QTLMap
Fonctionnalités générales du logiciel
Description
QTLMap est un logiciel dédié à la détection de QTL dans les populations animales expérimentales avec une structure familiale. Ce logiciel est développé par le département Génétique Animale de l'INRA. Les techniques statistiques utilisées sont l'analyse de liaison (LA Linkage analysis : utilisation des informations sur les transmissions intrafamille des allèles aux marqueurs) ainsi que l'analyse du déséquilibre de liaison observé dans les haplotypes marqueurs (LDLA : Linkage Analysis and Linkage Disequilibrium Mapping).
Fonctionnalités
- Plusieurs méthodes de résolution : d'un modèle de mélange en pseudo-maximum de vraisemblance à un modèle de régression linéaire
- Paramétrisation et mélange de familles de plein frère / demi frère
- Plusieurs méthodes de constructions des phases et des probabilités de transmissions
- Possibilité de gérer de très nombreux marqueurs/SNP
- Analyse de performances classiques et des données de transcriptome (eQTL)
- Simulation des performances (par permutation ou génération aléatoire) pour établir les seuils de rejet
- Simulation d'un jeu de données complet (généalogie, carte génétique, données génotypiques et performances) pour élaborer un protocole expérimental
- Possibilités d'inclure dans le modèle des effets fixés et des covariables
- Analyse uni-caractère ou multi-caractères des performances
- Analyse de données de survie (modèle de Cox)
- Un ou plusieurs QTLs en ségrégation dans la population
- Analyse d'interaction entre un effets fixé et le QTL