ANISEED

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 22/02/11
  • Correction mineure : 12/04/12
Mots-clés

ANISEED : modélisateur du développement de l'ascidie

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : ANISEED V3.0 - 03/05/2007
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Olivier Tassy, Fabrice Daian, Delphine Dauga, Daniel Sobral, Pierre Khoueiry
  • Contact concepteur(s) : Delphine.DAUGA@univmed.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : IBDML

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Le système ANISEED (Ascidian Network for In Situ Expression and Embrylogical Data) permet une représentation du développement embryonnaire de l'ascidie au niveau du génome (séquences cis-regulatrices, expressions géniques, annotations de protéines), de la cellule (morphologie, destin, induction, lignée) ou de l’embryon complet (anatomie, morphogenèse).

Le contenu de la base de données peut être exploré par l'intermédiaire d'un navigateur web classique. Une partie des données peut être affichée dans leur contexte génomique via un navigateur d’informations à l’échelle génomique (GBrowse).

Un module additionnel, appelé "3D virtual embryo",  permet de manipuler des représentations tridimensionnelles de l’embryon et de décrire quantitativement les formes et l’organisation des cellules. Ce module permet aussi de combiner les informations moléculaires et embryologiques contenues dans la base à l’embryon virtuel. 

Les ascidies sont des chordés invertébrés marins qui présentent un plan du corps larvaire semblable à celui des vertébrés. Leurs embryons se composent cependant d’un nombre très restreint de cellules et se développent avec un lignage constant. Ainsi, les embryons d’ascidies, permettent de décrire le développement, et les profils d’expression des gènes avec une résolution cellulaire, tout en étant phylogénétiquement proches des vertébrés.

Contexte d’utilisation du logiciel

ANISEED est le premier système intégratif pour l'ascidie et, de ce fait, est largement utilisé dans le secteur de recherche associé.
Au cours des deux dernières années, le système a reçu 51.000 visiteurs uniques, principalement de France, du Japon, des Etats-Unis, et d'Italie, pays regroupant un certain nombre de laboratoires ascidie.

De plus, le caractère générique du système ainsi que ses principes de conception peuvent servir d'exemple pour l'avenir des bases de données d'organisme modèle.

Publications liées au logiciel

Tassy, O., Dauga, D., Daian, F., Sobral, D., Robin, F., Khoueiry, P., Salgado, D., Fox, V., Caillol, D., et al. Digital representation of embryonic development: the ANISEED system.
Genome Research 2010 Oct;20(10):1459-68

Sobral, D., Tassy, O., and Lemaire, P. Highly divergent gene expression programs can lead to similar chordate larval body plans.
Curr Biol. 2009 Dec 15;19(23):2014-9.

Tassy, O., Daian, F., Hudson, C., Bertrand, V., and Lemaire, P. A quantitative approach to the study of cell shapes and interactions during early chordate embryogenesis.
Curr Biol. 2006 Feb 21;16(4):345-58.