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THESIAS : génétique statistique : test d'association haplotypes - phénotype chez des individus non apparentés

Fiche PLUME
  • Création ou MAJ importante : 26/09/2011
  • Correction mineure : 26/09/2011
  • Auteur : Cécile Lecoeur - Génomique et Physiologie Moléculaire des Maladies Métaboliques (CNRS, Institut Pasteur, Univ Lille )
  • Responsable thématique : Emmanuel Courcelle (LIPM)
  • Relecteur 1 : Louisa Goumidi
  • Relecteur 2 : David-Alexandre Tregouet
Mots clés
Description
Fonctionnalités générales

Ce programme permet de tester l’association entre des haplotypes dérivés d'au maximum 20 polymorphismes (ou SNPs : Single Nucleotide Polymorphisms) et des variables qualitatives, quantitatives, polytomiques (au plus 5 modalités) et de survie chez des individus non apparentés. Pour des SNPs situés sur le chromosome X, seules les variables binaires et quantitatives peuvent être analysées. L'ajustement sur des covariables (au maximum 10) est également possible.
Il estime les fréquences haplotypiques et leurs effets sur le phénotype étudié.
Il permet également de tester :

  • si l'effet d'un SNP dépend de son environnement haploytpique,
  • l'hypothèse d'additivité faite par défaut,
  • l'interaction entre l'haplotype et des covariables.

Les génotypes manquants peuvent être inférés sur la base du déséquilibre de liaison et des génotypes observés. Par défaut, les individus avec moins de n-2 génotypes manquant seront inclus dans l'analyse.
L'utilisateur peut également demander le calcul du déséquilibre de liaison (D' et r²).

Autres fonctionnalités

Pour chaque SNP, le programme estime les fréquences alléliques et teste l'hypothèse de l'équilibre de Hardy-Weinberg.

Interopérabilité

Le fichier d'entrée doit être au format texte avec un séparateur de champs espace, tabulation ou point virgule et avec un individu par ligne. L'ordre des colonnes n'a pas d'importance car l'utilisateur doit préciser la localisation des variables d'intérêt (phénotype, covariables, SNPs).
Le fichier de sortie est au format texte et html.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Au sein du laboratoire, les 2 utilisateurs sont des statisticiens. Toutefois, la documentation est claire et bien illustrée mettant ce logiciel à la portée des biologistes.
Nous l'utilisons dans le cadre d'étude de gènes candidats de susceptibilité à l'obésité et au diabète.
Ce logiciel est disponible dans le laboratoire depuis 2005. Nous l'avons surtout utilisé à la suite des études de liaison en génome entier. L'utilisation que nous en faisons actuellement est plus ponctuelle.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Linux (32 bits)
Windows
Environnement Java

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Logiciel développé au sein de l'unité INSERM U937 (anciennement U525).

Eléments de pérennité

David Trégouet, l'auteur du logiciel, assure que celui-ci demeurera toujours en accès libre et gratuit. Les sources C du logiciel peuvent être obtenues auprès de David Trégouët (david [dot] tregouet [at] upmc [dot] fr)

Références d'utilisateurs institutionnels
  • CNRS UMR8090
  • INSERM UMR744

Ci-dessous une liste non exhaustive de travaux pour lesquels Thesias a été utilisé :
1. Wootton PT, et al. Tagging-SNP haplotype analysis of the secretory PLA2IIa gene PLA2G2A shows strong association with serum levels of sPLA2IIa: results from the UDACS study. Hum Mol Genet. 2006;15:355-61.
2. Vaxillaire M, et al. Genetic Analysis of ADIPOR1 and ADIPOR2 Candidate Polymorphisms for Type 2 Diabetes in the Caucasian Population. Diabetes; 2006:856-61.
3. Tschritter O, et al. A new variant in the human Kv1.3 gene is associated with low insulin sensitivity and impaired glucose tolerance. J Clin Endocrinol Metab. 2006;91:654-8.
4. Rossi GP, et al. The T-786C endothelial nitric oxide synthase genotype predicts cardiovascular mortality in high risk patients. J Am Coll Cardiol; 2006.
5. Qi L, et al. Adiponectin genetic variability, plasma adiponectin, and cardiovascular risk in patients with type 2 diabetes. Diabetes. 2006;55:1512-6.
6. Qi L, et al. Genetic variation in IL6 gene and type 2 diabetes: Tagging-SNP haplotype analysis in large-scale case-control study and meta-analysis. Hum Mol Genet. 2006.
7. Perdu J, et al. Alpha1-antitrypsin gene polymorphisms are not associated with renal arterial fibromuscular dysplasia. J Hypertens. 2006;24:705-10.
8. Niemi M, et al. Effect of SLCO1B1 polymorphism on induction of CYP3A4 by rifampicin. Pharmacogenet Genomics. 2006;16:565-568.
9. Mineharu Y, et al. Association Analysis of Common Variants of ELN, NOS2A, APOE and ACE2 to Intracranial Aneurysm. Stroke. 2006.
10. Min JL, et al. Association of matrilin-3 polymorphisms with spinal disc degeneration and with osteoarthritis of the CMC1 joint of the hand. Ann Rheum Dis. 2006.
11. Inoue K, et al. Search on Chromosome 17 Centromere Reveals TNFRSF13B as a Susceptibility Gene for Intracranial Aneurysm. A Preliminary Study. Circulation. 2006.
12. Gonzalez A, et al. Specific haplotypes of the CALPAIN-5 gene are associated with polycystic ovary syndrome. Hum Reprod. 2006;21:943-51.
13. Meyre D, et al. Variants of ENPP1 are associated with childhood and adult obesity and increase the risk of glucose intolerance and type 2 diabetes. Nat Genet. 2005;37:863-7.
14. Serrano NC, et al. Endothelial NO synthase genotype and risk of preeclampsia: a multicenter case-control study. Hypertension. 2004;44:702-7.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Toute question ou problème peut être reporté à D. Trégouët (david [dot] tregouet [at] upmc [dot] fr)

Documentation utilisateur

 

URL source: https://www.projet-plume.org/fiche/thesias