JabRef : gestion de références bibliographiques et intégration des citations dans un traitement de texte

Très utile à l'étudiant et au chercheur, cet outil permet de collecter des références bibliographiques (par saisie manuelle ou par importation) et de pouvoir en extraire tout ou partie des références enregistrées à fin de citation ou de création de bibliographie. Il n'est plus nécessaire, alors, de mémoriser les règles d'écriture des références bibliographiques. Utilisant le format BibTeX, on retrouve dans JabRef les mêmes fonctionnalités que celles décrites par Alain Coulais dans son article sur le format BibTeX : http://www.projet-plume.org/fiche/bibtex mais JabRef offre d'autres fonctionnalités comme :

• Rechercher dans l'ensemble des données collectées avec la possibilité d'utiliser des opérateurs logiques (ET OU SAUF) ou des expressions régulières
• Mettre en place des regroupements des références selon des mots-clés ou selon d'autres champs facilitant ainsi la préparation de synthèses documentaires par exemple ou le parcours de la liste de références. Ces regroupements se matérialisent par une table des matières sur le coté gauche de l'écran
• Le document numérique peut être "attaché" à sa fiche bibliographique quel que soit son format (.doc, .pdf, .ps...)
• L'importation de références bibliographiques se fait selon différents formats disponibles (voir le paragraphe interopérabilité). Il est également possible de créer ses propres formats d'importation (dans ce cas il faut connaître un peu la programmation JAVA)
• L'exportation des références est réalisable dans différents formats : RDF, HTML, Docbook, BibTeXML, MODS, RTF, Refer/Endnote et OpenOffice.org et depuis la version 2.4.1 au format MySqL. Cela offre la possibilité de dialoguer avec d'autres outils bibliographiques comme Endnote ou Reference manager, des bases de données MySqL mais aussi d'utiliser différents traitements de texte comme Word Microsoft, Writer OpenOffice.org, LaTeX... La mise en oeuvre de format d'exports personnalisés est simple.
• Une version en ligne existe maintenant. Il est possible d'utiliser JabRef de cette manière à condition d'avoir la version "Java web Start" installée.

L'outil se personnalise :

• en ajoutant des champs qui ne sont pas des champs BibTeX (mais attention dans ce cas il faudra adapter tous les formats d'imports ou exports standards de manière à prendre en compte ces nouveaux champs). De nouveaux champs comme Patent, Standard, Electronic... ont été ajoutés dans les dernières versions de JabRef.
• en créant un vocabulaire contrôlé (par exemple pour les mots clés, ou pour les noms de revues)
• en modifiant l'interface : polices, couleurs, affichage par défaut de champs...
• en paramétrant l'ouverture d'applications externes (navigateur, traitement de texte, logiciel de lecture des fichiers pdf...)
• en créant des greffons, ce qui permet d'ajouter au logiciel des fonctions personnalisées. Un nouveau greffon (septembre 2008) permet d'utiliser Jabref avec Open Office pour insérer des citations et produire la liste des références en fin de document. Ce greffon permet de contourner la difficulté que présentait Open Office dans la création de styles bibliographiques.L'usage de la dernière version de ce greffon (v0.71) est très bien expliqué sur le site de lunatic.
• de nombreux autres greffons ont été réalisés et permettent aux développeurs qui le désirent d'ajouter différentes fonctionnalités comme de nouveaux accès à des bases de données (Science Direct est maintenant accessible), de nouveaux formats d'import, des "formateurs" pour améliorer la mise en forme des données exportées...

Les grandes bases de données comme Medline, Citeseer, IeeXplore, arXiv. JSTOR, Science-Direct.(depuis peu).. peuvent être interrogées via JabRef.

On peut partager un fichier bibliographique sur un réseau d'ordinateurs. Plusieurs utilisateurs peuvent ainsi gérer une base bibliographique commune. De nombreux correctifs à ce sujet ont été apportés.

Programmé en Java, JabRef peut tourner sur de nombreux systèmes d'exploitation

Les fichiers sont des fichiers au format BibTeX. Les informations bibliographiques sont donc en ASCII, modifiables par tout éditeur de texte disponible. Ce format est commun à bon nombre de logiciels bibliographiques. L'échange d'informations avec d'autres outils bibliographiques comme End-Note, Reference Manager, Biblioscape... s'effectue à l'aide des fonctions d'import ou d'export. Il est possible de développer ses propres formats d'imports ou d'exports mais la connaissance de la programmation JAVA est nécessaire.
En import, JabRef peut lire les formats RIS, BibTeXML, Biblioscape, Biomail, CSA, Copac, Inspec, ISI, JSTOR (tabulé), Refer/Endnote, Scifinder, Silverplatter, Medline... Un greffon permet aux développeurs d'intégrer plus facilement des formats d'import.

JabRef accompagne tous les travaux qui nécessitent l'usage des recherches documentaires et des travaux bibliographiques. Compte tenu de la simplicité d'installation et d'utilisation, de son interopérabilité, de la possibilité d'avoir une interface en différentes langues ( à ce jour anglais, français, allemand, italien, hollandais, norvégien, polonais, danois, turc, chinois simplifié), cet outil joue un rôle très important dans un laboratoire de recherche.
Les bibliographies constituées par chaque étudiant, chaque chercheur, peuvent être capitalisées, échangées, enrichies, retravaillées de multiples façons. En particulier la fonctionnalité de regroupement selon des mots clés ou autres champs prend tout son sens lorsque l'on travaille sur un corpus bibliographique sur une longue période avec différents chercheurs.
Enfin, JabRef est l'outil idéal pour gérer l'ensemble des documents numériques se trouvant sur le disque dur de l'utilisateur et transforme ainsi tout disque dur en bibliothèque numérique personnelle.

JabRef a été utilisé pour produire la bibliographie générale du rapport quadriennal demandé par notre tutelle (CNRS). Nous avons utilisé en mot-clés les catégories de documents selon les préconisations de l'AERES. Nous avons ensuite modifié notre export au format rtf (pour travailler avec le logiciel Word) en utilisant la possibilité de grouper les exports en fonction de chaque mot-clé.

Fonctionne aussi bien sur Macintosh que sur Windows ou Linux.

Nécessité d'avoir le logiciel Java installé version 1.5 ou plus pour la dernière version de JabRef

Logiciels Libres :
Bibus Bibliographic software
Zotero
Logiciel du commerce :
Endnote
RefManager
Des sites tiennent à jour la liste des différents logiciels personnels de gestion de références bibliographiques :
http://urfist.univ-lyon1.fr/logiciels_gestion_doc.... (Jean-Pierre Lardy)
http://www.burioni.it/forum/ors-bfs/text/wit-toc.html (F. Dell'Orso)
Le projet ECLORE permettra de fournir des clés de comparaison et d'évaluation de l'offre dans ce domaine.

La communauté autour de JabRef est très active. La documentation en ligne est maintenant accessible en trois langues : anglais, français, allemand.

http://sourceforge.net/mail/?group_id=92314

Des articles publiés par Stéphane Toulin du Réseau des Professionnels de l’Information Scientifique et Technique (ARPIST) :
http://doc.dr15.cnrs.fr/spip.php?article109
http://www.arpist.cnrs.fr/spip.php?article124

La documentation : http://jabref.sourceforge.net/documentation.php
La mise à disposition de ressources : http://jabref.sourceforge.net/resources.php
Le greffon Open Office : http://www.itk.ntnu.no/ansatte/Alver_Omholt_Morten...
Le wiki : http://jabref.wiki.sourceforge.net/

Pour utiliser le greffon Open Office. Il faut absolument modifier la feuille de style fournie de base. Celle-ci est adaptée à la version anglaise de Open Office. Il faut donc éditer (avec un éditeur de texte) la feuille de style et modifier les lignes 12 et 13 suivantes comme suit (respecter les majuscules en début de mot):
ReferenceParagraphFormat=Standard
ReferenceHeaderParagraphFormat=Titre 1

Différentes possibilités : aide à la traduction de la documentation, développement de formats d'import et de formats d'export et bien sûr pour ceux qui maitrisent Java développement de nouvelles fonctionnalités.