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Christophe Caron (MIG INRA Jouy-en-Josas)
BioMaJ (Biologie Mise A Jour) est un moteur de workflows dédié à la synchronisation puis au traitement de données. L’application peut gérer une masse de données importante et des workflows de post-traitements relativement complexes: typiquement, l'indexation de banques de données peut constituer un post-traitement. Une des motivations de son développement a été la mise en place d'une démarche qualité pour la maintenance des données de séquence biologiques.
Initialement conçue pour traiter des données de biologie, BioMaJ est généraliste et peut être utilisée dans tout domaine ayant à gérer des données massives et distribuées, qui nécessitent des consolidations puis des traitements.
Elle peut également être utilisée simplement pour synchroniser les données entre un appareillage disposant d’un server ftp et un serveur central unix: l’avantage est alors une traçabilité complète des sessions réalisées. Enfin dans un autre registre BioMaJ peut être utilisé pour déployer des données sur une frontale de calcul en vue de leur traitement. Ce mode d'utilisation est maintenant facilité par son interface graphique (biomajwatcher), qui permet selon son groupe et ses droits :
L'application est disponible pour les principales distributions linux.
Un éventail important de fichiers de description de workflows pour la récupération et l'indexation de banques de données biologiques est disponible sur le site du projet (Genbank, PDB, EMBL, Swissprot, génomes complets, tant eucaryotes que procaryotes, ....). Des scripts d'indexation ou de conversion de format pour une dizaine d'outils bioinformatiques sont également mis à disposition.
la dernière version inclut des nouvelles interfaces pour :
* la consultation et l'administration (Bmajwatcher)
* la maintenance de banque privées visible par un utilisateur
* le déport automatique de calcul de post-processus via un système de queue
* la gestion des dépendances entre banques
* une interface permettant la planification des mises à jours de banques
* l'application supporte maintenant la connexion aux cloud Amazon et google
BioMAJ est compatible avec les OS de base UNIX disposant de java 1.6.x et ant 1.7.
BioMAJ n'est pas compatible avec les OS Microsoft car l'application utilise des liens symboliques ( sur des fichiers et des répertoires).
BioMaJ est déjà utilisée par trois plates-formes bioinformatique depuis 2007, ou il maintient environ une soixantaine de banques biologiques (genbank , embl, swissprot, genomes, pdb ...) occupant plusieurs Téraoctets.
En résumé BioMaJ permet de:
Vous pouvez consulter un rapport d'exécution en cliquant ici.
debian sid , ubuntu
Pas d'équivalent incorporant l'ensemble des fonctionnalités.
BioMAJ est le fruit d'une collaboration entre des membres issus de 3 équipes de recherche françaises :
L’application est utilisée sur trois plates-formes bioinformatiques françaises (INRA, INRIA, CNRS) pour assurer la maintenance des principales banques de données biologiques mises à disposition par la communauté scientifique internationale.
L'objectif de la fiche plume est de promouvoir l'utilisation de BioMAJ et éventuellement de mutualiser les workflows de maintenances de sources de données pour les banques de données publiques (en biologie ou autres disciplines: chimie , physique, spatial, ...).
Les besoins de contribution sont :
Si vous voulez contribuer, vous pouvez contacter les membres du projet à l'adresse mail : biomaj_AT_genouest.org