. Cependant la passation successive de Sun à Oracle puis à Apache donne moins de visibilité pour la suite.
  • Le format .odt est un standard OASIS et ISO ( voir la ressource ODF ).
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
  • Apache OpenOffice.org est abrégé en AOO et OpenOffice.org en OOo
  • Astuce signalée par un utilisateur pour Writer : lorsque vous avez copié un bloc de texte venant d’un autre éditeur ou sous un format évolué et que vous voulez le coller dans un document Writer, utilisez le collage sans mise en forme : menu Edition - Collage spécial - Texte non formaté. Ainsi vous n’inclurez pas de caractères parasites de mise en forme.

  • Ajouter automatiquement une licence grâce à une extension : notice explicative chez Framasoft : http://www.framasoft.net/article4809.html
Contributions
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