documentation-IST

Logiciels (logiciels libres en majorité) ou ressources (liées aux logiciels) utiles aux professionnels de la documentation et de l'Information Scientifique et Technique (IST)
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 27/01/09
  • Correction mineure : 03/06/13
  • Rédacteur de la fiche : Rémy Dernat - IBMM (Université Montpellier, CNRS)
  • Relecteur(s) : Anne Durand (CLEO)
    Martine Chazelas (CERMA)
    Laure Endrizzi (veille scientifique et technologique - INRP Lyon)
  • Contributions importantes : Laure Endrizzi, INRP
  • Responsable thématique : Raphaël Tournoy (Centre pour la Communication Scientifique Directe)
Fiche archivée
Fin mai 2010 le logiciel n'est plus maintenu depuis plus de 2 ans, et d'après Laure Endrizzi les perspectives d'évolution sont faibles.
Mots-clés
Fiche en recherche de repreneur
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WIKINDX : gestion de publications ou de bibliographies collectives

Cette fiche n'est plus à jour. Elle a été archivée pour la raison exposée ci-contre.
Description
Fonctionnalités générales

WIKINDX se présente comme une plate-forme bibliographique « full web », permettant à plusieurs contributeurs de gérer un nombre illimité de notices dans une logique « wiki » : les utilisateurs peuvent ou non s’enregistrer librement sur la plate-forme pour contribuer selon le paramétrage choisi.
La principale valeur ajoutée de Wikindx, par rapport à des outils tels que JabRef, Bibus ou bien encore Zotero, réside clairement dans les fonctionnalités collaboratives proposées et dans les possibilités multiples d’annotations : ajout illimité de citations, paraphrases et commentaires à chaque notice.
La gestion des références bibliographiques, appelées « ressources », peut être appréhendée selon une logique d’ensemble et de sous-ensembles : l'ensemble des notices est en effet stocké dans une sorte de pot commun (« general bibliography »), indépendant de la personne ayant créé ces notices.
L'intérêt de Wikindx pour un utilisateur enregistré est double : contribuer à alimenter ce pot commun en saisissant de nouvelles notices ou en enrichissant les fiches existantes et créer sa propre bibliographie par sélection de ressources dans la base bibliographique générale.

Chaque fiche peut être associée à une « catégorie » qui représente un des grands thèmes de la base bibliographique (ex. enseignement supérieur). Au cours de la saisie / modification d'une notice, chaque utilisateur enregistré peut « ranger » ladite notice dans la catégorie appropriée. La notion de « catégorie » donne ainsi tout son sens à l'aspect collaboratif de l'outil, chaque contributeur pouvant nourrir cette sélection thématique.
En revanche, la notion de « bibliographie » est étroitement liée à l'utilisateur enregistré : il s'agit d'un sous-ensemble de fiches sélectionnées par un utilisateur, ces fiches restant par ailleurs disponibles dans la base bibliographique générale. Elles ne sont en quelque sorte que « copiées » ou « dupliquées » dans une bibliographie personnelle.
Cette bibliographie personnelle (intitulé libre) est consultable et téléchargeable par tous, mais seul l'auteur peut en modifier le contenu (ajout ou retrait de fiches). L'utilisateur qui retire une fiche de sa bibliographie personnelle ne porte pas atteinte à la base bibliographique générale : seul l'administrateur peut supprimer définitivement une ressource.

Autres fonctionnalités

Certaines fonctionnalités sont disponibles pour les visiteurs et les utilisateurs enregistrés :

Des options multiples pour la consultation des références :

  • tri, sélection, recherche simple, recherche avancée,
  • nuages pour auteurs, éditeurs, collections, catégories, mots clés, permettant d'identifier ceux qui sont les plus productifs
  • choix de naviguer dans une bibliographie particulière, sous-ensemble de la bibliographie générale
  • abonnement à un flux RSS véhiculant les dernières notices ajoutées ou modifiées

Des options d'affichage et d'export :

  • choix du style bibliographique parmi les plus courants : Chicago, MLA, APA, Harvard, Turabian, British Medical Journal et IEEE
  • choix de la langue de l'interface (anglais par défaut, mais d'autres "packages" partiellement disponibles, dont le français)
  • affichage de la popularité de telle ou telle référence (nombre de fois que cette référence a été "vue")
  • export d’une sélection de notices (RTF, HTML, RIS, EndNote, Bibtex)‏, avec ou sans résumés et annotations pour le format RTF

Certaines fonctionnalités sont réservées aux utilisateurs enregistrés ou aux administrateurs

Pour la gestion et l'enrichissement des notices :

  • saisie et modification de notices parmi 39 types de documents différents
  • usage du BBcode dans tous les champs texte
  • création de renvois entre les différentes notices (sorte de citation automatique interne)
  • ajout d'un nombre illimité d'annotations (publiques ou privées) à chaque notice : citations, paraphrases ou commentaires ("musings")
  • ajout d'un nombre illimité de documents attachés à chaque notice (fonction à activer)
  • notifications des ajouts ou modifications par courriel, avec une fonction « digest »
  • tri des références dans une liste de résultats (par titre, auteur, éditeur, date de publication, date de saisie)
  • traitement par lots à partir d'une liste de résultats ou d'un panier de sélection : pour attacher une nouvelle catégorie ou un nouveau un mot clé à un ensemble de ressources ou bien pour ajouter un ensemble de références à une bibliographie personnelle

Pour la gestion globale de la plate-forme :

  • possibilité de rajouter des champs personnalisés dans chaque masque de saisie (ex. la cote d'un ouvrage dans la bibliothèque de l'organisme)
  • module d'édition des styles bibliographiques (APA, MLA, etc.) incluant la création d'un style propre
  • paramétrage initial du degré d'ouverture : l'inscription est ouverte à tous les visiteurs ou bien nécessite une validation des administrateurs ; module de gestion simplifié des utilisateurs (incluant une gestion de groupes)
  • suppression de notices et importation massive de notices BibTex ou Endnote XML, réservées aux administrateurs
  • édition ou suppression des catégories, édition ou fusion des mots clés et des auteurs, réservées aux administrateurs

Voir aussi :

Interopérabilité

TeX, EndNote, XML : il est possible d'importer des données en provenance d'EndNote ou bien encore de données BibTeX, d'exporter en rtf, en ris, en EndNote tabulé/XML, en BibTeX, en HTML. Les exports sont accessibles à tous les utilisateurs, enregistrés ou non. Les imports limités BibTex à quelques notices sont accessibles aux utilisateurs enregistrés. Les autres modalités d’import sont réservées aux administrateurs.

Depuis la version 3.7, WIKINDX peut s'interfacer facilement avec divers CMS, utilisant les "replacement tags". Il existe un filtre pour Moodle ( http://www.projet-plume.org/fr/fiche/moodle ), MediaWiki ( http://www.projet-plume.org/fr/fiche/mediawiki ), DokuWiki ( http://www.projet-plume.org/fr/fiche/dokuwiki ) et phpWCMS par exemple.
Avec certains modules, il est possible d'importer depuis PubMed, HAL (voir Halwkx) : http://www.projet-plume.org/fiche_deva/wikindx-hal

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Plusieurs contextes d'utilisation peuvent être envisagés, et dans chacun d'eux WIKINDX s'avère un bon compromis entre des besoins individuels et une logique de mutualisation à l'échelle d'un service, d'un laboratoire ou dans le cadre d'un projet de recherche particulier.
- Pour une équipe de recherche : gestion des bibliographies de travail de l’équipe,
- Pour un service d’appui à la recherche : édition de bibliographies thématiques,
- Pour un service d'édition : normalisation des bibliographies des auteurs,
- Pour une bibliothèque, un centre de documentation : capitalisation dans le cadre d’un service de référence,...

  • Exemple 1 : IBMM

Sert de base de données des publications du laboratoire. Le développement de l'outil halwkx nous a permis de récupérer les données de HAL. Le site Web SPIP récupère les données de cette base pour afficher les publications de nos utilisateurs/auteurs.

  • Exemple 2 : veille scientifique et technologique de l'INRP

WIKINDX est utilisé à la fois :
- comme outil de travail par les membres du service : des références sélectionnées pour leur pertinence (« incontournables sur tel ou tel sujet… »), vérifiées (document identifiable et localisable), enrichies (résumé, lien hypertexte, indexation)‏ et annotées au fil de la lecture (ajout de citations et de commentaires)
- comme service bibliographique offert à tout public travaillant avec de la bibliographie sur des sujets ayant trait aux sciences de l'éducation : des références consultables, téléchargeables et re-exploitables par tous (fonction d'export)‏

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Limitations liées à la gestion globale du projet

Le projet est fragilisé du fait qu’il s’appuie sur une communauté restreinte. L’évolution de la plate-forme s’est en effet ralentie en 2008, avec la sortie d’une seule nouvelle version (3.8.2) en un an. Concrètement, cette fragilité se traduit par un manque de documentation fonctionnelle et une disponibilité aléatoire des interfaces dans des langues autres que l’anglais.

Basiquement le fait que l’application soit peu « documentée », génère des incertitudes quant à son utilisation. Les types de documents par exemple ne sont pas intuitivement intelligibles pour les utilisateurs, avertis ou non. Comment différencier par exemple « proceedings article » de « conference paper » ? En sachant que le format BibTex inclut le type « proceedings article », il peut être pertinent de privilégier ce type de document au détriment de « conference paper ».
Dans tous les cas, il est préférable de désactiver un maximum de types de documents, considérés à la marge des besoins des utilisateurs, pour garantir une meilleure homogénéité des données bibliographiques. La compatibilité avec BibTex peut constituer un des critères de sélection.

De même, la logique qui sous-tend l’élaboration de ces types de documents, d’inspiration anglo-saxonne, peut dérouter l’utilisateur francophone. A titre d’exemple, les noms des champs dans les masques de saisie sont ceux utilisés par le Dublin Core : les termes « metadata », « creator », « resource » doivent être bien compris pour utiliser le logiciel facilement. De la même façon les « degree level » et « thesis label » proposé dans le masque de saisie du type « thesis / dissertation », sont difficiles à exploiter pour un francophone.

Plusieurs versions linguistiques existent cependant (dont une version francophone), mais il peut être préférable de travailler avec la version originale pour mieux appréhender cette logique anglo-saxonne.

Limitations liées aux usages

WIKINDX requiert un minimum de discipline collective, en particulier pour limiter les incohérences liées aux trois points suivants :
- choix et usage des types de documents
- usage des listes d’autorité (auteurs, éditeurs, collections)‏ : risque de doublons
- indexation non contrôlée : risque d'inflation de mots clés et de redondance

Toute la difficulté réside dans certains arbitrages qui, idéalement, doivent intervenir assez tôt (conventions de saisie notamment) pour garantir une certaine cohérence des données bibliographiques, mais qui nécessitent quand même une expérience d’utilisation suffisante pour définir des « bonnes pratiques ». Aucun logiciel ne peut décider à la place des utilisateurs s’il convient de créer un éditeur « PUF » ou « Presses universitaires de France ».

Limitations liées aux fonctionnalités

L’introduction d’un nouveau mode de gestion des listes d’autorité (auteur, éditeur, collection, mots clés) dès la version 8, s’avère en définitive assez peu intuitive, obligeant à des manipulations complexes, en particulier pour gérer les doublons « éditeurs » et « collections » (utilisées à la fois pour les ouvrages, les revues, les conférences et les sites web). De même, la suppression d’un mot clé nécessite d’intervenir dans la base de données directement, alors que l’interface permet en revanche de fusionner deux mots clés. Il est donc là aussi important de réfléchir assez tôt aux modalités d’indexation. Globalement, les contrôles de saisie sont insuffisants pour préserver la cohérence des données.

Il n'est pas aisé de faire des imports en grand nombre (plus de 100). Selon le paramétrage d'installation de WIKINDX il faut scinder les fichiers d'import.
Certains champs, importants dans tels ou tels contextes d’utilisation, ne sont pas présents, mais peuvent être rajoutés : laboratoires, affiliations, équipe, etc.
Les mises à jour à chaque nouvelle version sont systématiquement répercutées sur le style de l’APA ; les autres styles bibliographiques sont inégalement opérationnels, mais peuvent être là encore retouchés assez facilement avec le module d’édition proposé.

Le traitement de texte intégré, malgré tout l’intérêt que représente la gestion dynamique des références dans un document rédigé, est nettement moins performant que n’importe quel outil de traitement de texte en ligne, et reste difficile à utiliser. Cette fonctionnalité devrait bénéficier d’une mise à jour importante dans les prochaines versions.

Il n’y pas de connexion avec un annuaire LDAP. Mais l’interconnexion avec des applications externes constituent là aussi une préoccupation forte depuis la version 3.7.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Linux, Apache, MySQL, PHP (LAMP) ou bien Windows Apache MySQL PHP (WAMP)

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Projet OpenSource, sur sourceforge.

Références d'utilisateurs institutionnels

ENS-LSH Lyon - http://ens-web3.ens-lsh.fr/wikitic/index.php
INRP : http://wikindx.inrp.fr/biblio_vst et http://wikindx.inrp.fr/biblio_encyclen/
Equipe "CRAC", Université Paris 8 : http://paragraphe.crac.free.fr/wikindx/index.php
Institut des Biomolécules Max Mousseron - IBMM - http://www.ibmm.univ-montp1.fr
Institut Charles Gerhardt de Montpellier - ICGM - http://www.icgm.fr/
Département Mathématiques Université Montpellier 2... http://ens.math.univ-montp2.fr/

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur

Peu de documentations à l'heure actuelle.
Une FAQ : http://wikindx.sourceforge.net/faq.html

Pour l'installation : http://wikindx.sourceforge.net/install.html

Divers (astuces, actualités, sécurité)

Description du processus de choix d'un CMS pour le projet PLUME

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 10/09/08
  • Correction mineure : 19/12/11
Mots-clés

Description du processus de choix d'un CMS pour le projet PLUME

Le projet PLUME a nécessité la mise en production d'un serveur Web de référence de fiches descriptives de logiciels.
Dans le cadre de ce projet, l'équipe en charge de sa réalisation a dû évaluer les différentes plateformes techniques qui seraient à même d'accueillir les fiches présentant les logiciels. Outre les besoins de CMS classique il y avait le besoin de traiter des documents avec de nombreux champs, une très bonne gestion de mots clés, des workflows faciles à mettre en place et des droits d'accès différents suivant le rôle des utilisateurs.
Le but de ce document est de décrire les différentes étapes et méthodes d'évaluation qui nous ont menés au choix du système de gestion de contenus finalement retenu. Il faut souligner que l'outil choisi, Drupal, correspond à des besoins spécifiques et il ne faut pas interpréter le choix comme générique.

Ont en particulier été étudiés : HAL, Drupal, e107, eZpublish, Jaws, Joomla, Lodel, MODx, MySource, SPIP, Textpattern, Tiki CMS, Typo3, Xaraya, Xoops.

Fichier attachéTaille
PLUME_Choix_Drupal_v04.pdf410.01 Ko
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 23/01/13
  • Correction mineure : 23/01/13
  • Rédacteur de la fiche : Pierre Couchet - LHSP-Archives Henri Poincaré (CNRS, Université de Lorraine)
  • Relecteur(s) : François Parmentier (INIST)
  • Contributions importantes : Patrick Kremer INIST-CNRS
  • Responsable thématique : Raphaël Tournoy (Centre pour la Communication Scientifique Directe)
Mots-clés
Fiche en recherche de repreneur
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DSpace : archivage institutionnel

Description
Fonctionnalités générales

DSpace est un logiciel libre qui permet la construction d'archives et de bibliothèques électroniques. DSpace est fréquemment utilisé par les Universités ou les Organismes de recherche pour stocker des collections d'articles, de thèses et de livres en accès libre ou restreint. Le logiciel peut aussi archiver des photos, des enregistrements sonores ou des vidéos.

DSpace est développé en 2002 à l'initiative du MIT et des laboratoires HP à Cambridge en Java/PostgreSQL. Duraspace, une société américaine à but non lucratif résultant de la fusion de la DSpace Foundation et de Fedora Commons, a repris les développements en 2009. Une communauté internationale d'utilisateurs et d'informaticiens contribue à l'évolution du logiciel.

Deux interfaces web sont disponibles : l'interface JSPUI qui utilise JSP et l'API de Servlet Java, et l'interface XMLUI basée sur Apache Cocoon et sur les standards XML et XSLT.

Autres fonctionnalités

Le logiciel permet de gérer des communautés et des sous-communautés d'utilisateurs, de gérer des collections de documents électroniques. Différents workflows de publication sont possibles, comprenant l'autoarchive. Les processus de dépôt sont définis pour chaque collection et les tâches sont assignées par des alertes mail. Les droits d'accès à une collection peuvent être limités à une communauté d'utilisateurs. Les embargos d'accès sont gérés automatiquement.

Les principales fonctions d'administration sont les suivantes :

  • identification des utilisateurs (Identification possible via la base, LDAP, Shibboleth ou par l'adresse IP)
  • gestion des droits des utilisateurs (utilisateur, déposant, administrateur de collection)
  • gestion des documents / items
  • gestion des collections / communautés
  • gestion des droits d'accès (accès réservé ou libre, embargo)
  • imports et exports par lot
  • moteur de recherche Solr
  • statistiques de consultation
  • exposition OAI-PMH des métadonnées
  • authentification via LDAP

Le système des handle peut être activé moyennant inscription auprès du CNRI, permettant à chaque chaque communauté/item/document d'être référencé de manière pérenne.

Interopérabilité

DSpace s'affirme compatible avec le modèle de référence OAIS pour l'archivage pérenne des données numériques. Des fonctionnalités permettant la vérification de l'intégrité des fichiers entreposés sont disponibles.

Les métadonnées de chaque document sont accessibles au format Dublin Core. Les métadonnées de l'archive sont exposées selon le protocole OAI-PMH (Open Archives Initiative Protocol for Metadata Harvesting) aux formats Dublin Core ou METS, et selon le format OpenURL COinS (une convention pour englober les métadonnées dans le HTML). Le formats d'échange des données et métadonnées OAI-ORE est également supporté.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

DSpace est utilisé à l'INIST dans 2 projets différents :

  • iRevues. DSpace sert de plateforme d'archivage à plus de 40 revues électroniques de tous domaines scientifiques, http://documents.irevues.inist.fr
  • LARA (Libre Accès aux RApports scientifiques et techniques), archive des rapports de différents organismes scientifiques français, http://lara.inist.fr/
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Le logiciel DSpace est un logiciel puissant relativement difficile à maîtriser, à mettre en œuvre et à maintenir. Différentes sociétés de service spécialisées et des développeurs freelance offrent leur services pour seconder les services informatiques.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Ce logiciel est développé dans un environnement Java (J2EE) et fonctionne sur toutes les plates-formes.

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Fedora Commons, ePrint, Invenio, ORI-OAI

Environnement de développement
Type de structure associée au développement
  • Communautés utilisateurs Dspace (Dspace User Group)
  • DuraSpace
Eléments de pérennité

Plus de 900 installations de DSpace ont été réalisées. La communauté DSpace est organisée selon un modèle voisin de celui de la fondation Apache. Elle repose sur une communauté d'utilisateurs. Les développements sont faits par différents contributeurs, et ajoutés à la distribution après contrôle par une équipe de valideurs.

Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur

Groupe de travail sur les SIGB libres

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 25/08/08
  • Correction mineure : 17/08/09
Mots-clés

Groupe de travail sur les SIGB libres

En 2005, les acteurs de la documentation de l'Université Lumière Lyon 2 ou proches de l'Université Lyon 2 (Service Commun de la Documentation, Bibliothèque de la Maison de l'Orient Méditerrannéen, Service d'Ingénierie Documentaire de l'Institut des Sciences de l'Homme, et Centre de documentation de l'Institut d'Etudes Politiques) ont initié un groupe de réflexion sur les SIGB libres. Ce groupe mène un travail de veille de réflexion et d'études sur les systèmes intégrés de gestion de bibliothèques libres.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 06/01/14
  • Correction mineure : 06/01/14
  • Rédacteur de la fiche : Dominique Caron - Concepteur principal du logiciel - Laboratoire Charles Coulomb (L2C) - Montpellier (CNRS, Université Montpellier II)
  • Relecteur(s) : Fabrice Boyrie (ICGM - service informatique)
    Rémy Dernat (ISEM)
  • Responsable thématique : Anne Durand (CLEO)
Pour aller plus loin

AIGLe : Système d'Information et de Gestion Collaboratif de Laboratoire

Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations : AIGLe
Description
Fonctionnalités générales

Logo AIGLe AIGLe est un Système d'Information Collaboratif destiné aux laboratoires de type UMR. Toute personne appartenant au laboratoire accède à l'application (en ligne) et y possède les droits qui lui sont propres et qui lui ont été attribués par l'administrateur.

L'application fournit de nombreux services :

  • Gestion de la production scientifique :
    • dépôt/modification et récupération (automatique et/ou manuelle) depuis et vers HAL (Hyper Archives en Ligne)/TEL/CEL et vers arXiv/PubMed_Central (via HAL).
    • import de documents bibliographiques depuis EndNote, arXiv, PubMed et Web of Sciences (sous réserve d'abonnement).
    • AIGLe est à ce jour l'unique application (libre ou propriétaire) exploitant toutes les
      fonctionnalités des webServices de HAL pour déposer / modifier / moissonner / importer / exposer l'ensemble de la production
      scientifique d'une structure de recherche.
  • Réservation de salles.
  • Réservation de matériel.
  • Organisation de congrès/séminaires.
  • Gestion de la bibliothèque.
  • Gestion de documents internes.
  • Les votes, enquêtes, sondages au sein du laboratoire.
  • Gestion des absences/missions.
  • Les informations sur le personnel (contrôle avec la base Labintel et/ou Harpège).
  • Génération de pages web (pages perso, liste des publications, annuaire, trombinoscope etc ...)

AIGLe est fourni avec un plugin. Ce plugin est compatible avec les CMS SPIP et Fastboil et  peut également être utilisé sans CMS ou même, en utilisant des 'iframe', avec n'importe quel CMS.

AIGLe étant modulaire, il est possible de ne pas utiliser tous les services.

Autres fonctionnalités

AIGLe est capable de récupérer sans intervention manuelle les publications du laboratoire déposées sur HAL par les collaborateurs d'autres laboratoires.

Il aide à détecter :

  • Les doublons HAL.
  • Les noms des auteurs de votre laboratoire mal orthographiés sur HAL.
  • Les noms de revues mal orthographiés sur HAL, etc ...

NB : il n'est pas très difficile de transformer AIGLe en mini-instance de HAL en ajoutant par exemple des métadonnées propres à votre laboratoire dans les publications, ou même de nouveaux types de publications.

L'authentification des utilisateurs peut se faire via pwauth (unix), imap(s), ldap(s) ou mysql.

Interopérabilité

Publications :

  • Import des notices biblio issues de EndNote ou de Wikindx (Fichier XML).
  • Import des fichiers XML issus de Labintel, permettant un contrôle du personnel.
  • Import de notices Biblio depuis : HAL (référentiel), arXiv, PubMed, Web of Sciences (sous réserve d'abonnement à WoS).
  • Export des notices Biblio au format RTF, Endnote Refer, HTML, etc ...
  • Repérage dans un fichier csv issu de l'OST (cette fonctionnalité n'est plus maintenue depuis la version 4.3.5).
  • Communication (via les webservices) avec HAL pour l'échange des informations sur les publications (AIGLe dispose de son propre Webservice permettant à HAL d'informer AIGLe des changements d'état des publications).

Gestion du personnel et de l'annuaire :

  • Possibilité de communiquer avec un serveur LDAP ou une base de données utilisateurs.
  • Possibilité de faire des vérifications à partir de HARPEGE ou de Labintel.
  • Exportation de liste d'informations au format PDF, excel ou csv.

Internet :

  • AIGLe comprend un plugin (SPIP, FastBoil, Iframe, noCMS) pour exposer les publications, l'annuaire, les pages web professionnelles des personnels, les séminaires, les colloques, les congrès,  etc... sur le serveur Web du laboratoire. Ce plugin peut-être configuré selon l'utilisation que l'on en veut. La version SPIP peut fonctionner avec ou sans le kit CNRS (recommandé).
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • Utilisation coutumière de quasiment tous les chercheurs et ita/iatos de mon laboratoire (L2C) pour : réservation de salle, de matériel, déclaration des absences, dépôt de publication, gestion des séminaires, déclaration des invités, recherche de livre dans la bibliothèque (plus de 3000 livres au L2C) , annonce de congrès, workshop, utilisation du plugin SPIP pour notre site Web etc...

  • Utilisation journalière de la documentaliste du laboratoire (dépôt de publications, gestion de la bibliothèque).

  • Il est utilisé quotidiennement à l'ICG, Institut Charles Gérhardt, principalement pour la gestion et le dépôt des publications.
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

La gestion de la structuration interne des grosses unités est assez rudimentaire. Même s'il permet d'annoncer des congrès (ainsi que le formulaire d'inscription et la liste des participants), ce n'est pas un véritable système de gestion des congrès (comme Indico par ex.). Le logiciel est assez modulaire mais reste une vraie "usine à gaz". Il n'est parfois pas évident de s'y retrouver, en particulier pour le public "non-informaticien" (la documentation, bien que volumineuse, n'est parfois pas très compréhensible).

Environnement du logiciel
Plates-formes
  • LAMP (testé sur des serveurs SL5, SL6, Ubuntu 10 , Mandriva 2010). Nécessite PHP > 5.1

  • Clients testés avec les navigateurs IE, Firefox, Opera.

Logiciels connexes
  • JabRef : Une version modifiée de Jabref (incluse dans le package) est utilisée pour exporter des listes bibliographiques.
  •  PHPExcel : AIGLE utilise la librairie PHPExcel pour exporter des listes de personnel au format Excel ou PDF.
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Développé au sein du laboratoire de Physique Charles Coulomb avec cvs, bug tracker, feature request, forum, etc, ... disponible sur sourceforge.
Participation des laboratoires IBMM (UM2-UM1), ICG(UM2), LCVN(UM2), ERIC(Lyon2), ....

Eléments de pérennité
  • Permet d'échapper au foisonnement des logiciels d'administration (libres et/ou propriétaires).
  • Aide pour la rédaction des rapports (LOLF, ANR, évaluation, carrières etc...).
  • L'université de Montpellier II a déployé une instance de AIGLe par unité de recherche.
  • OLGA, le successeur de AIGLe,  est en cours de développement. OLGA est l'une des applications du projet "GINA" (Gina Is Not Aigle/Gestion de l'Information Numérique Administrative).  La mise à jour de AIGLe vers OLGA est au cahier des charges. Bien évidemment la maintenance du logiciel AIGLe continue, notamment parce que HAL et donc son WebService évolue et que les utilisateurs continuent à faire des demandes (voir l'activité sur le forum). AIGLe est doté d'un système permettant à n'importe quelle instance d' alerter les développeurs lorsqu'une modification des webServices de HAL est détectée à l'occasion d'un dépôt de publication. La mise à jour de AIGLe peut se fait alors en quelques heures.
Références d'utilisateurs institutionnels

Utilisé par une dizaine de laboratoires des universités Montpellier I et II (L2C, IES, MMDN, LMGC, ICG, GM, I3M, etc...), par le ERIC (Lyon 2), 
par plusieurs laboratoires de l'université Aix/Marseille (MIO, CEREGE, IMBE, LATP ) etc ...

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Bug tracker, feature request , forum, etc, ... disponibles sur sourceforge.

Documentation utilisateur

http://aigle.sf.net
La documentation (utilisation et développement) entièrement rédigée en français est fournie avec le logiciel.

Divers (astuces, actualités, sécurité)
  • Tout le code est en PHP. Il est aisé de modifier certaines parties pour l'adapter à ses propres besoins. Ainsi, il est possible d'adapter AIGLe pour que ce dernier reconnaisse parfaitement votre schéma LDAP au travers du script UtilLdap.php du dossier admin et après avoir configuré correctement le module LDAP.

  • Pour la synchronisation nocturne des publications avec HAL, Il faut copier (éventuellement l'adapter à votre distribution) le fichier aiglesync dans votre répertoire /etc/cron.daily et recharger le démon crond.

Contributions
  • Usagers : rapportez les bugs (soit auprès du développeur principal (Dominique Caron) soit via le bugs tracker disponible sur http://aigle.sf.net).
  • Usagers: si vous utilisez et appréciez AIGLe, merci d'exposer son logo ( AIGLe logo )  pointant vers son site web (http://aigle.sf.net) sur le serveur Web de votre laboratoire.
  • Développeurs : de nombreuses choses restent encore à faire et à améliorer, si vous voulez participer au développement de AIGLe, inscrivez-vous sur SourceForge et faites un mail au développeur principal.
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 28/01/13
  • Correction mineure : 28/01/13
  • Rédacteur de la fiche : Pierre Couchet - Archives Henri Poincaré (CNRS, Université de Lorraine)
  • Relecteur(s) : Robert Bossy (MIG INRA Jouy-en-Josas)
    Frédéric Glorieux (École nationale des chartes)
  • Contributions importantes : Frédéric Glorieux
    Sébastien Carrère était le premier auteur de cette fiche, mais n'étant plus utilisateur de lucene il a accepté de passer la main en Décembre 2012
  • Responsable thématique : Emmanuel Courcelle (LIPM)
Mots-clés
Pour aller plus loin

lucene : moteur d'indexation et de recherche

Description
Fonctionnalités générales

Lucene est un moteur de recherche libre écrit en Java qui permet d'indexer et de rechercher du texte. Ce logiciel libre de la fondation Apache permet la recherche plein texte (avec des analyseurs linguistiques) et documentaire (avec des champs adaptés à chaque type de document). Ses fonctionnalités sont nativement accessibles en java, il existe des APIs pour d'autres langages, dont : PHP, Perl, Python, Ruby... Plusieurs portages ont été fait, officiellement (C, .NET), ou pas (C++, Perl...). Lucene incluait récemment différents sous-projets tels Lucene.Net, Mahout, Solr et Nutch. Solr a été récemment fusionné avec Lucene, alors que Mahout, Nutch, et Tika sont devenus des projets indépendants.

Lucene intéresse les développeurs d'applications des bibliothèques, des archives, du secteur de l'édition numérique, de la linguistique, de l'histoire, ainsi que les bio-informaticiens qui doivent manipuler des banques de séquences biologiques.

Autres fonctionnalités

Logiciel libre actif depuis plusieurs années, Lucene est extensible, tout en conservant une architecture simple et cohérente. On trouvera du code, de la documentation, ou des listes de diffusion, pour des concepts de la recherche plein texte généralement réservés aux spécialistes.
- Tri de pertinence selon différents algorithmes ;
- Listes de mots vides pour différentes langues ;
- Recherche floue adaptée à une langue, un type de documents ;
- Elargissement de requêtes par synonymes ;
- ...
Des projets comme Nutch ou Mahout illustrent comment exploiter différents formats de fichiers (bureautiques, pdf).

Interopérabilité

Le format des index est documenté, indépendant de l'implémentation qui les écrit et les lit. Par contre, le format d'index peut changer d'une version à l'autre, la compatibilité ascendante est toujours conservée.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Lucene se prête à l'exploitation de corpus structurés, aussi bien textes que données: par exemple (mais pas seulement) fichiers XML. Il peut être employé en application client (java : swing, eclipse...), ou web.

Au LIPM :
Lucene est utilisé pour analyser et indexer principalement des fichiers XML, contenant des données de biologie.
- Implémentation C++ (Clucene) et interface perl Lucene.pm.
- Une paire de scripts et un fichier de configuration permettent d'analyser les documents XML via des requêtes Xpath et de requêter et générer des formulaires de recherche automatiquement.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Les limitations de Lucene sont celles de ses utilisateurs (développement java, analyse documentaire, traitements linguistiques), ou celles de son modèle théorique : ni relationnel, ni hiérarchique. Ainsi, il peut souvent remplacer avec avantage une base de donnée relationnelles (SQL), du moins, tant que les relations sont surtout 1-n. Les requêtes de type numérique (tri, intervalles) ont été notablement améliorées ces deux dernières années. Pour des données fortement hiérarchisées (annuaires, thèses, inventaires d'archives), des simulations sont possibles, des outils comme LDAP, ou XQuery peuvent être plus commodes.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Ubuntu, Debian, redhat, ... lucene est également intégré à Eclipse

Plates-formes
Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
  • Authority/Verity (commercial)
  • SRS SRS est un logiciel commercial d'indexation et de recherche de données dans des banques de séquences biologiques. Lucene peut constituer une alternative libre à ce logiciel.
  • Ht://dig est un moteur d'indexation et de recherche utile pour un site web.
  • Zebra
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Communauté ouverte

Eléments de pérennité

Fondation Apache. Financements Google, Yahoo!, HP.

Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur

Apprentissage en ligne de SPIP

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 12/06/08
  • Correction mineure : 07/02/09
  • Fiches logiciel PLUME connexes : SPIP
Mots-clés

Apprentissage en ligne de SPIP

Apprendre SPIP par SPIP

Le gestionnaire de contenu SPIP est largement utilisé, en particulier au CNRS dans sa version « kit labo » adaptée à l'organisme. Les profils des utilisateurs (informaticiens ou non) et leurs compétences sont très variés.
Un cours d'apprentissage de SPIP en ligne est disponible, d'une conception modulaire, par métier et par niveau. Il permet à tout apprenant de construire un parcours pédagogique correspondant à ses compétences et à ses objectifs. Le découpage en courtes séquences associées à des objectifs d'apprentissage minimal tient compte des contraintes de formation sur le lieu de travail.
La description complète de la formation est disponible dans le document référencé en fin de page.
Les apprenants peuvent mettre immédiatement en pratique leurs acquisitions sur un site d'expérimentation spipTP mis à disposition pendant leur formation.
Cette formation est réservée aux membres de l'Enseignement et de la Recherche après inscription. Un tutorat est assuré. L'approche pédagogique utilisée, approche par projet, permet de garantir à l'apprenant une formation centrée sur ses besoins.

L'environnement numérique de travail

Ces modules ont été développés dans le cadre du projet @2L. La plateforme est gérée par le LMS Moodle, administrée par l'équipe PLUME et située au Centre de Calcul de l'IN2P3 à Villeurbanne : c'est un espace d'accès aux ressources et d'échanges entre les apprenants. L'accès est permanent quelque soit le lieu d'accès. Certains cours nécessitent une authentification.
Le portail @2L recense des offres de formation (modules, tutoriaux, documents) sur quelques logiciels ou systèmes libres (The Gimp, OpenOffice, Linux, PHP, ...).

Fichier attachéTaille
fiche_eformation_a2L.pdf128.4 Ko
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 20/02/13
  • Correction mineure : 02/03/13
  • Rédacteur de la fiche : Cécile Laube - UMR5206 - Triangle
  • Relecteur(s) : Pierre Vernus (Laboratoire de recherche historique Rhône-Alpes)
    Nemo Peeters (LIPM Toulouse)
  • Contributions importantes : Olivier Langella - UMR de GENETIQUE VEGETALE (INRA, CNRS, Université Paris Sud, AgroParisTech)
  • Responsable thématique : Raphaël Tournoy (Centre pour la Communication Scientifique Directe)
Mots-clés

Zotero : gestion, citation, partage de ses données bibliographiques

Description
Fonctionnalités générales

Zotero permet de récupérer, gérer, citer, partager des données bibliographiques très facilement.

Base de données :

L'alimentation des « collections » de références se fait très simplement directement à partir des sites web, à la volée. De nombreux sites sont compatibles : pubmed, amazon, nature, plos, Wos, JSTOR, sudoc, cairn, persée, … (http://www.zotero.org/translators).

L’alimentation peut également se faire par import ou par renseignement d’un identifiant–clé (ISBN pour les livres ou DOI pour les articles de revue), et bien-sûr par saisie directe.

Les types de documents référencés sont variés : article de revue, livre, thèse, etc.. mais aussi illustration (compatible pour la récupération à la volée depuis Flickr) ou page web (archivage des pages web à temps « t » avec possibilité d'annoter et de surligner le contenu de la capture).

Les références bibliographiques sont présentées dans une arborescence qui permet le classement dans des « collections » et « sous-collections ».

Chaque référence bibliographique dans Zotero peut contenir des URLs, des notes, des liens vers les fichiers PDF (possibilité de télécharger automatiquement les fichiers PDF). La base de données peut aussi stocker les fichiers PDF eux mêmes (ceux-ci sont indexés en plein-texte). Stockage en ligne gratuit jusqu’à 300 Mo.

Citation de ses références dans un traitement de texte, création de bibliographies

Création de listes bibliographiques formatées : les collections de références peuvent être formatées directement par Zotero dans des fichiers texte de type RTF, HTML ou copier dans le presse-papiers.

Zotero permet également l'insertion de références dans les logiciels de traitement de texte "Microsoft Word" ou "OpenOffice.org". Les références insérées sont numérotées et formatées avec le style bibliographique de son choix. La bibliographie étant dynamique, il est possibile de changer de style une fois le texte écrit. De même, la correction d’une entrée dans votre bibliothèque sera prise en compte et répercutée dans la citation.

De nombreux styles sont disponibles (http://www.zotero.org/styles), y compris des styles francophones et SHS (rechercher par exemple ceux dont le nom contient  "France" ou "French").

D'autres styles francophones sont par ailleurs présents sur d'autres sites web.

En France,  la plateforme "CSL France - styles pour Zotero" centralise les besoins d'écriture de styles francophones : http://www.boiteaoutils.info/p/csl-france-styles-pour-zotero.html

Nomadisme

Zotero (Zotero pour Firefox) stocke l'ensemble de ses réglages, des fichiers et la base de données dans un seul répertoire (par défaut dans le profil utilisateur de Firefox). Un point très intéressant est que l'on peut facilement placer ce répertoire où l'on veut, on peut le sauvegarder, le mettre sur une clé USB pour le transporter chez soi... très pratique.

La "sync" (apportée par la V2) permet également la sauvegarde de ses données sur un serveur distant (et le partage entre plusieurs utilisateurs d’une même bibliothèque), ainsi que les fichiers reliés (PDF, images, capture d'écran)

Possibilité de travail en monoposte

Zotero Standalone (V3) s'installe également en monoposte. Possibilité de synchronisation avec un serveur distant.

L'installation en monoposte permet d'écrire ses documents en toute indépendance de Firefox.

Autres fonctionnalités

Travail coopératif possible : possibilité de bibliothèque partagée entre plusieurs utilisateurs possédant des logins distincts

  • Bouton de localisation des ressources (recherche par défaut dans WorldCat mais possibilité de personnaliser)
  • Détection automatisée des doublons (depuis la V3)
  • Page CV (si ouverture de compte)
  • Stockage en ligne des fichiers reliés aux références (service payant au-delà de 300 Mo)
Interopérabilité

Zotero permet  d'importer les bibliographies dans les formats : Zotero RDF, MODS (Metadata Object Description Schema), BibTeX, RIS, Refer/BibIX, Unqualified Dublin Core RDF

et d'exporter dans les formats : Zotero RDF, MODS, Refer/BibIX, RIS, unqualified Dublin Core DRF, Wikipedia citations templates, BibTeX

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

J’utilise Zotero régulièrement, principalement en aide aux chercheurs et aux doctorants du laboratoire. J’utilise également Refworks (commercial).

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

L'importation des fichiers de bibliographie provenant d'autres logiciels peut parfois se révéler compliquée. Suivant le logiciel d'origine, sa version, l'export aux formats d'échanges (bibtex, reference manager, RIS) est plus ou moins bien faite (perte des données de certains champs (résumés, DOI…))

Peu d'index accessibles en mode "modification globale" : de façon générale, peu d'outils pour garder sa base "propre" (pas d'index titre de revue par exemple), si ce n'est la toute nouvelle fonctionnalité de détection des doublons (avec la version 3.0)

Tous les styles de bibliographie ne sont pas pris en charge ( http://www.zotero.org/styles), et modifier un style existant peut s'avérer compliqué (connaissances XML requises).

 

Environnement du logiciel
Plates-formes

Firefox 3.5+ for Windows, Mac, ou GNU/Linux.
Zotero n'est pas compatible avec les versions précédentes de Firefox.

Depuis la V3, Zotero est disponible sous deux configurations:

  • Zotero pour Firefox
  • Zotero Standalone ( Windows, Mac OS X et GNU/Linux). Pour la version Standalone, outre la connexion Firefox, des connecteurs pour Google Chrome et Safari sont également disponibles.

Plugins traitement de texte : non compatible avec Word 2010 Starter Edition. Pour  Mac en version Standalone, la configuration requise est Mac OS X 10.6 ou plus récent.

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement
Eléments de pérennité

Ce logiciel libre est soutenu financièrement et a du succès.

Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
  • Ipad/Iphone : il existe depuis la V3 une application mobile (payante) ZotPad,  pour un accès basique aux références de sa bibliothèque (application non testée)
  • SPIP :  le plugin ZotSpip permet de synchroniser un site web sous SPIP avec une bibliothèque (personnelle ou partagée) Zotero
  • Certains URFIST proposent des formations pour gérer ses références bibliographiques avec Zotero.
Contributions

Une page https://www.zotero.org/getinvolved/ recense les contributions possibles.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 27/07/10
  • Correction mineure : 06/12/12
Mots-clés

JabRef : gestion de références bibliographiques et intégration des citations dans un traitement de texte

Description
Fonctionnalités générales

Très utile à l'étudiant et au chercheur, cet outil permet de collecter des références bibliographiques (par saisie manuelle ou par importation) et de pouvoir en extraire tout ou partie des références enregistrées à fin de citation ou de création de bibliographie. Il n'est plus nécessaire, alors, de mémoriser les règles d'écriture des références bibliographiques. Utilisant le format BibTeX, on retrouve dans JabRef les mêmes fonctionnalités que celles décrites par Alain Coulais dans son article sur le format BibTeX : http://www.projet-plume.org/fiche/bibtex mais JabRef offre d'autres fonctionnalités comme :

  • Rechercher dans l'ensemble des données collectées avec la possibilité d'utiliser des opérateurs logiques (ET OU SAUF) ou des expressions régulières
  • Mettre en place des regroupements des références selon des mots-clés ou selon d'autres champs facilitant ainsi la préparation de synthèses documentaires par exemple ou le parcours de la liste de références. Ces regroupements se matérialisent par une table des matières sur le coté gauche de l'écran
  • Le document numérique peut être "attaché" à sa fiche bibliographique quel que soit son format (.doc, .pdf, .ps...)
  • L'importation de références bibliographiques se fait selon différents formats disponibles (voir le paragraphe interopérabilité). Il est également possible de créer ses propres formats d'importation (dans ce cas il faut connaître un peu la programmation JAVA)
  • L'exportation des références est réalisable dans différents formats : RDF, HTML, Docbook, BibTeXML, MODS, RTF, Refer/Endnote et OpenOffice.org et depuis la version 2.4.1 au format MySqL. Cela offre la possibilité de dialoguer avec d'autres outils bibliographiques comme Endnote ou Reference manager, des bases de données MySqL mais aussi d'utiliser différents traitements de texte comme Word Microsoft, Writer OpenOffice.org, LaTeX... La mise en oeuvre de format d'exports personnalisés est simple.
  • Une version en ligne existe maintenant. Il est possible d'utiliser JabRef de cette manière à condition d'avoir la version "Java web Start" installée.
Autres fonctionnalités

L'outil se personnalise :

  • en ajoutant des champs qui ne sont pas des champs BibTeX (mais attention dans ce cas il faudra adapter tous les formats d'imports ou exports standards de manière à prendre en compte ces nouveaux champs). De nouveaux champs comme Patent, Standard, Electronic... ont été ajoutés dans les dernières versions de JabRef.
  • en créant un vocabulaire contrôlé (par exemple pour les mots clés, ou pour les noms de revues)
  • en modifiant l'interface : polices, couleurs, affichage par défaut de champs...
  • en paramétrant l'ouverture d'applications externes (navigateur, traitement de texte, logiciel de lecture des fichiers pdf...)
  • en créant des greffons, ce qui permet d'ajouter au logiciel des fonctions personnalisées. Un nouveau greffon (septembre 2008) permet d'utiliser Jabref avec Open Office pour insérer des citations et produire la liste des références en fin de document. Ce greffon permet de contourner la difficulté que présentait Open Office dans la création de styles bibliographiques.L'usage de la dernière version de ce greffon (v0.71) est très bien expliqué sur le site de lunatic.
  • de nombreux autres greffons ont été réalisés et permettent aux développeurs qui le désirent d'ajouter différentes fonctionnalités comme de nouveaux accès à des bases de données (Science Direct est maintenant accessible), de nouveaux formats d'import, des "formateurs" pour améliorer la mise en forme des données exportées...

Les grandes bases de données comme Medline, Citeseer, IeeXplore, arXiv. JSTOR, Science-Direct.(depuis peu).. peuvent être interrogées via JabRef.

On peut partager un fichier bibliographique sur un réseau d'ordinateurs. Plusieurs utilisateurs peuvent ainsi gérer une base bibliographique commune. De nombreux correctifs à ce sujet ont été apportés.

Interopérabilité

Programmé en Java, JabRef peut tourner sur de nombreux systèmes d'exploitation

Les fichiers sont des fichiers au format BibTeX. Les informations bibliographiques sont donc en ASCII, modifiables par tout éditeur de texte disponible. Ce format est commun à bon nombre de logiciels bibliographiques. L'échange d'informations avec d'autres outils bibliographiques comme End-Note, Reference Manager, Biblioscape... s'effectue à l'aide des fonctions d'import ou d'export. Il est possible de développer ses propres formats d'imports ou d'exports mais la connaissance de la programmation JAVA est nécessaire.
En import, JabRef peut lire les formats RIS, BibTeXML, Biblioscape, Biomail, CSA, Copac, Inspec, ISI, JSTOR (tabulé), Refer/Endnote, Scifinder, Silverplatter, Medline... Un greffon permet aux développeurs d'intégrer plus facilement des formats d'import.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

JabRef accompagne tous les travaux qui nécessitent l'usage des recherches documentaires et des travaux bibliographiques. Compte tenu de la simplicité d'installation et d'utilisation, de son interopérabilité, de la possibilité d'avoir une interface en différentes langues ( à ce jour anglais, français, allemand, italien, hollandais, norvégien, polonais, danois, turc, chinois simplifié), cet outil joue un rôle très important dans un laboratoire de recherche.
Les bibliographies constituées par chaque étudiant, chaque chercheur, peuvent être capitalisées, échangées, enrichies, retravaillées de multiples façons. En particulier la fonctionnalité de regroupement selon des mots clés ou autres champs prend tout son sens lorsque l'on travaille sur un corpus bibliographique sur une longue période avec différents chercheurs.
Enfin, JabRef est l'outil idéal pour gérer l'ensemble des documents numériques se trouvant sur le disque dur de l'utilisateur et transforme ainsi tout disque dur en bibliothèque numérique personnelle.

JabRef a été utilisé pour produire la bibliographie générale du rapport quadriennal demandé par notre tutelle (CNRS). Nous avons utilisé en mot-clés les catégories de documents selon les préconisations de l'AERES. Nous avons ensuite modifié notre export au format rtf (pour travailler avec le logiciel Word) en utilisant la possibilité de grouper les exports en fonction de chaque mot-clé.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Fonctionne aussi bien sur Macintosh que sur Windows ou Linux.

Logiciels connexes

Nécessité d'avoir le logiciel Java installé version 1.5 ou plus pour la dernière version de JabRef

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Logiciels Libres :
Bibus Bibliographic software
Zotero
Logiciel du commerce :
Endnote
RefManager
Des sites tiennent à jour la liste des différents logiciels personnels de gestion de références bibliographiques :
http://urfist.univ-lyon1.fr/logiciels_gestion_doc.... (Jean-Pierre Lardy)
http://www.burioni.it/forum/ors-bfs/text/wit-toc.html (F. Dell'Orso)
Le projet ECLORE permettra de fournir des clés de comparaison et d'évaluation de l'offre dans ce domaine.

Environnement de développement
Eléments de pérennité

La communauté autour de JabRef est très active. La documentation en ligne est maintenant accessible en trois langues : anglais, français, allemand.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

http://sourceforge.net/mail/?group_id=92314

Des articles publiés par Stéphane Toulin du Réseau des Professionnels de l’Information Scientifique et Technique (ARPIST) :
http://doc.dr15.cnrs.fr/spip.php?article109
http://www.arpist.cnrs.fr/spip.php?article124

Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

Pour utiliser le greffon Open Office. Il faut absolument modifier la feuille de style fournie de base. Celle-ci est adaptée à la version anglaise de Open Office. Il faut donc éditer (avec un éditeur de texte) la feuille de style et modifier les lignes 12 et 13 suivantes comme suit (respecter les majuscules en début de mot):
ReferenceParagraphFormat=Standard
ReferenceHeaderParagraphFormat=Titre 1

Contributions

Différentes possibilités : aide à la traduction de la documentation, développement de formats d'import et de formats d'export et bien sûr pour ceux qui maitrisent Java développement de nouvelles fonctionnalités.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 11/02/10
  • Correction mineure : 20/02/13
  • Rédacteur de la fiche : Patrick Paumard - IBGC (Université Bordeaux, CNRS)
  • Relecteur(s) : Nemo Peeters (LIPM Toulouse)
  • Responsable thématique : Raphaël Tournoy (Centre pour la Communication Scientifique Directe)
Fiche archivée
L'auteur ainsi que le responsable thématique nous indiquent que ce logiciel tombe peu à peu en désuétude et qu'il n'évolue plus.
Mots-clés

Bibus : gestion de références et de données bibliographiques

Cette fiche n'est plus à jour. Elle a été archivée pour la raison exposée ci-contre.
Description
Fonctionnalités générales

Logiciel permettant de créer et gérer une base de données bibliographiques par interrogation de PubMed - http://www.pubmedcentral.nih.gov/. Les citations, stockées localement, peuvent être triées, éditées et partagées entre plusieurs utilisateurs. Le logiciel permet également d'insérer des citations dans un document rédigé avec Microsoft Word ou OpenOffice.org. Les citations sont formatées selon des préférences de styles adaptables à différents journaux scientifiques définies dans Bibus.

Autres fonctionnalités

Bibus contient un éditeur permettant de créer et de partager facilement de nouveaux styles de bibliographie.

Interopérabilité

Bibus peut importer des bases de données bibliographiques aux formats : txt, Medline, MedlineXML, Refer, Refer (EndNote), RIS, BibTex, ISI, EndNoteXML.
Bibus peut exporter des bases de données bibliographiques aux formats : Refer (EndNote), RIS, Medline, BibTex, SQlite et HTML.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Dans notre laboratoire nous utilisons, chaque fois que possible, des logiciels libres. Ainsi, le couple OpenOffice.org / Bibus fait merveille auprès des chercheurs, enseignants chercheurs et étudiants depuis 6 ans. Outre les fonctionnalités du logiciel, tout à fait comparables à celles d'autres grands logiciels payants, le fait de pouvoir le distribuer librement aux étudiants est un vrai plus.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Ce logiciel fonctionne parfaitement avec la distribution Gnu/Linux Ubuntu basée sur Debian avec la version d'OpenOffice.org fournie dans la distribution (il ne FONCTIONNE PAS avec la version téléchargée sur le site OpenOffice.org).
Il fonctionne également parfaitement bien sous Windows en conjonction avec OpenOffice.org ou MSWord (y compris la version 2007).

La version MacOS semble plus limitée et reste en développement.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Linux : Debian 5.0, Ubuntu 9.10, Fedora 12, OpenSuse 11.2, Mandriva and ArchLinux
Windows : 98/2000/XP (non testé avec seven)

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

EndNote - http://www.endnote.com/
Logiciels bibliographies référencés dans Plume - http://www.projet-plume.org/fonctionnalites-princi...

Environnement de développement
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/bibus...
Liste avec peu de trafic mais avec un retour d'information pertinent et rapide.

Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

Importer une base de données bibliographiques depuis un autre logiciel :
Depuis EndNote
Pour importer une base de données bibliographiques de Endnote vers Bibus il faut :

  • Dans Endnote: choisir le style "Export Refer" puis choisir "Exporter au format txt".
  • Dans Bibus: choisir "import Refer (Endnote)" prendre le code page cp1252 et normalement la base devrait être importée sans souci (seuls les liens internet vers pubMed sont perdus).

Depuis RefWorks :
Refworks - http://www.refworks.com/ est un logiciel de gestion de références en ligne. (payant).

  • Dans Refworks: choisir le style "Bibliographic Software (EndNote, Reference Manager, ProCite)" puis choisir "télécharger".
  • Dans Bibus : choisir "RIS".
Contributions

Afin d'enrichir le catalogue de styles bibliographiques disponibles pour Bibus vous pouvez enregistrer vos créations sur le site : http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php...

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