Taverna
Description
Fonctionnalités générales
Taverna est une application qui permet de construire et d'exécuter des workflows (enchaînements de tâches élémentaires). Chaque étape de ces chaînes de traitements correspond à l'exécution d'un outil disponible localement ou sous forme de service web. L'outil, fortement typé bio-informatique, propose en standard de nombreux services spécifiques, tels que NCBI, Kegg, SoapLab, BioMoby, Biomart et WSDL.
Autres fonctionnalités
- Exécution des workflows depuis le workbench, la ligne de commande, ou bien à distance sur un serveur Taverna.
- Plusieurs types de services compatibles : web-services de type WSDL, BioMart, BioMoby, SoapLab, R, Beanshell, REST, XPath services...
- Suivi détaillé de l'exécution d'un workflow (statut, temps d'exécution des différents processus) et de ses résultats (avec entrées/sorties intermédiaires).
- Recherche et chargement des workflows stockés sur le site MyExperiment depuis une perspective dédiée.
- Partage de workflows sur le site MyExperiment.
- Recherche et chargement des services web recensés sur le site BioCatalogue depuis une perspective dédiée.
- Ouverture d'un workflow à partir d'une URL ou d'un fichier local.
- Interface organisée en perspectives (Design, Results, myExperiment, BioCatalogue, etc.)
- Personnalisation poussée des fonctionnalités et de l'interface (ie. création de nouvelles perspectives).
- Support des services sécurisés.
- L'architecture par plugin garantit l'intégration des développements externes.
- Mise à jour automatique possible des plugins et composants internes, intégrée à l'application.
- La plupart des services web utilisant WSDL peut être exécutée dans un workflow Taverna (voir exceptions).
- Les résultats typés par MIME sont directement visualisés dans Taverna si un plugin est disponible (HTML, molécule 3D, text brut...).
Interopérabilité
- Les workflows créés sont sauvegardés sous un format XML propre à Taverna : le SCUFL2 (Simple Conceptual Unified Flow Language).
- La version 2 de Taverna reste compatible avec la version 1 du format SCUFL.
- Il est possible de générer automatiquement des outils Galaxy à partir d'un workflow Taverna 2 via l'outil associé Taverna-Galaxy.
- Les API Java tierces peuvent être intégrées dans des workflows Taverna en utilisant l'API Consumer Tool.
- Les autres langages de description de workflows ne sont pas gérés.
- L'export des formats de provenance OPM et Janus est disponible, à titre expérimental.
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
- Au CNRS, Taverna est utilisé par un public de bio-informaticiens et d'informaticiens.
- A l'IPHC, Taverna est utilisé pour la soumission de calculs sur la grille de calcul EGI, ainsi que pour le traitement automatique de données en chémoinformatique.
- Une liste des organisations / laboratoires utilisateurs de Taverna est disponible, précisant le contexte scientifique.
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
- Les webservices déjà intégrés sont souvent peu documentés. Il n'est pas toujours évident de comprendre les données d'entrée attendues ni le format des données de sortie.
- Le format de certaines données d'entrée spécifiques (ie. objets BioMoby) reste peu intuitif.
- Toute mise à jour ou installation d'un plugin nécessite le redémarrage de l'application pour être prise en compte.