biblio. informatique

Bibliothèque au sens informatique, c'est à dire de logiciels système ou graphique ou...
Fiche logiciel à valider
  • Création ou MAJ importante : 09/10/13
  • Correction mineure : 21/11/13
Mots-clés
Pour aller plus loin
Fiche en recherche de relecteurs
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Opam : gestionnaire de paquetages pour OCaml

Ce logiciel est en cours d'évaluation par la communauté PLUME. Si vous utilisez ce logiciel en production dans notre communauté, merci de déposer un commentaire.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, MacOS X
  • Téléchargement
  • Version évaluée : 1
  • Langue(s) de l'interface : anglais
  • Licence : LGPL

    GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE Version 3, 29/06/2007, avec exception statique. La base de données des paquetages est sous licence Creative Commons.

Description
Fonctionnalités générales

Gestionnaire de paquetages pour OCaml par compilation à partir du code source.

Ce système rend la fabrication et l'utilisation de logiciels ou bibliothèques écrits en OCaml plus facile.

Autres fonctionnalités

Gestion de plusieurs versions de compilateurs OCaml.

Interopérabilité
  • Opam est censé coopérer avec les systèmes de paquetages antérieurs, les différents systèmes de résolution de dépendances, d'autres outils développés par OCamlPro.

  • Opam lance des scripts shell, ce qui assure suffisamment de souplesse.

  • Opam est testé sous différents systèmes d'exploitations et différentes architectures de processeurs.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

La version 0.4 de la bibliothèque ocamlmath existera sous forme de paquetage Opam.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Archlinux, Debian, Ubuntu, Mac OS X.

Logiciels connexes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Société OCamlPro.

Eléments de pérennité

Le financement de la société OCamlPro est assuré par différents intervenants publics ou privés :

Le projet Opam s'inscrit dans la plate-forme OCaml Labs de l'Université de Cambridge.

Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Ces ressources sont décrites sur la page github d'Opam : https://github.com/OCamlPro/opam, dans le paragraphe Community.

Documentation utilisateur
Contributions

Il est possible de contribuer à Opam via sa page github.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 07/10/13
  • Correction mineure : 07/10/13
Mots-clés

ocamlmath : calcul mathématique en OCaml

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : 0.3 - septembre 2012
  • Licence(s) : LGPL - v2 avec exception statique : exactement comme pour les bibliothèques (standard ou non standard) de la distribution standard d'OCaml
  • Etat : en développement
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Stéphane Grognet
  • Contact concepteur(s) : stephane (dot) grognet (at) univ-nantes.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : IREM Pays de la Loire, Labo Maths Jean Leray

 

Fonctionnalités générales du logiciel

La bibliothèque ocamlmath contient des programmes de calculs en mathématiques générales pour le langage OCaml, avec l'objectif de fabriquer des exemples de calculs à l'aide d'un automate.

Contexte d’utilisation du logiciel

La bibliothèque ocamlmath peut être utilisée de manière interactive dans le pseudo-interpréteur de commandes d'OCaml (toplevel), avec des possibilités graphiques.

Elle peut servir à compiler des logiciels autonomes ; par exemple, le logiciel ferdinand (inclus dans la bibliothèque) numérise des photographies d'oscilloscopes cathodiques ou de tables traçantes avec un pouvoir de séparation verticale seulement limité par le bruit de souffle.

La distribution standard d'OCaml est nécessaire ; la programmation est réalisée sous FreeBSD.

La documentation-spécification est compilée en html à partir du code source et est publiée sur le site web de la bibliothèque ocamlmath.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 22/08/13
  • Correction mineure : 22/08/13
  • Auteur de la fiche : Yohan Colmant (Univ de Valenciennes et du Hainaut Cambrésis - Service informatique)
  • Responsable thématique : Raphaël Tournoy (Centre pour la Communication Scientifique Directe)

ORI-OAI : Outil de Référencement et d'Indexation pour un réseau de portails OAI-PMH

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : ORI-OAI
Fonctionnalités générales du logiciel

Destiné principalement aux universités et grandes écoles, l'Outil de Référencement et d'Indexation pour un réseau de portails OAI-PMH ORI-OAI vise la mise en place d'un système ouvert, en logiciel libre, permettant :

  • de gérer et de publier tous les documents numériques produits par les établissements universitaires,
  • de les partager avec d'autres établissements,
  • de les valoriser par une indexation de qualité,
  • de les rendre accessibles, à distance et selon les droits définis, dans des interfaces ergonomiques.

La mission du projet ORI-OAI est aussi le développement de communautés OAI-PMH : il propose une implémentation de référence du protocole OAI-PMH ainsi que les outils nécessaires à la mise en place de ces communautés et à la bonne intégration aux communautés existantes.

Contexte d’utilisation du logiciel

ORI-OAI est utilisé dans les établissements d'enseignement supérieur pour le référencement de tous les types de ressources numériques : thèses et autres publications, ressources pédagogiques, offres de formation, ...

Mots-clés

4e rencontre Mixmod - 23 septembre 2013 - Paris

La quatrième rencontre Mixmod (logiciel de classification supervisée et non supervisée pour les données quantitatives et qualitatives) est prévue le lundi 23 septembre 2013 à l'IHP à Paris.

Les objectifs de cette journée sont de présenter Mixmod (et ses nouvelles fonctionnalités) et de montrer des utilisations concrètes de Mixmod. Le logiciel Blockcluster, logiciel de classification croisée, sera également présenté.

Pour avoir plus d'informations et s'inscrire, cela se passe ici.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 08/01/14
  • Correction mineure : 08/01/14
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Fiches logiciel PLUME connexes : LaTeX

Doxygen : Doxygen est un système de génération de documentation à partir du code source

Description
Fonctionnalités générales

Doxygen permet de créer des documentations à partir du code source sous différents formats qui vont du site web très interactif au document pdf (mais aussi LaTeX, XML, RTF, Man pages, ...).
La documentation est générée à partir de la syntaxe et de la grammaire du langage (classe, fonctions, ...) et peut être complétée par des informations (balises) insérées sous forme de commentaires interprétables par Doxygen (ex : /** ..**/)
Il accepte, entre autres, comme source les langages C++, C, Objective-C, C#, PHP, Java, Python, IDL, Fortran, VHDL, Tcl et peut-être étendu à d'autres langages non supportés nativement.

Autres fonctionnalités

Des sémaphores adaptées au langage ('!!', '///' ou '/**') permettent à Doxygen de repérer des informations à rajouter à la documentation, notamment à l'aide de mot-clés (@call @version, @author, @see, \brief, \laxtexonly ... \endlatexonly) pour spécifier les caractéristiques d'un module, un objet, une fonction, introduire des formules, etc...
On peut écrire des formules en TeX directement dans les fichiers source (par exemple pour les unités des variables en paramètres), mais aussi inclure des fichiers LaTeX pour rajouter de la documentation dans le guide de l'utilisateur (avec \input{my_doc_file.tex}).
Les fichiers d'en-tête à la production du site web ou au fichier pdf (via LaTeX) de la documentation sont modifiables, ce qui permet de faire ces propres présentations de la documentation.
Doxygen est intégré à certains IDE ( eclipse).
Doxygen peut s'utiliser en ligne de commande ou via Doxywizard (une interface graphique pour Doxygen).
En ligne de commande, il peut être paramétré avec :

  • un fichier de configuration (Doxyfile) regroupant les options, les préférences
  • un fichier 'layout' pour personnaliser plus finement les sorties
Interopérabilité

Les formats de sorties sont HTML, LATEX, MAN, RTF, XML, DOCBOOOK, Compiled HTML Help, Qt Compressed Help, Eclipse Help, XCode DocSets, PostScript et PDF.
On pourra également générer un module PERL qui contiendra la structure du logiciel.
Enfin, on peut lier plusieurs documentations par en générant des fichiers TAGFILE.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

C'est un excellent outil de documentation, qui permet de faire communiquer les développeurs d'outils de calcul scientifique
et de construire la documentation utilisateur et développeur en même temps. Cette documentation peut être versionnée et suivre alors l'évolution du code.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

La prise en compte du Fortran est assez pauvre.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Très nombreuses : Debian, Ubuntu, Fedora, MacPorts, etc.

Logiciels connexes
  • Doxywizard (interface graphique pour Doxygen)
  • graphviz
  • LaTeX
  • browser
  • mathjax
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Listes de discussion "annonces", "développeurs", "projets" et "utilisateurs : http://sourceforge.net/p/doxygen/mailman/

Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 29/04/13
  • Correction mineure : 29/04/13
  • Auteur de la fiche : Jérôme Lelong (LJK)
  • Responsable thématique : Dirk Hoffmann (Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM-IN2P3))
Mots-clés

PNL : bibliothèque numérique pour le calcul scientifique en C

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 1.6.0 - 22 mars 2013
  • Licence(s) : LGPL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Jérôme Lelong
  • Contact concepteur(s) : jerome.lelong@imag.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : INRIA Paris-Rocquencourt, LJK

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Description

PNL est une bibliothèque C pour le calcul scientifique développée dans le même état d'esprit que des bibliothèques comme la GSL. PNL propose une grande variété de fonctionnalités mathématiques (plus de 600 fonctions au total) sur les thématiques suivantes

  • Nombres complexes (pour ceux ne disposant pas de l'extension C99)
  • Distribution de lois de probabilité
  • Transformée de Fourier rapide
  • Transformée de Laplace inverse
  • Algèbre linéaire pour les matrices pleines, tridiagonales et de type bande
  • Recherche de zéros multidimensionnels
  • Polynômes multivariés (régression, évaluation, dérivation)
  • Intégration numérique
  • Générateur de nombres aléatoires et Quasi Monte Carlo
  • Fonctions spéciales
  • Manipulations de tableaux multidimensionnels

Pour une description complète des fonctionnalités de la bibliothèque, nous renvoyons à sa documentation.

PNL est distribuée sous la licence LGPL, ce qui donne une grande liberté quant à la réutilisation et à la modification de son code ce qui n'est pas le cas de solutions comme Numerical Recipes par exemple.

Spécificités

PNL est conçue selon un schéma orienté objet inspiré de celui proposé par la bibliothèque Glib. L'ensemble des structures implémentées dans la bibliothèque dérive donc d'un même objet père. Cette organisation permet de proposer des structures de listes et de tableaux pouvant contenir des éléments de types différents comme cela existe dans numpy par exemple.

PNL est une bibliothèque thread-safe qui a été conçue pour être utilisée dans un environnement de programmation parallèle. A ce titre, elle propose un binding MPI permettant de manipuler via MPI les différents objets de la bibliothèque de manière transparente. Cette fonctionnalité est probablement ce qui différencie le plus PNL d'une bibliothèque comme la GSL, Numerical Recipes ou encore ROOT (pour sa partie mathématique uniquement). Si l'on fait abstraction des licences sous lesquelles ces bibliothèques sont distribuées, elles peuvent dans de nombreuses situations d'utilisation classiques (algèbre linéaire, intégration numérique, recherche de zéros, FFT, fonctions spéciales, ...) se substituer. D'autres thématiques semblent plus spécifiquement prises en charge par PNL comme l'inversion de transformée de Laplace, la régression polynomiale multi-variée.

La manipulation de matrices et de vecteurs est souvent un point délicat dans les codes C : PNL offre des fonctionnalités permettant de les manipuler dans une logique plus proche de celle de Matlab/Octave ou Numpy : mapping terme à terme, extraction de blocs à partir d'expressions booléennes, vues, tris, re-dimensionnement, ...

Pour de nombreuses fonctionnalités, PNL se base sur des bibliothèques Fortran du domaine public disponibles sur http://www.netlib.org comme AMOS, CEPHES, FFTPACK, MINPACK, QUADPACK ou BLAS et LAPACK.

La bibliothèque est accompagnée d'une documentation, rédigée en LaTeX et disponible aux formats PDF et HTML, décrivant l'ensemble des fonctionnalités de la bibliothèque. Ce manuel détaille également les conventions utilisées durant le développement de la bibliothèque.

Installation

Les différentes versions stables ou de développement de la bibliothèque sont disponibles sur gforge.

La compilation de la bibliothèque utilise CMake qui permet de compiler la bibliothèque sur les plateformes suivantes

  • GNU/Linux avec gcc et llvm
  • Mac OS X avec gcc et llvm
  • Windows avec mingw32 et Visual C++

PNL s'appuie sur les bibliothèques BLAS et LAPACK pour la partie algèbre linéaire. Si ces deux bibliothèques sont présentes sur la machine, elles seront utilisées par PNL (la détection s'effectue au moment de la compilation), sinon une version intégrée à la bibliothèque de BLAS et LAPACK sera utilisée.

Historique du projet

Le développement de la bibliothèque a démarré en 2007 sous la direction de Jérôme Lelong avec des contributions de Céline Labart, Ismail Laachir et David Pommier.

Pour un historique des différentes versions de la version actuelle, voir le site http://pnl.gforge.inria.fr

Contexte d’utilisation du logiciel

PNL est aujourd'hui utilisée comme brique de base pour le développement du logiciel PREMIA qui est un logiciel d'évaluation et de couverture de produits financiers développé conjointement par l'INRIA Paris Rocquencourt et l'Ecole des Ponts Paristech et soutenu par un consortium d'institutions financières.

Parallèlement à cette utilisation dans le contexte de PREMIA, la bibliothèque PNL a également été utilisée pour le développement de plusieurs méthodes numériques publiées dans des articles de recherche.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 20/12/12
  • Correction mineure : 12/09/13
Mots-clés

Topological smoothing : méthode de lissage pour des objets 2D et 3D

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : 1.0 - 2004
  • Licence(s) : CeCILL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Michel Couprie
  • Contact concepteur(s) : coupriem @ esiee.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIGM

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Ce logiciel implémente une méthode permettant de lisser des objets 2D et 3D dans des images binaires, tout en préservant la topologie. Ici, les objets sont définis comme des ensembles de points de Z2 ou Z3, et la préservation de la topologie est assurée par l'utilisation exclusive de transformations homotopiques dans le cadre de la topologie digitale. Le lissage est obtenu par l'utilisation d'ouvertures et fermetures morphologiques par des boules euclidiennes.

Contexte d’utilisation du logiciel

Ce logiciel a été utilisé pour obtenir et valider les résultats publiés dans l'article [CB04].

Publications liées au logiciel

[CB04] Michel Couprie, G. Bertrand: "Topology preserving alternating sequential filter for smoothing 2D and 3D objects", Journal of Electronic Imaging, Vol. 13, No. 4, pp. 720-730, 2004.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 01/08/13
  • Correction mineure : 01/08/13
Mots-clés
Pour aller plus loin

Exhibit (Simile widget) : visualisation web de données hétérogènes et interfaces internet riches

Description
Fonctionnalités générales

Exhibit est l'une des réalisations du projet Simile (Semantic Interoperability of Metadata and Information in unLike Environments) du MIT.

Exhibit est un framework écrit en javascript pour la visualisation web de données hétérogènes et le développement d'interfaces internet riches. Ce framework peut donc contribuer à la réalisation de RIA (Rich Internet Applications).

Exhibit fournit diverses possibilités de visualisation de données et de métadonnées : frise chronologique (à plusieurs échelles), carte géographique, tableau "triable", vignettes, graphiques, ...

Il offre également des fonctionnalités de recherche simple et de filtre (recherche à facettes). Ces facettes peuvent être présentées sous forme de liste simple ou hiérarchique, sous forme de nuage, d'images (exemples en ligne de réalisation), ...

Les filtres servent à restreindre les données à afficher dans l'interface et ceci de manière synchronisée entre les différentes vues : facettes, frise, carte, ... 

Autres fonctionnalités

Les données, quel que soit leur format de départ (XML, etc.), doivent être transformées au format JSON. Cette conversion peut notamment être effectuée en utilisant une autre réalisation du projet Simile : Babel.

Interopérabilité

Développé en javascript, Exhibit fonctionne a priori sur tout navigateur, sous réserve des comportements spécifiques de chaque navigateur dans l'exécution de javascript. Par exemple, la taille de la pile, différente selon les navigateurs, peut entraîner des différences de comportement (cf. par exemple les mesures fournies dans l'une des réponses à ce fil de discussion).

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

La lecture de la source de données JSON est très sensible pour ne pas dire capricieuse (espaces, fins de ligne...). Il arrive que la source de données JSON ne soit pas lue alors qu'elle est valide. Il est donc conseillé de supprimer tous les sauts de lignes et indentations dans la source JSON pour éviter les problèmes.

Stabilité : fin 2012, la version 2.2 a été déplacée à une URL différente et légèrement modifiée, sans préavis. Nos sites qui appelaient cette librairie sont donc tombés en panne. Il est conseillé de copier la librairie sur ses propres serveurs par sécurité.

Environnement du logiciel
Plates-formes

La bibliothèque doit être déposée sur un serveur web.
Les interfaces web qui l'utilisent doivent inclure l'appel à la bibliothèque et être accédées via un navigateur gérant le javascript.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

MIT (Massachusetts Institute of Technology)

Eléments de pérennité
  • Une version Exhibit 3.0 est en cours de développement. La version Scripted est disponible. La version Staged, dont la visée est le passage à l'échelle pour les très grosses masses de données, est en bêta2. Comparaison v2.2 / v3.0
  • La liste de discussion compte près de 1500 membres, l'activité y semble régulière.
Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur

The European Journal for the Informatics Professional

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 01/09/12
  • Correction mineure : 01/09/12
Mots-clés

The European Journal for the Informatics Professional

The European Journal for the Informatics Professional a publié le dernier volume de sa revue bi-mensuelle anglophone en décembre 2011.

Né en 2000 à partir de la collaboration initiale de ATI (Asociación de Técnicos de Informática, Espagne) et de SVI/FSI (Swiss Federation of Professional Informatics Societies), CEPIS UPGRADE a publié 60 numéros entre 2000 et 2011.

Le site de CEPIS UPGRADE : http://www.cepis.org/upgrade/index.jsp?p=2100&n=2103

Pour accéder à tous les numéros publiés : http://www.cepis.org/upgrade/index.jsp?p=2100&n=2103

Voici les numéros qui composent le volume 2011 : http://www.cepis.org/upgrade/index.jsp?p=2103&n=2701

  • No. 1 Internet of Things
  • No. 2 Engineering e-Learning Systems
  • No. 3 Business Intelligence
  • No. 4 Green ICT: Trends and Challenges
  • No. 5 Risk Management (Farewell Issue of CEPIS UPGRADE)

Entre autres, il y a aussi :

  • Volume: 2010, No.3 Emerging Information Technologies (I)
  • Volume: 2010, No.4 Emerging Information Technologies (II)
  • Volume: 2010, No. 5 The Informatics Profession in Europe: An Overview
  • Volume: 2009, No. III Free Software for Enterprises
  • Volume: 2009, No. V Experiences and Advances in Software Quality
  • Volume: 2008, No. I IT Governance
  • Volume: 2007, No. VI Free Software: Research and Development
  • ...
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 14/03/12
  • Correction mineure : 14/03/12
Mots-clés

Résolution de systèmes linéaires : procédures Matlab pour tester les méthodes itératives de résolution de systèmes linéaires

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 1.0 - 01/2012
  • Licence(s) : choix en cours, contacter l'auteur
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, sans développement en cours
  • Concepteur(s) : Pascal Joly
  • Contact concepteur(s) : joly@ann.jussieu.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LJLL

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Résolution par différentes méthodes itératives (dont les méthodes de Krylov avec ou sans préconditionnement) de systèmes linéaires issus de l'approximation des équations aux dérivées partielles ou du Matrix Market. Des algorithmes de calcul de valeurs propres sont aussi proposés.

L'ensemble de procédures contient des exercices illustrant les études théoriques présentées dans un cours de Master sur l'Analyse Numérique Matricielle. Le support de ce cours n'a pas été publié, mais on trouvera ces méthodes classiques dans les livres indiqués ci-dessous.

Contexte d’utilisation du logiciel

Les exercices proposés ici constituent une illustration par la pratique des performances d'algorithmes de résolution des systèmes linéaires et de calcul des valeurs propres et des vecteurs propres de matrices Ces exercices sont programmés en Matlab et il est nécessaire d'avoir une version de ce logiciel installée sur votre ordinateur pour les utiliser.

Publications liées au logiciel

Livres qui contiennent les méthodes :

  • G. Meurant : Computer solution of large linear systems, North-Holland.
  • G. Meurant : The Lanczos and Conjugate Gradient Algorithm, SIAM.
  • Y. Saad : Numerical methods for large eigenvalue problems, Manchester University Press.
  • Y. Saad : Iterative methods for sparse linear systems, PWS Publishing Company.
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