T-lex
T-lex (version 2) est un paquetage pour l'annotation des éléments transposables (ET) via l'utilisation de données de séquençage nouvelle génération (NGS). Il comprend deux pipelines:
- l'un pour détecter la présence/absence des ET annotés dans une séquence de référence ("présence/absence" pipeline).
- l'autre pour détecter et annoter les nouveaux ET - absence d'une séquence de référence ("de novo" pipeline).
Les deux pipelines de T-lex recherchent les lectures ("reads") et paires de lectures ("paired-ends") partiellement alignées ("mappées") et "matchant" avec la séquence d'un ET.
T-lex2 permet également l'annotation des TSD ("Target Site Duplication"), trace le mécanisme de transposition et ainsi l’optimisation des annotations des insertions d’ET. Pour chaque ET annoté, T-lex2 détecte sa présence et/ou son absence dans un génome via l'analyse de données de re-séquençage. T-lex2 a aussi la capacité d'estimer la fréquence des ETs dans des populations pour plusieurs ET via l'utilisation de données de re-séquençage individuelles ou des données regroupées.
Pour plus d'information voir le doc: http://petrov.stanford.edu/cgi-bin/Tlex.html