Gbrowse (ou GGB) pour « Generic Genome Browser » est une interface web graphique et interactive permettant de manipuler et visualiser des annotations sur un génome. Gbrowse est un CGI-perl distribué par le projet GMOD (« Generic Model Organism Database »).

Gbrowse permet de naviguer sur un génome complet ou une portion de génome, et d'y afficher différentes propriétés ou prédictions (gènes, transposons, ARNnc, similarités, etc...) sélectionnées parmi un panel élaboré par l'administrateur du logiciel.

L ‘administrateur ou le client peut personnaliser les différentes pistes visualisables en utilisant les glyphes mis à disposition dans la bibliothèque BioPerl. GBrowse est très documenté et malgré sa haute configurabilité reste facile d'emploi, à l'aide d'un unique fichier de configuration décrivant une à une toutes les pistes à afficher.

GBrowse donne la possibilité de mettre en place un système d'authentification par bases de données ou via un système LDAP. Cette fonctionnalité est très intéressante dans le cadre d'un projet collaboratif (ou privé). En effet l'administrateur peut spécifier l'accessibilité d'une piste à une certaine liste d'utilisateurs.

GBrowse a été étendu pour permettre la visualisation de polymorphisme (HapMap) ou de génomique comparée (GBrowse_Syn: http://gmod.org/wiki/GBrowse_syn, SynView: http://eupathdb.org/apps/SynView/ ).

Les données visualisables par le GBrowse sont, le plus souvent, sous la forme GFF (« Generic File Format ») et peuvent être stockées en fichiers à plat ou dans des bases de données. Des adaptateurs pour les bases de données suivantes ont été développés :

• Bio ::DB ::GFF
• Bio ::DB ::SeqFeature ::Store
• Chado database
• BioSQL database

Le GBrowse permet la visualisation d'alignement de données de séquençage haut débit (NGS) grâce au module Bio::DB::Sam. Ce module extrait les informations d'un fichier binaire BAM généré par la suite logiciel samtools.