GraMoFoNe : un plugin pour Cytoscape

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 21/04/10
  • Correction mineure : 21/04/10
  • Auteur de la fiche : Florian Sikora (LIGM)
  • Responsable thématique : Teresa Gomez-Diaz (LIGM)
Mots-clés
Fonctionnalités générales du logiciel

GraMoFoNe (Graph Motif For Networks) est un plugin pour le logiciel Cytoscape Fiche Plume. Cytoscape est une plateforme open-source pour la visualisation et l'analyse de réseaux biologiques qui autorise le développement de plugin pour enrichir ses fonctionnalités.

Notre plugin cherche une occurrence connexe d'un motif (ensemble ou multi-ensemble de protéines) donné par l'utilisateur, dans un réseau d'interaction protéine-protéine chargé dans Cytoscape (un grand nombre de formats est supporté). La similarité est mesurée par une analyse de séquence via blastp. Les protéines du motif ont différentes couleurs, les protéines du réseau sont colorés par les couleurs des protéines du motif avec lesquelles elles sont homologues.

Précisons qu'un nœud du réseau peut avoir 0, 1 ou plusieurs couleurs. GraMoFoNe autorise les délétions (des protéines qui étaient dans le motif mais qui sont absentes du résultat), et les insertions (des protéines dans le résultat qui étaient absentes du motif) des nœuds colorés ou non.

Contexte d’utilisation du logiciel

Implémentation pour un problème algorithmique connu dans un environnement largement utilisé par la communauté.

Publications liées au logiciel

Guillaume Blin, Florian Sikora, and Stéphane Vialette. GraMoFoNe: a Cytoscape plugin for querying motifs without topology in Protein-Protein Interactions networks. In, Hisham Al-Mubaid, editors, 2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BICoB'10). Honolulu, USA. 24-26 March 2010. pp. 38?43.International Society for Computers and their Applications (ISCA). Note: hal-00425661