Mobyle

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 20/04/10
  • Correction mineure : 12/04/12

Mobyle : framework pour intégrer les logiciels bioinformatiques

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système :
  • Version actuelle : 0.97 - 20/11/2009
  • Licence(s) : GPL, LGPL
  • Etat : validé (au sens PLUME), diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Bernard Caudron, Nicolas Joly , Sandrine Larroudé, Catherine Letondal , Corinne Maufrais , Hervé Ménager , Bertrand Néron ( Institut Pasteur, Logiciels et Banques de Données ) , Pierre Tufféry, Julien Maupetit ( Ressource Parisienne en Bioinformatique Structurale).
  • Contact concepteur(s) : mobyle-support[at]pasteur.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... :

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : Mobyle
Fonctionnalités générales du logiciel

Mobyle est un framework permettant l'exécution de logiciels de bioinformatique par l'intermédiaire d'un portail web.

À partir de fichiers XML décrivant chacun des logiciels mis à disposition (BLAST ou Clustal par exemple), une interface web est générée automatiquement au sein du portail web.

Cette interface permet aux utilisateurs de lancer les analyses bioinformatiques sur leurs données, via une interface web, et sans avoir à installer les logiciels et données nécessaires sur leur poste de travail.

L'accent est mis sur la réutilisation des données entre les différents logiciels grâce au typage de ces données. Chaque donnée envoyée sur le portail ou produite par un logiciel (par exemple : séquence d'ADN) est disponible pour tous les logiciels du portail capables de traiter des données de ce type. Ceci permet d'enchaîner les traitements directement sur le portail.

Contexte d’utilisation du logiciel

Mobyle est installé sur (au moins) 4 sites français : Institut Pasteur, RPBS, LIPM et GenOuest.

En ce qui concerne la plateforme GenOuest, son utilisation permet de mettre à disposition rapidement de nouvelles applications (en plus de celles déjà disponibles) dans un portail intégré. La mise en ligne d'un logiciel prend en général quelques dizaines de minutes.

Du point de vue des utilisateurs, le portail web a l'avantage d'être un environnement de travail permettant d'enchaîner les analyses de façon simple et assez conviviale. À condition bien sûr de traiter une quantité raisonnable de données (limitation commune à toutes les interfaces web).

Publications liées au logiciel