EZ-Rhizo

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 29/06/10
  • Correction mineure : 29/06/10
Mots-clés

EZ-Rhizo : analyse de l'architecture racinaire de plantes en boite de Pétri

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : Windows
  • Version actuelle : 1.1 - Novembre 2008
  • Licence(s) : Domaine public
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Patrick Armengaud, Kevin Zambaux, Adrian Hills, Anna Amtmann
  • Contact concepteur(s) : ez-rhizo@psrg.org.uk; patrick.armengaud@versailles.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : ESIEE, Plant Science Group, FBLS (Glasgow University)

 

Fonctionnalités générales du logiciel

EZ-Rhizo permet une acquisition précise et rapide des paramètres morphologiques des racines à partir d'une boite de Pétri numérisée. Le programme mesure une dizaine de paramètres primaires (la longueur et l'angle de la racine primaire ; le nombre, la longueur, l'angle et la position (par rapport à la racine principale) des racines latérales (racines de deuxième ordre) ; le nombre, la longueur, l'angle et la position des racines de troisième ordre (par rapport à la racine de deuxième ordre) etc. Les données collectées sont organisées dans une base de données (mySQL) associée au logiciel et sont interrogeables soit par une fenêtre de requête pour l'export et la manipulation sous Excel soit directement par une interface de type R.

EZ-Rhizo n'est disponible qu'en anglais et fonctionne uniquement sous Windows.

Attention : EZ-Rhizo ne gère pas les racines supperposées ou celles qui se croisent. Une étape d'édition manuelle est incluse dans le protocole d'analyse pour corriger les imperfections des images. La numérisation d'une boite de Petri 12x12 cm doit etre réalisée au format .bmp à une résolution de 200 dpi.

Contexte d’utilisation du logiciel

EZ-Rhizo est utilisé pour mesurer les adaptations de l'architecture racinaire de plantes d'Arabidopsis thaliana cultivées en boite de Petri 12x12 cm. D'autres espèces végétales peuvent aussi etre mesurées à partir d'images du système racinaire.

Publications liées au logiciel

Armengaud P, Zambaux K, Hills A, Sulpice R, Pattison RJ, Blatt MR and Amtmann A (2008) EZ-Rhizo: Integrated Software for Fast and Accurate Measurement of Root System Architecture. Plant Journal 57(5): 945-956

Armengaud P (2009). EZ-Rhizo software: the gateway to root architecture analysis. Plant Signalling and Behaviour 4(2): 139-141