MatGeom

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 05/07/12
  • Correction mineure : 11/06/14
Mots-clés

MatGeom : bibliothèque de calcul géométrique en 2D et 3D sous Matlab

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 1.1.6 - 22 Novembre 2012
  • Licence(s) : BSD - Modifiée
  • Etat : validé (au sens PLUME)
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : David Legland
  • Contact concepteur(s) : david.legland@grignon.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : GMPA

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : MatGeom
Fonctionnalités générales du logiciel

MatGeom est une bibliothèque de fonctions Matlab pour manipuler des données géométriques 2D et 3D telles que des ensembles de points, des droites, des polygones, des maillages... Les différentes fonctions permettent de créer des objets, de les combiner (calculs d'intersections, de distances, fenêtrage...), de les afficher, ou de calculer des paramètres descriptifs (aire, longueur, boîte englobante...).

Contexte d’utilisation du logiciel

La bibliothèque a été développée suite aux activités de recherche & développement de son auteur dans le domaine du traitement d'images et de la modélisation géométrique. L'origine de son développement remonte à l'année 2003.

Par exemple, elle peut être utilisée pour visualiser des changements de repère 3D dans des algorithmes Matlab ; représenter des reconstructions d'images binaires ; vérifier que des mesures sur des images numériques sont correctes... La bibliothèque a aussi été utilisée pour modéliser la forme d'objets biologiques (fruits, tiges, cellules...) pour analyser leur forme et cartographier des propriétés morphologiques.

Les modules geom2d et geom3d sont diffusés sur le site File Exchange de Mathworks. Au moins plusieurs dizaines d'utilisateurs avec des retours très satisfaits.

Publications liées au logiciel

Modélisation de structures biologiques :

  • Legland, D.; Devaux, M.-F. & Guillon, F. (2014) Statistical Mapping of Maize Bundle Intensity at the Stem Scale Using Spatial Normalisation of Replicated Images. PLoS ONE 9(3): e90673. doi:10.1371/journal.pone.0090673.
  • Legland, D.; Devaux, M.-F.; Bouchet, B.; Guillon, F. & Lahaye, M. (2012) Cartography of cell morphology in tomato pericarp at the fruit scale. J. Microsc. 247(1), 78–93
  • Legland, D.; Guillon, F.; Kiêu, K.; Bouchet, B. & Devaux, M.-F. (2010) Stereological estimation of cell wall density of DR12 tomato mutant using three-dimensional confocal imaging. Ann. Bot. 105, 265–276

Validation de méthodes d'analyse d'images :

  • Legland, D.; Devaux, M.-F.; Kiêu, K. & Bouchet, B. (2008) Stereological estimation for layered structures based on slabs perpendicular to a surface. J. Miscrosc. 232, 44–55
  • Legland, D.; Kiêu, K. & Devaux, M.-F. (2007) Computation of Minkowski measures on 2D and 3D binary images. Image Anal. Stereol. 26, 83–92

Autre :

  • Supatto, W.; McMahon, A.; Fraser, S. E. & Stathopoulos, A. (2009) Quantitative imaging of collective cell migration during Drosophila gastrulation: multiphoton microscopy and computational analysis. Nature Protocols,  4, 1397–1412