Format GFF : General Feature Format (Génome)

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  • Création ou MAJ importante : 07/02/10
  • Correction mineure : 25/03/10
Mots-clés

Format GFF : General Feature Format (Génome)

Acronyme : GFF

Nom complet : General Feature Format

Description courte :
Fichier texte tabulé de 9 colonnes.
Format pour décrire les coordonnées d'éléments du génome (gènes, transcrits, séquences ...).

Extension par convention: .gff

Version actuelle : 3

Document de standardisation : sur le site sequenceontology

Avantages :

  • A été développé par le Sanger Institut mais est un standard pour beaucoup d'autres logiciels.
  • Ce format contient des informations complètes ('chromosome', 'position', 'start','end','strand').

Inconvénients : Peut devenir vite volumineux.

Logiciels de traitement les plus connus :

Formats connexes : BED (Browser Extensible Data) Fiche Plume

Commentaires :
Pour valider son format GFF (existe une version online limitée à 3.000.000 de lignes, sinon télécharger le script pour l'utiliser en ligne de commande)

URL pour plus d'informations : http://biowiki.org/GffFormat