masschroq : analyse et quantification de données issues de la spectrométrie de masse

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 01/09/11
  • Correction mineure : 03/10/11
  • Auteur de la fiche : Edlira Nano (PAPPSO)
  • Responsable thématique : Emmanuel Courcelle (LIPM)
Mots-clés
Fonctionnalités générales du logiciel

MassChroQ (Mass Chromatogram Quantification) est un logiciel libre pour l'analyse et la quantification des données issues de la spectrométrie de masse. Il est plus particulièrement adapté à l'analyse de données protéomiques issues de la chromatographie liquide - spectrométrie de masse (LC/MS), permettant d'effectuer l'alignement des temps chromatographiques, l'extraction des XIC et la détection des pics.

Il est totalement configurable, ce qui permet d'adapter son analyse à vos données, on peut ainsi analyser une liste de masses indiquées, la totalité des peptides identifiés avec ou sans marquage isotopique, avec ou sans pré-fractionnement, avec un choix de plusieurs filtres du signal, avec un choix entre deux méthodes d'alignements, deux méthodes de détection etc.

MasshChroQ est rapide (environ 5 minutes par Go de données analysées), peu gourmand en ressources (il n'utilise au plus que 400 Mo de RAM) et permet une analyse automatique d'un grand nombre d'échantillons d'un coup. De plus toutes les données qu'il utilise et produit sont sous des formats ouverts (xml, gnumeric, csv, ods).

MassChroQ prend en entrée un fichier de format XML appelé masschroqML, dans lequel l'utilisateur indique les fichiers à analyser ainsi que les différentes étapes et paramètres de l'analyse qu'il souhaite effectuer sur ceux-ci. Vous trouverez de l'aide pour générer ce fichier sur le site web du logiciel. Quant aux données issues de la LC-MS, MassChroQ peut lire les formats ouverts standards mzXML et mzML. Les peptides identifiés peuvent lui être fournis par des fichiers tabulés, ou alors si vous utilisez X!Tandem pour l'identification, ils seront directement générés dans le masschroqML avec la "X!Tandem pipeline" (http://pappso.inra.fr/bioinfo/xtandempipeline/).

MassChroQ est un logiciel libre et gratuitement téléchargeable sous licence GPL.

Contexte d’utilisation du logiciel

MassChroQ est utilisé dans des laboratoires de protéomique généralement pour quantifier les peptides identifiés dans un ensemble d'échantillons analysés par LC-MS (Chromatographie Liquide - Spectromètrie de Masse). Les fichiers .raw issus des spéctromètres de masse sont d'abord convertis en mzXML ou mzML avec un outil approprié. Les peptides sont identifiés avec l'outil d'identification de votre choix. Puis l'utilisateur écrit le fichier masschroqML contenant les informations relatives à l'analyse qu'il veut effectuer (le chemin des fichiers mzXML, le type de l'alignment désiré, etc.). Le mieux est de partir d'un fichier masschroqML pré-rempli et de l'adapter à ses données. C'est dans ce fichier que l'utilisateur précise les marquages isotopiques effectués, les fractions similaires etc. Pour plus d'informations, une documentation complète, une FAQ et des exemples se trouvent sur la page web du logiciel.

Publications liées au logiciel