diffusion information

Diffusion, communication d'informations (documents, photos...)
Mots-clés

Formation ENVOL 2014 : Tests et validation de logiciels

Malgré la situation difficile et pour le moment incertaine de PLUME, la formation permanente de la DR5 du CNRS, DevLOG, la DSI et des laboratoires du CNRS, avec le soutien par l'INRA, VetAgro-Sup et Inria, proposent une nouvelle édition de la formation ENVOL sur le thème "Méthodes de test et validation des logiciels" qui avait encore été initiée sous l'égide de PLUME.

Cette quatrième édition est la suite de celles qui ont été organisées :

  • en 2008 portant sur la valorisation de ces développements,
  • en 2010 amenant une vision plus concrète des outils et pratiques de développement et
  • dernièrement en 2012/2013 sur les aspects coopératifs du développement pour le logiciel libre.

Cette formation ENVOL 2014 aura lieu du 18 au 21 novembre 2014 à la Londe les Maures dans le Var.

Toutes les informations pratiques, ainsi que le contenu du programme sont en ligne.

L'inscription se fait sur formulaire électronique et est ouverte à tous les agents CNRS et INRA ainsi que ceux d'autres organismes qui s'intéressent aux spécificités de l'environnement enseignement supérieur et recherche (ESR).

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 22/08/13
  • Correction mineure : 22/08/13
  • Auteur de la fiche : Yohan Colmant (Univ de Valenciennes et du Hainaut Cambrésis - Service informatique)
  • Responsable thématique : Raphaël Tournoy (Centre pour la Communication Scientifique Directe)

ORI-OAI : Outil de Référencement et d'Indexation pour un réseau de portails OAI-PMH

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : ORI-OAI
Fonctionnalités générales du logiciel

Destiné principalement aux universités et grandes écoles, l'Outil de Référencement et d'Indexation pour un réseau de portails OAI-PMH ORI-OAI vise la mise en place d'un système ouvert, en logiciel libre, permettant :

  • de gérer et de publier tous les documents numériques produits par les établissements universitaires,
  • de les partager avec d'autres établissements,
  • de les valoriser par une indexation de qualité,
  • de les rendre accessibles, à distance et selon les droits définis, dans des interfaces ergonomiques.

La mission du projet ORI-OAI est aussi le développement de communautés OAI-PMH : il propose une implémentation de référence du protocole OAI-PMH ainsi que les outils nécessaires à la mise en place de ces communautés et à la bonne intégration aux communautés existantes.

Contexte d’utilisation du logiciel

ORI-OAI est utilisé dans les établissements d'enseignement supérieur pour le référencement de tous les types de ressources numériques : thèses et autres publications, ressources pédagogiques, offres de formation, ...

Mots-clés

Rencontres Scenari - 28 au 30 août 2013 -Toulouse

Du 28 au 30 août 2013 à Toulouse auront lieu les rencontres Scenari : c'est un événement destiné à rassembler la communauté d'utilisateurs des logiciels Scenari. Il marquera aussi la création de l'association Scenari.

Pour avoir plus d'informations et s'inscrire, cela se passe ici.

OpenSearch : spécification pour standardiser les fonctions de recherche en ligne

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 21/05/13
  • Correction mineure : 21/05/13
Mots-clés

OpenSearch : spécification pour standardiser les fonctions de recherche en ligne

  • http://www.opensearch.org
  • Type de ressource : résumé
  • Date de publication du document ou de l'événement : 2005
  • Auteur(s) ou responsable(s) : A9 (filiale d'Amazon.com)

Description courte :

OpenSearch est une spécification qui offre des services de recherche sur un site Internet et ce, indépendamment de la technologie du moteur de recherche utilisé par ce site. L'objectif est de proposer un standard pour la recherche et la publication sur Internet.

Avec cette technologie, il est ainsi possible d'agréger et d'afficher les résultats de plusieurs sites de recherche différents. On peut par exemple effectuer la même requête sur une base de données documentaire, un dictionnaire en ligne et un wiki, et afficher les résultats sur une même page.

Il est également possible de rajouter son moteur de recherche sur n'importe quel client de recherche qui contient un agrégateur OpenSearch (dans lequel on peut configurer son fichier de description OpenSearch). L'un des exemples d'utilisation les plus connus de cette technologie est l'intégration de listes de sites de recherche dans les navigateurs web (champ de recherche situé à droite de la barre d'URL sur Firefox et Internet Explorer).

Documents de standardisation : La dernière spécification se trouve ici : OpenSearch 1.1 (Draft 5)

Description détaillée :

OpenSearch ne remplace pas un moteur de recherche mais propose donc une surcouche afin d'uniformiser les formats de publication. En ce sens, on peut apparenter cette technologie à un « service web » pour la recherche sur Internet.

Techniquement, OpenSearch utilise XML et les flux de syndication (RSS ou Atom).

Pour pouvoir offrir tous les composants nécessaires à la recherche standardisée sur Internet, la spécification OpenSearch est composée de quatre formats complémentaires :

  • OpenSearch description document

    C'est un fichier XML qui identifie et décrit le moteur de recherche. En plus de l'adresse du namespace de la spécification «http://a9.com/-/spec/opensearch/1.1/», ce fichier doit contenir au moins les 3 balises obligatoires suivantes : ShortName pour le nom du service, Description pour sa description et Url qui contient l'adresse du site de recherche.

  • OpenSearch URL template syntax

    Ce format contient différents paramètres qui permettent de décrire la syntaxe de recherche utilisée par le moteur de recherche. Il précise notamment les règles de grammaire de l'attribut template de la balise Url utilisée dans le document de description précédent.

  • Opensearch Query element

    Ce format permet de configurer des requêtes spécifiques par un client de recherche. Il est composé d'un ensemble d'attributs de la balise Query. On peut par exemple proposer un exemple de requête qui peut être effectuée sur le moteur de recherche ou encore afficher des résultats avec des mots proches de celui utilisé par la requête (mais contenant une faute d'orthographe par exemple).

  • OpenSearch response elements

    C'est le format de présentation des résultats de recherche. Les formats possibles nativement sont RSS 2.0 et Atom 1.0. D'autres formats de publication sont possibles comme HTML/XHTML.

En plus de ces formats, il existe plusieurs extensions, parmi lesquelles :

  • Referrer

    Permet de fournir des informations sur la source effectuant la recherche, comme par exemple le logiciel client utilisé

  • Relevance

    Permet d'indiquer le score de chaque résultat d'une recherche donnée

  • Suggestion

    Permet l’auto-complétion de mots dans le champ de recherche.

Pour l'utilisation de chacune de ces extensions, il faudra ajouter l'adresse du namespace XML de la spécification dans le fichier de description.D'autres extensions sont encore à l'état de draft mais offriront des possibilités intéressantes, notamment :

  • Geo extension

    Propose de fournir un mécanisme standard pour effectuer des recherches sur des données géographiques, comme des coordonnées ou des noms d'endroits.

  • Mobile extension

    Propose un mécanisme standard pour adapter les recherches de type OpenSearch aux terminaux mobiles, notamment dans l'affichage des résultats.

Utilisations recommandées :

Tout site utilisant OpenSearch peut être directement intégré au navigateur en utilisant la zone de recherche adaptée.

OpenSearch peut également être utilisé sur des applications hébergeant des moteurs de recherche et fournissant des services en ligne. Cela peut rendre l'application plus générique et permet d'accepter des requêtes à partir d'autres applications. Un exemple d'application en milieu scientifique est le logiciel SITools2 qui intègre nativement un champ de recherche OpenSearch. D'autre part, de nombreux CMS ou wiki implémentent opensearch soit de manière native soit grâce à un plugin: par exemple WordPress, SPIP,Drupal, PLONE, GetNetwork, DokuWiki, MediaWiki

OpenSearch est également très utilisé pour les recherches sur les sites bibliographiques car contenant de multiples bases de données provenant de sources différentes (voir par exemple le site de la revue internationale Nature : http://www.nature.com/opensearch).

Exemple de mise en œuvre :

Pour pouvoir configurer un service OpenSearch sur un moteur de recherche, il faut effectuer les trois étapes suivantes :

  • Configurer le moteur de recherche pour proposer en option une réponse au format RSS ou Atom (cela permettra d'utiliser les paramètres du format OpenSearch response elements)

  • Créer un fichier de description au format OpenSearch description document

    Le fichier minimum doit être de la forme :

    <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
    <OpenSearchDescription xmlns="http://a9.com/-/spec/opensearch/1.1/">
      <ShortName>${name}</ShortName>
      <Description>${name}</Description>
      <Url type="application/html" template="${url}/suggest?q={searchTerms}">
      </Url>
    </OpenSearchDescription>

    Où ${name} est le nom du site et ${url} l’adresse du site.

  • Publier le fichier précédent en ajoutant un lien dans le header de la page d'accueil du site de recherche.

    Si par exemple le fichier s'appelle opensearch.xml :

    <link rel="search" type="application/opensearchdescription+xml" title="${name}" href="${url}/opensearch.xml">

Une étape supplémentaire peut être d'envoyer ce fichier de description à l'un des annuaires de moteurs de recherche supportant OpenSearch pour faire connaître le service de recherche.

Il existe en outre de nombreuses bibliothèques qui implémentent les services OpenSearch. Une liste détaillée se trouve ici :
http://www.opensearch.org/Community/OpenSearch_sof...

 

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 08/01/14
  • Correction mineure : 08/01/14
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Fiches logiciel PLUME connexes : LaTeX

Doxygen : Doxygen est un système de génération de documentation à partir du code source

Description
Fonctionnalités générales

Doxygen permet de créer des documentations à partir du code source sous différents formats qui vont du site web très interactif au document pdf (mais aussi LaTeX, XML, RTF, Man pages, ...).
La documentation est générée à partir de la syntaxe et de la grammaire du langage (classe, fonctions, ...) et peut être complétée par des informations (balises) insérées sous forme de commentaires interprétables par Doxygen (ex : /** ..**/)
Il accepte, entre autres, comme source les langages C++, C, Objective-C, C#, PHP, Java, Python, IDL, Fortran, VHDL, Tcl et peut-être étendu à d'autres langages non supportés nativement.

Autres fonctionnalités

Des sémaphores adaptées au langage ('!!', '///' ou '/**') permettent à Doxygen de repérer des informations à rajouter à la documentation, notamment à l'aide de mot-clés (@call @version, @author, @see, \brief, \laxtexonly ... \endlatexonly) pour spécifier les caractéristiques d'un module, un objet, une fonction, introduire des formules, etc...
On peut écrire des formules en TeX directement dans les fichiers source (par exemple pour les unités des variables en paramètres), mais aussi inclure des fichiers LaTeX pour rajouter de la documentation dans le guide de l'utilisateur (avec \input{my_doc_file.tex}).
Les fichiers d'en-tête à la production du site web ou au fichier pdf (via LaTeX) de la documentation sont modifiables, ce qui permet de faire ces propres présentations de la documentation.
Doxygen est intégré à certains IDE ( eclipse).
Doxygen peut s'utiliser en ligne de commande ou via Doxywizard (une interface graphique pour Doxygen).
En ligne de commande, il peut être paramétré avec :

  • un fichier de configuration (Doxyfile) regroupant les options, les préférences
  • un fichier 'layout' pour personnaliser plus finement les sorties
Interopérabilité

Les formats de sorties sont HTML, LATEX, MAN, RTF, XML, DOCBOOOK, Compiled HTML Help, Qt Compressed Help, Eclipse Help, XCode DocSets, PostScript et PDF.
On pourra également générer un module PERL qui contiendra la structure du logiciel.
Enfin, on peut lier plusieurs documentations par en générant des fichiers TAGFILE.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

C'est un excellent outil de documentation, qui permet de faire communiquer les développeurs d'outils de calcul scientifique
et de construire la documentation utilisateur et développeur en même temps. Cette documentation peut être versionnée et suivre alors l'évolution du code.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

La prise en compte du Fortran est assez pauvre.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Très nombreuses : Debian, Ubuntu, Fedora, MacPorts, etc.

Logiciels connexes
  • Doxywizard (interface graphique pour Doxygen)
  • graphviz
  • LaTeX
  • browser
  • mathjax
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Listes de discussion "annonces", "développeurs", "projets" et "utilisateurs : http://sourceforge.net/p/doxygen/mailman/

Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 01/04/13
  • Correction mineure : 28/12/13
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Fiches logiciel PLUME connexes : , ,

ownCloud : plateforme de services de stockage et d'applications diverses en ligne

Description
Fonctionnalités générales

ownCloud est un logiciel libre écrit en PHP/JS/AJAX offrant une plateforme de services de stockage et de synchronisation en temps réel de fichiers et d'applications diverses en ligne.

ownCloud fournit un accès à ses fichiers depuis une interface web ou depuis un partage WebDAV et CalDAV.

Cette application permet également :

  • un accès simple à ses contacts, calendriers et marque-pages,
  • un accès et un lecteur de musique au format MP3,
  • de visionner et classer ses images en albums,
  • de visionner directement des fichiers Adobe PDF et OpenDocument,

le tout depuis n'importe quel périphérique/système d'exploitation compatibles WebDAV/HTTP(s).

Un logiciel client lourd open-source (basé sur Myrall et Csync) permet de synchroniser un ou plusieurs répertoires locaux en direction du cloud. Ce client est disponible pour Windows, MacOS X et Linux. Des applications pour iOS et Android sont également disponibles.

Il est possible de définir des droits sur les fichiers et répertoires directement depuis l'interface de gestion. Les fichiers stockés peuvent être chiffrés.

ownCloud se veut donc être un système de "cloud computing" permettant l'accès à la demande et en libre-service à des ressources informatiques partagées en réseau, selon la définition du National Institute of Standards and Technology.

Autres fonctionnalités

L'installation et les mises à jour sont minimalistes. Il n'est pas nécessaire de disposer de droits élevés locaux pour réaliser l'installation. Les montées de version sont prises en compte.

Il est possible de rajouter des greffons ("plugins") pour augmenter le niveau de fonctionnalité du produit, avec par exemple une possibilité de lecture de vidéo en ligne, de partage de fichiers multi-utilisateurs. Le développement est facilité avec la mise à disposition d'une API.

L’authentification des utilisateurs peut se faire depuis une base de données MySQL/SQLite et/ou depuis un annuaire LDAP. L'intégration à Microsoft ActiveDirectory est pré-paramétrée dans l'onglet LDAP.

La documentation est très riche, le produit est à ce jour extrêmement suivi et maintenu. Il est possible d'acheter du support auprès du revendeur.

Interopérabilité

De par l'utilisation du protocole standard WebDAV, il est possible d'intégrer et de synchroniser avec ownCloud des fichiers à partir de systèmes d'exploitations comme MS-Windows 98/2000/XP/7/2008, GNU/Linux, iOS, Android, ...

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Mis à disposition pour 250 utilisateurs.
GNU/Linux Debian stable, base de données MySQL 5.x, et serveur web Nginx.
Le serveur PHP est délocalisé sur une machine dédiée à l'exécution de PHP, via php-fpm.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Attention aux ressources processeurs consommées (process PHP qui peut devenir gourmand) lors des synchronisations massives depuis le client lourd (matin/soir).

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Ubuntu (à partir de 12.04.1 au moins), Fedora (prévu pour la version 19), présent dans les ports d'OpenBSD et de FreeBSD,

Plates-formes

Toute infrastructure capable de servir du web et d'exécuter du code PHP.

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Tous les services de cloud non libres : Amazon S3, Drop Box, Google Drive, iCloud, Microsoft Azure, hubiC (basé sur le logiciel libre OpenStack), ...

En logiciel libre, avec également la possibilité de l'héberger localement : Linshare

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Éditeur professionnel : http://www.owncloud.com

Eléments de pérennité
  • Forums et communautés très actifs.
  • Société commerciale présente pour vendre du support.
  • Sorties fréquentes de versions (première version en juin 2010, dernière version, 5.0, en mars 2013).
Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 17/12/12
  • Correction mineure : 13/11/13
Mots-clés

Ensembl API : interface de programmation pour l'accès aux bases de donnees Ensembl

Description
Fonctionnalités générales

Bibliothèques Perl permettant d'accéder facilement :

- aux données d'annotations avec le module Core : séquences, gènes, transcrits aletrnatifs, exons, introns, Gene Ontology, Symbol, Ensembl ID, FBgn, ...

- aux données comparatives inter-espèces avec le module Compara : alignements entre génomes, synténie, prédictions paralogues et orthologues, familles de protéines , ...

- aux données d'évolution avec le module Variation : SNP, mutations somatiques, variants de structures, ...

- aux données de régulations transcriptionnelles avec le module Funcgen : ouverture de la chromatine, facteurs de transcription, modifications de l'histone.

Autres fonctionnalités

Ces composants permettent un lien entre un programme et les bases de données Ensembl. Il est ainsi possible de requêter directement la base de données de l'EBI ou n'importe quel miroir tout comme une instance locale.

Les fichiers de configuration des API permettent de spécifier pour chaque espèce quel serveur de base de données utiliser. Pour un usage local il n'est donc pas nécessaire d'installer la totalité des bases de données Ensembl, mais uniquement celles d'intérêt.

Les API proposent des objets de haut niveau dotés d'une gestion efficace et rapide aux données et permettent de s'abstraire du schéma relationnel sous-jacent.

L'API fournit également des méthodes de modifications des données ... dans le cadre d'une instance locale, il va de soi.

Interopérabilité

Ces bibliothèques Perl ont comme sources de données d'annotation celles proposées par l'EBI.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Les API EnsEMBL sont utilisées pour annoter les données produites, et permettre les comparaisons entre espèces.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Une maîtrise du langage Perl est nécessaire.

Pour un usage intensif, l'accès direct aux bases de données d'EnsEMBL est déconseillé : lenteur du réseau, risque d'être black-listé dans le cas d'un usage vraiment trop important.

Il est primordial de garder une adéquation entre la version des API et celles des bases de données, au risque de générer des résultats partiels ou incohérents.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Linux, Mac OS, Windows (Active Perl)

Logiciels connexes

BioMart DAS

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Le plus connu des "Genome Browsers" outre-Atlantique est celui de l'UCSC. Ce dernier offre également des API pour consulter de façon automatique ses données.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement
Eléments de pérennité

Existe depuis 1999, le projet comporte 7 équipes représentant entre 40 et 50 personnes.
Le projet met à disposition plusieurs versions par an.

Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
Fiche logiciel à valider
  • Création ou MAJ importante : 14/10/12
  • Correction mineure : 15/10/12
  • Rédacteur de la fiche : Jean-Philippe Magué - Pôle de Diffusion des Savoirs - Atelier des Humanités Numériques (ENS de Lyon)
  • Responsable thématique : Maud Ingarao (Institut d'Histoire de la Pensée Classique - ENS Lyon)
Pour aller plus loin
Fiche en recherche de relecteurs
Cette fiche est en recherche de relecteurs. Si vous êtes intéressé(e)s, contactez-nous !

eSciDoc : système de gestion de ressources numériques

Ce logiciel est en cours d'évaluation par la communauté PLUME. Si vous utilisez ce logiciel en production dans notre communauté, merci de déposer un commentaire.
Description
Fonctionnalités générales

Projet commun à la Max Planck Gesellschaft et au FIZ Karlsruhe, eSciDoc se présente comme un environnement de e-recherche. Construit autour de l'entrepôt de données Fedora Commons, eSciDoc expose un certain nombre de services offrant aux chercheurs, bibliothécaires, etc, la possibilité de développer des applications pour gérer, manipuler et publier leurs données.

Autres fonctionnalités

eSciDoc est présenté comme ayant une architecture orientée service structurée en trois couches : l'infrastructure eSciDoc, les services communs, et les solutions (ou applications) eSciDoc. En fait, la couche la plus externe, les solutions eSciDoc, sont des applications entièrement fonctionnelles, très spécifiques, construites à partir de l'infrastructure et des services communs. Le développement d'une nouvelle application basée sur eSciDoc s'appuiera donc, de la même manière, sur ces deux couches internes.

Les solutions eSciDoc disponibles sont :

- PubMan, une application de gestion de publications ;

- Faces, une application pour la gestion d'une corpus de portraits illustrant différentes expressions faciales ;

- Sengbusch Collection, une application qui regroupe l'ensemble des publications du Professeur Dr. Reinhold von Sengbusch, biologiste et ancien directeur du Max Planck Institut für Kulturpflanzenzüchtung ;

- VIRR, un environnement collaboratif pour la gestion d'un corpus sur la législation dans le Saint Empire Romain.

L'infrastructure eSciDoc regroupe les fonctionnalités les plus génériques :

- organisation des données et des métadonnées,

- accès aux données,

- gestion des versions,

- authentification et autorisations,

- statistiques…

Les services communs sont des fonctionnalités plus haut niveau : fournisseur de données OAI-PMH, gestion de listes d'autorités, extraction de métadonnée techniques, gestion d'identifiants uniques, recherche, export, ...

Interopérabilité

L'infrastructure eSciDoc comme les services communs sont implémentés sous forme de services web, chaque service ayant une interface SOAP et une interface REST. eSciDoc peut donc s'intégrer facilement dans n'importe quel environnement logiciel. De plus, il existe un client Java, lui-même construit sur ces services web, permettant d'interagir avec eSciDoc avec des classes représentant les objets manipulés par eSciDoc

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Nous avons testé eSciDoc comme infrastructure commune à plusieurs projets de corpus numériques.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

eSciDoc est une plateforme complexe, relativement lourde à mettre en place. Chaque service web a son propre schéma XML pour décrire les données à échanger avec lui. Il semble que la multiplication des schémas rende compliqué les développements utilisant directement les services web. Néanmoins, utilisant le client Java, nous n'avons pas été exposé à cette complexité.

Environnement du logiciel
Plates-formes

JBOSS sous Linux/Unix.

Logiciels connexes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement
Eléments de pérennité

Une page du site d'eSciDoc est consacrée à la pérennité du projet. La Max Planck Gesellschaft et le FIZ Karlsruhe reconnaissent tous deux le caractère stratégique d'eSciDoc pour leur développement et ont signé un accord de coopération pour la poursuite du développement du logiciel.

Environnement utilisateur
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 01/08/13
  • Correction mineure : 01/08/13
Mots-clés
Pour aller plus loin

Exhibit (Simile widget) : visualisation web de données hétérogènes et interfaces internet riches

Description
Fonctionnalités générales

Exhibit est l'une des réalisations du projet Simile (Semantic Interoperability of Metadata and Information in unLike Environments) du MIT.

Exhibit est un framework écrit en javascript pour la visualisation web de données hétérogènes et le développement d'interfaces internet riches. Ce framework peut donc contribuer à la réalisation de RIA (Rich Internet Applications).

Exhibit fournit diverses possibilités de visualisation de données et de métadonnées : frise chronologique (à plusieurs échelles), carte géographique, tableau "triable", vignettes, graphiques, ...

Il offre également des fonctionnalités de recherche simple et de filtre (recherche à facettes). Ces facettes peuvent être présentées sous forme de liste simple ou hiérarchique, sous forme de nuage, d'images (exemples en ligne de réalisation), ...

Les filtres servent à restreindre les données à afficher dans l'interface et ceci de manière synchronisée entre les différentes vues : facettes, frise, carte, ... 

Autres fonctionnalités

Les données, quel que soit leur format de départ (XML, etc.), doivent être transformées au format JSON. Cette conversion peut notamment être effectuée en utilisant une autre réalisation du projet Simile : Babel.

Interopérabilité

Développé en javascript, Exhibit fonctionne a priori sur tout navigateur, sous réserve des comportements spécifiques de chaque navigateur dans l'exécution de javascript. Par exemple, la taille de la pile, différente selon les navigateurs, peut entraîner des différences de comportement (cf. par exemple les mesures fournies dans l'une des réponses à ce fil de discussion).

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

La lecture de la source de données JSON est très sensible pour ne pas dire capricieuse (espaces, fins de ligne...). Il arrive que la source de données JSON ne soit pas lue alors qu'elle est valide. Il est donc conseillé de supprimer tous les sauts de lignes et indentations dans la source JSON pour éviter les problèmes.

Stabilité : fin 2012, la version 2.2 a été déplacée à une URL différente et légèrement modifiée, sans préavis. Nos sites qui appelaient cette librairie sont donc tombés en panne. Il est conseillé de copier la librairie sur ses propres serveurs par sécurité.

Environnement du logiciel
Plates-formes

La bibliothèque doit être déposée sur un serveur web.
Les interfaces web qui l'utilisent doivent inclure l'appel à la bibliothèque et être accédées via un navigateur gérant le javascript.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

MIT (Massachusetts Institute of Technology)

Eléments de pérennité
  • Une version Exhibit 3.0 est en cours de développement. La version Scripted est disponible. La version Staged, dont la visée est le passage à l'échelle pour les très grosses masses de données, est en bêta2. Comparaison v2.2 / v3.0
  • La liste de discussion compte près de 1500 membres, l'activité y semble régulière.
Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur

JeBiF : Jeunes Bioinformaticiens de France

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 20/09/12
  • Correction mineure : 22/03/13
Mots-clés

JeBiF : Jeunes Bioinformaticiens de France

Depuis 2008, JeBiF constitue une structure nationale, associée au Student Council de l’International Society for Computational Biology (ISCB) en tant que Regional Student Group, permettant le rassemblement des jeunes acteurs exerçant dans le domaine de la bioinformatique.

JeBiF s’est défini plusieurs objectifs, dont :

  • Le rassemblement des jeunes acteurs de la bioinformatique en France dans le but de créer une communauté active à portée nationale et internationale.
  • La stimulation des synergies locales et nationales en favorisant la mise en place de projets collaboratifs entre la recherche publique et les entreprises privées et en encourageant les partenariats entre ses membres afin de développer les activités scientifiques.
  • La promotion de la communauté française des bioinformaticiens auprès des institutions publiques, des entités privées et à l’international.
  • La communication auprès du grand public de cette discipline et des formations associées.
  • La défense et la promotion du doctorat.

Pour favoriser les rencontres entre acteurs de la bioinformatique, JeBiF organise différents types d’événements incluant :

  • les journées JeBiF consacrées aux Jeunes Bioinformaticiens à l’occasion des Journées Ouvertes de Biologie, Informatique, Mathématiques (JOBIM) organisées par la SFBI.
  • les petits-déjeuners JeBiF, organisés en sous forme de tables rondes, sont l’occasion de préparer l’insertion professionnelle en bioinformatique.
  • les JeBiF pubs, ce sont des soirées décontractées organisées dans différentes villes par les membres actifs. On y discute de tout et de rien, et même de bioinformatique...

Le site internet JeBiF permet de prendre connaissance de l'association, de son historique, ses statuts, son conseil d'administration et surtout de suivre son actualité.

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