workflow

Workflow (flux d'informations)
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 22/08/13
  • Correction mineure : 22/08/13
  • Auteur de la fiche : Yohan Colmant (Univ de Valenciennes et du Hainaut Cambrésis - Service informatique)
  • Responsable thématique : Raphaël Tournoy (Centre pour la Communication Scientifique Directe)

ORI-OAI : Outil de Référencement et d'Indexation pour un réseau de portails OAI-PMH

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : ORI-OAI
Fonctionnalités générales du logiciel

Destiné principalement aux universités et grandes écoles, l'Outil de Référencement et d'Indexation pour un réseau de portails OAI-PMH ORI-OAI vise la mise en place d'un système ouvert, en logiciel libre, permettant :

  • de gérer et de publier tous les documents numériques produits par les établissements universitaires,
  • de les partager avec d'autres établissements,
  • de les valoriser par une indexation de qualité,
  • de les rendre accessibles, à distance et selon les droits définis, dans des interfaces ergonomiques.

La mission du projet ORI-OAI est aussi le développement de communautés OAI-PMH : il propose une implémentation de référence du protocole OAI-PMH ainsi que les outils nécessaires à la mise en place de ces communautés et à la bonne intégration aux communautés existantes.

Contexte d’utilisation du logiciel

ORI-OAI est utilisé dans les établissements d'enseignement supérieur pour le référencement de tous les types de ressources numériques : thèses et autres publications, ressources pédagogiques, offres de formation, ...

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 30/07/13
  • Correction mineure : 30/07/13
Mots-clés

BeC3 : création d'applications Internet des Objets (IdO)

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : version 1.0 - novembre 2012
  • Licence(s) : choix en cours, contacter l'auteur
  • Etat : en développement
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Sylvain Cherrier, Philippe Valembois, Ismail Salhi, Yacine Ghamri-Doudane.
  • Contact concepteur(s) : sylvain.cherrier@univ-mlv.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIGM

 

Fonctionnalités générales du logiciel

BeC3 (Behaviour Crowd Centric Composition) se compose d'un ensemble d'outils qui permettent la création d'applications Internet des Objets (IdO). BeC3 se présente sous la forme d'un site web qui reconnaît et recense l'ensemble des objets D-LITe d'un utilisateur. Il peut alors déployer des Behaviours (des bouts de programmes) sur chacun d'eux, et les combiner pour créer son application, de façon intuitive et dynamique. Un moteur de cohérence contrôle la validité des échanges entre objets. Les utilisateurs peuvent contribuer et alimenter la bibliothèque de Behaviours afin d'améliorer la solution.

Contexte d’utilisation du logiciel

Cette suite de logiciels permet de composer des applications Internet des Objets. Il s'agit d'une preuve de concept (POC) mais l'outil est tout à fait fonctionnel : il nous sert à valider nos travaux, mais peut tout à fait être utilisé pour des applications réelles.

Voir des vidéos pour apprendre son utilisation et une liste d'exemples.

Publications liées au logiciel

En préparation.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 30/04/13
  • Correction mineure : 30/04/13
Mots-clés

OpenMOLE : conception et exécution de chaînes de traitement

Description
Fonctionnalités générales

OpenMOLE est un moteur de workflow conçu pour tirer parti d'environnements de calcul distribué pour des processus naturellement parallèles tels que les plans d'expériences, le traitement d'image, l'analyse de texte, ... Il permet d'embarquer de nombreux codes de calcul (java, scala, C, C++, python, ...) ainsi que des frameworks (Netlogo, Scilab, ...).

Autres fonctionnalités

OpenMOLE permet de créer rapidement des plans d'expérience complexes et d'implémenter des méthodes naturellement parallèles sur les modèles (optimisation, data processing, ...).

OpenMOLE permet de déléguer la charge de calcul des tâches composant un workflow de manière transparente dans le cloud (serveurs, clusters, infrastructure France Grilles, grille de calcul EGI, ...).

OpenMOLE dispose de deux interfaces :

  • Une interface graphique simple d'utilisation permettant de créer et gérer facilement et rapidement des chaînes de traitement parfois compliquées.
  • Le chargement d'un script en langage scala permettant d'automatiser le traitement d'une chaîne de traitement et de tester des nouveautés de la plate-forme.
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Nous l'utilisons pour explorer et calibrer des modèles numériques de simulation.

Une liste des projets scientifiques qui utilisent OpenMOLE est tenue à jour sur le site web. Les projets concernent différentes disciplines comme la biologie, la géographie ou encore les transports.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Le projet n'est pas encore en version stable (0.8 en cours), et le format de fichier n'est pas encore compatible d'une version à l'autre.

Environnement du logiciel
Plates-formes

OpenJDK 7, Java SE 7

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Les développements sont pilotés par l'Institut des Systèmes Complexes Paris Île-de-France. Les développeurs principaux sont Mathieu Leclaire (mathieu.leclaire’at’openmole.org) et Romain Reuillon (romain.reuillon’at’openmole.org).

Eléments de pérennité

OpenMOLE a déjà été éprouvé sur de nombreux projets de modélisation dans la communauté des Systèmes Complexes dans des domaines aussi variés que la biologie moléculaire, la génétique, les sciences sociales, la géographie quantitative, l'agro-alimentaire.

De plus, cette plate-forme sert de base pour l'expérimentation de nouveaux outils et méthodes pour l'exploration numérique.

Références d'utilisateurs institutionnels

OpenMOLE fait l'objet de publications disponibles sur le site.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Liste de diffusion pour les utilisateurs du logiciel (anglais)

Vous pouvez aussi consulter les tickets de demandes ou de bugs ainsi que la feuille de route du projet.

Documentation utilisateur

La documentation du logiciel est en ligne, incluant un résumé des concepts.

Des tutoriaux sont disponibles.

Divers (astuces, actualités, sécurité)

Le projet dispose d'un blog.

Contributions

Vous pouvez participer aux échanges de la liste de discussion spécifique aux développeurs.

La procédure pour obtenir et compiler les sources est expliquée sur cette page.

Vous pouvez aussi consulter les tickets de demandes ou de bugs ainsi que la feuille de route du projet.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 24/04/13
  • Correction mineure : 03/06/13
Mots-clés

T-lex : annotation d'éléments transposables à partir de données de séquençage (NGS)

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : Version 2 - Juillet 2012
  • Licence(s) : GPL - la licence
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Anna-Sophie Fiston-Lavier, PhD
  • Contact concepteur(s) : afiston@stanford.edu
  • Laboratoire(s), service(s)... : Labo à l'étranger, School of Medicine of the Stanford University - equipe de D.Petrov

 

Fonctionnalités générales du logiciel

T-lex (version 2) est un paquetage pour l'annotation des éléments transposables (ET) via l'utilisation de données de séquençage nouvelle génération (NGS). Il comprend deux pipelines:

  • l'un pour détecter la présence/absence des ET annotés dans une séquence de référence ("présence/absence" pipeline).
  • l'autre pour détecter et annoter les nouveaux ET - absence d'une séquence de référence ("de novo" pipeline).

Les deux pipelines de T-lex recherchent les lectures ("reads") et paires de lectures ("paired-ends") partiellement alignées ("mappées") et "matchant" avec la séquence d'un ET.

T-lex2 permet également l'annotation des TSD ("Target Site Duplication"), trace le mécanisme de transposition et ainsi l’optimisation des annotations des insertions d’ET. Pour chaque ET annoté, T-lex2 détecte sa présence et/ou son absence dans un génome via l'analyse de données de re-séquençage. T-lex2 a aussi la capacité d'estimer la fréquence des ETs dans des populations pour plusieurs ET via l'utilisation de données de re-séquençage individuelles ou des données regroupées.

Pour plus d'information voir le doc: http://petrov.stanford.edu/cgi-bin/Tlex.html

Contexte d’utilisation du logiciel

Ce paquetage est utilisé dans un contexte de recherches menées sur la dynamique et l'impact des répétitions sur l'adaptation des génomes.
T-lex peut s'utiliser pour:

  • estimer le contenu en éléments transposables d'un génome non-assemblé.
  • annoter les éléments transposables absents de la séquence de référence mais présents dans un génome de la même espèce.
  • ré-annoter les éléments transposables déjà annotés dans la séquence de référence.
  • annoter, pour chaque élément transposable préalablement annoté, les TSD ("Target Site Duplication"), trace du mécanisme de transposition.
  • détecter la présence et/ou l'absence d'un élément transposable annoté dans un ou plusieurs génome(s).
  • estimer la fréquence d'un élément transposable dans une population en combinant les résultats de détection dans plusieurs génomes ou en utilisant des "pool" de données de séquençage d'une même population.
Publications liées au logiciel

Fiston-Lavier AS, Carrigan M, Petrov DA and Gonzalez J. T-LEX: A program for fast and accurate assessment of transposable element presence using next-generation sequencing data. Nuc. Acids. Res. 2011 Mar 1;39(6):e36. Epub 2010 Dec 21

T-lex a été cité dans:

Population genomics of transposable elements in Drosophila melanogaster
DA Petrov, AS Fiston-Lavier, M Lipatov… - Molecular biology and …, 2011 - SMBE

Evolution of Genome Content: Population Dynamics of Transposable Elements in Flies and Humans
J Gonzalez… - Methods in molecular biology (Clifton, NJ), 2012 - Springer

Sequencing of Pooled DNA Samples (Pool-Seq) Uncovers Complex Dynamics of Transposable Element Insertions in Drosophila melanogaster. R Kofler, AJ Betancourt… - PLoS Genetics, 2012 - dx.plos.org

Bioinformatics and genomic analysis of transposable elements in eukaryotic genomes.
M Janicki, R Rooke… - Chromosome Research, 2011 - Springer

Transposable Elements and Their Identification.
W Makałowski, A Pande, V Gotea… - Methods in molecular …, 2012 - Springer

Whole Genome Resequencing Reveals Natural Target Site Preferences of Transposable Elements in Drosophila melanogaster.
RS Linheiro… - PloS one, 2012 - dx.plos.org

Transposable Elements: From DNA Parasites to Architects of Metazoan Evolution.
O Piskurek… - Genes, 2012

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 16/02/12
  • Correction mineure : 16/02/12
Mots-clés
Pour aller plus loin

ergatis : moteur de workflow

Description
Fonctionnalités générales

Ergatis est un outil web qui permet de créer, d'exécuter, de superviser des pipelines d'analyses.
Il contient des composants bioinformatiques pré-intégrés mais peut très bien intégrer n'importe quel type de composants s'exécutant en ligne de commande.
Cette interface est basée sur l'outil workflow du TIGR (The Institute for Genomic Research) et peut donc être utilisée aussi bien sur une seule machine que sur un cluster de calcul (ordonnancé avec SGE, CONDOR, PBS ...).

Autres fonctionnalités
  • Ergatis gère les itérations sur une liste de fichiers
  • Il permet d'enregistrer des pipelines pré-configurés pour les relancer ou de ré-exécuter des pipelines déjà joués
  • L'accès aux fichiers d'entrée se fait directement par le chemin absolu sur le serveur (pas besoin d'uploader les données contrairement à Galaxy)
  • L'authentification LDAP est très bien gérée.
Interopérabilité

Les composants fournis sont basés sur les formats BSML.
L'implémentation actuelle comprend un support pour le chargement des données dans le projet de bases de données suivant le schéma CHADO.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Sur la plateforme Bioinformatique Genotoul, plusieurs pipelines de traitement de données NGS ont été mis en place pour injecter les données dans notre système NG6. Nous avons aujourd'hui des pipelines pour traiter des données 454 et Illumina, le démultiplexage est intégré et permet ensuite de lancer chaque composant en parallèle sur les différents lots dé-multiplexés.

Au sein de l'équipe de Génomique des Systèmes Intégrés du laboratoire LMGM, ergatis a été utilisé pour la composition et l'exécution d'un pipeline d'analyses bioinformatiques. Le pipeline est décomposé en tâches, certaines pouvant être exécutées en parallèle, correspondant à des programmes en ligne de commande développés par l'équipe. Une fois le système pris en main, la création de nouveaux nœuds de traitement correspondant à des programmes en ligne de commande est aisée. L'interface d'ergatis permet la composition de workflows à partir des nœuds de traitement disponibles, avec des traitements en série ou en parallèle. Cette interface est plutôt destinée à des utilisateurs connaissant les logiciels sous-jacents aux traitements effectués (notamment les entrées/sorties de chaque tâche).

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • La limitation principale est la gestion des structures conditionnelles qui n'est pas faite
  • Les données sont stockées dans un répertoire commun
  • De plus Ergatis est largement moins ergonomique que Galaxy, un biologiste devra être formé pour pouvoir utiliser cette interface
  • Enfin ergatis est assez lourd et compliqué à installer (très nombreuses dépendances).
Environnement du logiciel
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Ergatis fait partie des logiciels distribués par le projet GMOD (http://www.projet-plume.org/fr/ressource/gmod)

Eléments de pérennité

Le fait qu'Ergatis fasse partie de gmod est en soi un gage de pérennité.

Références d'utilisateurs institutionnels

Plateforme Bioinformatique - Unité BIA - INRA Toulouse : utilisation quotidienne.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
  • Liste de diffusion utilisateur ergatis-users [at] lists [dot] sourceforge [dot] net
  • Liste de diffusion développeur ergatis-devel [at] lists [dot] sourceforge [dot] net
  • Support sur la forge : http://sourceforge.net/projects/ergatis/support
Documentation utilisateur
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 04/03/11
  • Correction mineure : 04/03/11
Mots-clés

PlayMOBY : environnement de déploiement et de surveillance de web-services BioMOBY

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : 20110201 - 2011/02/01
  • Licence(s) : CeCILL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Sébastien Letort, Sébastien Carrere, Jérôme Gouzy.
  • Contact concepteur(s) : sebastien.carrere@toulouse.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIPM

 

Fonctionnalités générales du logiciel
  • PlayMOBY est un environnement de déploiement, d'exécution et de surveillance de web-services BioMOBY.
  • PlayMOBY se compose de scripts et bibliothèques écrits en Perl.
  • PlayMOBY utilise la description Mobyle (Neron et al., 2009, cf. aussi http://www.projet-plume.org/fr/relier/mobyle) des services pour les déployer sur un ou plusieurs annuaire BioMOBY.
  • L'exécution du web-service ne demande aucun développement BioMOBY, le tout étant masqué par des modèles (templates).
  • Lors du déploiement, des données de test peuvent être embarquées permettant d'exécuter des tests fonctionnels sur les web-services. Un rapport est généré à chaque exécution de test fonctionnel et des alertes sont envoyées s'il y a non conformité.
Contexte d’utilisation du logiciel

Déploiement automatisé de web-services bioinformatiques dans le cadre des projets LeGOO , HeliaGene, Narcisse, iANT et BIOS (http://lipm-bioinfo.toulouse.inra.fr/biomoby)

Publications liées au logiciel

Néron B, Ménager H, Maufrais C, Joly N, Maupetit J, Letort S, Carrere S, Tuffery P, Letondal C. (2009) Mobyle: a new full web bioinformatics framework. Bioinformatics. 25(22):3005-11.

Fiche logiciel à valider
  • Création ou MAJ importante : 03/11/10
  • Correction mineure : 13/04/12
  • Rédacteur de la fiche : Jerome Kieffer - un des développeurs du logiciel - ESRF (ESRF)
  • Contributions importantes : Olof Svensson (ESRF)
  • Responsable thématique : Christelle Dantec (CRBM)
Mots-clés
Pour aller plus loin
Fiche en recherche de relecteurs
Cette fiche est en recherche de relecteurs. Si vous êtes intéressé(e)s, contactez-nous !

EDNA : environnement pour réaliser des programmes d'analyses de données en ligne

Ce logiciel est en cours d'évaluation par la communauté PLUME. Si vous utilisez ce logiciel en production dans notre communauté, merci de déposer un commentaire.
  • Site web
  • Système :
  • Téléchargement
  • Version évaluée :
  • Langue(s) de l'interface :
  • Licence : GPL, LGPL

    Le kernel EDNA est LGPLv3+ tout comme certaines applications.
    Certaines applications sont GPLv3+

  • Origine du développement : EMBL, ESRF, SOLEIL Synchrotron
Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations : EDNA
Description
Fonctionnalités générales

EDNA est une plate-forme, un framework pour développer des applications massivement parallèles (multi-threadées) pour faire de l'analyse de données en ligne pour les synchrotrons (et autres). Chaque application EDNA est composée de plugins d'exécution (qui font des choses), de plugins de contrôle qui servent à chaîner (en parallèle ou en série) des plugins d'exécution et qui constituent donc la logique de l'application et enfin les lanceurs qui initialisent l'environnement de travail et lancent les plugins.

Lanceurs

EDNA dispose de trois types de lanceurs :

  • Ligne de commande tout naturellement, en donnant la structure de donnée en XML sur la ligne de commande
  • DeviceServeur Tango qui communique via CORBA avec des interfaces graphiques (par exemple)
  • Un lanceur parallèle qui permet de lancer des plugins en parallèle sur un grand nombre de données

Plugins d'exécution

EDNA dispose de près d'une centaine de plugins d'exécution qui, soit appellent un programme externe, soit utilisent une bibliothèque python (Numpy, Scipy, PIL...) pour traiter des données. Ils forment la boîte à outil scientifique de EDNA.

Plugins de contrôle

Ce sont des enchaînements d'autres plugins pour réaliser des tâches plus ou moins complexes.

Autres fonctionnalités

La robustesse de EDNA est en grande partie due à sa politique de tests très stricte des plugins qui sont mis en commun.
Ceci assure la non régression d'une part et la pérennité des application écrites avec EDNA.

Interopérabilité

EDNA est écrit en python. Le projet est testé quotidiennement sous linux avec C-Python et occasionnellement avec Jython. Il fonctionne également nativement sous MacOSX avec C-Python.
Le portage sous Windows est une Arlesiène: le noyau EDNA fonctionne sous windows mais en l'absence de demande, de développeurs et de logiciels scientifiques en ligne de commande pour cet environnement, la priorité pour ce portage est minimale.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Nous développons des applications de traitement de données en ligne pour le synchrotron ESRF en utilisant EDNA:

MXv1

Application permettant la caractérisation rapide de cristaux de protéines à partir de quelques clichés de diffraction X. Une stratégie d'acquisition des données est calculée en quelques secondes.

Diffraction Computed Tomography

Application de tomographie à partir d'un micro-faisceau X utilisant le diffraction des cristallites contenus dans le matériau. Elle nécessite une intégration azimutale et l'assemblage d'un grand nombre de données avant la reconstruction tomographique. L'approche multi-threadée de EDNA a permis de passer le temps de calcul de dizaines d'heures à quelques minutes.

BioSaxs

L'application de la diffraction X aux petits angles sur des protéines en solution est en cours de développement entre le Synchrotron Diamond (UK), l'EMBL de Hambourg (D) et l'ESRF (Eu).

Photographie numérique

Le plus gros reproche fait à EDNA c'est qu'il nécessite un très bon niveau tant en science pour comprendre les applications qu'en méthodes de programmation, ce qui limite le nombre de personnes qui peuvent développer avec cet outil. En choisissant un exemple non-scientifique (la dé-RAW-tisation de photos numériques) pour le tutoriel EDNA, nous espérons faciliter l'apprentissage de EDNA pour augmenter la communauté de développeurs autour de cette plate-forme.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

EDNA apporte beaucoup d'importance aux méthodes de programmation, à la qualité du code (revue de code croisée), sa maintenabilité tout ceci prime toujours sur les performances brutes ou la vitesse de développement.

Quand j'ai commencé à travailler avec EDNA (avant de travailler pour EDNA), voici les défauts que je lui ai trouvé :

  • La modélisation de structures de données (UML) est obligatoire, sans elle rien n'est possible ce qui est frustrant.
  • Conventions de code très strictes, souvent empruntées au java (ce qui déstabilise le développeur python)
  • Structure des classes assez abstraites et grand nombre de niveau d'héritages (mais cela s'améliore ...)
  • Nécessité d'une revue de code pour toute modification du noyau, même pour une seule ligne.
  • Perte de temps lié à l'écriture des tests (pourtant on y gagne en maintenabilité).
Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

aucune à ce jour.

Plates-formes

Unix-like

Logiciels connexes
  • PyMca

  • MxCube
  • BlissFramework
  • Tango
  • Mosflm
  • XDS
  • Best
  • CCP4
  • ...
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement
  • Comité de direction qui gouverne les développements liés au noyau principalement.
  • Gestion de projet pour chaque application.
  • Serveur Web avec Wiki, SVN, Bugzilla.
  • Tests et création de paquets automatiques toutes les nuits.
  • Documentation de l'API en ligne, tutoriel

Une dizaine de développeurs actifs répartis entre l'ESRF, Diamond, CCP4 et Desy.

Eléments de pérennité

Deux développeurs à temps plein en France (permanents).
Les lignes de cristallographie des protéines de l'ESRF dépendent d'EDNA pour leur analyse de données: le projet doit être maintenu.

Références d'utilisateurs institutionnels

ESRF, Diamond, CCP4.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

Une interface graphique pour EDNA, basée sur Passerelle est en développement.

Contributions
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 13/01/12
  • Correction mineure : 13/01/12

PLONE : création de site Web et gestion de contenus (CMS)

Description
Fonctionnalités générales

Plone est un système de gestion de contenu Web (CMS) complet, robuste, reconnu qui permet de réaliser une grande variété de sites web dynamiques : site internet, intranet, blog, boutique en ligne.

Plone fonctionne avec la plupart de navigateurs web. L'édition des contenus se fait à l'aide d'un éditeur wysiwyg.

Plone dispose de nombreuses fonctionnalités dès l'installation :

  • une gestion des membres et de leurs droits
  • une mise à jour du contenu par de multiples utilisateurs à travers un éditeur intégré
  • un système de workflows (chaînes de publication) puissant et flexible
  • une gestion séparée de la forme et du contenu
  • une structuration du site (semblable à une hiérarchie de fichiers) et du contenu (par l'utilisation de types de contenu différents comme par exemple des documents, des dossiers, des actualités, des événements, etc.)
  • une gestion des versions des contenus
  • une indexation automatique du contenu (y compris des principaux formats de fichiers bureautiques)
  • une gestion complète par interface web
  • la gestion du multilinguisme
  • la possibilité de le déployer en mode standalone ou cluster, pour des sites à fort trafic (passage à l'échelle)
  • l'intégration du framework javascript JQuery
Autres fonctionnalités

Plone est basé sur le serveur d'applications Zope (langage Python).

Par défaut, Plone stocke ses données dans la base de données de Zope, la ZODB (Zope Object DataBase), une base de données orientée-objet adaptée aux applications de gestion de contenu : organisation hiérarchique des données, indexation des informations, etc.

Plone peut interopérer avec la plupart des systèmes de bases de données relationnelles, open source ou propriétaires. Il existe des connecteurs pour un certain nombre de SGBDR incluant MySQL, PostgreSQL, Oracle, Sybase ainsi que Microsoft SQL Server et Access (via un lien ODBC).

Pour compléter les fonctionnalités de Plone, il existe un grand nombre de produits d'extensions. Vous pouvez également créer vos propres extensions ce qui fait de Plone un outil très flexible.

Ci-dessous, plus d'informations sur les standards supportés, la sécurité...

Standards

Plone respecte rigoureusement les normes d'ergonomie et d'accessibilité. Les pages d'un site Plone sont conformes aux recommandations "Section 508" du Gouvernement Américain, et à la norme d'accessibilité AA du W3C. D'autre part, elles se basent sur les meilleurs standards du web tels que XHTML et CSS.

Sécurité

Le CMS Plone est souvent très bien positionné concernant la sécurité.

Contrôle d'accès

Dans Zope / Plone, la gestion du contrôle d'accès (Autorisation) est faite par l'attribution de rôles aux membres et par la définition de permissions pour les ressources accédées.

Les permissions spécifient quelles actions sont permises pour quel rôle.

Un utilisateur peut avoir un nombre quelconque de rôles, les rôles peuvent être attribués à des groupes d'utilisateurs ce qui est préférable car on a régulièrement des changements de rôles pour les membres alors que la règle "les gestionnaireDeXYZ ont les droits de relecture pour la branche XYZ" reste stable.

Depuis Plone 2.5, Plone utilise PlonePAS basé sur le produit Zope PAS (Pluggable Authentication Service).
PAS est construit autour des concepts d'interfaces et de plugins : toutes les tâches relatives à la gestion des utilisateurs et des groupes et à l'authentification sont décrites dans des interfaces séparées. Ces interfaces sont implémentées par des plugins qui peuvent être sélectivement activées par interface.

Enfin les types de contenus sont protégés par des workflow qui définissent les permissions requises lors des différentes étapes allant de la création à la mise en ligne du contenu.

L'interface utilisateur est plus ou moins riche suivant les permissions accordées à l'utilisateur.

L'administrateur dispose en plus d'une interface d'administration très complète, la ZMI : Zope Management Interface.

Types de contenus

Plone dispose d'un certain nombre de contenus de base qu'il est possible d'étendre en créant de nouveau types de contenus.

Les contenus de base de Plone 3 sont les documents, les actualités, les événements, les collections, les fichiers, les images, les liens.

Les types de contenus peuvent être ajoutés à l'aide de produits d'extensions ou créés. Le produit d'extension ArchGenXML génère le code python pour la création de nouveau type de contenu à partir de modèles XML (format XMI).

Internationalisation

L'interface de Plone a été traduite dans plus de 40 langues, et des outils additionnels sont fournis pour permettre la gestion du contenu multilingue.

Indexation

Tous les contenus (et les fichiers bureautiques et pdf) sont indexés "fulltext" en temps réel.

Le moteur de recherche donne des résultats très pertinents.

Apparence

L'administrateur peut placer les composants de la page à travers une interface graphique.

Comme tout CMS, l'aspect du site peut être modifié en appliquant un thème.

La modification de l'aspect du site peut être faite simplement à partir de l'interface d'administration (ZMI) mais ces modifications ne sont alors pas duplicables/répétables.

Il est conseillé de créer un thème et d'y placer ses modifications. Cependant cette procédure n'est pas simple car elle demande de comprendre le fonctionnement de Plone. Il y a néanmoins des outils (paster) qui génèrent le squelette du thème dans lequel on peut placer ses adaptations.

Produits d'extension

Il existe de nombreux produits d'extension pour Plone, près de 1300 projets.

Comme pour tous les CMS Open Source, il faut être attentif avant d'adopter une extension. Il faut évaluer la nécessité de cette extension et sa pérennité. Le risque est d'être bloqué pour migrer son CMS lorsque l'extension n'est pas disponible pour la nouvelle version.

Sur la page de l'extension, regarder la date de la dernière release, la fréquence des releases, le nombre de bugs soumis, corrigés, le(s) porteur(s) du projet.

Divers

Statistiques sur les langages de programmation utilisés dans Plone

Pour les administrateurs

Plone est facile à installer. Vous pouvez installer Plone en quelques clicks grâce à son programme d'installation ; vous obtenez un système de gestion de contenu qui tourne sur votre machine en quelques minutes car Zope intègre sa propre base de données et son propre serveur Web.

Pour les développeurs

Les concepts utilisés dans Plone sont sains et robustes. Le code est systématiquement livré avec des tests. Le code est maintenu et stable. Dans Plone la retrocompatibilité compte.

Plus d'informations

Présentation des fonctionnalités disponibles dans Plone 3.0
Présentation des fonctionnalités de la nouvelle version majeure de Plone : Plone 4

Une copie d'écran d'administrateur

Copie d'écran d'administrateur

Interopérabilité

XHTML : export XML
accès : HTTP, FTP, WebDAV, XML-RPC
CSS, OpenID

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Partage de l'information, documents, collaboration;

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

La courbe d'apprentissage est importante lorsque l'on veut adapter le produit.

Plone est un système de gestion de contenu. Si l'on veut créer et gérer des contenus spécifiques, les données de ces contenus doivent être stockées dans la ZODB et non dans un SGBD externe. C'est le fonctionnement de Plone pour garantir la persistance des données des contenus et leur indexation correcte. Des composants ont été développés pour le stockage des données de types de contenus dans un SGBD mais ils ne sont pas intégrés et ils sont parfois déconseillés.

La ZODB est très commode pour représenter des donnes hiérarchisées mais contrairement aux bases de données relationnelles il n'y a pas de langage de requête standard.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

La méthode d'installation la plus courante et qui est recommandée est d'utiliser l'installeur fourni sur le site de Plone.

Il y a cependant des packages Plone pour les principales distributions Linux.

Plates-formes

Linux, OS X, Windows, BSD, etc

Logiciels connexes

Plone est construit au-dessus de Zope.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Drupal, Joomla, Typo3, eZ Publish et eXo Platform

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

La fondation Plone qui veut adopter un fonctionnement similaire à l'Apache Software Foundation

Eléments de pérennité
  • Historique : Plone a vu le jour en 1999. Depuis la communauté n'a pas cessé de grandir. Actuellement la communauté de développeurs comporte plus de 200 membres actifs.
  • Maintenance : Seule une version majeure (3.X, 4.X, ... ) est activement maintenue. Les corrections de sécurité sont réalisées pour les 2 dernières versions majeures, cf http://plone.org/support/version-support-policy
Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur

La documentation en ligne Plone
Les livres recommandés

Pour les livres, je recommande :

  • "Professional Plone Development" de Martin Aspeli (si vous l'achetez chez l'éditeur vous pouvez acheter en même temps le PDF).
  • "Practical Plone 3: A Beginner's Guide to Building Powerful Websites", Alex Clark, Clayton Parker, Darci Hanning, David Convent, John DeStefano, Jon Stahl, Martin Aspeli, Matt Bowen, Ricardo Newbery, Sam Knox, Steve McMahon, Tom Conklin, Veda Williams
  • "Plone 3 Products Development Cookbook", J. P. Gimenez, M. F. Romero
  • "Plone 3.3 Site Administration", Alex Clark
  • "Plone 3 Theming", Veda Williams
Divers (astuces, actualités, sécurité)

Deux documentations très récentes ont été réalisées par la communauté française, merci aux contributeurs :

Consulter les ressources des conférences Plone lorsqu'elles sont mises en ligne : http://www.ploneconf2009.org/program/talks

Consulter les supports de présentation sur slideshare :

Suivre les blogs et flux RSS du domaine :

Consulter les vidéos en ligne : http://plone.blip.tv/

Contributions
Fichier attachéTaille
plone.jpg35.75 Ko
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 20/06/11
  • Correction mineure : 10/04/12
Fiche archivée
L'auteur de la fiche ne peux plus assurer sa mise à jour. Il est d'accord pour que cette fiche soit reprise par un autre contributeur. Le responsable thématique n'a pas réussi à identifier d'autres utilisateurs. Si vous utilisez ce logiciel et que vous souhaitez 'reprendre' cette fiche, prenez contact avec le responsable thématique.
Mots-clés
Fiche en recherche de repreneur
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YML : environnement de workflow scientifique pour le calcul haute performance

Cette fiche n'est plus à jour. Elle a été archivée pour la raison exposée ci-contre.
Description
Fonctionnalités générales

YML est un environnement de programmation/exécution pour les applications sur des systèmes distribués à grande échelle comme par exemple des grilles de calcul, des réseaux de PC utilisant des systèmes P2P, et des superordinateurs à structure très hiérarchisée.

Il vise à rendre l'utilisation de ces architectures transparente et indépendante de leurs intergiciels. Il est composé de trois parties qui se chevauchent : le frontal qui est l'interface utilisateur, le noyau, et le back-end qui est l'interface avec l'intergiciel. Le noyau d'YML est constitué par un langage de workflow (permettant en particulier de décrire des graphes de composants logiciels), un ordonnanceur et un système d'intégration des services représentant des données, des programmes ou des codes binaires. YML est conçu selon une approche par composants permettant la réutilisation et l'intégration des services externes tels que l'accès aux bases de données des matrices et des bibliothèques numériques standard.

Autres fonctionnalités

Plus spécifiquement YML contient un certain nombre de composants permettant le déploiement d'applications sur des systèmes distribués à grande échelle :

  • un compilateur qui transforme le programme YML en composants décorés avec des éléments de dépendances,
  • un ordonnanceur (scheduler) chargé de faire fonctionner les composants via des backends,
  • un catalogue de composants,
  • un entrepôt de données,
  • plusieurs back-end permettant d'utiliser un middleware pour exploiter l'architecture sous-jacente. Par défaut YML est installé avec le middleware Xtrem Web.
Environnement du logiciel
Logiciels connexes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Équipe ARPA du laboratoire PRiSM de l'université de Versailles Saint-Quentin en Yvelines : http://www.prism.uvsq.fr/index.php?id=15
Equipe MAP du laboratoire LIFL de l'université Lille 1 : http://www2.lifl.fr/MAP/

Eléments de pérennité
  • C'est un logiciel libre ce qui permet de pérenniser les développements
  • Le projet ANR-JST (Programme Franco-Japonais) FP3C "Framework and Programming for Post Petascale Computing" vient d'être accepté et permettra de continuer son développement
Environnement utilisateur
Documentation utilisateur

Pour une présentation succinte voir Workflow Global Computing with YML, Olivier Delannoy and Nahid Emad and Serge Petiton in GRID '06: Proceedings of the 7th IEEE/ACM International Conference on Grid Computing http://dx.doi.org/10.1109/ICGRID.2006.310994

Pour une présentation complète voir O. Delannoy, YML: A scientific Workflow for High Performance Computing, Ph.D. Thesis, Septembre 2008, Versailles http://yml.prism.uvsq.fr/data/documents/TheseOlivi...

Contributions

YML a fait l'objet de publications que l'on peut trouver sur cette page : http://yml.prism.uvsq.fr/index.php?lang=en&page=2

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 11/05/10
  • Correction mineure : 11/05/10

G'MIC : outil de manipulation d'images génériques

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.

 

Fonctionnalités générales du logiciel

G'MIC est l'acronyme de GREYC's Magic Image Converter

Ce logiciel permet de concevoir et d'appliquer des séquences de traitement sur des signaux ou des images.

Ces traitements peuvent être variés, et concernent aussi bien les aspects géométriques, colorimétriques et fréquentiels des images, que leur analyse statistique et leur exploration/visualisation. Une particularité de ce logiciel est qu'il est capable de manipuler et visualiser des données très génériques, comprenant les images 1D/2D/3D (volumétriques) et/ou multi-spectrales, à types de valeurs/couleurs quelconques (entiers 8/16/32 bits, flottants 32/64 bits), ou encore des objets 3D maillés.

Les traitements sont décrits par un langage de script spécifique, dédié à la modélisation de pipelines d'opérations sur des images. D'un point de vue technique, le logiciel se base sur un interpréteur de ce langage pour effectuer ses opérations.

Contexte d’utilisation du logiciel

G'MIC fonctionne en mode ligne de commande, ou en mode graphique (sous forme d'un greffon pour GIMP), et peut être potentiellement intégré comme bibliothèque de traitement d'images dans le code source de logiciels libres tiers.

  • Son utilisation en mode ligne de commande est intéressante pour traiter ou convertir de manière automatisée un grand nombre de données image. De ce point de vue, il peut être comparé à ImageMagick.
  • Son utilisation sous forme de greffon GIMP permet d'enrichir ce logiciel de retouche d'images en proposant une liste de filtres prêts à l'emploi (notamment des débruiteurs, des réhausseurs de contraste, des outils de manipulation colorimétrique ou d'application d'effets artistiques). Il est également possible à l'utilisateur d'utiliser cette plateforme pour intégrer plus facilement ses propres filtres dans GIMP. Un forum regroupant communauté active d'utilisateurs de ce greffon s'est créé.
  • Il peut être utilisé à des fins pédagogiques pour l'introduction au traitement des images. Il contient un shell intégré permettant de lancer toute la panoplie de commandes disponibles de manière interactive, avec une visualisation temps réel des résultats obtenus.
Publications liées au logiciel
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