Dessin de molécules en 2D

• ChemSketch : logiciel Pro en licence académique
• bkchem
• chemtool

Visualisation de protéines

• Coot : le visualiseur du CCP4
• PyMol : visualiseur open-source très avancé (avec scripting)
• Chimera : visualisation protéines, petites molécules...

Éditeur / visualiseur de molécules en 3D

• Pymol : visualiseur open source pour les (bio-) molécules
• Avogadro : un des éditeurs 3D open-source les plus aboutis
• Gabedit : visualiseur de résultats de simulation DFT & ab-initio
• Jmol : à embarquer dans une page web
• Mercury : pour les structures cristalines
• Chimera : visualisation protéines, petites molécules...

Modélisation moléculaire (optimisation 3D,calculs ab-initio, DFT, ...)

• OpenBabel: boite à outils pour logiciels de chimie
• Molecular Modelling Toolkit : bibliothèque de simulation moléculaire
• HuLiS : méthode Hückel simple et mésomérie
• TONTO : boite à outils de chimie computationnelle
• pDynamo : modélisation moléculaire et simulation des protéines
• NWChem
• BigDFT : ondelettes et cartes graphiques
• MOPAC2009 : licence académique

Visualisation / Simulation spectroscopique (RMN, RPE, fluorescence ...)

• MassXpert: interprétation des données de spectrométrie de masse
• Gabedit : visualisation des propriétés spectroscopiques calculés ab-initio
• PyMca : analyse des spectres de fluorescence X

Visualisation scientifique (plot 2D / 3D):

• Qtiplot : tableur et traceur de graphes 2D et 3D
• VTK : The Visualization ToolKit, visualisation de gros volumes de données 2D ou 3D
• Grace : graphique 2D pour système X Window
• ParaView : visualisalisation interactive de gros volumes de données
• gnuplot : traceur de courbes 2D / 3D
• mayavi

Gestion de stock de produits chimique et gestion de laboratoire

• ChemAzTech : logiciel de type chimiothèque
• intranet IsM2 : gestion de stock et de commandes de produits chimiques
• Chimithèque : gestion de stock de produits chimiques
• ChemProducts : Gestion de stock de produits chimiques
• MyChem: manipulation de données chimiques dans MySQL

Cristallographie:

• Fox : résolution de structures cristallines sur poudre
• MoPro : analyse de la structure et densité électronique moléculaire
• SHELX : résolution et affinement de structures cristallographiques
• pyFAI : intégration azimuthale pour détecteurs 2D

Moteur de workflow d'analyse de données:

• Taverna : Conception de workflows et moteur d'exécution
• BioMAJ : moteur de workflows pour la synchronisation des données (en biologie notamment)
• EDNA : environnement pour réaliser des programmes d'analyses de données en ligne
• DAWB
• orange2
• vistrails

Tableaux périodiques

• Kalzium : pour l'environnement KDE sous linux
• GPeriodic : pour l'environnement Gnome sous linux