Format GFF : General Feature Format (Génome)
Acronyme : GFF
Nom complet : General Feature Format
Description courte :
Fichier texte tabulé de 9 colonnes.
Format pour décrire les coordonnées d'éléments du génome (gènes, transcrits, séquences ...).
Extension par convention: .gff
Version actuelle : 3
Document de standardisation : sur le site sequenceontology
Avantages :
- A été développé par le Sanger Institut mais est un standard pour beaucoup d'autres logiciels.
- Ce format contient des informations complètes ('chromosome', 'position', 'start','end','strand').
Inconvénients : Peut devenir vite volumineux.
Logiciels de traitement les plus connus :
Formats connexes : BED (Browser Extensible Data)
Commentaires :
Pour valider son format GFF (existe une version online limitée à 3.000.000 de lignes, sinon télécharger le script pour l'utiliser en ligne de commande)
URL pour plus d'informations : http://biowiki.org/GffFormat