tableur

Tableur
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 03/09/13
  • Correction mineure : 03/09/13
Mots-clés

tabwebexp : tableur web de saisie d'expériences multi-utilisateurs

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 1 - 2012
  • Licence(s) : choix en cours, contacter l'auteur
  • Etat : utilisé en interne
  • Support : maintenu, sans développement en cours
  • Concepteur(s) : Gérard Henry
  • Contact concepteur(s) : www.latp.univ-mrs.fr/~henry
  • Laboratoire(s), service(s)... : LATP

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Cette application est destinée à stocker les données d'une expérience. Par rapport à un simple tableur, elle permet de réunir simplement les saisies faites par plusieurs expérimentateurs, et de garder un historique des saisies. Cette caractéristique est essentielle dans le post-traitement. Les données à saisir sont variées et en grande quantité.

Pendant le post-traitement, il est important de différencier les mesures de chaque expérimentateur. Cet aspect multi-utilisateurs a conduit au choix d'une application web, et à la mise en œuvre d'une base de données.

Les fonctionnalités sont :

  • authentification et gestion de session par utilisateur
  • saisie pour tous les sujets par jour ou pour tous les jours par sujet
  • extraction des données selon certains critères (par utilisateur, pour tous les utilisateurs, les plus récentes)
  • plusieurs formats d'exportation (txt, csv, monolix)
  • graphiques avec choix des courbes par sujet, expérimentateur, site, ...

L'installation de cette application nécessite un serveur web et le module python. Le développement s'appuie sur le framework Django.

Contexte d’utilisation du logiciel

L'application est en cours d'utilisation depuis le printemps 2012, par des pharmaciens et des mathématiciens, et dans le projet ANR Memorex.

L'application est déployée sur un serveur d'applications de mon laboratoire, le LATP.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 26/03/14
  • Correction mineure : 27/03/14
Mots-clés

LibreOffice : suite bureautique intégrée

  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Téléchargement
  • Version évaluée : 4.1.3
  • Langue(s) de l'interface : français, anglais, autres
  • Licence : LGPL

    V3.

    Textes et images du site web : Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 License.

    "LibreOffice" et "The Document Foundation" sont des marques enregistrées dans un ou plusieurs pays. Leurs logos et icônes sont soumis au droit d'auteur.

Description
Fonctionnalités générales

Suite bureautique intégrée comprenant :

  • un traitement de texte «Writer»,
  • un tableur «Calc»,
  • un module de création de présentation «Impress»,
  • un module de dessin vectoriel «Draw»,
  • une base de données intégrée «Base»,
  • un éditeur d'équations «Math».
Autres fonctionnalités
  • Dictionnaire, dictionnaire des synonymes.
  • Installation multilingue permettant un grand nombre de langues nationales et régionales.
  • Signatures numériques de document.
  • Environnement de développement de macrocommande (différents langages : LibreOffice Basic, Python, BeanShell, JavaScript).
  • Dans cette version, la gestion des espaces insécables en français est intégrée.
  • De nombreuses extensions sont disponibles : http://extensions.libreoffice.org/libreoffice-extensions-and-templates-fr?set_language=fr
Interopérabilité
  • Par défaut, le format des documents est en standard ouvert ODF (OpenDocument Format), voir : http://opendocument.xml.org/ (OASIS et ISO), et la fiche PLUME : https://www.projet-plume.org/fr/ressource/format-o...
  • Export possible en PDF y compris pour les formulaires.
  • Peut ouvrir et enregistrer des fichiers dans les formats d'autres suites bureautiques comme les fichiers à extension .doc(x), .xls(x), .ppt(x) de Microsoft Office ainsi qu'au format HTML.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

J'utilise la version française sur un poste Windows principalement comme outil de traitement de texte, tableur et pour la création de diaporamas.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • En cas de dysfonctionnement, on peut consulter les pages :
    - notes de version : http://fr.libreoffice.org/telecharger/notes-de-ver...
    - lisez-moi : http://fr.libreoffice.org/home/lisez-moi/
  • Les utilisateurs de MS-Windows 2000 peuvent avoir besoin de cette mise à jour avant de pouvoir installer LibreOffice, voir http://www.microsoft.com/downloads/en/details.aspx....
  • Sur MacOS et sur MS-Windows (en particulier MS-Windows 7), les diaporamas peuvent apparaître incomplets. Comme contournement, allez à LibreOffice -> Préférences -> Affichage, et désactivez l'accélération matérielle.
  • La version 3.5 utilise un algorithme de chiffrement différent de celui des versions précédentes : AES a remplacé Blowfish. En conséquence, les fichiers chiffrés avec LibreOffice 3.5 ne peuvent pas être ouverts avec les versions de LibreOffice précédentes jusqu'à 3.4.4. LibreOffice 3.4.5 permet d'ouvrir ces fichiers. Cependant en enregistrant à nouveau avec LibreOffice 3.4.5 l'ancien algorithme de chiffrement sera utilisé. Les fichiers chiffrés avec l'ancien algorithme peuvent évidemment être utilisés par LibreOffice 3.5.0.
Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Plusieurs distributions GNU/Linux intégrent LibreOffice : Arch Linux, Fedora, Gentoo, Mageia, OpenSUSE et Ubuntu.

Plates-formes

Windows (XP, VISTA, 7), GNU/Linux, MacOS (>=10.4)

Logiciels connexes
  • Un pack d'aide en français est téléchargeable sur le site afin de bénéficier de l'aide en local. Sans installation du pack d'aide, LibreOffice accède automatiquement au site Internet d'aide lors de l'utilisation d'une fonction d'aide (menu, touche F1 sur Windows...) de LibreOffice.
    *Environnement d'exécution Java : il faut installer JRE (Java Runtime Environment) pour avoir certaines fonctionnalités comme le module de base de données (Base), certains assistants et extensions (générateur de rapports, solveur, etc.). Il est préférable d'installer la dernière version de l'environnement d'exécution Java avant d'installer LibreOffice.
    Pour installer un environnement d'exécution Java ou pour vérifier si vous en disposez déjà, consultez le site officiel de Java en français : http://java.com/fr/
  • De nombreuses extensions permettant de compléter et personnaliser la suite sont disponibles sur : http://extensions.libreoffice.org/. On trouve notamment des modèles de présentation pour le module "Impress" qui remplacent avantageusement ceux proposés par défaut.
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement
  • Editée initialement par la société StarDivision, fondée en 1995 par Marco Börries, StarOffice est repris par Sun Microsystems en 1999 et est alors une suite propriétaire et commerciale. En 2000, Sun Microsystems met la plupart du code sous licence LGPL ce qui donne la suite libre OpenOffice.org. A la suite du rachat de Sun Microsystems par Oracle en 2009, des membres quittent le projet OpenOffice.org. Ils forment un nouveau groupe appelé The Document Foundation et continuent le développement de la suite sous le nom de LibreOffice, tandis qu'Oracle cède OpenOffice.org à Apache. Pour en savoir plus : http://www.framablog.org/index.php/post/2012/05/27...
  • LibreOffice et OpenOffice sont désormais dans une sorte de concurrence : Ubuntu a choisi de soutenir LibreOffice ; il n'y a plus de paquet OpenOffice dans la logithèque des dernières versions d'Ubuntu.
  • The Document Foundation est une organisation constituée en fondation en 2010 par les membres leaders de l’ancienne communauté OpenOffice.org. Elle bâtit sur les fondations des dix ans de travail sur OpenOffice.org. Elle a été créée avec la conviction qu’une fondation indépendante est ce qui convient le mieux aux valeurs intrinsèques d’ouverture, de transparence et de reconnaissance des personnes pour leur contribution à la Communauté. Elle est ouverte à toute personne qui est en accord avec ses valeurs et contribue à ses activités. Elle accueille la participation des entreprises, par exemple en parrainant le travail d’individus et de contributeurs dans la communauté.
Eléments de pérennité
  • La suite LibreOffice dérive de logiciels qui existent depuis 1999. Elle est un embranchement (un « fork ») d'OpenOffice.org, lui-même issu de StarOffice.
  • Elle est soutenue par de nombreuses entreprises, communautés et organisations du logiciel libre : FSF, Gnome, AFUL, APRIL, NeoOffice, Canonical, Novell, Red Hat, Google.
  • Elle est intégrée dans plusieurs distributions GNU/Linux.
  • L'enregistrement des fichiers (.odt, .ods...) se fait en format OpenDocument Format, standard OASIS et ISO (Voir fiche PLUME sur ODF).
Références d'utilisateurs institutionnels

Groupe de Mutualisation InterMinistérielle pour une bureautique Ouverte (MimO : http://www.journal-officiel.gouv.fr/mimo/) qui regroupe ministères et administrations tels que environnement, défense, intérieur, économie, budget, culture, justice, agriculture, DILA, ENA, Assemblée nationale, CAF...

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
  • LibreOffice est parfois abrégé en LibO ou LibrO dans les forums.
  • Sous Windows, choisissez le mode "installation personnalisée" pour installer les langues et dictionnaires souhaités.
  • Pour saisir l'espace insécable, utilisez les touches Ctrl Maj Espace.
  • Pour la version 3.5, il est préférable sous Windows XP d'avoir une version JRE 32 bits ou JRE 6 (téléchargeable sur http://www.oldapps.com/) plutôt que JRE7 sinon un message signale une erreur mais ce n'est pas bloquant.
  • Extension permettant d'insérer directement des OpenCliparts : http://extensions.libreoffice.org/extension-center...
Contributions

Pour développer, assister, traduire, financer... : http://fr.libreoffice.org/participer/

Fiche logiciel à valider
  • Création ou MAJ importante : 28/10/12
  • Correction mineure : 28/10/12
Mots-clés

TOMUSS : tableur collaboratif en ligne pour la gestion des étudiants par les enseignants

Ce logiciel est en cours d'évaluation par la communauté PLUME. Si vous utilisez ce logiciel en production dans notre communauté, merci de déposer un commentaire.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version évaluée : 5.0.X
  • Langue(s) de l'interface : français, anglais
  • Licence : GPL
  • Origine du développement : LIRIS
Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations : TOMUSS
Description
Fonctionnalités générales

TOMUSS est un tableur en ligne à vocation pédagogique gérant plusieurs types d'utilisateurs qui peuvent travailler en même temps sur des tables de données.

  • Les utilisateurs étudiants peuvent voir uniquement les informations les concernant individuellement et dont l'affichage a été autorisé par les enseignants. Éventuellement, ils peuvent avoir le droit de modifier ou entrer une valeur (pour indiquer une réponse à une question par exemple).
  • Les utilisateurs enseignants ont accès à des tables regroupant les étudiants par groupe (par exemple, ceux qui sont inscrits à une même unité d'enseignement) dont ils peuvent créer/modifier/supprimer les champs et renseigner les valeurs pour chaque étudiant. Les enseignants peuvent avoir un aperçu de l'interface pour un étudiant donné, ce qui permet de limiter les erreurs en contrôlant ce qui est effectivement vu par les étudiants.

Typiquement, ce logiciel permet aux enseignants de

  • gérer (importer, saisir en ligne, exporter) les notes des étudiants, faire des calculs (maximum, moyennes pondérées, points-jury...).
  • gérer / voir les absences justifiées des étudiants et les étudiants bénéficiant de dispositions d'évaluations particulières (tiers-temps).
  • générer des trombinoscopes, des feuilles de présence, des feuilles d'émargement pour des groupes d'étudiants.

Plusieurs enseignants peuvent travailler de façon simultanée sur les tables, ce qui permet par exemple que chaque correcteur renseigne les notes qu'il a attribuées, réduisant ainsi le travail de compilation des informations. Le logiciel conserve l'historique des modifications.

Autres fonctionnalités

Il existe différents types de colonnes gérés par TOMUSS, tels que (liste non exhaustive):

  • Des notes (c'est sa vocation première).
  • Du texte libre (pour communiquer un renseignement personnalisé, par exemple un identifiant de groupe, un horaire d'enseignement, une salle...).
  • Des URL (par exemple, des liens mailto: pour indiquer le mail des enseignants chargé du groupe, ou un lien http/ftp permettant d'accéder à un document personnalisé tel qu'une copie d'épreuve).

Existence de filtres:

Des filtres existent et peuvent être combinés permettant d'afficher sélectivement:

  • Certaines colonnes (par exemple, n'afficher que les colonnes dont le titre contient "evaluation")
  • Certaines lignes (par exemple n'afficher que les étudiants d'un groupe ou d'une série de groupes).

Les filtres utilisables sont très nombreux et comprennent des opérateurs de comparaison, la possibilité de filtrer une expression, de filtrer les cellules modifiées à une date donnée, par un utilisateur donné, etc.

TOMUSS a des fonctionnalités de communication:

  • Possibilité d'adresser un mail commun à une liste d'étudiants (éventuellement filtrés), à travers le navigateur web ou par le biais d'un client courrier.
  • Possibilité d'adresser un publipostage permettant d'envoyer par mail des informations personnalisées obtenues à partir du contenu d'une table (uniquement via le navigateur web).
  • Possibilité de communiquer avec les enseignants intervenant dans une table (ceux qui y ont rentré des informations).

Affichage de statistiques des résultats:

  • Côté étudiant, l'étudiant peut connaître son résultat et le rang de son résultat dans son groupe.
  • Côté enseignant, TOMUSS peut présenter des histogrammes des résultats éventuellement affichés par groupes d'étudiants et permettre de voir l'évolution des résultats par groupe.

Plusieurs modes de saisie des données:

Les données peuvent être entrées de plusieurs façons différentes.

  • À la main (étudiant par étudiant), par exemple en reportant les notes d'un paquet de copies directement en ligne.
  • Import de liste comportant deux colonnes "numéro d'étudiant" et "donnée à importer".
  • Import à partir d'un fichier plat  accessible en ligne (ce fichier doit contenir des colonnes dont l'une contient les numéros d'étudiants).

Suivi des étudiants:

En dehors des applications spécifiques à une unité d'enseignement, TOMUSS regroupe les résultats des étudiants dans toutes les matières et permet de suivre les résultats d'un étudiant au cours des semestres.

Interopérabilité

TOMUSS permet d'importer et exporter des fichiers plats (texte séparé par des tabulations) ce qui le rend compatible avec tous les tableurs classiques.

Les exports de trombinoscopes, feuilles d'émargement, etc. se font sous la forme d'impression de page web.

TOMUSS est synchronisé avec les listes officielles d'étudiants.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

TOMUSS est utilisé depuis plus de trois ans par un nombre croissant d'enseignants chercheurs de la faculté des sciences de l'université de Lyon 1. Initialement restreint au département de mathématiques et informatique, il est depuis plusieurs semestres utilisé par les autres départements. D'après les statistiques des utilisateurs, il compte plus d'une centaine d'utilisateurs enseignants actifs (qui ont renseigné des champs).

À titre d'exemple, TOMUSS est utilisé dans le cadre d'une UE de première année de licence dont je suis responsable afin de :

  • Communiquer leurs notes aux étudiants
  • Indiquer aux étudiants les noms et les adresses mails de leurs enseignants (lien mailto cliquable)
  • Communiquer des renseignements individualisés aux étudiants (groupes et salles d'enseignement)
  • Permettre aux étudiants d'accéder à leurs copies scannées corrigées (lien ftp cliquable)
  • Poser des questions appelant des réponses  simples aux étudiants (voulez-vous participer au soutien, souhaitez-vous conserver votre note d'un semestre antérieur...)

Grâce à TOMUSS, des informations personnalisées sont  accessibles à l'étudiant, ce qui permet de simplifier la communication et d'avoir des retours rapides.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • L'une des limitations de TOMUSS concerne son interface utilisateur, graphiquement très austère.

  • L'accès se fait à travers un navigateur web, ce qui peut poser des problèmes de compatibilité (rares). Il faut que Javascript soit activé.

  • L'utilisation basique de TOMUSS est assez simple à apprendre. Une utilisation experte requiert d'aller consulter la documentation assez régulièrement.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Ce logiciel fonctionne sur un mode client/serveur. Le serveur doit être installé sur un système UNIX. Côté utilisateur, ce logiciel ne nécessite qu'un navigateur web.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Ce logiciel est un tableur multi-utilisateurs en ligne, il peut être comparé notamment à Google Spreadsheet.
Il est cependant dédié à une utilisation pédagogique et il possède des aspects très spécifiques (accès différent selon que l'on est enseignant ou étudiant) etc. La parenté avec Google Spreadsheet n'est donc que très lointaine.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Ce logiciel est développé par Thierry Excoffier, enseignant chercheur au LIRIS, université Lyon 1.

Eléments de pérennité

Ce logiciel est utilisé depuis plusieurs années à l'Université de Lyon 1. Son utilisation est actuellement en croissance.

Références d'utilisateurs institutionnels

Pour l'instant, TOMUSS est utilisé en production à l'Université de Lyon. Plus de 100 enseignants utilisateurs actifs l'utilisent. Potentiellement tous les étudiants de la faculté des sciences de l'Université Lyon 1 peuvent accéder à des données personnalisées via TOMUSS.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Pour l'instant, je ne connais que la page web de TOMUSS:
http://www710.univ-lyon1.fr/~exco/TOMUSS/home.html

Documentation utilisateur

http://tomuss.univ-lyon1.fr/doc_table.html
Un site démonstrateur est également mis à disposition: http://demo710.univ-lyon1.fr/TOMUSS/=super.user

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 08/10/12
  • Correction mineure : 27/08/13
Mots-clés

TOMUSS : tableur web collaboratif pour la gestion pédagogique des étudiants

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : 5.2.5 - 21/08/2013
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Thierry Excoffier
  • Contact concepteur(s) : thierry.excoffier@univ-lyon1.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIRIS

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : TOMUSS
Fonctionnalités générales du logiciel

TOMUSS est un tableur web dont l'objectif est de simplifier la gestion pédagogique des étudiants et des enseignements. Il permet :

  • de saisir des notes, du texte, des présences dans des tables (une par enseignement et semestre) et d'associer un commentaire à la valeur saisie ;
  • d'afficher l'historique des modifications des cellules des tables ;
  • de gérer facilement les enseignements avec de nombreux intervenants ;
  • de calculer des moyennes pondérées en tenant compte des absences justifiées ou non, des devoirs non rendus ou impossibles à noter ;
  • d'importer et exporter sans erreur les données dans d'autres tableurs ou les applications officielles des scolarités (APOGÉE par exemple) ;
  • de gérer les justificatifs d'absence, les dispenses et les conditions spéciales d'examen ;
  • de faire des calculs statistiques pour déterminer des problèmes de notation ;
  • de diffuser leurs notes aux étudiants de façon individuelle ;
  • de faire un suivi personnalisé des étudiants en consultant une page synthétisant les informations saisies dans les enseignements qu'ils suivent ;
  • de filtrer et trier les données avant de les traiter ;
  • de faire saisir aux étudiants des valeurs dans le tableau (prise de rendez-vous, choix de sujet...) ;
  • d'avoir les trombinoscopes et les listes d'adresses mails ;
  • de gérer les enseignants référents pédagogiques et leurs étudiants ;
  • de voir en temps réel les modifications faites sur les tableaux.

Les enseignants peuvent facilement obtenir leurs listes d'étudiants, de mails, les trombinoscopes, feuilles d'émargement et bien sûr calculer les moyennes sans saisir de formules compliquées. On peut très facilement filtrer les étudiants qui ont une mauvaise note pour les convoquer à une séance de soutien, ou bien afficher la liste des étudiants qui ont un justificatif d'absence pour le jour de l'examen.

Les étudiants voient l'ensemble des informations les concernant qui ont été saisies dans TOMUSS. Ils ont accès au nom de la personne qui a fait la saisie de la note, au commentaire et à la date de saisie. Il peuvent connaître le rang de leur note dans le groupe, s'abonner à un flux RSS pour être tenu au courant des dernières notes saisies. La transparence du processus permet aux étudiants de prévenir rapidement les enseignants quand il y a une erreur de notation, ceci évite les corrections après le jury.

La scolarité dispose d'un outil spécialisé pour la saisie des justificatifs d'absence et des dispenses d'assiduité. Les conditions spéciales d'examen sont simplement saisies dans une table particulière, ceci permet la traçabilité de toutes les opérations. Les utilisateurs peuvent créer des tables (visibles ou non par les étudiants) pour la gestion de la scolarité, par exemple pour suivre les étudiants en mobilité internationale.

Les administrateurs TOMUSS le configurent en modifiant des tables. Ils peuvent définir des hiérarchies de groupes d'utilisateurs (en plus de celles de l'annuaire LDAP). Pour chacune des fonctionnalités de TOMUSS on peut lister les utilisateurs y ayant accès. Ils disposent de nombreux outils pour surveiller le bon fonctionnement du système.

TOMUSS est un outil très souple et généraliste qui peut-être utilisé pour autre chose que la gestion des étudiants. Il peut être adapté très facilement à son environnement car le coeur de TOMUSS et les modifications locales sont clairement séparés, permettant ainsi de faire des mises à jour simplement.

Pour installer TOMUSS il est nécessaire d'avoir un serveur Unix avec Python ainsi qu'un service web d'authentification des utilisateurs. TOMUSS est directement utilisable s'il y a un service CAS (Single Sign-On) et que les groupes d'étudiants sont stockés dans un annuaire accessible via LDAP.

Contexte d’utilisation du logiciel

TOMUSS a commencé à être utilisé en 2008 à l'Université Lyon 1 dans le cadre du plan licence afin de faciliter le suivi des étudiants.
Chaque semestre, 100000 valeurs sont saisies par plus de 300 enseignants, et il reçoit un million de visites de 6000 étudiants qui viennent voir leurs notes.

Publications liées au logiciel

Pour essayer TOMUSS sur le site de démonstration : http://demo710.univ-lyon1.fr/TOMUSS/=super.user

Une liste plus détaillée des fonctionnalités avec des copies d'écran : http://perso.univ-lyon1.fr/thierry.excoffier/TOMUSS/fonctionnalites.html

La documentation utilisateur : http://perso.univ-lyon1.fr/thierry.excoffier/TOMUSS/doc_table.html

La documentation technique nécessaire pour adapter TOMUSS à son environnement (listes d'étudiants, photos...) : http://perso.univ-lyon1.fr/thierry.excoffier/TOMUSS/DOCUMENTATION/Welcome.xml

Les «comment faire pour» en vidéo : http://perso.univ-lyon1.fr/thierry.excoffier/TOMUSS/TUTORIALS/howto.html

La page d'accueil en anglais : http://perso.univ-lyon1.fr/thierry.excoffier/TOMUSS/home.html

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 01/09/11
  • Correction mineure : 03/10/11
Mots-clés

masschroq : analyse et quantification de données issues de la spectrométrie de masse

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows
  • Version actuelle : 1.1 - Septembre 2011
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Olivier Langella, Edlira Nano, Benoît Valot et Michel Zivy.
  • Contact concepteur(s) : enano@moulon.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : PAPPSO

 

Fonctionnalités générales du logiciel

MassChroQ (Mass Chromatogram Quantification) est un logiciel libre pour l'analyse et la quantification des données issues de la spectrométrie de masse. Il est plus particulièrement adapté à l'analyse de données protéomiques issues de la chromatographie liquide - spectrométrie de masse (LC/MS), permettant d'effectuer l'alignement des temps chromatographiques, l'extraction des XIC et la détection des pics.

Il est totalement configurable, ce qui permet d'adapter son analyse à vos données, on peut ainsi analyser une liste de masses indiquées, la totalité des peptides identifiés avec ou sans marquage isotopique, avec ou sans pré-fractionnement, avec un choix de plusieurs filtres du signal, avec un choix entre deux méthodes d'alignements, deux méthodes de détection etc.

MasshChroQ est rapide (environ 5 minutes par Go de données analysées), peu gourmand en ressources (il n'utilise au plus que 400 Mo de RAM) et permet une analyse automatique d'un grand nombre d'échantillons d'un coup. De plus toutes les données qu'il utilise et produit sont sous des formats ouverts (xml, gnumeric, csv, ods).

MassChroQ prend en entrée un fichier de format XML appelé masschroqML, dans lequel l'utilisateur indique les fichiers à analyser ainsi que les différentes étapes et paramètres de l'analyse qu'il souhaite effectuer sur ceux-ci. Vous trouverez de l'aide pour générer ce fichier sur le site web du logiciel. Quant aux données issues de la LC-MS, MassChroQ peut lire les formats ouverts standards mzXML et mzML. Les peptides identifiés peuvent lui être fournis par des fichiers tabulés, ou alors si vous utilisez X!Tandem pour l'identification, ils seront directement générés dans le masschroqML avec la "X!Tandem pipeline" (http://pappso.inra.fr/bioinfo/xtandempipeline/).

MassChroQ est un logiciel libre et gratuitement téléchargeable sous licence GPL.

Contexte d’utilisation du logiciel

MassChroQ est utilisé dans des laboratoires de protéomique généralement pour quantifier les peptides identifiés dans un ensemble d'échantillons analysés par LC-MS (Chromatographie Liquide - Spectromètrie de Masse). Les fichiers .raw issus des spéctromètres de masse sont d'abord convertis en mzXML ou mzML avec un outil approprié. Les peptides sont identifiés avec l'outil d'identification de votre choix. Puis l'utilisateur écrit le fichier masschroqML contenant les informations relatives à l'analyse qu'il veut effectuer (le chemin des fichiers mzXML, le type de l'alignment désiré, etc.). Le mieux est de partir d'un fichier masschroqML pré-rempli et de l'adapter à ses données. C'est dans ce fichier que l'utilisateur précise les marquages isotopiques effectués, les fractions similaires etc. Pour plus d'informations, une documentation complète, une FAQ et des exemples se trouvent sur la page web du logiciel.

Publications liées au logiciel
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 29/08/11
  • Correction mineure : 29/08/11
Mots-clés

LibOdsStream : lecture et écriture en flux de fichiers au format Open Document Spreadsheet

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 21 juillet 2011
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Olivier Langella
  • Contact concepteur(s) : olivier.langella@moulon.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : Génétique Végétale

 

Fonctionnalités générales du logiciel

LibOdsStream est une bibliothèque Java permettant de lire et d'écrire des fichiers de type "tableur" au format ODS (Open Document Spreadsheet).

Elle est très facilement intégrable : aucune dépendance particulière, faible emprunte mémoire (lecture/écriture en flux). Le but est de pouvoir remplacer avantageusement les imports/exports de données aux formats txt, csv, tsv, et ne contient donc pas encore de quoi gérer la mise en forme des tableaux.

LibOdsStream permet aux logiciels écrits en Java et ayant besoin de lire ou d'écrire des tableaux de données, de le faire dans le format ODS.

Les avantages par rapport à du format texte tabulé simple (txt, tsv, csv) sont les suivants :

  • pas de problème de "délimiteur" (fin de ligne, séparation des champs)
  • pas de problème de conversion de caractères (tout est stocké en UTF8)
  • gestion des dates (pas de problème de format)
  • gestion des chiffres (pas de problème de séparateur de décimales ou milliers)
  • possibilité pour l'utilisateur d'éditer son tableau avec LibreOffice, Gnumeric ou Microsoft Office 2010 (à vérifier pour ce dernier)

LibOdsStream est facilement intégrable dans un logiciel Java.

Contexte d’utilisation du logiciel

LibOdsStream est utilisée en production dans plusieurs projets sur la plateforme PAPPSO (http://pappso.inra.fr/bioinfo), pour les logiciels développés XTandemPipeline, PROTICport, MassChroqStudio.

Les développeurs intéressés peuvent télécharger les sources et la documentation associée à partir du dépôt git de SourceSup :
https://sourcesup.cru.fr/scm/?group_id=875

Les éventuels contributeurs sont les bienvenus (il suffit de s'inscrire sur SourceSup et de demander à participer au projet libOdsStream).

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 04/10/11
  • Correction mineure : 18/11/13
Mots-clés

Galaxy : plateforme pour analyser les données génomiques

Description
Fonctionnalités générales

Galaxy est une plateforme qui propose une "constellation" d'outils pour analyser, manipuler et visualiser des données génomiques, sans avoir besoin de connaissance en programmation. Elle est développée par The Center for Comparative Genomics and Bioinformatics
L'utilisateur peut réaliser 4 grands types d'opérations :

Manipulation de fichiers:

  • Ouvrir un fichier de plusieurs millions de lignes (là où les tableurs classiques ne le permettent pas)
  • Ajouter ou supprimer des colonnes
  • Supprimer des lignes d'un fichier
  • Filtrer les fichiers sur différents critères
  • Trier les fichiers
  • Concaténer plusieurs fichiers
  • Concaténer des colonnes d'un même fichier ensemble
  • Regrouper plusieurs fichiers dans un seul fichier en colonnes
  • Comparer des listes entre elles (intersection)
  • Faire des conversions de fichiers (par exemple transformer un fichier BED en un fichier GFF)
  • Transformer les délimiteurs du fichier en tabulation (par exemple transformer un ';' en '\tab')

Opérations sur les données:

  • Sommer, moyenner, soustraire
  • Réaliser différentes opérations sur des fichiers fasta (calculer la longueur des séquences, formater la longueur des lignes, convertir des séquences ARN en ADN)
  • Créer ses propres intervalles génomiques pour servir à des analyses
  • Réaliser différentes opérations sur les intervalles génomiques (merge, intersection, soustraction, complément)
  • Calculer la couverture d'une région déterminée

Analyse de séquences:

  • Calculer des corrélations
  • Trouver des orthologues
  • Utiliser les outils d' EMBOSS
  • Aligner les données de séquencage (bowtie)
  • Déterminer des "pics" (par exemple MACS pour de la ChipSeq)

Visualisation des données:

  • Afficher les données dans un génome browser (UCSC, Ensembl)
  • Générer des graphes sur les distributions des données (histogramme, scatterplot)
  • Afficher des alignements multiples

Chaque service est décrit et très souvent des exemples explicitent le résultat renvoyé par la fonction concernée.

Galaxy propose de plus en plus d'outils pour manipuler et analyser les données de NGS (séquenceurs nouvelle génération) ce qui en fait un outil incontournable.

Autres fonctionnalités
  • Créer un compte permet d'avoir un espace de stockage personnalisé et garder l'historique des opérations et les fichiers téléchargés
  • Il est possible de partager ses données et les opérations réalisées : soit à toutes les personnes ayant un compte dans l'instance de Galaxy, soit en créant un lien et en diffusant ce lien, soit en spécifiant les personnes autorisées à voir les données. Cette option est très pratique
  • Passer certaines colonnes de minuscules à majuscules
  • Sélectionner les premières ou dernières lignes d'un fichier
  • Sélectionner des lignes qui correspondent à une expression particulière (exemple c1='chrUn')
  • "Mapper" des séquences sur une séquence de référence
  • Construction d'arbres phylogénétiques
  • Manipulation de fichier de format gff
  • Possibilité de faire un workflow des opérations et fonctionnalités faites
  • Pour les développeurs: possibilité d'intégrer facilement nos propes outils développés (exemple: calcul du pourcentage de GC dans une séquence)
Interopérabilité

Peuvent être utilisés:

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • Ce logiciel est utilisé par tous les utilisateurs de la plateforme MGX pour manipuler les données de séquençage.
  • Cet outil est aussi utilisé pour manipuler les informations contenues dans un fichier, de façon simple et rapide.
  • Les fonctionnalités de "mapping" des séquences, et d'analyse des régions de variation ("indel", substitution) sont aussi utiles.
  • La construction de worflow résumant l'ensemble des fonctionnalités utilisées est très demandée.
  • Grâce à la possibilté d'y intégrer nos propres outils (outils très utiles et fréquemment utilisés), ce logiciel peut devenir une véritable boite à outils.
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • Le logiciel propose beaucoup de services: il faut donc passer du temps pour exploiter pleinement le logiciel.
  • Les fichiers peuvent être volumineux. Il est possible de télécharger un fichier zippé, mais ce fichier une fois téléchargé sur le serveur est dézippé.
Environnement du logiciel
Plates-formes
Logiciels connexes

UCSC, gratuit pour les académiques, payant pour un usage commercial. (Licence).
Ensembl , (Licence)
BioMart
FlyMine
EncodeDB

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
  • SRS

Logiciels ayant certaines des fonctions de Galaxy:

Environnement de développement
Eléments de pérennité
  • Il existe une très grande communauté d'utilisateurs
  • UCSC, génome browser très utilisé fait référence à Galaxy
  • La dynamique des développeurs
  • C'est le seul logiciel à ma connaissance, permettant à des personnes non informaticiens d'ouvrir des fichiers de plusieurs millions de lignes et pouvoir les rendre autonomes pour faire des calculs, filtres
Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
  • La FAQ
  • Pour signaler un bug, faire des suggestions : galaxy-bugs [at] bx [dot] psu [dot] edu
  • Pour toutes questions sur l'utilisation de Galaxy : galaxy-user [at] bx [dot] psu [dot] edu
  • Pour toutes questions sur l'installation, la configuration ou l'intégration d'outils : galaxy-dev [at] bx [dot] psu [dot] edu
Documentation utilisateur

Le wiki

Pour citer Galaxy

Des tutoriels pour le développement sont disponibles ici et

Contributions

Des outils peuvent être développés et intégrés dans Galaxy. Les questions sont à poster sur galaxy-dev [at] bx [dot] psu [dot] edu
Pour la partie développement ici et ici

UP Key Etu : suite logicielle sur clé USB pour les étudiants et les apprenants en langues

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 03/03/09
  • Correction mineure : 17/08/09
  • Auteur : Christophe Naud (Maison des Langues de l'Université de Poitiers)
Mots-clés

UP Key Etu : suite logicielle sur clé USB pour les étudiants et les apprenants en langues

Vous avez l’habitude de travailler sur plusieurs ordinateurs différents ? UP Key Etu est faite pour vous ! Dédiée aux étudiants nomades de l’Université de Poitiers et aux apprenants de la Maison des Langues, UP Key Etu est un espace de stockage facile à transporter qui embarque des logiciels et des ressources utiles à votre formation universitaire ou professionnelle.

  • Logiciels embarqués :

-- Internet : Mozilla Firefox, Mozilla Thunderbird, ClamWin
-- Bureautique : OpenOffice, Mozilla Sunbird
-- Multimédia : Audacity, VLC
-- Archivage : 7zip
....

  • Fonctionnalités supplémentaires :

-- Liens Web dédiés à la découverte / l'apprentissage de l'anglais : médias en ligne (presse, Webradios, WebTV, podcats), dictionnaires, sites d'e-learning gratuits sélectionnés par l'équipe de formateurs de la Maison des Langues.

Distributions de logiciels libres proposées aux étudiants par les universités

Distributions de logiciels libres proposées aux étudiants par les universités

Certaines universités souhaitent sensibiliser les étudiants aux logiciels libres. Un moyen facile est de leur proposer une sélection de logiciels qui semblent particulièrement intéressants.

La forme peut être différente : un CD ou un DVD remis à l'étudiant ou bien une image ISO à télécharger sur le site de l'université.

5 grands domaines les composent : outils bureautique (OpenOffice.org, Scribus, Inkscape), communication internet (Firefox, Thunderbird, Lightning, Filezilla), graphisme (The Gimp), multimédia (VLC, Audacity) et utilitaires (7-Zip, Notepad++).

Certaines universités proposent leur compilation sous forme d'un live CD qui, couplé à une clé USB, permet de travailler dans un environnement numérique de travail identique quelle que soit la machine utilisée.

  • Les logiciels libres à l'Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines : la liste des logiciels est définie conjointement par les enseignants et les étudiants. Outre les classiques outils de bureautique et de communication internet, le DVD contient des outils de statistiques, de géométrie, de programmation, des utilitaires et mêmes des jeux !
  • Kit liberté distribué par l'Université du Havre : c'est une distribution Live de Ubuntu ("The Breezy Badger") qui peut être utilisée sous Windows pour installer les logiciels ou bien de manière ponctuelle en bootant sur le CD et obtenir ainsi un environnement Linux temporaire.
  • Artouste, Live CD de l'Université de Pau (distribution Knoppix).
  • Le Bureau libre Free OS distribué par les Universités de Rennes 1 et Rennes 2 : "ce projet de diffusion accompagnée des outils bureautiques et multimédias libres a pour objectif de poursuivre l'accompagnement des utilisateurs et de leur permettre de partager leur expérience et leurs usages de ces logiciels".
  • L'UNR Nord Pas-de-Calais propose une sélection de logiciels sous la forme d'un site web en ligne ou bien, initiative originale, sous la forme d'une archive auto-extractible, permettant d'installer une copie de ce site sur un réseau local, un ordinateur personnel ou un media amovible.

Avez-vous des références intéressantes à nous signaler?

Merci de les indiquer dans un commentaire au bas de cette page ou d'écrire à plume [at] services [dot] cnrs [dot] fr (plume).

Formation en ligne pour le Certificat Informatique et Internet (C2I)

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 15/09/08
  • Correction mineure : 07/02/09

Formation en ligne pour le Certificat Informatique et Internet (C2I)

Le site du référentiel C2I décrit ainsi le C2I (Certificat Informatique et Internet) :

"Ce certificat atteste de compétences dans la maîtrise des outils informatiques et réseaux. Il est institué dans le but de développer, de renforcer et de valider la maîtrise des technologies de l’information et de la communication par les étudiants en formation dans les établissements d’enseignement supérieur. Il est prévu deux niveaux : un niveau 1 d’exigence applicable à tous les étudiants et les stagiaires de formation continue. Ce premier niveau doit être acquis au plus tard au niveau de la licence mais de préférence dès le début des études supérieures. "

Le référentiel national de compétences du C2i niveau 1 comprend 44 compétences réparties en 9 domaines. Le projet C2IMES (C2I Mutualisé pour l'Enseignement Supérieur) a permis de développer 9 modules d'auto-formation en ligne correspondant à ces compétences. L'accès est libre. Ils sont consultables sous la forme de pages html (avec des animations et des exercices interactifs) ou sous la forme de fichiers PDF téléchargeables.

  • A 1 Tenir compte du caractère évolutif des TIC
  • Les TIC : définitions et obsolescences
  • Travailler dans un esprit d'ouverture et d'adaptabilité (logiciels libres)
  • Formats, normes et standards
  • A 2 Intégrer la dimension éthique et le respect de la déontologie
  • Droit et informatique : informatique et liberté, chartes, droit d'auteur, ...
  • Sécurité : virus, canulars, phishing, spam
  • Sauvegarde
  • B 1 S’approprier son environnement de travail
  • Architecture d'un ordinateur
  • Environnement de travail
  • B 2 Rechercher l'information
  • Rechercher sur le web et dans une bibliothèque
  • Récupérer et utiliser les informations
  • Citer un document électronique
  • B 3 Sauvegarder, sécuriser, archiver ses données en local et en réseau
  • Se protéger de la perte de données et des malveillances
  • Détecter un comportement anormal
  • Sauvegarder ses données
  • Compression des données
  • B 4 Réaliser des documents destinés à être imprimés
  • B4 txt : Textes (mise en forme, tableaux, styles, table des matières, mise en page, outils divers) (avec Microsoft Office ou OpenOffice.org Writer)
  • B4 tab : Tableurs (données, formules, fonctions, tableaux, tris et filtres, mise en forme) (avec Microsoft Office ou OpenOffice.org Calc)
  • B 5 Réaliser la présentation de ses travaux en présentiel et en ligne (avec PowerPoint ou OpenOffice.org Impress)
  • Présentation
  • Arrière-plan ou masque
  • Diaporama
  • B 6 Echanger et communiquer à distance
  • Communications asynchrones : webmail, messagerie (Thunderbird ou Outlook), listes de diffusion, forums
  • Communications synchrones : chat, voix sur IP, visioconférence
  • Terminaux mobiles et réseaux sans fil
  • B 7 Mener des projets en travail collaboratif à distance
  • Outils classiques
  • Environnement numérique de travail (ENT)
  • Bureaux virtuels
  • Plateformes d'enseignement
  • Systèmes de gestion de contenu (CMS)
  • Web 2

 

Vous pouvez définir votre parcours pédagogique en fonction des résultats obtenus à l'auto-test de positionnement. Les exercices peuvent être réalisés soit sous Microsoft Office, soit sous OpenOffice.

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