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Gestion financière, comptable, ressources humaines...

Service de visioconférence avec réservation (RMS Remote Meeting System)

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 08/07/08
  • Correction mineure : 23/01/13

Service de visioconférence avec réservation (RMS Remote Meeting System)

RMS (Remote Meeting System) a pour fonction principale de fournir des salles (virtuelles) de visioconférence H323 (fonction de pont, MCU) avec un mécanisme de réservation, pour des utilisateurs équipés de téléphones (fixes ou portables), de systèmes de visioconférences H323 dédiés tels que les stations Polycom par exemple, ou de logiciels de visioconférences H323 tels que Ekiga ou XMeeting. Le système offre la possibilité de mixer les 3 types de connexion : téléphone, H323 (visioconférence sur Internet), H320 (visioconférence sur réseau RNIS) au choix du participant.

Des services annexes de streaming live, d'enregistrement de visioconférence et de chat sont disponibles.

Uniquement les personnes du CNRS, de l'INRA, de l'INSERM ou du CERN peuvent réserver une conférence. Pour réserver une salle, il faut avoir un compte sur le serveur. La participation à une conférence n'est pas soumise aux mêmes contraintes.

La documentation en ligne est disponible sur deux sites au moins :

Enfin, une conférence ouverte est disponible pour effectuer quelques tests : CAFE avec l'identifiant 9999 sur le service RMS du CC-IN2P3 : h323:193.48.95.69

Framasoft

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 08/07/08
  • Correction mineure : 15/12/11

Framasoft

"Framasoft est un site internet collaboratif à géométrie variable dont le sujet est le logiciel libre et son état d'esprit. Il a pour objectif principal de faire découvrir le logiciel libre au plus large public". Telle est la présentation de Framasoft donnée sur le site.
Il a été créé en novembre 2001 par Alexis Kauffmann (alias aKa), professeur de mathématiques. Le nom dérive de Framanet (pour FRAnçais et MAthématiques en intraNET), projet éducatif dont Framasoft a été une rubrique logicielle avant de devenir indépendant.
En juin 2008 :

  • Il référence 1350 logiciels libres de tous types et pour tout public, 290 articles et 120 tutoriels et propose des espaces de discussion. Ces différentes informations viennent de contributeurs volontaires.
  • Il édite sous licence libre une collection de livres, les Framabook.
  • Il propose une compilation de logiciels libres pour Windows sur clef USB, la Framakey, http://www.framakey.org.
  • De nombreux forums et wikis sont disponibles sur le site.
  • Il est maintenu par une équipe d’animateurs, structurée par une association.
  • C'est réellement la référence francophone comme site généraliste de mise en ligne de descriptifs de logiciels libres ainsi que de documents associés.

Framasoft est un des partenaires de PLUME.

Extranet labo sous SPIP

DEVA : Nom du logiciel: 
ExtraLest
DEVA : Licence du logiciel: 
CeCILL-B
CeCILL-C
Pas de licence
DEVA : Commentaires sur la licence: 

Le projet n'est pas parvenu à cette etape de choix de la licence adhoc. Il convient d'être prudent sur le fait que le code permet l'accès à des données personnelles donc sensibles.
Le choix se ferait a priori sur une licence CeCILL-B ou -C. A étudier ...

DEVA : Identifiant PLUME de l'auteur de la soumission (ne pas modifier): 
Patrice Cacciuttolo
DEVA : Prénom de l'auteur de la soumission: 
Patrice
DEVA : Nom de l'auteur de la soumission: 
Cacciuttolo
DEVA : Email de l'auteur de la soumission: 

patrice [dot] cacciuttolo [at] univmed [dot] fr

DEVA : Laboratoire ou service de l'auteur de la soumission: 

TIGREST du LEST (CNRS-UMR6123)

DEVA : Tutelles labo/service auteur soumission: 

CNRS, Univ de la Méditerannée, Univ de Provence

DEVA : Autres informations sur l'auteur de la soumission: 

Groupe de travail pour l'étude préliminaire : 5 membres du Lest
Personnes enquêtées fin 2006 - début 2007 : plus de 20
Stagiaires Projet pour l'étude conceptuelle : 4 élèves de l'IUP MIAGE - Aix-Marseille III
Développeur : Mathieu Gomila

DEVA : Description courte du logiciel: 
Extranet de laboratoire - possibilités d'intégration à un site de labo sous SPIP (kit du CNRS)
DEVA : Fonctionnalités générales du logiciel: 

Ce site extranet, basé sur un socle Apache/Php/MySql, regroupe des fonctions collaboratives internes et externes, dont :

  • saisie filtrée de toutes les données administratives des membres de l'extranet par les ayant-droit (membres et profils administrateurs adaptés), quelque soit le/la statut/catégorie/type de ces membres ;
  • création de fichiers pour l'export d'annuaires, carnets d'adresses ou listes de diffusion personnels ou vers un serveur Sympa - l'outil permet également l'ouverture directe avec adressage multiple de mel à travers le client de messagerie de l'extranaute ;
  • saisie et suivi assistés, avec alertes, des demandes d'ordre de mission et des états de frais correspondants ;
  • partage d'un calendrier de réservations de ressources avec alertes personnalisables, pour les matériels en prêt, les salles ..., permettant également la gestion et l'affichage (particulier) des plages de présence des "support à la recherche", sur la base du logiciel GRR ;
  • commande de document/livre/revue ou demande de prêt inter-bibliothèques ;
  • prise de rdv ou mini-sondage ;
  • FAQ ;
  • catalogue d'images (logos, photos d'équipes, du labo, ...) ;
  • catalogue de documents (documents officiels, fonctionnels, administratifs, plans du labo, ...) ;
  • ...
DEVA : Autres fonctionnalités du logiciel: 

Si le site du labo est sous SPIP, l'extralest permet de générer automatiquement une page annuaire à jour sur le site internet.

Il permet également des fonctions d'administration personnalisées suivant des profils affectables à des membres (administrateur, secrétariat général, missions, bibliothèque, formation, infra, informatique, ... :

  • administration des données personnelles des membres de l'extranet incluant les membres du labo ;
  • gestion des entrants/sortants ;
  • droits d'accès (profils) ;
  • définition des groupes ou listes de diffusion/discussion ;
  • sauvegardes de la base de données, de l'extranet, du site complet ;
  • administration de la FAQ et des catalogues d'images et de documents ;
  • administration des calendriers ;
  • ...
DEVA : Contexte d'utilisation du logiciel: 

Le but de cet extranet est de rationaliser les flux d'informations qui transitent par le support à la recherche d'une UMR. Un 2nd objectif est de l'intégrer dans le site internet basé sur le kit Spip du CNRS.

DEVA : Logiciels similaires: 

Le projet Aigle, qui nous semble ne pas répondre aux contraintes de notre cahier des charges assez ambitieux, mais qui affiche une "interoperabilité" avec Labintel et Hal à creuser.

DEVA : Raisons du développement: 

Un extranet est développé sur la base de fonctions caractéristiques d'une organisation. Seules certaines fonctions plus généralistes comme un agenda/calendrier destiné à la réservation de ressources ont été ré-utilisées à partir de codes libres.

DEVA : Etat de la documentation: 

Le code est bien documenté. Cet effort spécial a été conforté par l'utilisation de PhpDocumentor.

DEVA : Inter-opérabilité du logiciel: 

Nous chercherons plus tard des pistes d'inter-opérabililté vers les logiciels de gestions du CNRS ou de l'Enseignement Supérieur. Par exemple, l'annuaire LDAP de l'université tutelle primaire de notre UMR ou les certificats électroniques CNRS pourraient servir d'interface d'identification/authentification. Les demandes d'ordre de mission, les commandes d'ouvrages, etc ... sont autant de portes vers d'autres logiciels externes qu'il serait intéressant d'inter-opérabiliser avec cet extranet.

DEVA : Briques libres utilisées: 

Logiciel libre de réservation de ressources GRR.

DEVA : Architecture du logiciel: 

L'extranet est implémenté sur le serveur hébergeant notre site internet et notre base de données MySql. C'est un serveur LAMP.

DEVA : Langages de programmation du logiciel: 

PHP, javascript, Ajax, DOM, ...

DEVA : Volume du logiciel: 

10Mo, 800 fichiers ... 21000 lignes de codes développées + 3500 de commentaires (15%) + 62000 de code ré-utilisé + 11000 lignes de commentaires ré-utilisés (18%)

DEVA : Qualité du logiciel: 
  • Groupe de travail à la conception ;
  • Etablissement d'un cahier des charges ;
  • Sequences "tests en local sur prototype - tests avec groupe de tests - mise en production" ;
  • Documentation du code assistée (PhpDocumentor).
DEVA : Version actuelle du développement: 

V2.0

DEVA : Début du développement: 

03.2007

DEVA : Nombre de versions précédentes du développement: 

1

DEVA : Temps développement effectué: 
5 homme-mois
DEVA : Utilisation actuelle du logiciel: 

En production dans le laboratoire.

DEVA : Fonctionnalités... à ajouter: 
  • Enrichissement de la base de données par les utilisateurs et les responsables du soutien à la recherche ;
  • Petites mises au point de certaines fonctionnalités ;
  • Création d'un extranet-démo pour labos intéressés par le logiciel ;
  • Scripts de livraison, recherche de modularité et de réutilisabilité (mise à disposition d'un kit labo avec extensions) ;
  • Choix de la licence (a priori CeCILL-B ou -C).
DEVA : Besoins nécessaires pour finaliser: 

Un ingénieur apprenti travaillera encore 3 homme-mois pour compléter les développements demandés. Mais de nombreuses extensions devraient voir le jour si nous avons un soutien de la communauté (voir notamment les évolutions à long terme du chapitre suivant).

DEVA : Evolutions envisagée à long terme: 
  • Aide en ligne ;
  • Implémentation de diverses modalités d'identification/authentification avec souci d'intégration ;
  • Recherche d'inter-opérabilité vers les logiciels de gestion CNRS et universités (notamment du côté du projet AIGLE) ;
  • Développement d'un module d'assistance aux "entrants-sortants" ;
  • Amélioration des fonctions associées au pôle documentation/bibliothèque, ...
  • Création de modules liés à la gestion de la formation permanente, ... ;
  • Intégration de modules de gestion de manifestations scientifiques, de création de questionnaires (SHS), ...
  • ...
DEVA : MOTS CLES de la fiche: 
.
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 02/12/11
  • Correction mineure : 07/09/12
  • Rédacteur de la fiche : Stéphanie Rialle - Institut de Génomique Fonctionnelle/Plateforme MGX (CNRS, INSERM, Université de Montpellier 1 & 2)
  • Relecteur(s) : Philippe Bardou (INRA - LGC - Sigenae)
  • Contributions importantes : Christalle Dantec a rédigé la première version de cette fiche, elle a été remplacée par Stéphanie Rialles en Janvier 2012
  • Responsable thématique : Emmanuel Courcelle (LIPM)
Pour aller plus loin

BASE : stockage et analyse de données de puces à ADN

Description
Fonctionnalités générales

BASE pour BioArray Software Environment est un LIMS (Laboratory Information Managment System) spécialisé dans le stockage des données de puces à ADN. Cette plateforme (interface web + base de données) permet le stockage et la gestion organisée :

  • Des informations biologiques (échantillons utilisés, protocole d'extraction, ...)
  • Du matériel (robot spotter, scanner, logiciel de quantification, ...)
  • De la technique utilisée (design de la puce, marqueur, design de l'expérience, protocole de spotting, de marquage, d'hybridation, ...)
  • Des données générées (fichiers de quantification, images, ...)

Elle permet également l’analyse (analyse statistique, mais aussi visuelle) des puces, grâce à des graphes que génère le logiciel et à des plugins (normalisation, visualisation, tests statistiques, clustering, ...).

BASE répond aux recommandations MIAME (Minimum Information About a Microarray Experiment), facilitant la publication vers les bases de données publiques (GEO - ArrayExpress - CIBEX).

Autres fonctionnalités

Le logiciel comporte un système de mise à jour pour bénéficier de la dernière version sans avoir à tout réinstaller à chaque nouvelle version... à condition de ne pas avoir fait de modifications dans le code ou le schéma de base de données.

De nombreux filtres sont accessibles dans le logiciel sur différents critères :

  • annotations des gènes (soit par identifiant, nom, synonyme, symbole, ...)
  • valeurs numériques (valeurs d'intensités, ratio, position sur la puce, ...)

Le logiciel permet de suivre 'la vie' d'un gène d'intérêt depuis sa position dans sa plaque 384 ou 96 puits jusqu'à ses valeurs de quantification et de normalisation. Il permet également de visualiser aisément le comportement d'un gène à travers différentes hybridations d'une même expérience. Grâce un système de couleur du ratio (du vert au rouge en passant par le jaune), on sait rapidement si le gène est up-régulé, down-régulé ou non différentiellement exprimé.

La dernière version intègre les données de séquençage haut débit liées à la transcription.
Ce logiciel permet également d'importer en masse des données provenant des expériences d'autres utilisateurs.

Interopérabilité
  • Importation des données
    BASE permet de rentrer des fichiers textes contenant les valeurs d'intensités de différents logiciels de quantifications, des expériences de macroarrays, microarrays, de puces à haute densité. Certains logiciels de quantification (genepix, imagene, ...) sont connus dans le logiciel, pour les autres on peut insérer les données en définissant le format de fichier approprié.

  • Exportation des données
    Des formats de fichiers sont prédéfinis pour l'exportation des données afin de les importer dans d'autres logiciels (MEV, Eisen, ...), mais l'utilisateur peut également choisir lui-même les données qu'il veut exporter.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • Je travaille sur une plateforme transcriptome qui fournit un service complet pour les puces à ADN (spotting, marquage, hybridation, scan, quantification et analyses statistiques). Pour mettre à disposition les données générées (protocoles, fichiers de quantifications, analyses) à plusieurs utilisateurs en même temps, nous avons choisi ce logiciel qui nous satisfait.
    Il facilite grandement le partage des informations et la consultation.
  • Bien que peu intuitif au départ car complet, les utilisateurs s'approprient la partie du logiciel pour consulter les résultats de leurs analyses assez facilement. L'insertion des données dans le logiciel est faite quant à elle par les spécialistes de la plateforme.
  • C'est pour moi un très bon logiciel qui correspond aux besoins d'une plateforme. Il est bien avancé, avec une communauté d'utilisateurs et de développeurs importante.
  • Puisque le code est libre, on peut même adapter le logiciel à ses besoins propres si nécessaire.
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • Ce logiciel est avant tout développé pour des biologistes, mais l'installation n'est possible que s'il y a un informaticien pour s'en occuper.
  • Le logiciel est un peu dur à prendre en main au premier abord.
  • L'insertion des données peut demander également de définir des formats de fichiers qui peuvent ne pas être intuitifs au départ.
Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Aucune, il faut soi-même l'installer, étant un logiciel très spécifique.

Plates-formes

Il s'installe sur linux.
Ce que j'ai testé :

  • Pour la première version sur fedora :
    BASE 1.2.17 : PHP 5.1.6 - Apache/2.2.3 - PostgreSQL 8.0.8
  • Pour la seconde version sur fedora :
    BASE 2.3 -> 2.5 : Tomcat 5.5.17 - Java SDK 1.5 (java 1.5.0_09) - PostgreSQL 8.0.8
Logiciels connexes
  • TMEV : permet d'analyser les données de puces à ADN. C'est un complément à BASE. Permet de faire du clustering hiérarchique, des k-means, SOM, SAM, ANOVA, t-tests, ... licence : Artistic License.
  • TreeView : permet de faire du clustering. C'est un complément à BASE.
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Plusieurs existent, ici une liste non exhaustive de logiciels avec des fonctionalités qui peuvent varier un peu, mais qui concernent les microarrays :

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

C'est un logiciel qui est développé depuis 2002 avec le soutien initial de :

  • la fondation Knut and Alice Wallenberg en Suède,
  • le consortium SWEGENE,
  • the Swedish Cancer Society,
  • l'Université de Lund.

Désormais il y a 3 sponsors : l'université de Lund, L'information Society Technologies et ACGT.

Eléments de pérennité
  • Le développement de la version 3 est en cours et intègre désormais les données de séquençages haut débit. Le logiciel pourrait avoir une seconde vie car la technologie des puces à ADN semble de moins en moins utilisées avec l'arrivée des séquenceurs nouvelle génération haut débit.
  • La communauté de développeurs est importante et active (9 développeurs actuellement) ainsi que la communauté d'utilisateurs qui contribuent par l'ajout de plugins ou tout simplement pour répondre sur la mailing list,
  • Les développements sont actifs,
  • La mailing list est active, puisqu'en moyenne l'an dernier, il y a eu 26 messages par mois.
  • Ce logiciel est très utilisé.
Références d'utilisateurs institutionnels

Endroits où est utilisé ce logiciel en France :

  • Plateforme MGX de Montpellier
  • Plateforme bioinformatique de l'INRA de Jouy-en-Josas
  • Plateforme de l'Inserm de Nantes
  • Génopole de Lille
  • INRA de Toulouse
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur

Documentation complète (pdf ou html) sur le site officiel

http://base.thep.lu.se/#Documentation

Contributions

Toutes les informations se trouvent sur le site officiel http://base.thep.lu.se/
Chacun peut participer au développement, créer des plugins.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 06/01/14
  • Correction mineure : 06/01/14
  • Rédacteur de la fiche : Florence Petit - IGM (Université Paris-Est Marne-la-Vallée)
  • Relecteur(s) : Pierre-Yves Gosset (UREC puis Framasoft)
  • Contributions importantes : Geneviève Romier est le contributeur original de la fiche (elle a passé la main après sa migration vers Libre Office).
  • Responsable thématique : Anne Durand (CLEO)

OpenOffice.org : suite bureautique intégrée

  • Site web
  • Système :
  • Téléchargement
  • Version évaluée : 4
  • Langue(s) de l'interface : français, anglais, autres
  • Licence : Autre
    • Licence Apache V2 depuis Apache Office v3.4
    • Versions précédentes d'OpenOffice.org <= 3.3 sous licence GPL v3
Description
Fonctionnalités générales

Suite bureautique intégrée comprenant :

  • un traitement de texte «Writer»,

  • un tableur «Calc», un module de création de présentation «Impress»,

  • un module de dessin «Draw»,

  • une base de données intégrée «Base», un éditeur d'équations «Math»,

  • des dictionnaires et une documentation associée.

De nombreuses extensions sont également disponibles.

Autres fonctionnalités
  • Par défaut format des documents texte en ODF - http://opendocument.xml.org - standard ouvert (OASIS et ISO), exportation possible en pdf y compris pour les formulaires.
  • Signatures numériques des documents au format ODF (utilise sur Win XP le magasin de certificats de IE).
  • A noter un grand nombre de langues possibles (y compris régionales) : http://www.openoffice.org/projects/native-lang.html
Interopérabilité
  • Peut traiter des fichiers créés avec Microsoft Office (.doc(x), .xls(x), .ppt(x) ...).
  • Peut sauvegarder les fichiers créés aux formats Microsoft Office sauf la dernière version de ces formats.
  • Sun fournit un greffon (plug-in) pour lire les fichiers ODT dans Word : http://www.lockergnome.com/windows/2012/01/18/how-...
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

J'utilise la version française en production principalement comme outil de traitement de texte, comme tableur et pour la création de diaporamas.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Voir la page des dysfonctionnements connus : http://fr.openoffice.org/problemes_connus.html

Environnement du logiciel
Plates-formes

Version 3.4 Fr:
- Windows XP, Vista, 7
- Linux RPM, Linux Deb
- Mac OS X

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement
  • Le projet OpenOffice.org a été créé à partir de la suite propriétaire StarOffice. Editée initialement par la société StarDivision, fondée en 1995 par Marco Börries, StarOffice est repris par Sun Microsystems en 1999 et est alors une suite propriétaire et commerciale.
    En 2000, Sun Microsystems met la plupart du code sous licence LGPL ce qui donne la suite libre OpenOffice.org.
  • Oracle rachète Sun Microsystems en 2009, puis cède OpenOffice.org à Apache. Le projet s'est alors scindé en deux après la version OpenOffice.org 3.3.
  • Une partie des développeurs continue le projet sous le nom de LibreOffice au sein de la fondation The Document Foundation.
  • La suite OpenOffice.org, confiée à l'Apache Software Foundation (http://www.apache.org/), s'appelle maintenant Apache OpenOffice (depuis la version 3.4).
    Pour en savoir plus : http://www.framablog.org/index.php/post/2012/05/27...
Eléments de pérennité
  • Le projet existe depuis la fin des années 1980, sous différentes formes. Cependant la passation successive de Sun à Oracle puis à Apache donne moins de visibilité pour la suite.
  • Le format .odt est un standard OASIS et ISO ( voir la ressource ODF ).
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
  • Apache OpenOffice.org est abrégé en AOO et OpenOffice.org en OOo
  • Astuce signalée par un utilisateur pour Writer : lorsque vous avez copié un bloc de texte venant d’un autre éditeur ou sous un format évolué et que vous voulez le coller dans un document Writer, utilisez le collage sans mise en forme : menu Edition - Collage spécial - Texte non formaté. Ainsi vous n’inclurez pas de caractères parasites de mise en forme.

  • Ajouter automatiquement une licence grâce à une extension : notice explicative chez Framasoft : http://www.framasoft.net/article4809.html
Contributions
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