UNIX-like

Logiciels (logiciels libres en majorité) qui fonctionnent sur des systèmes dérivés d'Unix (Linux...) ou ressources (liées aux logiciels) spécifiquement pour ces systèmes
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 01/07/13
  • Correction mineure : 01/07/13
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Mots-clés principaux : LMS

Dokeos : plateforme e-learning

Description
Fonctionnalités générales

Dokeos est une plateforme de e-learning open source. Elle est employée par une communauté mondiale d'utilisateurs et de développeurs. Créée par le fondateur de Claroline, Dokeos a évolué vers une solution qui s'adapte mieux aux entreprises et propose des outils issus des nouvelles technologies.

Les formations sont organisées de manière à ce que l'apprenant soit le plus autonome possible avec un parcours pédagogique clair et des exercices interactifs. Les autres plateformes d'e-learning exigent le suivi d'un formateur et/ou d'un animateur et proposent, par conséquent, des informations détaillées sur les apprenants : elles sont davantage tournées vers les organismes de formation. Les nouvelles technologies sont quant à elles apportées par des outils de création de cartes heuristiques, de vidéoconférence, de podcasts, de "Serious Game" ou par le support des tablettes tactiles.
Les fonctionnalités proposées par Dokeos sont bien résumées sur ce schéma.

Enfin, cette plateforme est personnalisable, avec un environnement flexible, sur mesure. Sa prise en main est rapide et très intuitive. L'installation de Dokeos est aisée. Sa gestion est sobre, via une interface Web, et ses outils sont intuitifs.

Autres fonctionnalités

Avantages :

  • Simplicité d’utilisation.
  • Facilité et rapidité de prise en main.
  • Aucune formation préalable nécessaire.
  • Offre un parcours « clés en main ».
  • Idéale pour enrichir le présentiel.
Interopérabilité

Gestion du format Sharable Content Object Reference Model (SCORM).

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Dokeos a été mis en œuvre et est maintenu dans le cadre de SIGENAE (Système d'Information du programme AGENAE). AGENAE (Analyse du Génome des Animaux d’Élevage) est un programme national INRA qui a pour objectif de développer la recherche dans le domaine de la génomique des animaux d'élevage (porc, poulet, truite, bétail, lapin, mouton). La mise en place d'une plate-forme d'autoformation en ligne par SIGENAE permet de dématérialiser les formations proposées en salle. Ainsi, les stagiaires de nos formations en salle ont la possibilité, avant ou après le présentiel, de prendre connaissance ou de revoir le contenu de leur formation.

Le principal avantage de Dokeos est sa rapidité de prise en main, pour les apprenants, les formateurs ainsi que pour l'administrateur. Or l'utilisation intuitive est un des premiers critères dans le choix d'une plateforme d'e-learning. Cette plateforme est relativement simple à mettre en place. SIGENAE a installé Dokeos sur une machine virtuelle CentOS avec un noyau Linux. Les sources Dokeos ont été récupérées, une interface d'installation permet de vérifier les pré-requis serveur (librairies, extensions) et de paramétrer la base de données. Les accès sont limités avec une connexion au LDAP Genotoul.

Pour les outils de communication (mail), SIGENAE ne les a pas activés afin de ne pas créer de redondance avec les outils internes à l'INRA.

La version de Dokeos n'a pas encore été mise à jour, nous ne sommes pas passés à la deuxième version car nous avons modifié le code source fourni par Dokeos afin d'optimiser le parcours pédagogique : limitation du nombre de clics avant d'accéder aux ressources et harmonisation de l'ergonomie des formations. La mise à jour impliquera donc aussi une reprise du code qui n'est pas prévue pour le moment.

Toute personne ayant un accès au LDAP Genotoul peut accéder aux formations en ligne de la plateforme Genotoul : http://sig-learning.toulouse.inra.fr/

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • Problème de cloisonnement des espaces (cours, documents, communication...): ainsi, pour passer d'un espace à un autre, plusieurs étapes sont nécessaires. Afin de pallier à cette difficulté, SIGENAE a repensé la navigation et recodé l'interface pour la rendre plus fluide.
  • Le formateur peut dupliquer un cours mais seul l’administrateur peut importer des données ou des utilisateurs.
  • Mauvaise gestion du format SCORM : certains fichiers sont dégradés avec des problèmes d'affichage du format.
Environnement du logiciel
Plates-formes

Dokeos fonctionne dans les environnements Windows, Mac et Linux.

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Il existe une communauté Dokeos francophone et anglophone pour répondre aux questions liées à l'installation, l'administration et l'utilisation de la plateforme et des outils open source. La communauté s'organise essentiellement autour d'un forum. Des versions payantes de Dokeos sont proposées avec un support commercial.

Eléments de pérennité
  • Les sources de la version open source sont régulièrement mises à jour.
  • La communauté Dokeos a atteint 2,5 million d'utilisateurs en mai 2010. 4,6 millions d'utilisateurs en 2013. Une carte des utilisateurs (mise à jour en temps réel) est disponible sur : http://dokeos.com/fr/fr/community.php
  • Communauté Dokeos : 11646 portails - 424530 cours - 4645752 utilisateurs.
  • Des news sont publiées sur http://dokeos.com/fr/news?page=6
Références d'utilisateurs institutionnels

4,6 millions d'utilisateurs : http://dokeos.com/fr/fr/community.php
Plus spécifiquement, dans le monde de l'enseignement supérieur : http://dokeos.com/fr/node/774

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 10/06/13
  • Correction mineure : 10/06/13
Mots-clés

MIMO-802.11e : utilisation unifiée des normes MIMO et 802.11e

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : 1.0 - février 2013
  • Licence(s) : Licence propriétaire - Licence libre en cours d'étude.
  • Etat : diffusé en beta, en développement
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Hakim Badis
  • Contact concepteur(s) : badis @ univ-mlv.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIGM

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Ce logiciel est un code sous le simulateur NS-2 pour les réseaux MIMO-802.11e (Multiple In Multiple Out).

L'objectif est d'améliorer la capacité (bande passante) d'un réseau sans fil 802.11e en utilisant la technologie MIMO.

Contexte d’utilisation du logiciel

Utilisation de ce logiciel dans la recherche et l'enseignement.

Publications liées au logiciel

Abderrezak Rachedi, Hakim Badis, "MIMODog: How to solve the problem of Selfish Misbehavior Detection Mechanism in MANETs Using MIMO Technology", in the 8th International Wireless Communications & Mobile Computing Conference (IWCMC'2012), Limassol, CYPRUS, August 27-31, 2012.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 10/06/13
  • Correction mineure : 22/09/13
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Mots-clés principaux : corpus

R.TeMiS : création et analyse de corpus de textes sous R

Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations : R.TeMiS
Description
Fonctionnalités générales

R.TeMiS (R Text Mining Solution) est un environnement graphique de travail sous R permettant de créer, manipuler et analyser des corpus de textes, qu'ils soient constitués d'articles de presse, de réponses à une question ouverte, d'entretiens ou encore de textes issus de la Toile. Il prend actuellement en charge les méthodes d'Analyse de données textuelles, tout en facilitant l'importation de corpus depuis des sources informatisées (Factiva, Twitter).

R.TeMiS a été conçu pour limiter les effets de « boîte noire » liés à l'utilisation de certains logiciels propriétaires dédiés à l'analyse de textes peu flexibles et dont les techniques utilisées ne sont pas toujours documentées. Il vise ainsi à favoriser la réflexivité dans l’usage sociologique des données textuelles.

Fonctions actuellement prises en charge :

  • Importation du corpus :
    • Fichiers texte brut (.txt) stockés dans un dossier.
    • Fichier tableur de divers types (voir ci-dessous).
    • Fichier XML et HTML Factiva.
    • Recherche Twitter.
  • Construction du corpus (i.e ensemble de documents) :
    • Découpage des textes longs en documents (i.e ensemble de termes).
    • Suppression optionnelle des chiffres, des mots vides et de la ponctuation.
    • Extraction optionnelle des radicaux des mots (racinisation)
    • Sélection de documents à partir de termes ou de variables.
    • Choix ou exclusion de certains termes.
    • Recodage d'une variable temporelle.
  • Statistiques descriptives sur les variables associées aux documents :
    • Tri à plat et tri croisé.
    • Évolution temporelle du nombre de documents.
  • Statistiques lexicales :
    • Nombre de mots, diversité du vocabulaire, nombre de hapax, longueur des mots.
    • Table de dissimilarité du vocabulaire.
    • Fréquence de termes.
    • Termes les plus caractéristiques de modalités d'une variable.
    • Termes co-occurrents.
    • Évolution temporelle des occurrences d'un terme.
  • Analyse des correspondances (sur tableau lexical entier ou agrégé).
  • Classification ascendante hiérarchique (sur tableau lexical entier ou à partir des axes de l'analyse des correspondances).
  • Toutes les fonctions produisent des graphiques (exportables dans une variété de formats) et les résultats sont
    facilement exportables dans un rapport au format HTML.
Interopérabilité

Les corpus peuvent être importés sous forme de textes bruts (.txt) ou de fichiers de type tableur dans de nombreux formats : CSV (valeurs séparées par des virgules), TSV (valeurs séparées par des tabulations), Open Document (LibreOffice et OpenOffice), Microsoft Excel, dBase, SPSS, SAS, Minitab et STATA.

Les graphiques peuvent être exportés dans les formats (image ou vectoriels) les plus courants, dont le PNG, le SVG, le PostScript et le WMF. Tous les formats ne sont pas disponibles dans tous les OS.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Bien que récent, ce logiciel a déjà été utilisé par des chercheurs de l'INED dans le cadre de formations universitaires. Il sera bientôt utilisé pour des études d'entretiens et pour d'autres cours. Son intérêt est de proposer un équivalent à des fonctions offertes dans des logiciels propriétaires fort coûteux, ne fonctionnant que sous Windows, et n'étant pas installables sur les postes d'étudiants ou de chercheurs étrangers.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Ne couvre pas exactement la méthode utilisée par le logiciel de statistique textuelle (Alceste) : voir dans ce cas le logiciel libre Iramuteq.

Un terme identifié comme mot vide ne correspond pas toujours à un mot-outil.

Le logiciel permet de visualiser la racinisation effectuée, mais il serait souhaitable de pouvoir la modifier si nécessaire. Le logiciel ne permet actuellement pas de créer un dictionnaire/thésaurus personnel, et ne prend pas en charge la lexémisation.

Environnement du logiciel
Logiciels connexes
  • R : intégré à R, R.TeMiS génère du code R directement visible, qui est modifiable et peut éventuellement être étendu
  • R Commander : R.TeMiS est un greffon pour R Commander
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
  • Iramuteq (licence GPL) : interface de R pour le traitement de textes et de questionnaires
  • DtmVic (gratuit) : traitement des enquêtes comportant des questions ouvertes
  • TXM (composants modulaires open-source) : plateforme combinant des techniques d'analyse de grands corpus de textes
  • Alceste (propriétaire)
  • Lexico (propriétaire)
  • Spad (propriétaire)
  • SAS (propriétaire)
  • NVivo (propriétaire)
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Les deux auteurs sont respectivement doctorant au Laboratoire de sociologie quantitative (LSQ-CREST) et maître de conférences en sociologie à Sciences Po Grenoble.

Eléments de pérennité

Contrairement aux logiciels propriétaires d'analyse textuelle, R.TeMiS réutilise au maximum les fonctions statistiques générales déjà développées dans R et dans ses paquets (importation et traitement des corpus, graphiques, séries temporelles, analyse des correspondances, classification...). L'interface est en grande partie fournie par le paquet R Commander. R.TeMiS bénéficie donc du travail de très nombreux chercheurs maîtrisant très bien les techniques utilisées, et n'a pas de raison de disparaître tant que l'écosystème R fonctionne.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur

Tutoriel en français

On peut noter la pauvreté des documents et tutoriels et le fait que l'aide intégrée est en anglais, mais une forte intuitivité du logiciel.

Divers (astuces, actualités, sécurité)

Il est possible de traiter des corpus en langues étrangères. Mais tous les documents d'un corpus doivent être dans la même langue.

Contributions
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 06/06/13
  • Correction mineure : 24/06/13
  • Auteur de la fiche : Eric Hivon (IAP)
  • Responsable thématique : Dirk Hoffmann (Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM-IN2P3))

HEALPix : analyse de données, simulation et visualisation sur la sphère

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 3.11 - avril 2013
  • Licence(s) : GPL - GPLv2
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Eric Hivon; Martin Reinecke; Krzysztof M. Gorski; Anthony J. Banday; Benjamin D. Wandelt; Emmanuel Joliet; William O'Mullane; Cyrille Rosset; Andrea Zonca
  • Contact concepteur(s) : hivon at iap.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : APC, IAP, IRAP, Labo à l'étranger, MPA (Garching, Allemagne), Caltech (Pasadena, CA,Etats-Unis), TAC (Copenhague, Danemark), ESAC (Madrid, Espagne), JPL (Pasadena, CA, Etats-Unis), ESO (Garching, Allemagne)

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Le logiciel HEALPix met en œuvre la pixellisation de la sphère HEALPix (Hierarchical Equal Area iso-Latitude Pixelation ou pixellisation hiérarchique iso-latitude de surface égale). Initialement développés pour la simulation et l'analyse des observations du satellite européen Planck (dédié à l'étude du fond diffus cosmologique (ou CMB) dont les résultats ont été livrés en mars 2013), cette pixellisation et ce logiciel, sont devenus un standard dans l'analyse et la simulation de données sur la sphère, y compris le satellite WMAP de la NASA pour l'observation du CMB, et l'observatoire Pierre Auger (dédié à l'étude des rayons cosmiques de très haute énergie), et sont utilisés pour d'autres études astrophysiques et géologiques.

Spécificités de la pixellisation

A une résolution donnée, tous les pixels HEALPix ont la même surface, même si leur forme diffère légèrement. Le caractère hiérarchique de la pixellisation permet de passer à la résolution supérieure en divisant chaque pixel en 4 sous-pixels de même surface. Cette propriété permet d'effectuer efficacement et rapidement les opérations de dégradation ou d'amélioration en résolution.

L'arrangement en cercles de latitude constante des pixels permet un calcul extrêmement efficace des harmoniques sphériques réduisant le nombre d’opérations nécessaires pour une synthèse ou une analyse d'une carte de Npix pixels jusqu'au multipôle Lmax de Npix Lmax2 à Npix½ Lmax2.

Fonctionnalités du logiciel

Le logiciel HEALPix permet la représentation de données sur la sphère, et d'effectuer des analyses ou simulations de ces cartes en harmoniques sphériques (scalaires ou spinnées) ainsi que différents types d'analyses statistiques et de manipulations. Les entrées et sorties des données se font par des fichiers FITS. Sont par exemple possibles :

  • la génération de cartes aléatoires (gaussiennes ou pas) à partir d'un spectre de puissance angulaire,
  • le calcul du spectre de puissance angulaire (ou fonction de corrélation angulaire) d'une carte,
  • le filtrage spectral arbitraire d'une carte sur la sphère,
  • la pixellisation de la sphere et la manipulation des pixels jusqu'à des tailles de pixels de 0.4 milliarcsecond (ce qui équivaudrait à 3.5 1018 pixels sur la sphere),
  • l'application d'un filtre médian sur une carte,
  • l'identification des extrema locaux d'une carte,
  • la recherche de tous les pixels dans une région donnée (disque, triangle, polygone, ...),
  • la manipulation de masques binaires afin d'identifier les 'trous' pour les boucher, ou d'apodiser les masques,
  • la visualisation des cartes HEALPix, que ce soit sur tout le ciel (projections de Mollweide et orthographique) ou une partie du ciel (projections gnomonique et cartesienne),
  • la sortie des cartes produites au format Google Map/Google Sky et DomeMaster.

Les opérations les plus coûteuses (en particulier le calcul des Harmoniques Sphériques) ont été particulièrement optimisées et sont parallelisées pour les architectures à mémoire partagée (grace à OpenMP).

Contenu du logiciel

Le logiciel est disponible sous forme de codes sources en C, C++, Fortran90, IDL/GDL, java et python. Dans chacun de ces languages sont disponibles

  • une librairie d'outils (subroutines, fonctions, procédures, modules, classes, ... suivant les langages) couvrant l'ensemble des fonctionnalités décrites ci-dessus, ainsi que certaines tâches ancillaires (eg, lecture de fichiers de parametres),
  • un jeu d'applications "prêtes à servir" basées sur cette librairie et mettant chacune en oeuvre une des fonctionnalités majeures d'HEALPix (génération ou analyse de cartes, filtrages, changements de résolution, visualisation, ...). Ces applications ont généralement pour interface un dialogue interactif ou un simple fichier ASCII de parametres. Les codes sources de ces applications peuvent servir de point de départ aux développements spécifiques des utilisateurs,
  • une documentation en PDF et/ou HTML décrivant en détail l'interface de programmation, le fonctionnement et les limitations de chaque outil et de chaque application.

Enfin des outils (script interactif et Makefile) sont fournis pour prendre en charge et faciliter la compilation et l'installation d'une ou plusieurs des différentes librairies et applications, pour différentes combinaisons de materiels informatiques, systemes d'exploitations, compilateurs, ...

Developpements exterieurs

Deux types de développements exterieurs (définis comme ne faisant pas (encore) partie du logiciel HEALPix officiel décrit ci-dessus) peuvent etre distingués:

  • additions de nouvelles fonctionnalités: par exemple de nombreux outils d'analyses basés sur les fonctionnelles de Minkowski, les ondelettes (iSAP, MRS, S2LET, SphereLab) ou l'identification de structure (DisPerSE) developpés par d'autres équipes de recherche peuvent être appliqués à des données pixellisées avec HEALPix,
  • des traductions ou re-implementations d'une partie des fonctionnalités existantes: par exemple en Matlab/Octave (Mealpix) et Yorick (YHeal), voir liste (presque) complète.
Contexte d’utilisation du logiciel

Logiciel utilisé pour l'analyse des données du satellite Planck.

Format supporté par l'outil de visualisation Aladin pour la représentation de données astronomiques étendues sur le ciel.

Publications liées au logiciel

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 03/06/13
  • Correction mineure : 03/06/13
  • Auteur de la fiche : Anne Sentenac (Institut Fresnel)
  • Responsable thématique : Dirk Hoffmann (Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM-IN2P3))
Mots-clés

opticsbenchui : instrumentation sous Linux pour piloter et automatiser des expériences d'optique

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : 0.10 - 24/07/2012
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : diffusé en beta
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Ce logiciel a été sous-traité à un prestataire externe au CNRS.
  • Contact concepteur(s) : Voir l'auteur de la présente fiche
  • Laboratoire(s), service(s)... : Institut Fresnel, Prestataire externe

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : opticsbenchui
Fonctionnalités générales du logiciel

opticsbenchui permet de piloter et automatiser facilement des expériences d'optique utilisant du matériel commercial (périphériques de PC). L'application se présente sous une forme graphique (sous la forme de code source en C++, compilable sous Linux). Le matériel compatible avec cette application recouvre les quatre catégories principales suivantes:

  • Caméras ayant une connexion de type FireWire (compatible protocole IIDC), de type Ethernet (compatible protocole GiGeVision), de type CameraLink (de la marque Andor).
  • Actuateurs de la marque PI, Standa, NewPort, NewFocus, Micos, aux protocoles de communication RS232, USB, Ethernet.
  • Cartes d'acquisition de type compteurs, DAC et ADC.
  • Modulateurs spatiaux de lumière (SLM).

Chaque matériel peut être contrôlé individuellement à travers sa fenêtre de configuration spécifique (gestion des caméras, compteurs, moteurs), ce qui permet de faire les ajustements (individuels) manuels nécessaires aux expériences.
La phase d'automatisation (implémentation des 'scans') s'effectue dans le panneau d'acquisition dans laquelle l'utilisateur inscrit une succession de lignes de commandes simples adressées aux différents périphériques. Des combinaisons de commandes peuvent être implémentées en boucles. Les commandes possibles incluent des mouvements (moteurs), des prises d'instantanés (images caméra, masques SLM), des comptages de photons, des traitements de données intermédiaires (images de phase, d'amplitude, moyennes).

Le format de sauvegarde des données est le format open source HDF5, un format très répandu dans les milieux scientifiques. C'est un format compatible avec les plate-formes Windows/Linux. En particulier, les fichiers HDF5 sont directement exploitables par les logiciels commerciaux Matlab et Labview.

Contexte d’utilisation du logiciel

Le logiciel opticsbenchui dédié aux expériences sur banc optique sert à effectuer des scans de mesure d'un ensemble d'instruments hétérogènes. Le scan correspond généralement au mouvement d'un instrument de type moteur, tandis que la mesure correspond à la réponse d'un instrument de type senseur (caméra, photodiode, etc...). L'architecture du logiciel prend en compte l'existence de fonctionnalités à caractère indépendant et collaboratif (multithread). Chaque instrument doit pouvoir être manipulé de manière indépendante pour les besoins de l'expérimentateur. Mais il doit être également possible de coordonner les uns avec les autres dans une séquence donnée pour réaliser n'importe quel type de scan (phase d'automatisation).
Nous utilisons opticsbenchui sur deux expériences de banc optique comprenant des caméras (Kappa, PhotonFocus, Andor), un compteur de photons (carte NI PCI-6110), un SLM Holoeye, 3 moteurs piezo (PI E725), 2 moteurs à pas linéaires et rotateur (Standa uSMC2), 2 moteurs à pas linéaires (NewStep NewPort NSC200), un DAC-PCI Advantech pilotant un modulateur de phase.

L'application évolue dynamiquement en fonction des nouveaux besoins du laboratoire, en particulier lorsque nous faisons l'acquisition de nouveau matériel. L'avantage de opticsbenchui est que chaque nouvelle intégration est faite de la manière la plus large possible et donne lieu, à la création d'une nouvelle famille d'instruments.

Ce logiciel est recommandé pour les laboratoires d'optique qui cherchent une alternative à Labview sous Linux, et/ou qui manquent de compétences en programmation et automatisation d'expériences sur banc optique.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 28/05/13
  • Correction mineure : 28/05/13
Mots-clés

FreeNAS : stockage de données en réseau

Description
Fonctionnalités générales

FreeNAS est un système d'exploitation sous licence BSD basé sur FreeBSD qui offre une solution de stockage et de partage de fichiers.

Cet OS est une alternative à ceux qui souhaitent implémenter leur propre serveur de stockage sans avoir à recourir à une solution tierce et propriétaire.

FreeNAS peut être installé sur une Compact Flash, une clé USB ou un disque dur dédié. Le système d'exploitation prend peu d'espace disque (compter de l’ordre de 1 Go).

L'administration du système s'effectue principalement via une interface web.

FreeNAS offre la possibilité d'exploiter le système de fichiers ZFS permettant ainsi une gestion des volumes de grosse capacités.

Autres fonctionnalités

FreeNAS propose également les diverses fonctionnalités ci-dessous.

Niveaux RAID logiciel
  • 0, 1, 5, JBOD, 5+0, 5+1, 0+1, 1+0 (voir cette page pour la définition de ces niveaux de RAID)
  • RAID-Z (ZFS) : équivalent au RAID5, cette configuration est déconseillée car en cas de perte d'un disque vous risquez d'en perdre un autre au moment de la reconstruction du RAID. Si vous cherchez à fiabiliser vos données, ne partez pas sur cette configuration
  • RAID-Z2 (ZFS) : équivalent au RAID 6 double parité, perte de 2 disques max
  • RAID-Z3 (ZFS depuis la version 8.3) : triple parité, perte de 3 disques max
Support des disques
  • P-ATA/S-ATA, SCSI, iSCSI, USB et FireWire
  • Une des fonctionnalités de FreeNAS est de paramétrer des cibles iSCSI. iSCSI veut dire Internet SCSI, ce qui signifie que des machines clientes peuvent envoyer des commandes SCSI vers des serveurs de stockage distants comme FreeNAS. Les disques ainsi définis seront vus par la machine cliente comme des disques locaux
  • Supervision de l’état des disques S.M.A.R.T via le "daemon" smartd
ZFS
  • Système de fichiers 128 bits
  • Taille maximum du système de fichiers 16 Eio (16000 Po)
  • 248 fichiers / système de fichiers et 248 snapshots
  • ZFS s'auto répare : il est capable de détecter et réparer les erreurs. Dans un RAID, si une donnée est perdue, ZFS va la récupérer sur une autre branche du RAID et remettre la bonne valeur. Le tout est géré automatiquement en arrière plan par le système, aucune intervention humaine n'est nécessaire. Sur ce type de système de fichiers, il n'y a donc plus à effectuer de fsck au redémarrage des serveurs (bien pratique pour des gros volumes)
  • ZFS a une fonction de snapshots : pour réaliser un instantané de votre système de fichiers. Le snapshot ne contient que les modifications apportées, ce qui réduit considérablement l’espace de stockage utilisé par celui-ci
  • La compression à la volée d’une partition ZFS est possible, permettant de réduire l’espace disque mais aussi de réduire le nombre d’entrée/sortie, la compression étant appliquée sur les blocs et non au niveau des fichiers
  • La dé-duplication (à partir de ZFS v22 - disponible depuis FreeNAS 8.3) est également possible : elle consiste à identifier, dans les données, des séquences redondantes qu'il suffit ainsi de stocker une seule fois. Si vous activez la dé-duplication, la documentation recommande d'avoir 5Go de RAM / To de données
Partage des données
  • FreeNAS support les protocoles de partages NFS, CIFS et AFP
  • Les droits d'accès peuvent se faire soit en créant des utilisateurs/groupes locaux directement sur le serveur FreeNAS, ou bien via un annuaire sur le réseau de type OpenLDAP ou Active Directory
Divers
  • Administration du système via les protocoles SSH/HTTP/HTTPS
  • Fonctionnalité DynDNS permettant à l'utilisateur qui utilise une adresse IP dynamique de pouvoir accéder au NAS via un nom de domaine
  • Possibilité d'activer la fonctionnalité serveur FTP, TFTP
  • Possibilité de superviser l'état de votre onduleur
  • Exécution de tâches "crontab" via l'interface web
  • Exécution de tâches "rsync" via l'interface web pour la synchronisation d'espaces de fichiers entre serveurs
Supervision du système
  • SNMP
  • Graphes MRTG par heure/jour/semaine/mois/année (CPU, mémoire, activité réseau, nombre de processus, espace dispo. sur les volumes)
Sauvegarde du système

Possibilité de sauvegarder/restaurer la config. système (fichier de type *.db)

Interopérabilité

Pour connaître la compatibilité matérielle de FreeNAS, il faut se reporter à la compatibilité des matériels de FreeBSD. Par exemple, pour la version FreeNAS 8.3, on peut avoir les info. sur le site de FreeBSD : http://www.freebsd.org/releases/8.3R/hardware.html

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

FreeNAS est utilisé dans le cadre de la manipulation scientifique CADOR (Coordination and Data Analysis for Robotic Observatories). Le serveur FreeNAS héberge les images d'observations de 2 télescopes situés en France (plateau de Calerne) et au Chili (La Silla).
Nous utilisons actuellement sur le serveur FreeNAS environ 10 To de données utiles. La volumétrie totale offerte par le serveur est de 30 To. Le système de fichiers utilisé est ZFS. Les données sont exportées en NFS sur une dizaine de serveurs qui sont sous Linux.
Nous ne réalisons actuellement aucun snapshot et aucune compression sur le système de fichiers ZFS. La version de FreeNAS que nous utilisons est la 8.2 et n’implémente pas la dé-duplication.

Le serveur est un DELL PowerEdge R510 - 12 disques SATA de 3 To. ZFS étant gourmand en mémoire, nous avons donc opté pour un serveur doté de 24 Go RAM. Le RAID ZFS est de type logiciel (RAID-Z). L'authentification se fait via des comptes locaux hébergés sur le serveur FreeNAS.
L'OS FreeNAS est installé sur un disque dur en version 64 bits.

Pour le moment, les liens réseaux du serveur ne sont pas bondés : une interface Gigabit suffit pour les besoins en terme de transfert.
Les données du serveur sont synchronisées par rsync avec une machine située sur un site distant (utilisation d'un script personnel pour réaliser la synchronisation avec un rate-limit pour ne pas consommer toute la bande passante du site où est hébergé le serveur FreeNAS).

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Il est clairement recommandé d'utiliser FreeNAS/ZFS sur une architecture 64 bits. La version de FreeNAS 32 bits étant limitée à 4 Go de mémoire, il est fortement déconseillé de faire du ZFS avec un OS ne supportant que si peu de RAM. Dans le cas de l'utilisation de FreeNAS en 32 bits, nous vous recommandons de mettre en place UFS comme système de fichiers pour obtenir des performances optimales.

Environnement du logiciel
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
  • Sun/Oracle ZFS
  • OpenMediaVault (gratuit, licence GNU GPL v3)
  • Openfiler (gratuit, licence GNU GPL v2)
  • Baies NetApp
  • Baies EMC
Environnement de développement
Type de structure associée au développement
Références d'utilisateurs institutionnels
  • Utilisé dans le cadre de CADOR
  • Irstea, centre de Bordeaux
  • IGMM, CNRS
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur

La documentation officielle : http://doc.freenas.org/index.php/Main_Page

Divers (astuces, actualités, sécurité)
  • Quel que soit votre choix d'implémentation, retenez que votre media ne servira qu'à l’hébergement de votre OS et non à de la donnée. Le système de fichiers est monté par défaut en lecture seule : on peut le basculer en lecture/écriture temporairement pour des besoins spécifiques (génération d'une clé RSA/DSA ou install. d'un package pour des besoins particuliers, par exemples).

  • Il faut compter moins de 1 Go pour la taille de l'OS : l'installation est très rapide.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 06/05/13
  • Correction mineure : 06/05/13
Mots-clés

RestoVMFB_Lab : toolbox Matlab de restauration d'images par l'algorithme Explicite-Implicite à métrique variable

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 1.0 - avril 2013
  • Licence(s) : CeCILL-B
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, sans développement en cours
  • Concepteur(s) : Audrey Repetti (LIGM), Emilie Chouzenoux (LIGM)
  • Contact concepteur(s) : audrey.repetti @ univ-mlv.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIGM

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Cette boîte à outils Matlab permet de restaurer des images dégradées par un opérateur linéaire et un bruit gaussien dont la variance dépend linéairement de l'image. La méthode se base sur la minimisation d'un critère pénalisé composé d'un terme d'attache aux données non convexe correspondant à l'anti log-vraissemblance de la distribution de bruit, de l'indicatrice d'un convexe (permettant de contraindre la dynamique de l'image restaurée) et d'un terme de variation totale isotrope. L'algorithme utilisé est le VMFB (Explicite-Implicite à métrique variable ou Variable Metric Forward-Backward algorithm).

Contexte d’utilisation du logiciel

Restauration d'images.

Publications liées au logiciel

E. Chouzenoux, J.-C. Pesquet and A. Repetti. "Variable Metric Forward-Backward Algorithm for Minimizing the Sum of a Differentiable Function and a Convex Function" Submitted, 2013. Available online at http://www.optimization-online.org/DB_FILE/2013/01...

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 06/05/13
  • Correction mineure : 17/07/13
Mots-clés

LSMM : boîte à outils Matlab de recherche de pas pour la minimisation d'un critère à barrière logarithmique

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 1.0 - mars 2013
  • Licence(s) : CeCILL-B
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, sans développement en cours
  • Concepteur(s) : Emilie Chouzenoux (LIGM), Saïd Moussaoui (IRCCyN)
  • Contact concepteur(s) : emilie.chouzenoux @ univ-mlv.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : IRCCyN, LIGM

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Cette boîte à outils permet de déterminer le pas d'un algorithme de descente, dans le cas de la minimisation d'un critère contenant une barrière logarithmique associée à des contraintes linéaires. La méthode de Majoration-Minimisation (MM) est utilisée pour le calcul du pas. Cette méthode assure la convergence des algorithmes de descente standards (par exemple : gradient, Newton, quasi-Newton).

Contexte d’utilisation du logiciel

Optimisation sous contraintes linéaires.

Publications liées au logiciel
  • E. Chouzenoux, S. Moussaoui and J. Idier. "Majorize-Minimize Linesearch for Inversion Methods Involving Barrier Function Optimization." Inverse Problems, Vol. 28, No. 6, 2012.

  • E. Chouzenoux, S. Moussaoui and J. Idier. "Efficiency of Line Search Strategies in Interior Point Methods for Linearly Constrained Optimization." In Proceedings of the IEEE Workshop on Statistical Signal Processing (SSP 2011), pages 101-104, Nice, France, 28-30 juin 2011.

  • E. Chouzenoux, S. Moussaoui and J. Idier. "A Majorize-Minimize Line Search Algorithm for Barrier Function Optimization." In Proceedings of the 17th European Signal Processing Conference (EUSIPCO 2009), pages 1379-1383, Glasgow, UK, 24-28 août 2009. EURASIP Press.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 06/05/13
  • Correction mineure : 06/05/13
Mots-clés

phpTrombi : trombinoscope sur Intranet construit avec un annuaire LDAP

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : Déc 2008
  • Licence(s) : CeCILL-B
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : non maintenu, pas de développement en cours
  • Concepteur(s) : Emmanuel Delage
  • Contact concepteur(s) : delage@clermont.in2p3.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LPC Clermont

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Le logiciel phpTrombi s'adresse aux webmestres des laboratoires de l'IN2P3 désireux de mettre un trombinoscope sur leur Intranet.

Une page PHP de configuration permet au webmestre d'installer le trombinoscope et de télécharger les photos à partir des données présentes dans un annuaire LDAP.

phpTrombi permet la recherche par groupe (équipe/service) et une vignette d'information (groupes, bureau, téléphone) sur une personne apparaît au survol de son nom.

Malgré le développement au et pour l'IN2P3, le code peut être facilement adapté pour tout annuaire LDAP qui contient les informations nécessaires, et en particulier les photos. Toute l'extraction est faite via le protocole LDAP.

Contexte d’utilisation du logiciel

Le logiciel est installé sur les Intranet du LPC Clermont-Ferrand et du CPPM de Marseille.

Une portion de code est également utilisée dans une extension de l'application Gestion Bureaux.

Publications liées au logiciel

Une documentation minimale est contenue dans le fichier tar.gz proposé au téléchargement.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 30/04/13
  • Correction mineure : 30/04/13
Mots-clés
Pour aller plus loin

Mylyn : extension d'Eclipse pour le suivi des tâches de développement

Description
Fonctionnalités générales

La réalisation d’une application informatique nécessite une certaine méthodologie. Que cette application soit complexe ou non, qu’elle soit développée en équipe ou non, une méthodologie permet de gérer au mieux le « cycle de vie » de l'application. Nous en retenons usuellement les phases suivantes : spécification, analyse, conception, codage, tests, documentation, mise en production et maintenance.

Tout au long de ce cycle de vie, de nombreux outils sont à la disposition des acteurs de cette réalisation, en particulier les systèmes de gestion de projet, tels que Redmine ou IceScrum, ainsi que les systèmes de gestion de bogues et d’améliorations. Ils permettent respectivement la création ou la maintenance des logiciels en décrivant l'activité de développement associée sous forme de tâches. Nous les appellerons par la suite "référentiels des tâches". D'un autre côté, les développements se font avec un Environnement de Développement Intégré tel qu'Eclipse et un système de gestion de version tel qu'SVN.

Mylyn est une extension d'Eclipse appelée aussi connecteur permettant de contextualiser les tâches de développement avec le code et les fichiers sources concernés. Le code est ainsi mis directement en correspondance avec le référentiel des tâches. Par suite, le contexte est défini par l'ensemble des révisions du code. Lors des "commits", les différentes versions du code sont enregistrées dans le référentiel de versions avec les références de la tâche concernée par la révision lors des "commits".

Ainsi, il est aisé de suivre l'évolution de l'activité de développement au cours du temps en ayant un lien direct entre les tâches et la bonne version du code correspondant, ce qui évite de faire des allers retours entre l'environnement de développement Eclipse et le gestionnaire de tâches.

Nous retiendrons qu'une des originalités de Mylyn réside donc dans la notion de tâche. Pour Mylyn, une tâche ne correspond pas uniquement à la documentation du bogue ou de l'amélioration : il est possible de lui associer un contexte. Ce contexte permet de savoir rapidement quel est l'ensemble des fichiers sources concernés par cette tâche. Cette fonctionnalité peut s'avérer très utile dans une application complexe impliquant de nombreux collaborateurs et/ou comportant de très nombreux fichiers : le workbench d'Eclipse est alors totalement orienté vers la tâche que vous avez activée.

Autres fonctionnalités

Mylyn permet également de dialoguer avec des systèmes de revue de code comme Sonar, et d'intégration continue, comme Jenkins, dans Eclipse.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

J'utilise Mylyn personnellement pour les développements dans mon laboratoire : c'est un outil d'usage vraiment très agréable et très pratique pour maintenir et améliorer une application. Je le conseille sans aucune réserve à tous ceux qui utilisent Eclipse et qui souhaitent avoir un outil de traçabilité des travaux faits et à faire. Je n'ai par contre jamais utilisé d'outil de revue de code ou d'intégration continue.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Mylyn étant un plugin Eclipse et Eclipse étant disponible pour tous les OS majeurs, il en est de même pour Mylyn.

Plates-formes

Mylyn fonctionne uniquement avec Eclipse.

Logiciels connexes

Mylyn peut être utilisé en "local". Dans ce cas, les tâches créées sont uniquement visibles sur la machine utilisée par le développeur. Mais Mylyn est, la plupart du temps, utilisé avec un ou même plusieurs logiciels connexes de développement collaboratif. Il existe de nombreux systèmes de gestion de tâches et Mylyn utilise le concept de connecteur pour fonctionner avec ces systèmes. En voici une petite liste :

  • Bugzilla, intégré à Mylyn (pas d'installation de connecteur nécessaire)
  • Trac, intégré à Mylyn (pas d'installation de connecteur nécessaire)
  • Mantis
  • JIRA
  • Redmine
  • Générique (HTML template) 

Cette longue liste vous montre tous les connecteurs disponibles. Des connecteurs Gerrit et Hudson/Jenkins sont disponibles pour la revue de code et l'intégration continue respectivement.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement
Eléments de pérennité

La fondation Eclipse est active depuis 2001. Comme beaucoup de projets Eclipse, Mylyn est un plugin stable et maintenu. Il n'y a aucun doute quant à sa pérennité.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Vous trouverez ici des liens vers une liste de discussion et des supports open source et commerciaux.

Documentation utilisateur

Pour commencer, voici un lien intéressant.

La FAQ et le guide des utilisateurs donnent également beaucoup d'informations.

N'oubliez pas non plus de jeter un œil dans l'aide intégrée une fois le greffon installé dans Eclipse. Vous pouvez trouver cette aide également ici dans la rubrique "Mylyn Documentation".

Contributions
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