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Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 15/11/13
  • Correction mineure : 15/11/13
Mots-clés

ScientiFig : création ou (re)formatage de figures pour les communications scientifiques

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 2.6 - 02/10/2013
  • Licence(s) : BSD -
    ScientiFig utilise les composants BATIK et XML-apis, sous licence Apache, et Rsession, sous licence BSD.
  • Etat : diffusé en beta
  • Support : maintenu, sans développement en cours
  • Concepteur(s) : Benoit Aigouy
  • Contact concepteur(s) : Benoit Aigouy
  • Laboratoire(s), service(s)... : GReD

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Les chercheurs passent un temps considérable à réaliser des figures pour leurs communications scientifiques (présentations orales, publications dans des revues scientifiques, ...). Pour réaliser cette tâche, ils utilisent le plus souvent des logiciels conçus pour des graphistes qui ne sont pas adaptés à la création de figures "scientifiques".

ScientiFig, au contraire, est dédié spécifiquement à la production de figures formatées pour la recherche. C'est un plugin de FIJI/ImageJ et/ou un standalone, les trois utilisations sont possibles. Il permet d'assembler de manière cohérente des panneaux d'images de même tailles ou de tailles différentes, de leur associer une barre d'échelle et des annotations dont la position est préservée même lorsque l'utilisateur change la taille de la figure. ScientiFig peut exporter les figures générées au format png avec un fond transparent pour une meilleure intégration dans les documents bureautique ou au format vectoriel (pour être finalisé dans un éditeur d'images vectorielles). ScientiFig permet enfin de formater des figures pour différents journaux (il est aussi possible de créer, avec l'éditeur intégré, un nouveau style si le journal qui vous intéresse est absent), il suggère une taille de figure compatible avec le journal, le remplacement des polices non conformes, ...

On peut citer à titre de comparaison ces logiciels alternatifs :

Contexte d’utilisation du logiciel

ScientiFig est un logiciel d'assemblage/montage et de formatage d'images pour des publications scientifiques.

Publications liées au logiciel

ScientiFig: a tool to build publication-ready scientific figures. Aigouy B, Mirouse V. Nat Methods. 2013 Oct 30;10(11):1048. doi: 10.1038/nmeth.2692.

Mots-clés

Rapport de l'EU : "Open Access" a le vent en poupe

Une étude récente de la Communauté Européene constate que l'"Open Access", la mise à disposition gracieuse de résultats de recherche, est entrée dans les mœurs et devient une habitude confirmée du domaine de l'ESR dans le monde entier. Reste à espérer que ce soit un impact positif de ce qui est appelé « une stratégie clef pour l'innovation » vers une politique similaire concernant la production logicielle, qui est bien souvent également « produit de recherche ».

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 22/08/13
  • Correction mineure : 22/08/13
  • Auteur de la fiche : Yohan Colmant (Univ de Valenciennes et du Hainaut Cambrésis - Service informatique)
  • Responsable thématique : Raphaël Tournoy (Centre pour la Communication Scientifique Directe)

ORI-OAI : Outil de Référencement et d'Indexation pour un réseau de portails OAI-PMH

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : ORI-OAI
Fonctionnalités générales du logiciel

Destiné principalement aux universités et grandes écoles, l'Outil de Référencement et d'Indexation pour un réseau de portails OAI-PMH ORI-OAI vise la mise en place d'un système ouvert, en logiciel libre, permettant :

  • de gérer et de publier tous les documents numériques produits par les établissements universitaires,
  • de les partager avec d'autres établissements,
  • de les valoriser par une indexation de qualité,
  • de les rendre accessibles, à distance et selon les droits définis, dans des interfaces ergonomiques.

La mission du projet ORI-OAI est aussi le développement de communautés OAI-PMH : il propose une implémentation de référence du protocole OAI-PMH ainsi que les outils nécessaires à la mise en place de ces communautés et à la bonne intégration aux communautés existantes.

Contexte d’utilisation du logiciel

ORI-OAI est utilisé dans les établissements d'enseignement supérieur pour le référencement de tous les types de ressources numériques : thèses et autres publications, ressources pédagogiques, offres de formation, ...

Mots-clés

Rencontres Scenari - 28 au 30 août 2013 -Toulouse

Du 28 au 30 août 2013 à Toulouse auront lieu les rencontres Scenari : c'est un événement destiné à rassembler la communauté d'utilisateurs des logiciels Scenari. Il marquera aussi la création de l'association Scenari.

Pour avoir plus d'informations et s'inscrire, cela se passe ici.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 08/01/14
  • Correction mineure : 08/01/14
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Fiches logiciel PLUME connexes : LaTeX

Doxygen : Doxygen est un système de génération de documentation à partir du code source

Description
Fonctionnalités générales

Doxygen permet de créer des documentations à partir du code source sous différents formats qui vont du site web très interactif au document pdf (mais aussi LaTeX, XML, RTF, Man pages, ...).
La documentation est générée à partir de la syntaxe et de la grammaire du langage (classe, fonctions, ...) et peut être complétée par des informations (balises) insérées sous forme de commentaires interprétables par Doxygen (ex : /** ..**/)
Il accepte, entre autres, comme source les langages C++, C, Objective-C, C#, PHP, Java, Python, IDL, Fortran, VHDL, Tcl et peut-être étendu à d'autres langages non supportés nativement.

Autres fonctionnalités

Des sémaphores adaptées au langage ('!!', '///' ou '/**') permettent à Doxygen de repérer des informations à rajouter à la documentation, notamment à l'aide de mot-clés (@call @version, @author, @see, \brief, \laxtexonly ... \endlatexonly) pour spécifier les caractéristiques d'un module, un objet, une fonction, introduire des formules, etc...
On peut écrire des formules en TeX directement dans les fichiers source (par exemple pour les unités des variables en paramètres), mais aussi inclure des fichiers LaTeX pour rajouter de la documentation dans le guide de l'utilisateur (avec \input{my_doc_file.tex}).
Les fichiers d'en-tête à la production du site web ou au fichier pdf (via LaTeX) de la documentation sont modifiables, ce qui permet de faire ces propres présentations de la documentation.
Doxygen est intégré à certains IDE ( eclipse).
Doxygen peut s'utiliser en ligne de commande ou via Doxywizard (une interface graphique pour Doxygen).
En ligne de commande, il peut être paramétré avec :

  • un fichier de configuration (Doxyfile) regroupant les options, les préférences
  • un fichier 'layout' pour personnaliser plus finement les sorties
Interopérabilité

Les formats de sorties sont HTML, LATEX, MAN, RTF, XML, DOCBOOOK, Compiled HTML Help, Qt Compressed Help, Eclipse Help, XCode DocSets, PostScript et PDF.
On pourra également générer un module PERL qui contiendra la structure du logiciel.
Enfin, on peut lier plusieurs documentations par en générant des fichiers TAGFILE.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

C'est un excellent outil de documentation, qui permet de faire communiquer les développeurs d'outils de calcul scientifique
et de construire la documentation utilisateur et développeur en même temps. Cette documentation peut être versionnée et suivre alors l'évolution du code.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

La prise en compte du Fortran est assez pauvre.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Très nombreuses : Debian, Ubuntu, Fedora, MacPorts, etc.

Logiciels connexes
  • Doxywizard (interface graphique pour Doxygen)
  • graphviz
  • LaTeX
  • browser
  • mathjax
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Listes de discussion "annonces", "développeurs", "projets" et "utilisateurs : http://sourceforge.net/p/doxygen/mailman/

Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 24/10/12
  • Correction mineure : 24/10/12
Mots-clés
Pour aller plus loin

eZ Publish : système de gestion de contenu Web (CMS) puissant, ouvert et évolutif

Description
Fonctionnalités générales

eZ Publish est un système de gestion de contenu Open Source (en anglais CMS, Content Management System) très puissant, ouvert et évolutif, qui permet de développer des sites web dynamiques en mode mono ou multi-sites, créé en 1999 par une société norvégienne eZ systems.

eZ Publish est open source, disponible soit gratuitement, soit dans le cadre d’une solution professionnelle “eZ Publish Premium”, incluant support , garanties et maintenance.

Ses principaux atouts sont :

  • des fonctionnalités intégrées et prêtes à l'emploi répondant aux besoins et attentes courants des webmasters,
  • un environnement technique offrant des possibilités de personnalisation et de création d'extensions inégalées (flexibilité du noyau du moteur de contenu),
  • un modèle économique open source associant tous les atouts des logiciels Open Source (coût, temps de mise en œuvre et transparence),
  • eZ Publish est doté d'un backoffice permettant de décrire les "classes" des objets qui seront utilisés dans chaque site, et d'un frontoffice, qui propose un éditeur de type wysiwyg (avec extension multiupload) ou publication à partir de Word ou OpenOffice,
  • eZ Publish est développé en PHP, s'appuie sur une base de données (MySQL, mais aussi Oracle et PostGreSQL), et a développé son propre langage de template pour décrire le design des pages,
  • une gestion très fine des rôles, droits et groupes d'utilisateurs permet d'organiser la mise à jour du site en équipes,
  • eZ Publish dispose d'un versioning intégré, d'un support multilingue, d'un système de workflow et d'une conception optimisée pour le référencement, d'un moteur de recherche assez sophistiqué (extension eZ Find),
  • un système de caches serveur assez sophistiqué permet d'optimiser la régénération des pages et la vitesse d'affichage du site.
  • eZ Publish est basé sur des standards ouverts et reconnus :
  • PHP5, XHTML, CSS, XML, RSS, WebDAV, LDAP, SOAP, EXIF, OpenOffice.
Autres fonctionnalités

Architecture

  • eZ Publish est développé autour du robuste, populaire et open source environnement LAMP (Linux, Apache, MySQL et PHP).
  • Cependant, eZ Publish peut être également installé sur des serveurs Microsoft, Sun Solaris ou Mac OS X.
  • En plus de MySQL, eZ Publish supporte les bases de données Oracle et PostgreSQL.

Classes de contenu

eZ Publish dispose de datatypes (plus petite entité de stockage disponible) : ce sont par exemple des blocs XML, entier, date et heure, ligne de texte permettant de définir des classes pré-intégrées (ex : article, répertoire, utilisateur, commentaire, ...). On peut également enrichir ces datatypes et classes via développement, en fonction de ses besoins.

Structure interne d'eZ Publish

eZ Publish s'articule autour d'un kernel, de modules (moteur de recherche, gestion des utilisateurs, ...) et de diverses bibliothèques (ezxml, ezpdf, ...). L'arborescence du CMS se décompose ainsi :

Répertoire Contenu
bin Scripts PHP, Perl et shell principalement utilisés pour une maintenance manuelle du système et de mises à jour.
cronjobs Scripts PHP permettant d'automatiser les tâches de maintenance périodiques.
design Fichiers relatifs au design du site.
doc Documentation et fichiers consignant les évolutions et mises à jours des versions de eZ Publish.
extension Système de plugins.
kernel Fichiers du noyau, cœur d'eZ Publish.
lib Librairies générales.
settings Réglages, configuration par site/contexe.
share Fichiers de traductions des contenus statiques.
var Fichiers de cache, logs, et surtout fichiers de contenus uploadés.

Fichiers de configuration (settings)

  • Les fichiers de configuration par défaut, d’extension .ini, se trouvent dans le dossier settings.
  • Chaque fichier permet de contrôler le comportement d'une partie spécifique du système.
  • Les fichiers fournis par défaut listent exhaustivement et commentent les options disponibles. Ces fichiers de configuration par défaut ne doivent jamais être modifiés ! Il convient à la place de les surcharger. (et typiquement les placer dans le répertoire settings/override/).
  • Le fichier de configuration principal est le site.ini (le fichier settings/override/site.ini est donc le 1er fichier lu par le navigateur si la bonne pratique précitée est suivie).
  • Structure d'un fichier de configuration :
    • Un fichier de configuration est composé de blocs.
    • Chaque bloc contient un ensemble de réglages :
    • # This line contains a comment.
      [DatabaseSettings]
      Server=localhost
      User=allman
      Password=qwerty
      Socket=disabled
      SQLOutput=enabled
      # This line contains another comment.
      [ExtensionSettings]
      ActiveExtensions[]=ezdhtml

Gestion des sites via les siteaccess

  • Une seule instance d'eZ Publish peut gérer plusieurs sites.
  • Les sites sont gérés par le mécanisme de siteaccess, qui constitue un ensemble de réglages (settings).
  • Les siteaccess permettent d'utiliser des configurations (règles) totalement différentes pour chaque site (propre base de données, design dédié, dossier var spécifique).
  • Les règles des siteaccess doivent être spécifiées dans une surcharge globale du fichier de configuration site.ini (/settings/override/site.ini.append.php).
  • Ces règles contrôlent le groupe de paramètres devant être employé dans un cas particulier.
  • Un site eZ Publish classique se compose de deux siteaccess : une interface publique pour les visiteurs et une interface d'accès restreint pour les administrateurs.

Support multi-langue

  • Chaque langue est versionnée indépendamment.
  • La traduction du contenu statique, des éléments de design (menu,liens fixes, …) et messages d'erreurs est faite via i18n.
  • La gestion des langues se fait au niveau du siteaccess (1 par langue, pouvant partager le même design).

Modules et vues

  • Un module offre une interface web pouvant être utilisée pour interférer avec le système eZ Publish.
  • Certains modules offrent une interface avec des fonctionnalités du noyau, d'autres sont indépendants du noyau.
  • Le système fournit un ensemble de modules couvrant les besoins des tâches journalières les plus courantes.
  • Il est possible d'étendre le système en créant des modules personnalisés pour des besoins spécifiques. Ces modules devront être écrits en PHP (annuaire, agenda....).
  • Un module peut offrir des vues et/ou des fonctions fetch (fonctions d'interrogation).

Design

  • Le design recouvre tout ce qui permet au contenu du site d'être mis en forme et présenté.
  • Un design classique eZ Publish se compose de feuilles de style (CSS), de scripts javascript, de fichiers image (hors images de contenu), de fichiers de polices et de templates.
  • Un siteaccess impose, entre autres choses, le design devant être utilisé.
  • En utilisant différents siteaccess, il est possible de combiner différents contenus et designs.
  • Le code HTML final d'une page peut être une combinaison de fichiers provenant de divers designs.

Mécanisme de fallback

  • Si eZ Publish ne peut trouver un fichier de design spécifique (une feuille de style, un template, une image, etc, ...) dans le design principal, alors il essaie automatiquement de le chercher dans un autre design.
  • La déclaration des designs d'un site se fait dans le fichier site.ini du siteaccess concerné.

Templates

  • Les templates sont une composante fondamentale du design.
  • Un template est un fichier (X)HTML qui décrit la façon dont un type de contenu doit-être visualisé.
  • Tous les fichiers de template possèdent l'extension .tpl.
  • Outre du (X)HTML, un template peut contenir du code eZ Publish.
  • Le code de template eZ Publish permet de requêter le système et de résoudre les problématiques de code usuelles (itérations, conditions, structures de contrôle, conversions, etc, ...).
  • Le code spécifique à eZ Publish doit être placé à l'intérieur d'accolades ( "{" et "}" ).
  • Tout ce qui est compris à l'intérieur d'accolades sera interprété par le parser de template lorsque le template est traité.
  • Tout ce qui est à l'extérieur des accolades sera ignoré et sera envoyé au navigateur sans subir aucun traitement.
  • Le template principal de eZ Publish, nommé pagelayout.tpl, permet entre autres de déterminer la structure graphique du site.
  • Le nom de ce template principal doit être pagelayout.tpl et il doit être placé dans un sous-répertoire nommé templates d’un design.
  • Le template pagelayout.tpl est le template source appelant tous les autres templates.
  • Le système de surcharge de templates permet d'utiliser d'autres templates que ceux par défaut.
  • Exemple de surcharge dans le fichier de configuration override.ini.append.php :
  • # The name of the override.
    [special_folders]
    # The template that should be replace.
    Source=node/view/full.tpl
    # The template that should be used instaed of the one specified as the source.
    MatchFile=special_folder.tpl
    # The directory where the matchfile is located.
    Subdir=templates
    # Condition #1 : activates the override if the object is an instance of the folder class.
    Match[class_identifier]=folder
    # Condition #2 : activates the override if the object being accessed belongs to section number 34.
    Match[section]=34

Extension

  • Une extension peut correspondre à un site et plusieurs extensions peuvent être utilisées par plusieurs sites.
    Exemple: vous pouvez utiliser des extensions regroupant toutes les fonctionnalités identiques pour tous vos sites (export OpenOffice, éditeur wysiwig, vos bibliothèques JQuery, ...), et une extension spécifique à un site en particulier (dans laquelle il sera judicieux de placer votre dossier design/).
  • Elle se compose principalement de fichiers de configuration /settings et de fichiers de mise en forme /design, et éventuellement de modules spécifiques à développer en PHP.

Contrôle d'accès

  • eZ Publish contient un mécanisme de contrôle d'accès permettant de limiter l'accès à certains contenus ou à certaines fonctions.
  • Le système de contrôle d'accès est basé sur les éléments User (Utilisateur), User group (Groupe d'utilisateurs), Policy (Droit) et Role (Rôle).
  • Un User (utilisateur) est défini, sur le système, par un compte utilisateur valide.
  • Un User group (groupe d'utilisateurs) peut-être composé d'utilisateurs et d'autres groupes d'utilisateurs.
  • Un Policy (droit) est une règle autorisant l'accès à du contenu ou à certaines fonctions.
  • Un Role (rôle) est un ensemble nommé de droits.
  • Un rôle peut être assigné à un utilisateur ou à un groupe. Il est possible d'assigner un rôle avec des restrictions supplémentaires (affecter avec limitation).
  • La fonctionnalité permettant de restreindre un rôle est très utile lorsque plusieurs utilisateurs ayant des droits similaires doivent manipuler différentes parties de l'arbre de nœuds de contenu.
  • Plutôt que de créer un rôle pour chaque utilisateur, l'administrateur du site peut créer un rôle générique puis l'assigner avec différentes restrictions aux différents utilisateurs.

Workflows

eZ Publish est livré avec un mécanisme de flux de travail (workflow). Il permet d'effectuer différentes tâches avec ou sans interaction des utilisateurs (par exemple des cronjobs).

Interopérabilité

eZ Publish est développé en PHP et utilise des standard comme MySQL, XML, Ajax, SOAP.

Il est très aisé de développer des procédures en interaction avec d'autres applications externes. Par exemple : extractions des données d'un SI sous Oracle pour implémenter automatiquement les pages d'un site.

La version 5 à venir d'eZ Publish utilisera le framework Symfony 2, et permettra de coder les templates au format TWIG, tout en gardant une compatibilité avec les développements sous les versions précédentes : voir cet article.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Cas du LIRMM

  • 2 noyaux eZ Publish sont installés dans notre laboratoire :
    • 1 sur le serveur des applications Web utilisateurs (sites internes d'équipe, sites de congrès, ANR...)
    • 1 sur le serveur de notre site institutionnel http://nouveau-site.lirmm.fr
  • Nous utilisons la méthode host;uri, avec authentification ldap (annuaire sécurisé des comptes du laboratoire) pour la partie Intranet.
  • Nous avons développé 2 modules, annu et agenda, pour la recherche dans l'annuaire et la gestion des événements.
  • Nous extrayons les publications de notre site HAL-LIRMM et créons les objets correspondants par cronjobs afin de les afficher sur les pages annuaire et les pages de présentation de nos départements et équipes.
  • Les pages des équipes, les comptes éditeurs et administrateurs de ces pages sont également générées par cronjobs, par extraction des données de notre Système d'Information (sous Oracle 11g).
  • Nous gérons 1 site français et 1 anglais, avec possibilité de traduire les pages dans d'autres langues.
  • Pour la gestion de nos pages annuaire, nous avons créé la classe Lirmm-user à partir de la classe User, dont les attributs sont implémentés par cronjobs également, à partir des données de notre SI, puis la classe Annu-user, qui contient les éléments modifiables par web de chaque page annuaire.
  • Les objets Département et Equipe se décomposent également en objets SI et Web, selon la nature des données affichées sur ces pages.
  • Les administrateurs (accorder des droits d'édition à des groupes) et éditeurs des pages n'ont pas accès au "back office", toutes les mises à jour sont faites en "front office".

Cas de l'Observatoire Midi-Pyrénées

  • Un noyau eZ Publish est utilisé pour l'ensemble des sites web institutionnels.
  • Tous les sites utilisent une extension contenant toutes les fonctionnalités communes, et chaque site utilise en plus, une extension qui lui est spécifique (développements complémentaires et design propre au site).
  • Le service web assure la conception graphique et l'intégration / développement de toutes les interfaces.
  • Les principales fonctionnalités en place dans notre contexte sont :
    • Librairies jQuery (systèmes d'onglets, slideshows, tooltips, menus déroulants, popup (images+iframes), etc, ...)
    • Newsletters
    • Pages profils
    • Multilangues
    • Thésaurus (extension eZ tags)
    • Module de structuration dynamique des pages (extension eZ Flow)
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

La principale difficulté réside dans la compréhension du mécanisme d'affichage et de surcharge (override).

Le language de template est à assimiler, particulièrement la fonction 'fetch' très utilisée dans la déclinaison de l'arborescence du site.

Les notions d'objet, de classe, de noeud, de vue, de cache sont également importantes. Il faut connaître les principes de la programmation Objet.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

eZPublish n'est intégré dans aucune distribution, cependant l'installation est simple et se fait à partir de l'archive sur http://share.ez.no/downloads, après création d'une base de données dédiée (en UTF-8).

Plates-formes

Toutes les plate-formes LAMP (Linux, Apache, MySQL et PHP) et variantes (WAMP, XAMP). Cependant, eZ Publish peut être également installé sur des serveurs Microsoft, Sun Solaris ou Mac OS X.

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

La société eZ system en collaboration avec la communauté de développeurs participent à l'évolution du CMS, comme indiqué ici.

Eléments de pérennité
  • eZ Publish est un CMS professionnel de renommée internationale utilisé par de grandes entreprises du secteur privé et public, et la communauté est active.

  • A noter que de nombreux contributeurs d'eZ Publish participent au développement de Symfony.

Références d'utilisateurs institutionnels

Les utilisateurs institutionnels connus à ce jour :

Quelques exemples de "mini-sites" projets / ANR / services d'observation / enseignement :

Environnement utilisateur
Documentation utilisateur

Documentation officielle

http://doc.ez.no/

Présentation sur transparent

eZ et le système d'information

Bonnes et mauvaises pratiques d'eZ

Divers (astuces, actualités, sécurité)
  • Il est conseillé de placer le minimum de configuration dans la partie settings/siteaccess/, à savoir uniquement site.ini.append.php pour placer l'ensemble au niveau de l'extension extension/settings.
  • L'utilisation des extensions personnalisées facilite les mises à jours du logiciel et la flexibilité du CMS.
  • Les extensions déclarées dans les fichiers site.ini, sont appelées dans l'ordre inverse. Les templates associés sont donc surchargés dans cet ordre.
  • eZ Publish est disponible avec toute une gamme d'extensions permettant de répondre à la majorité des problématiques de gestion de contenu. Son ouverture à d'autres programmations spécifiques en font un outil très complet et très satisfaisant pour un ingénieur en développement. Pour exemple : 1 stagiaire (1ère année École Ingénieur Informatique) ayant des bases en PHP, a été capable de créer ses templates après 1 jour de présentation et 3 jours d'apprentissage.
Contributions
Fiche logiciel à valider
  • Création ou MAJ importante : 14/10/12
  • Correction mineure : 15/10/12
  • Rédacteur de la fiche : Jean-Philippe Magué - Pôle de Diffusion des Savoirs - Atelier des Humanités Numériques (ENS de Lyon)
  • Responsable thématique : Maud Ingarao (Institut d'Histoire de la Pensée Classique - ENS Lyon)
Pour aller plus loin
Fiche en recherche de relecteurs
Cette fiche est en recherche de relecteurs. Si vous êtes intéressé(e)s, contactez-nous !

eSciDoc : système de gestion de ressources numériques

Ce logiciel est en cours d'évaluation par la communauté PLUME. Si vous utilisez ce logiciel en production dans notre communauté, merci de déposer un commentaire.
Description
Fonctionnalités générales

Projet commun à la Max Planck Gesellschaft et au FIZ Karlsruhe, eSciDoc se présente comme un environnement de e-recherche. Construit autour de l'entrepôt de données Fedora Commons, eSciDoc expose un certain nombre de services offrant aux chercheurs, bibliothécaires, etc, la possibilité de développer des applications pour gérer, manipuler et publier leurs données.

Autres fonctionnalités

eSciDoc est présenté comme ayant une architecture orientée service structurée en trois couches : l'infrastructure eSciDoc, les services communs, et les solutions (ou applications) eSciDoc. En fait, la couche la plus externe, les solutions eSciDoc, sont des applications entièrement fonctionnelles, très spécifiques, construites à partir de l'infrastructure et des services communs. Le développement d'une nouvelle application basée sur eSciDoc s'appuiera donc, de la même manière, sur ces deux couches internes.

Les solutions eSciDoc disponibles sont :

- PubMan, une application de gestion de publications ;

- Faces, une application pour la gestion d'une corpus de portraits illustrant différentes expressions faciales ;

- Sengbusch Collection, une application qui regroupe l'ensemble des publications du Professeur Dr. Reinhold von Sengbusch, biologiste et ancien directeur du Max Planck Institut für Kulturpflanzenzüchtung ;

- VIRR, un environnement collaboratif pour la gestion d'un corpus sur la législation dans le Saint Empire Romain.

L'infrastructure eSciDoc regroupe les fonctionnalités les plus génériques :

- organisation des données et des métadonnées,

- accès aux données,

- gestion des versions,

- authentification et autorisations,

- statistiques…

Les services communs sont des fonctionnalités plus haut niveau : fournisseur de données OAI-PMH, gestion de listes d'autorités, extraction de métadonnée techniques, gestion d'identifiants uniques, recherche, export, ...

Interopérabilité

L'infrastructure eSciDoc comme les services communs sont implémentés sous forme de services web, chaque service ayant une interface SOAP et une interface REST. eSciDoc peut donc s'intégrer facilement dans n'importe quel environnement logiciel. De plus, il existe un client Java, lui-même construit sur ces services web, permettant d'interagir avec eSciDoc avec des classes représentant les objets manipulés par eSciDoc

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Nous avons testé eSciDoc comme infrastructure commune à plusieurs projets de corpus numériques.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

eSciDoc est une plateforme complexe, relativement lourde à mettre en place. Chaque service web a son propre schéma XML pour décrire les données à échanger avec lui. Il semble que la multiplication des schémas rende compliqué les développements utilisant directement les services web. Néanmoins, utilisant le client Java, nous n'avons pas été exposé à cette complexité.

Environnement du logiciel
Plates-formes

JBOSS sous Linux/Unix.

Logiciels connexes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement
Eléments de pérennité

Une page du site d'eSciDoc est consacrée à la pérennité du projet. La Max Planck Gesellschaft et le FIZ Karlsruhe reconnaissent tous deux le caractère stratégique d'eSciDoc pour leur développement et ont signé un accord de coopération pour la poursuite du développement du logiciel.

Environnement utilisateur
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 18/09/12
  • Correction mineure : 18/09/12
  • Auteur de la fiche : Dominique Caron (Laboratoire de Physique Charles Coulomb Montpellier)
  • Responsable thématique : Anne Durand (CLEO)

AIGLe : système Collaboratif d'Information et de Gestion de Laboratoire

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : 4.3.3-1 - Juillet 2012
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : validé (au sens PLUME)
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Dominique CARON, Laboratoire Charles Coulomb Université Montpellier II
  • Contact concepteur(s) : dominique.caron@univ-montp2.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : L2C, ERIC (Lyon 2), ICG (UM2), IBMM (UM1), MIO (Aix Mrs)

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : AIGLe
Fonctionnalités générales du logiciel

Système d'Information coopératif, AIGLe permet de gérer :

  • La production scientifique : dépôt/modification et récupération (automatique et/ou manuelle) depuis et vers HAL/TEL/CEL et vers arXiv/PubMed_Central (via HAL).
  • L'import de documents bibliographiques depuis EndNote, arXiv, PubMed et Web of Sciences (sous réserve d'abonnement).
  • Le repérage des notices bibliographiques dans un fichier csv exporté de l'OST (Observatoire des Sciences et des Techniques).
  • La réservation de salles.
  • La réservation de matériel.
  • L'organisation de congrès/séminaires.
  • La gestion de la bibliothèque.
  • La gestion de documents internes.
  • Les votes, enquêtes, sondages au sein du laboratoire.
  • Les absences du personnel.
  • Les informations sur le personnel (contrôle avec la base Labintel et/ou Harpège).
  • Les missions.

AIGLe est fourni avec un plugin SPIP générant des pages web à partir d'informations disponibles dans sa base de données (annuaire, trombinoscope, page perso, publications, bibliothèque, séminaires, colloques, congrès, etc ... ).

Le plugin est compatible avec le CMS Fastboil et peut également être utilisé sans CMS ou même, en utilisant des 'iframe', avec n'importe quel CMS.

AIGLe étant modulaire, il est possible de ne pas utiliser tous les services.

Autres fonctionnalités :

  • AIGLe est capable de récupérer seul et sans intervention manuelle, les publications du laboratoire déposées sur HAL, par les collaborateurs d'autres laboratoires.
  • Aide à détecter :
    • Les doublons HAL
    • Les noms des auteurs de son laboratoire mal orthographiés sur HAL
    • Les noms de revue mal orthographiés sur HAL
    • etc...

NB: il n'est pas très difficile de transformer AIGLe en mini-instance de HAL en ajoutant par exemple des métadonnées propres à son laboratoire dans les publications, ou même de nouveaux types de publications.

A noter également :

  • Authentification des utilisateurs via pwauth (unix), imap(s), ldap(s) ou depuis la base MySQL.
  • Ecrit en PHP et utilise une base de données MySQL.

Contexte d’utilisation du logiciel
  • Utilisation coutumière de quasiment tous les chercheurs et ita/iatos de mon laboratoire (L2C) pour : réservation de salle, de matériel, déclaration des absences, dépôt de publication, gestion des séminaires, déclaration des invités, recherche de livre dans la bibliothèque (plus de 3000 livres au L2C), annonce de congrès, workshop, utilisation du plugin SPIP pour notre site Web, etc, ...

  • Utilisation quotidienne par la documentaliste de mon laboratoire L2C : dépôt de publications, gestion de la bibliothèque.

  • Il est aussi utilisé quotidiennement à l'ICG, Institut Charles Gérhardt, principalement pour la gestion et le dépôt des publications.

The European Journal for the Informatics Professional

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 01/09/12
  • Correction mineure : 01/09/12
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The European Journal for the Informatics Professional

The European Journal for the Informatics Professional a publié le dernier volume de sa revue bi-mensuelle anglophone en décembre 2011.

Né en 2000 à partir de la collaboration initiale de ATI (Asociación de Técnicos de Informática, Espagne) et de SVI/FSI (Swiss Federation of Professional Informatics Societies), CEPIS UPGRADE a publié 60 numéros entre 2000 et 2011.

Le site de CEPIS UPGRADE : http://www.cepis.org/upgrade/index.jsp?p=2100&n=2103

Pour accéder à tous les numéros publiés : http://www.cepis.org/upgrade/index.jsp?p=2100&n=2103

Voici les numéros qui composent le volume 2011 : http://www.cepis.org/upgrade/index.jsp?p=2103&n=2701

  • No. 1 Internet of Things
  • No. 2 Engineering e-Learning Systems
  • No. 3 Business Intelligence
  • No. 4 Green ICT: Trends and Challenges
  • No. 5 Risk Management (Farewell Issue of CEPIS UPGRADE)

Entre autres, il y a aussi :

  • Volume: 2010, No.3 Emerging Information Technologies (I)
  • Volume: 2010, No.4 Emerging Information Technologies (II)
  • Volume: 2010, No. 5 The Informatics Profession in Europe: An Overview
  • Volume: 2009, No. III Free Software for Enterprises
  • Volume: 2009, No. V Experiences and Advances in Software Quality
  • Volume: 2008, No. I IT Governance
  • Volume: 2007, No. VI Free Software: Research and Development
  • ...

Bioinfo-fr, blog de bioinformaticiens francophones

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  • Création ou MAJ importante : 19/04/12
  • Correction mineure : 19/04/12
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Bioinfo-fr, blog de bioinformaticiens francophones

Bioinfo-fr.net est un site web, sous forme de blog, édité par et pour des bioinformaticiens francophones. L'objectif est de présenter cette discipline, et de "partager les connaissances". On y trouve ainsi une rubrique "Journal Club" (un focus sur quelques articles scientifiques), une rubrique "Formations" qui commence à répertorier les principales formations françaises en bioinformatique, et peut-être le plus précieux : la rubrique "Astuces" pour s'échanger les divers trucs et astuces (changement de format de fichiers, requêtes sql, etc ...)

Le ton général est très convivial : pas d'élistisme ici, on partage ce que l'on sait, et le style est alerte et plein d'humour, normal pour un "repaire des geekus biologicus" !

Le site est associé à une adresse IRC, qui constitue la "machine à café virtuelle" des bioinformaticiens francophones : retrouvez-les en direct sur http://webchat.freenode.net/?channels=bioinfo-fr.

Un excellent complément au thème "biologie" de PLUME !

 

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