base de données

Bases de données, annuaires...
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 09/10/12
  • Correction mineure : 09/10/12
  • Rédacteur de la fiche : Clément Plancq - Laboratoire de Linguistique Formelle (CNRS)
  • Relecteur(s) : Maud Ingarao (Institut d'Histoire de la Pensée Classique - ENS Lyon)
    Pascal Dayre (IRIT)
  • Responsable thématique : Raphaël Tournoy (Centre pour la Communication Scientifique Directe)
Mots-clés

eXist-db : gestionnaire de base de données XML native

Description
Fonctionnalités générales

eXist-db est un système de gestion de base de données XML.
Il offre un stockage indexé de données XML et permet leur interrogation avec XQuery.
eXist-db est un logiciel libre écrit en Java, il a été fondé par Wolfgang Meier en 2000.

eXist-db est principalement utilisé dans le cadre d'applications web. Il peut être utilisé comme un serveur de base de données indépendant, déployé dans une application web ou intégré dans une application Java.

eXist-db supporte de nombreux standards :

  • Standards XML
    • XQuery 1.0
    • XPath 2.0
    • XSLT 1.0 ou XSLT 2.0
    • XUpdate
    • XForms
  • APIs
    • XML:DB
    • XML-RPC
    • REST
    • SOAP

La version stable actuelle est la 1.4.2
La version 2.0 est sur les rails pour devenir la prochaine version stable

Autres fonctionnalités

Un des intérêts d'eXist-db réside dans ses index dont l'implémentation repose sur une architecture modulaire. Cela rend possible l'utilisation d'index existants comme greffons (index n-gram, index d'informations spatiales de type GML) ou le développement de nouveaux types d'index.
Un fichier de configuration permet aussi de créer des index personnalisés pour chacune des collections de documents de la base. Ainsi, en plus des index par défaut, l'utilisateur pourra ajouter un index pour un élément ou un attribut XML fréquemment utilisé dans les interrogations opérées sur la base. Ce type d'index permet des gains de temps d'exécution notables.

eXist offre une bibliothèque de fonctions fournie (voir la page XQuery Function Documentation). Il est assez facile pour l'utilisateur d'y ajouter ses propres fonctions sous la forme de modules écrits soit directement en XQuery soit en Java.

eXist-db offre aussi des mécanismes de sauvegarde/restauration et de vérification de l'intégrité de la base.

Interopérabilité

eXist-db repose sur le format XML, même si des données binaires peuvent être stockées dans une base eXist seules les données au format XML seront indexées et interrogeables.
En sortie, les données XML peuvent être transformées avec XQuery ou XSLT en XML, HTML, JSON, LaTeX, ...

L'implémentation des interfaces REST, SOAP, WebDAV, XMLRPC rend eXist-db interopérable avec un grand nombre de logiciels.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

eXist-db est utilisé dans le cadre d'applications web de publication et d'interrogation de données linguistiques.
Nous utilisons eXist-db en test depuis la version 1.0 et en production depuis la version 1.2.
eXist-db est un logiciel très facile à mettre en œuvre et à utiliser. A ce titre il est souvent utilisé dans un contexte d'enseignement d'XQuery, XPath, ...

Cette facilité fait parfois oublier que son utilisation en production demande des efforts de configuration et d'optimisation. Le choix du mode de déploiement et la configuration des index notamment sont des facteurs importants d'optimisation.
Les changements apportés avec la version 1.4 ont rendu le logiciel beaucoup plus performant, l'intégration de Lucene (cf fiche PLUME) rend la recherche plein texte beaucoup plus efficace.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

eXist n'implémente pas les fonctions 'import schema' et 'validate' de la spécification XQuery 1.0 (seule entorse à la spécification).

Environnement du logiciel
Plates-formes

eXist-db 1.4 nécessite J2SE 5 pour fonctionner.

Logiciels connexes

oXygen. eXist-db est une des bases de données qui peut être utilisée avec l'éditeur XML oXygen voir http://www.oxygenxml.com/eXist_support.html
Lucene

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

BaseX (open source)
Oracle Berkeley DB XML (open source)
MarkLogic Server (propriétaire)

Environnement de développement
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

http://sourceforge.net/mail/?group_id=17691 (anglais) : Liste de diffusion très active

Documentation utilisateur

Séminaire AMUE 'Un schéma directeur du système d’information : comment faire ?'

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 30/09/10
  • Correction mineure : 30/09/10
Fiche archivée
L'AMUE a décidé de ne plus rendre les présentations de cette journée publiques. Nous archivons donc cette fiche.
Mots-clés

Séminaire AMUE 'Un schéma directeur du système d’information : comment faire ?'

Cette fiche n'est plus à jour. Elle a été archivée pour la raison exposée ci-contre.

Le jeudi 26 novembre 2009, l’Amue a proposé à ses adhérents un séminaire consacré au thème "un schéma directeur du système d’information : comment faire ?".

Les objectifs de la journée étaient de :

  • rappeler les enjeux et objectifs d’une démarche de schéma directeur en lien avec les réflexions conduites dans l’établissement sur l’évolution des systèmes d’information,

  • transmettre des apports d’ordre méthodologique relatifs à son élaboration et à son contenu,

  • faire partager au plus grand nombre des exemples concrets provenant d’établissements ayant déjà engagé des démarches autour de la construction de leur propre schéma directeur.

Les présentations (pdf, ppt) sont téléchargeables directement sur le site.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 12/08/13
  • Correction mineure : 12/08/13
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Fiches logiciel PLUME connexes : Koha, PMB
  • Mots-clés principaux : SIGB

OpenAmapthèque : système intégré de gestion de bibliothèque (SIGB)

Description
Fonctionnalités générales

OpenAmapthèque est un SIGB (Système Intégré de Gestion de Bibliothèque), basé sur une architecture web utilisant les technologies PHP/MySQL.

Les principales fonctionnalités d’OpenAmapthèque sont :

  • La gestion de catalogues
  • La gestion des autorités (auteurs, thématiques, etc..)
  • La gestion des emprunts et des lecteurs
  • La gestion des périodiques : bulletinage
  • La gestion des acquisitions
  • La gestion d’un espace personnalisé
  • La gestion de références bibliographiques
Autres fonctionnalités

Gestion des publications internes d'une unité

Interopérabilité

Import et export au format EndNote

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

OpenAmapthèque a été spécialement conçu pour répondre aux besoins des structures de recherche. Il s'adresse à des professionnels de l'information scientifique et technique et à des non professionnels, gérant un fond documentaire et les publications d’une unité ou d’un laboratoire de recherche

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Gestion des normes MARC, UNIMARC, OAI (prévue dans la prochaine version)

Environnement du logiciel
Plates-formes

Client-serveur WEB

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Centre de recherche en agronomie tropicale : le CIRAD

Références d'utilisateurs institutionnels

CIRAD

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

Un nouvelle version est prévue dans le dernier trimestre 2013. Le cahier des charges est en cours de rédaction. Des partenaires sont les bienvenus pour aider à la mise en place de celle ci

Contributions

Contacter le concepteur du logiciel

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 31/03/11
  • Correction mineure : 13/08/12
Fiche archivée
Cette plate-forme a une nouvelle version SITools2 décrite dans une autre fiche logiciel, plus récente que celle-ci.
Mots-clés

SITools : système d'accès aux données scientifiques

Cette fiche n'est plus à jour. Elle a été archivée pour la raison exposée ci-contre.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version évaluée : 4.5
  • Langue(s) de l'interface : anglais
  • Licence :

    Bien que le logiciel soit utilisé par plusieurs laboratoires qui travaillent en collaboration avec le CNES, la licence n'est pas encore choisie. Des négociations sont en cours, l'objectif est GPL.

Description
Fonctionnalités générales

SITools est un système d'accès aux données scientifiques utilisé en astronomie. Il assure la présentation et la dissémination des données. Il permet principalement, à partir d'une ou plusieurs bases de données scientifiques gérées sous MySQL, PostgreSQL ou Oracle, d'effectuer des requêtes intelligentes sur les données avec des critères de recherche et de tri.
Il est composé d'une couche de logiciels libres et d'un ensemble d'applications web Java (webapps) entièrement configurables.

SITools est composé de 3 modules nécessaires à son fonctionnement :

  • Le module CATALOGUE, qui définit comment accéder aux bases de données que l'on interroge. Ces catalogues peuvent être des jeux de données correspondant à des tables ou des vues de la base de données, des méta-données (équivalent aux données de la base d'administration du Système SiTools) ou des fichiers de données brutes. Il est possible de configurer autant de catalogues que nécessaire.
  • Le module REPOSITORY, qui établit les liaisons entre les catalogues utilisés (définis dans le module CATALOGUE) et les services associés (définis plus loin). Les utilisateurs et les droits d'accès aux jeux de données sont gérés dans ce module ainsi que les synonymes et les convertisseurs (fichiers de configuration XML).
  • Le module SITOOLS, qui est l'interface web par laquelle les utilisateurs accèdent aux données (IHM). Il est composé essentiellement de fichiers JSP simples à modifier pour permettre la personnalisation de l'interface. On peut par exemple rajouter un panel à l'interface de base, modifier le menu principal ou personnaliser le code couleur de l'interface.

À ces modules de base on peut ajouter des service nommés SVA (Services à Valeur Ajoutée) qui fonctionnent comme des plugins pour étendre les fonctionnalités de SITools ou permettre d'appliquer des traitements en ligne sur les données interrogées.

L'ensemble de ces modules et services peut être installé sur une architecture répartie entre plusieurs machines.

A noter qu'une version 64 bits existe depuis février 2011.

Autres fonctionnalités

SITools s'appuie sur le concept de services connectés entre eux (via un bus virtuel Web Services en SOAP) et inclut des services de base (interrogation de catalogues de jeux de données depuis une interface web) ainsi que des services à valeur ajoutée (SVA) : conversion de format, compression, tracé de graphique à la carte, tracé 3D, data-mining,...

Ces SVA peuvent déjà exister (livrées avec SITools ou développées par d'autres laboratoires) mais il est possible de développer ses propres SVA selon ses besoins. Un SVA est lui même une application web Java mais qui peut appeler un programme développé dans un autre langage (perl, python, C...). Cela permet notamment de pouvoir intégrer des programmes déjà développés en interne.

Interopérabilité

SITools peut interroger des catalogues hébergés sur des systèmes distants (il suffira d'avoir les bons droits d'accès aux jeux de données et de définir le lien d'accès dans un fichier du module catalogue). Dans ce cas, il est souvent nécessaire de spécifier des synonymes pour les données qui décrivent la même chose mais dont le nom du champ dans les tables sont différents (par exemple une valeur de magnitude qui est stockée dans le champ 'magnitude' dans le jeu de données A et 'magnit' dans le jeu de données B).
A l'inverse, les jeux de données hébergés par SITools peuvent être interrogés par d'autres systèmes d'accès aux données, notamment par le développement de requêtes Web Services.

SiTools peut ainsi être utilisé comme interface pour l'Observatoire Virtuel (VO - Virtual Observatory). Dans ce contexte, il est possible de développer des SVA qui permettent de faire des requêtes dans les protocoles VO connus (SIAP, VOQL,...) et de transformer les résultats au format VOTable Fiche Plume.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

L'outil SITools est utilisé pour la mise à disposition de données provenant de missions spatiales pour lesquelles l'Institut d'Astrophysique Spatiale a en charge l'exploitation des données.
Cette mise à disposition peut être publique (cas des données des observations SOHO et STEREO, ainsi que des données publiques de CoRoT) mais aussi à accès restreint (cas des données de CoRoT et Planck).

Pour exemple, l'interface des données publiques de CoRoT est disponible ici.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

La principale limitation peut venir de la prise en main de l'outil. Outre les pré-requis nécessaires à l'installation de SITools (posséder une machine avec un serveur Apache Tomcat opérationnel et un SGBD), l'administration et la personnalisation de l'interface nécessitent des compétences en développement.
Le CNES estime à environ 1 semaine la mise en place d'une version simple d'un serveur de données.
À noter que l'installation est nettement simplifiée aujourd'hui grâce à l'installateur graphique (non présent dans les anciennes versions).

Environnement du logiciel
Plates-formes

Linux, MacOS, MS Windows

Logiciels connexes
  • SITools est basé sur une architecture J2EE et ses composants fonctionnent grâce au conteneur d'applications Apache Tomcat Fiche Plume : Apache/Tomcat/Struts
  • Java (JVM et JDK)
  • PostgreSQL Fiche Plume ou MySQL Fiche Plume
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Le développement du logiciel est une action R&T du CNES. Actuellement, la maîtrise d'œuvre est confiée à Cap Gemini.

Eléments de pérennité

Le chef de projet de SITools au CNES négocie actuellement le passage du logiciel en licence GPL.

Cependant, la version actuelle de cet outil arrive sur sa dernière année de maintenance (2011). Le CNES travaille actuellement sur une nouvelle génération de l'outil (baptisée SITools2) dont la licence s'oriente sur GPLv3 pour la partie IHM et CeCILL pour la partie serveur.
Cette nouvelle génération est basée sur une nouvelle architecture et utilisera des technologies innovantes orientées web services RESTful (en remplacement des services SOAP actuels).

Références d'utilisateurs institutionnels

Institut d'Astrophysique Spatial
Laboratoire d'Astrophysique de Marseille
Centre d'Etude Spatiale des rayonnements
CNES

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Le support est assuré par le chef de projet au CNES par messagerie électronique : sitools [at] gmail [dot] com.
Il existe aussi un forum en ligne pour poser des questions techniques, proposer une évolution ou alerter d'un bogue rencontré lors de l'installation ou de l'utilisation du logiciel.

Documentation utilisateur

La documentation utilisateur est accessible en ligne :
http://vds.cnes.fr/sitools/documents/Online_Doc_Si...
Elle inclut un ensemble de tutoriaux et de présentations sur SITools.

Divers (astuces, actualités, sécurité)

Le logiciel peut être utilisé pour d'autres types de jeux de données que ceux utilisés en astronomie. Ainsi, la base de données de démonstration fournit avec le logiciel est un jeu de fruits/légumes/fleurs.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 07/06/10
  • Correction mineure : 30/06/10

phpMyResa : réservation de ressources (salles...)

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 4.0.3 - 10 mai 2010
  • Licence(s) : GPL - v2
  • Etat : validé (au sens PLUME), diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Comité de pilotage : Daniel Charnay, Frédéric Melot, Patricia Warin-Charpentier. Page sur les contributeurs
  • Contact concepteur(s) : phpmyresa@cc.in2p3.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : CC-IN2P3, LPNHE, LPSC

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : phpMyResa
Fonctionnalités générales du logiciel

Gestion de la réservation de ressources (salles de réunion, salles de cours, véhicules, matériel multimédia…).

Une fiche de logiciel validé décrit plus en détail ce logiciel, consultez la pour plus d’informations.

Contexte d’utilisation du logiciel

Utilisation dans la majorité des laboratoires de l’IN2P3.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 27/05/10
  • Correction mineure : 14/11/12
  • Auteur de la fiche : Isabelle Guillet (Laboratoire Informatique de Grenoble)
  • Responsable thématique : Raphaël Tournoy (Centre pour la Communication Scientifique Directe)
Mots-clés

PISTOU : gestion des notices bibliographiques dans un laboratoire

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : v1.2.3 - 02/03/2010
  • Licence(s) : CeCILL
  • Etat : utilisé en interne
  • Support : maintenu, sans développement en cours
  • Concepteur(s) : Emile Morel puis Isabelle Guillet
  • Contact concepteur(s) : pistou.lig@imag.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIG

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : PISTOU
Fonctionnalités générales du logiciel

PISTOU (http://pistou.imag.fr) est une application web de gestion des notices bibliographiques.

  • Il répond au besoin de collecte et de consultation des notices bibliographiques individuelles aussi bien que des équipes de recherche.
  • C'est un outil collaboratif: les données peuvent être mises à jour par tout utilisateur disposant du droit d'accès.
  • Le format d'entrée des données est le format BibTeX. La saisie peut être manuelle ou bien par import de fichiers BibTeX.
  • Il implémente des heuristiques pour détecter les doublons (d'auteurs ou de publications). Le déposant n'intervient qu'en cas d'échec ou de doute persistant.
  • Il permet de faire des sélections et des tris et d'exporter les listes résultats sous plusieurs formats: html, pdf, rtf, BibTeX, LaTeX, xml, json

Pistou a été développé avec le framework Ruby On Rails. Il est interfacé avec une base MySql.

Contexte d’utilisation du logiciel

L'application est en exploitation depuis Mars 2009 pour un laboratoire de 24 équipes de recherche, soit 600 personnes au total. Il contient 5330 notices déposées par les équipes de recherche en 3 mois, dans le cadre de la préparation du dossier quadriennal.

Aujourd'hui l'application est utilisée par plusieurs équipes et chercheurs pour récupérer la liste de leurs publications.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 11/05/10
  • Correction mineure : 03/05/12
Mots-clés

BioMAJ : mise à jour et transformation automatique de banques biologiques

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : 1.2 - 23/07/2011
  • Licence(s) : CeCILL
  • Etat : validé (au sens PLUME), diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Olivier Sallou ( Plate-forme GenOuest - INRIA) Romaric Sabas ( Plate-forme GenOuest - INRIA) David Allouche (Unité de Biométrie Intelligence Artificielle - INRA ) Christophe Caron (plate-forme MIGALE - INRA ) Olivier Filangi ( Plate-forme GenOuest - INRIA )
  • Contact concepteur(s) : support@genouest.org
  • Laboratoire(s), service(s)... : GenOuest, INRIA Rennes, IRISA, MIG, UBIA

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : BioMAJ
Fonctionnalités générales du logiciel

Le programme permet de se connecter à un site distant pour récupérer des banques biologiques (ensemble de fichiers plats) dans une arborescence. Régulièrement, le programme va inspecter ce site et détecter des changements en fonction d'un fichier de release ou en se basant sur les dates de modification des fichiers distants. Si une mise à jour est détectée, le logiciel rapatrie localement les données et exécute un workflow de transformation des données (si des transformations sont définies dans la configuration). Une fois ce workflow terminé, la nouvelle version est mise "en ligne" et l'ancienne version est éventuellement supprimée.

Le logiciel est développé en Java pour ce qui est du moteur de mise à jour. Les outils de workflow de transformations des banques biologiques sont gérés par des appels externes. Un certain nombre de scripts ont été fournis par l'équipe de développement sous la forme de scripts shell ou perl, d'autres scripts peuvent être soumis par la communauté via le site web de l'application.
L'outil ne tourne donc pour l'instant que sous Linux (ou Unix).

Il n'y a pas de contraintes de langages pour le développement de scripts, le logiciel met à jour un ensemble de variable d'environnement pour le script externe (nom de la banque, version actuelle etc..) et récupère les flux de sorties standard. Le code de retour du programme informe le logiciel du bon déroulement du process. Ceci offre une grande flexibilité dans le développement de processus de transformation.

Différents protocoles de communications sont disponibles pour récupérer les banques de données distantes (http, scp, ftp, s3). Le logiciel parcours ensuite l'arborescence distante pour analyser les changements et mettre à jour la banque si nécessaire en local. Des expressions régulières permettent de sélectionner ou exclude des fichiers/répertoires.

Le logiciel marche en ligne de commande et peut exécuter plusieurs mises à jour en parallèle. Le système de workflow permet, en cas d'erreur sur l'un des process, de reprendre une mises à jour là où il s'est arrêté.

Une interface web, le biomaj-watcher, permet également d'administrer les banques (configuration, mise à jour,...) et d'exposer aux utilisateurs des informations sur les banques disponibles. Une interface REST permet également d'interroger le système pour connaitre l'état des banques, ou la liste des banques disponibles dans tel ou tel format.

Le logiciel gère également la notion de banques privées et de banques publiques, offrant une visibilité plus ou moins restreinte sur les banques gérées via l'interface web.

Des rapports détaillés sur les banques disponibles et leurs états sont accessibles en ligne de commande, ou bien dans l'interface web.

Le logiciel est également disponible dans la distribution Debian/Ubuntu.

Contexte d’utilisation du logiciel

Le logiciel permet à de nombreux laboratoires utilisant des banques biologiques (Genbank, Uniprot,...) disponibles sur le web, de récupérer ces banques (ou une partie) localement afin de les traiter. Ceci inclu des transformations pour traitement ultérieurs (indexation Blast par exemple), ou bien de remettre à jour leurs propres données en les croisant avec les sites "généralistes".
Prenons un exemple:
Un programme particulier effectue des recherches sur un génome et affiche ses résultats sur le web.
Avec BioMAJ, le génome sera automatiquement mis à jour sur une base régulière (tous les mois par exemple), et un post-process défini dans le workflow de mise à jour exécutera ce programme pour analyser à nouveau les génomes, et donc afficher en permanence sur le web des données à jour.

Publications liées au logiciel

BioMAJ: A flexible framework for databanks synchronization and processing: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/btn325?

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 11/05/10
  • Correction mineure : 11/05/10
Mots-clés

RDVZ : mise en place de rendez-vous entre plusieurs personnes par sondage

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : 2.0.2 - 19/04/2010
  • Licence(s) : GPL, CeCILL
  • Etat : validé (au sens PLUME), diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Centre des Ressources Informatiques - Université d'Avignon et des Pays de Vaucluse
  • Contact concepteur(s) : https://listes.univ-avignon.fr/wws/info/gpl
  • Laboratoire(s), service(s)... : Univ Avignon

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : RDVZ
Fonctionnalités générales du logiciel

RDVZ permet la mise en place de rendez-vous entre plusieurs personnes par sondage en ligne.
L’organisateur crée sur un serveur avec une interface conviviale le sondage et les dates possibles puis communique l’URL du sondage aux participants. Chaque participant vote pour une date de réunion proposée par l’organisateur sur le serveur et dit si il est disponible ou non.
Cela permet de mettre en place un service de type Doodle Fiche Plume.

L’organisateur peut également exporter les résultats au format csv, et clore les votes. Il peut aussi recevoir un courrier électronique de notification à chaque vote.
La durée de vie du sondage est gérée dans le fichier de configuration.
L’application permet un accès anonyme uniquement pour le vote, et un accès authentifié (MySQL, CAS, LDAP) indispensable pour créer des rendez-vous.
Des documentations utilisateurs et développeurs sont disponibles en français et en anglais.

Contexte d’utilisation du logiciel

A l'IBGC (Bordeaux), RDVZ est utilisé depuis janvier 2009, une centaine de sondages sont créés par an. Simple d'utilisation et d'installation, il correspond à nos besoins. Nous avons choisi le mode d'authentification LDAP sans CAS. Suite aux retours des utilisateurs, quelques modifications ont été apportées.

Au sein de l'IEMN (Villeneuve d'Ascq, 59), RDVZ est utilisé depuis septembre 2008. La version en production sur la plate-forme d'hébergement est la version 1.1 (sur laquelle quelques modifs mineures ont été apportées). Plebiscité par nos utilisateurs pour sa simplicité d'utilisation, il a remplacé peu à peu Doodle dans notre unité (+ de 200 sondages crées depuis le lancement de l'outil). Point amusant, il est aussi détourné de sa fonction première (prise de rdv rapide) : utilisé parfois pour effectuer des votes électroniques sur des sujets non stratégiques.

Pour la partie authentification, nous avons fait le choix d'utiliser une base de comptes stockées dans MySQL (migration prochainement vers LDAP sans SSO-CAS). L'équipe informatique du LASIR (UMR CNRS 8516) a modifié le code source du produit pour utiliser les certificats électroniques X509 CNRS dans le processus d'authentification et l'a intégré dans sa charte graphique web.

Mis en place récemment au sein de la Maison René-Ginouvès, Archéologie et Ethnologie, la création de sondage est réservée aux membres des laboratoires de la Maison via une authentification CAS (JASIG) couplée au LDAP. Le vote, lui, est ouvert à tous les votants ayant reçu le lien adéquat et sans authentification.
Malgré cette mise en place récente, l’utilisation monte en charge rapidement. La seule modification au produit initial, mise à part la customisation graphique, est la suppression de la possibilité de laisser aux votants un commentaire global. Cette option modifiait la mise en page et générait des erreurs de manipulation de la part des votants.

RdvZ entame maintenant une seconde vie avec la version 2.0 : le développement a été entièrement refait à l'aide du framework PHP Symfony.
Nous avons notamment eu des retours de Centrale Marseille et de l'Inserm qui nous ont beaucoup aidé à corriger les différents bugs et problèmes pendant la beta.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 01/07/13
  • Correction mineure : 01/08/13
Mots-clés

CASSIS : analyse et traitement de données astrophysiques

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 3.4 - 01 Aout 2013
  • Licence(s) : choix en cours, contacter l'auteur
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Jean-Michel Glorian, Samuel Adam, Romaric Benech, Cedric Chappert, Ludovic Deveaux, Damien Faral, Thomas Floquet, Sebastien Fort, Alexandre Girard, Nicolas Guegan, Alain Klotz, Rose Neriere, Guillaume Pelouas, Brice Quillerie, Ngoc thach Ta, Laure Tamisier, Samuel Thiriot.
  • Contact concepteur(s) : Jean-Michel@irap.omp.eu
  • Laboratoire(s), service(s)... : IRAP

 

Fonctionnalités générales du logiciel
  • Affichage de spectres astrophysiques
  • Identification de raies de transitions de molécules
  • Création de spectres théoriques de type LTE et Radex
  • Utilisation des bases de données atomiques et moléculaires JPL, CDMS, NIST

  • Ecrit en Java, utilise sqlite Fiche Plume

Contexte d’utilisation du logiciel
  • Utilisé pour le traitement des données de l'observatoire Herschel en version standalone
  • Utilisé dans le logiciel HIPE en version plugin pour traiter des données de l'observatoire Herschel
Publications liées au logiciel
  • Pagani, Vastel, Hugo et al., 2009, A&A 494, 623, "Chemical modeling of L183 (L134N): an estimate of the ortho/para H2 ratio"
  • Hezareh, Houde, McCoey et al., 2008, ApJ 684, 1221, "Simultaneous Determination of the Cosmic Ray Ionization Rate and Fractional Ionization in DR 21(OH)"
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 19/04/10
  • Correction mineure : 02/03/13
Mots-clés

Fedora Commons : système de gestion et entrepôt de contenus numériques

  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Téléchargement
  • Version évaluée : 3.2.1
  • Langue(s) de l'interface : anglais
  • Licence : autre

    FedoraCommons intègre un certain nombre de technologies comme un serveur TOMCAT, un utilitaire SAXON et bien d'autre encore. Chacune de ces technologies possède une licence. Elles sont toutes décrites dans l'adresse ci-dessus.

Description
Fonctionnalités générales

Ce logiciel permet d'agréger, à l'intérieur d'objets logiques, des fichiers de données de tout format. C'est un logiciel comparable à une base de données et très rudimentaire quant aux interfaces d'accès aux données. L'accès est nettement orienté pour les machines et les programmes à l'aide des APIs. Pour utiliser FedoraCommons, il faudra donc forcément rajouter une interface cliente qui intègre la création, la modification, la suppression et la consultation des données, éventuellement une authentification si une gestion des droits d'accès est nécessaire. Pour cela vous pourrez vous appuyer sur des services web ou bibliothèques répondant aux standards actuels (JAVA, REST, SOAP, OAI, Dublin Core, etc...).

L'application typique peut être la gestion de livres dans une bibliothèque, chaque livre étant un objet logique possédant des métadonnées (titre, auteur, ISBN, éditeur, nombre de pages, genre, collection, etc...), des données texte associées (quatrième de couverture, extraits, critiques, etc...) et des données numériques associées (image de la couverture, interview de l'auteur, etc...).

Autres fonctionnalités

Pour FedoraCommons, chaque objet est décrit dans un fichier XML. Une donnée proprement dite (des métadonnées, une image, un fichier son, une vidéo, etc...) est un datastream d'un objet. Chaque objet peut contenir une infinité de datastreams qui chacun, à l'intérieur de l'objet, possède un identifiant unique. Il existe quelques datastreams réservés, comme DC qui gère les métadonnées Dublin Core ou RELS-EXT qui gère des relations entre objets décrites au format RDF.

Tous les autres datastreams peuvent être n'importe quelle donnée numérique. FedoraCommons permet de les gérer de 4 manières différentes:

  • Stockées directement dans le repository (1). C'est le cas le plus simple. L'avantage est une plus grande maîtrise du fichier, notamment pour la gestion des droits d'accès. Mais cela implique d'avoir suffisamment de capacité de disque et une garantie de pérennité quant à la qualité de conservation.
  • Données XML stockées en interne. Les données fournies doivent être écrites en XML. Elles seront stockées directement dans le fichier descriptif de l'objet.
  • Référence externe à un fichier. Ce type de datastream permet de gérer des fichiers stockés n'importe où sur un réseau accessible par URL et de faire gérer ce fichier par FedoraCommons comme un datastream stocké directement dans le repository (1). Lorsque cette donnée sera demandée, elle transitera entièrement par le serveur lors de sa retransmission au demandeur, qui ne verra donc pas que le stockage de la donnée est déporté.
  • Référence redirigée vers un fichier. Ce datastream est aussi une URL vers un fichier sur un réseau, mais le demandeur sera redirigé vers l'adresse. Aucune donnée ne passera par le serveur FedoraCommons.

En fonctionnement de base, FedoraCommons demande peu d'installation: un accès à une base de données (MySQL, PostgreSQL, Oracle, Microsoft SQL ou une base intégrée Derby) et un espace disque pour stocker les données (le repository (1)). Voici les fonctionnalités les plus utiles à regarder dans un premier temps:

  • Installation du serveur: toutes les informations pour démarrer avec FedoraCommons se trouvent dans le lien suivant et toute sa sous-arborescence: Installation and Configuration Guide
  • XACML (2): sécurisez l'accès à vos données. Ces fichiers définissent les règles d'accès à vos données. Elles peuvent être globales à votre serveur, mais elles peuvent aussi ne concerner que la façon d'accéder à un certain datastream d'un objet précis. Aidez vous des liens ci-dessous pour écrire vos règles:

  • Les logiciels administrateurs: exécutable java ou services web, ces programmes vous permettront d'administrer ou de consulter vos données... avant d'utiliser les API pour les gérer automatiquement. Ces administrateurs ont principalement une fonction d'outil de maintenance: ils sont rudimentaires, pas forcément ergonomiques et pas configurables.

  • API-A et API-M: services web donnant accès à l'administration du serveur par des programmes manipulant SOAP, REST, ... Documentation officielle
  • Les bibliothèques JAVA: il suffit de récupérer les fichiers .jar d'un serveur installé pour intégrer toutes les fonctions JAVA de FedoraCommons. Vous trouverez la description de ces fonctions dans le JAVADoc
  • RDF: à l'aide du datastream RELS-EXT (3), créez des liens entre vos objets. Vous trouverez dans le lien suivant les informations pour vous familiariser avec le RDF: Digital Object Relationships


(1) le repository est l'emplacement où FedoraCommons stocke ses données. Par défaut c'est sur le disque où est installé le serveur, mais cela peut être un endroit déporté. Il est possible d'utiliser les systèmes déportés comme iRods (dans le cas du projet d'archivage pérenne d'ADONIS), mais aussi SRB, Akubra, Amazon's Simple Storage System (S3) ou Sun Honeycomb.


(2) La description de FedoraCommons qui est faite ici concerne la version 3.2.1 Une version 3.3 est déjà sortie et intègre notamment une gestion approfondies des droits d'accès, Fedora Security Layer (FeSL).


(3) Dans la version 3.3 de FedoraCommons, il existe un autre datastream réservé (RELS-INT)servant aux relations entre datastreams à l'intérieur de chaque objet.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

FedoraCommons est utilisé dans le cadre du projet d'archivage pérenne des données numériques en SHS, à l'initiative du tge-ADONIS ( http://www.tge-adonis.fr/ ) et avec une mise en production dans le premier trimestre 2010. Prévu pour gérer des archives numériques à grande échelle et grâce à sa multitude de fonctionnalités et de standards, il peut facilement s'adapter à de nombreuses utilisations: gérer des livres dans une bibliothèque ou des collections d'œuvres d'arts dans un musée; faciliter la collaboration d'étude ou de recherche dans tous les domaines dont la base de travail peut être numérisée (enregistrement sonore ou vidéo, reconstitution archéologique, manuscrit, etc...).

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Dans un premier temps, j'ai voulu utiliser FedoraCommons avec les bibliothèques JARGON (https://www.irods.org/index.php/Fedora) pour déposer directement les données dans le système iRods. J'ai eu trop de problèmes (pertes de connexion, impossibilité de reconstruire le système...) pour le recommander... J'utilise actuellement un montage fuse d'un répertoire iRods. Cela n'implique aucune configuration particulière du serveur FedoraCommons.

Environnement du logiciel
Plates-formes

FedoraCommons n'est développé qu'en langue anglaise: documentation et logiciel. Il fonctionne en utilisant une version de JDK (Java SE Development Kit) supérieure ou égale à 5. De ce fait, il peut être installé sur tous les systèmes supportant JAVA: LINUX, UNIX, Windows, Mac...

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

DSpace: http://www.dspace.org/ et fiche PLUME http://www.projet-plume.org/fr/fiche/dspace . Il plus orienté pour une utilisation personnelle. Je ne l'ai pas essayé, mais c'est apriori l'équivalent en version personnelle de FedoraCommons. Les deux logiciels fonctionnent dans la même communauté. La licence est une "BSD distribution license"

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

FedoraCommons est développé par une communauté internationale: http://www.fedora-commons.org/about/supporters
L'historique du projet est disponible sur le lien suivant: http://www.fedora-commons.org/about/history

Eléments de pérennité

Actuellement, FedoraCommons est peu utilisé en France, mais un nombre croissant d'institutions dans le monde l'utilise: http://www.fedora-commons.org/about/examples Sa pérennité est garantie.

Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur

Racine de la quasi intégralité de la documentation de FedoraCommons: http://fedora-commons.org/confluence/display/FCR30...

Divers (astuces, actualités, sécurité)
Contributions
Syndiquer le contenu