QTLMap

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 02/11/10
  • Correction mineure : 25/11/11

QTLMap : détection de QTL dans les populations animales expérimentales

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système :
  • Version actuelle : 0.8.3 - 14 octobre 2010
  • Licence(s) : CeCILL
  • Etat : validé (au sens PLUME)
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Pascale Le Roy, Jean-Michel Elsen, Helene Gilbert, Carole Moreno, Andres Legarra, Olivier Filangi
  • Contact concepteur(s) : olivier.filangi@rennes.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... :

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : QTLMap
Fonctionnalités générales du logiciel

Description

QTLMap est un logiciel dédié à la détection de QTL dans les populations animales expérimentales avec une structure familiale. Ce logiciel est développé par le département Génétique Animale de l'INRA. Les techniques statistiques utilisées sont l'analyse de liaison (LA Linkage analysis : utilisation des informations sur les transmissions intrafamille des allèles aux marqueurs) ainsi que l'analyse du déséquilibre de liaison observé dans les haplotypes marqueurs (LDLA : Linkage Analysis and Linkage Disequilibrium Mapping).

Fonctionnalités

  • Plusieurs méthodes de résolution : d'un modèle de mélange en pseudo-maximum de vraisemblance à un modèle de régression linéaire
  • Paramétrisation et mélange de familles de plein frère / demi frère
  • Plusieurs méthodes de constructions des phases et des probabilités de transmissions
  • Possibilité de gérer de très nombreux marqueurs/SNP
  • Analyse de performances classiques et des données de transcriptome (eQTL)
  • Simulation des performances (par permutation ou génération aléatoire) pour établir les seuils de rejet
  • Simulation d'un jeu de données complet (généalogie, carte génétique, données génotypiques et performances) pour élaborer un protocole expérimental
  • Possibilités d'inclure dans le modèle des effets fixés et des covariables
  • Analyse uni-caractère ou multi-caractères des performances
  • Analyse de données de survie (modèle de Cox)
  • Un ou plusieurs QTLs en ségrégation dans la population
  • Analyse d'interaction entre un effets fixé et le QTL
Contexte d’utilisation du logiciel

QTLMap est un logiciel de calcul scientifique nécessitant des ressources processeurs et mémoires. Le programme est structuré et écrit en fortran (norme 95) utilisant la norme OpenMP pour les aspects de parallélisation.

Utilisateurs

Ce logiciel est utilisé par des chercheurs en génétique pour détecter une région sur le génome qui contrôle un caractère quantifiable, comme par exemple :

  • production de lait
  • taille des portées
  • quantité de gras intramusculaire
  • quantité de gras abdominale

Infrastructures utilisées par les utilisateurs du département Génétique Animale

Dépendances logicielles

  • NLopt : a free/open-source library for nonlinear optimization, providing a common interface for a number of different free optimization routines
  • orderpack-2.0 : Unconditional, Unique, and Partial Ranking, Sorting, and Permutation
  • SLATEC Common Mathematical Library

Environnement/Installation

  • Suite gcc (>=4.4)
  • CMake 2.6.4

Support utilisateur

Liste de diffusion disponible : inscription

Publications liées au logiciel

Legarra A, Fernando RL, 2009. Linear models for joint association and linkage QTL mapping. Genet Sel Evol., 41:43.

Elsen JM, Filangi O, Gilbert H, Le Roy P, Moreno C, 2009. A fast algorithm for estimating transmission probabilities in QTL detection designs with dense maps. Genet Sel Evol., 41:50.

Gilbert H., Le Roy P., Moreno C., Robelin D., Elsen J. M., 2008. QTLMAP, a software for QTL detection in outbred population. Annals of Human Genetics, 72(5): 694.

Gilbert H, Le Roy P., 2007. Methods for the detection of multiple linked QTL applied to a mixture of full and half sib families. Genet Sel Evol., 39(2):139-58.

Moreno C.R., Elsen J.M., Le Roy P., Ducrocq V., 2005. Interval mapping methods for detecting QTL affecting survival and time–to–event phenotypes. Genet. Res. Camb., 85 : 139-149.

Goffinet B, Le Roy P, Boichard D, Elsen JM, Mangin B, 1999. Alternative models for QTL detection in livestock. III. Heteroskedastic model and models corresponding to several distributions of the QTL effect.. Genet. Sel. Evol., 31, 341-350.

Mangin B, Goffinet B, Le Roy P, Boichard D, Elsen JM, 1999. Alternative models for QTL detection in livestock. II. Likelihood approximations and sire marker genotype estimations. Genet. Sel. Evol., 31, 225-237.

Elsen JM, Mangin B, Goffinet B, Boichard D, Le Roy P, 1999. Alternative models for QTL detection in livestock. I. General introduction. Genet. Sel. Evol., 31, 213-224