Populations
Description
Fonctionnalités générales
- Calcul de distances génétiques entre populations ou individus basé sur les fréquences allèliques.
- Reconstruction d'arbre phylogénétiques (UPGMA ou Neighbour Joining) à partir de matrices de distances, avec ou sans bootstrap sur les locus ou individus.
- Calculs de fréquences allèliques, Fstats.
- Lecture et conversion de données entre les formats Populations, Genepop, Immanc, microsat, LEA Likelihood Estimation of Admixture, Admix (G. Bertorelle), Genetix, Fstat (Jérôme Goudet)
Autres fonctionnalités
'Populations' est apprécié pour le grand nombre de méthodes de distances disponibles :
- DAS, shared allele distance, http://bioinformatics.org/%7Etryphon/populations/f..., (Chakraborty et Jin., 1993)
- Nei, minimum genetic distance, http://bioinformatics.org/%7Etryphon/populations/f..., Dm (Nei,1987)
- Nei, standard genetic distance, http://bioinformatics.org/%7Etryphon/populations/f..., Ds (Nei, 1987)
- Cavalli-Sforza and Edwards, Dc (1967)
- Nei et al's, Da (1983)
- Latter, Fst (1972)
- Prevosti et al.'s, Cp (1975)
- Rogers', Dr (1972)
- Reynolds J. unweighted, Dru (1983)
- Reynolds J. weighted, Drw (1983)
- Reynolds J. least squares, Drl (1983)
- Microsatellites distances
- Goldstein et al., dmu2 (1995a)
- Average Square Distance ( ASD , Goldstein, Slatkin 1995)
- Shriver et al's, Dsw (1995)
- Lev A. Zhivotovsky, DR (1999)
Interopérabilité
Les formats principaux supportés en lecture et écriture sont Populations, Genepop, Génétix.
Populations permet la conversion des données entre ces 3 logiciels, et l'export dans les formats : Immanc, microsat, LEA Likelihood Estimation of Admixture, Admix (G. Bertorelle), Fstat (Jérôme Goudet).
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
L'absence d'interface graphique, la nécessité d'utiliser un outil annexe pour visualiser les arbres phylogénétiques (treeview par exemple).