Free-D : reconstitution 3D et analyse des structures biologiques

Fiche PLUME
  • Statut de la fiche : Logiciel : MAJ Terminée
  • Création ou MAJ importante : 05/11/2012
  • Correction mineure : 24/11/2013
  • Auteur : Nicolas Darcel - AgroParisTech dept. Sciences de la Vie et Santé (AgroParisTech, INRA)
  • Responsable thématique : Christelle Dantec (CRBM)
Mots clés
Description
Fonctionnalités générales
  • Reconstitution tri-dimensionnelle statistique et exhaustive d'objets biologiques à partir de piles d'images (p.ex. coupes histologiques)
  • Calcul de densité de présence d'objets dans un territoire 3D
  • Représentations tri-dimensionnelles d'objets et de moyennes d'objets
  • Représentations tri-dimensionnelles et de cartes de densité d'objets dans un volume
  • 2D -> 3D
Autres fonctionnalités
  • Traitement des métadonnées
  • Segmentation et pointage
  • Comptage d'objet
Interopérabilité

Format des images : tiff ; le logiciel génère des descripteurs (métadonnées) donc ne modifie pas les images. il produit des fichiers ".txt" ainsi que des images des modèles (format .png).

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

L'utilisation principale de Free-D dans notre équipe est la reconstitution tri-dimensionnelle de régions du système nerveux central à partir des données obtenues par l'immunohistochimie. Le logiciel est aussi bien utilisé par des chercheurs que des ingénieurs, techniciens ou doctorants. Très simple d'utilisation, les fichiers d'aide sont bien documentés. Notre équipe de recherche travaille à produire une cartographie statistique et exhaustive des motifs d'activation dans le cerveau en réponse à des stimulations d'origine digestive. Facile à manipuler et intuitif, Free-D nous a permis d'établir des cartes d'activation neuronale précises à partir de données provenant de plusieurs animaux.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Des outils statistiques avancés intégrés sont manquants (notamment des tests statistiques d'objectivisation de recouvrement de territoires tri-dimentionnels)

Environnement du logiciel
Plates-formes

Linux (Debian, Ubuntu, Fedora, Suse),
Mac : Mac OSX 10.6
Windows

Logiciels connexes

des greffons pour gérer des piles d'image (voir sur le site web)

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

des plugins sous image J, mais ils restent moins performants

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Laboratoire de recherche INRA

Environnement utilisateur
Documentation utilisateur

Sur le site web, simple et actualisée régulièrement

Contributions

S'adresser aux membres de l'équipe de recherche