UNIX-like

Logiciels (logiciels libres en majorité) qui fonctionnent sur des systèmes dérivés d'Unix (Linux...) ou ressources (liées aux logiciels) spécifiquement pour ces systèmes
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 30/04/13
  • Correction mineure : 30/04/13
Mots-clés

OpenMOLE : conception et exécution de chaînes de traitement

Description
Fonctionnalités générales

OpenMOLE est un moteur de workflow conçu pour tirer parti d'environnements de calcul distribué pour des processus naturellement parallèles tels que les plans d'expériences, le traitement d'image, l'analyse de texte, ... Il permet d'embarquer de nombreux codes de calcul (java, scala, C, C++, python, ...) ainsi que des frameworks (Netlogo, Scilab, ...).

Autres fonctionnalités

OpenMOLE permet de créer rapidement des plans d'expérience complexes et d'implémenter des méthodes naturellement parallèles sur les modèles (optimisation, data processing, ...).

OpenMOLE permet de déléguer la charge de calcul des tâches composant un workflow de manière transparente dans le cloud (serveurs, clusters, infrastructure France Grilles, grille de calcul EGI, ...).

OpenMOLE dispose de deux interfaces :

  • Une interface graphique simple d'utilisation permettant de créer et gérer facilement et rapidement des chaînes de traitement parfois compliquées.
  • Le chargement d'un script en langage scala permettant d'automatiser le traitement d'une chaîne de traitement et de tester des nouveautés de la plate-forme.
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Nous l'utilisons pour explorer et calibrer des modèles numériques de simulation.

Une liste des projets scientifiques qui utilisent OpenMOLE est tenue à jour sur le site web. Les projets concernent différentes disciplines comme la biologie, la géographie ou encore les transports.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Le projet n'est pas encore en version stable (0.8 en cours), et le format de fichier n'est pas encore compatible d'une version à l'autre.

Environnement du logiciel
Plates-formes

OpenJDK 7, Java SE 7

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Les développements sont pilotés par l'Institut des Systèmes Complexes Paris Île-de-France. Les développeurs principaux sont Mathieu Leclaire (mathieu.leclaire’at’openmole.org) et Romain Reuillon (romain.reuillon’at’openmole.org).

Eléments de pérennité

OpenMOLE a déjà été éprouvé sur de nombreux projets de modélisation dans la communauté des Systèmes Complexes dans des domaines aussi variés que la biologie moléculaire, la génétique, les sciences sociales, la géographie quantitative, l'agro-alimentaire.

De plus, cette plate-forme sert de base pour l'expérimentation de nouveaux outils et méthodes pour l'exploration numérique.

Références d'utilisateurs institutionnels

OpenMOLE fait l'objet de publications disponibles sur le site.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Liste de diffusion pour les utilisateurs du logiciel (anglais)

Vous pouvez aussi consulter les tickets de demandes ou de bugs ainsi que la feuille de route du projet.

Documentation utilisateur

La documentation du logiciel est en ligne, incluant un résumé des concepts.

Des tutoriaux sont disponibles.

Divers (astuces, actualités, sécurité)

Le projet dispose d'un blog.

Contributions

Vous pouvez participer aux échanges de la liste de discussion spécifique aux développeurs.

La procédure pour obtenir et compiler les sources est expliquée sur cette page.

Vous pouvez aussi consulter les tickets de demandes ou de bugs ainsi que la feuille de route du projet.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 29/04/13
  • Correction mineure : 29/04/13
  • Auteur de la fiche : Jérôme Lelong (LJK)
  • Responsable thématique : Dirk Hoffmann (Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM-IN2P3))
Mots-clés

PNL : bibliothèque numérique pour le calcul scientifique en C

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 1.6.0 - 22 mars 2013
  • Licence(s) : LGPL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Jérôme Lelong
  • Contact concepteur(s) : jerome.lelong@imag.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : INRIA Paris-Rocquencourt, LJK

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Description

PNL est une bibliothèque C pour le calcul scientifique développée dans le même état d'esprit que des bibliothèques comme la GSL. PNL propose une grande variété de fonctionnalités mathématiques (plus de 600 fonctions au total) sur les thématiques suivantes

  • Nombres complexes (pour ceux ne disposant pas de l'extension C99)
  • Distribution de lois de probabilité
  • Transformée de Fourier rapide
  • Transformée de Laplace inverse
  • Algèbre linéaire pour les matrices pleines, tridiagonales et de type bande
  • Recherche de zéros multidimensionnels
  • Polynômes multivariés (régression, évaluation, dérivation)
  • Intégration numérique
  • Générateur de nombres aléatoires et Quasi Monte Carlo
  • Fonctions spéciales
  • Manipulations de tableaux multidimensionnels

Pour une description complète des fonctionnalités de la bibliothèque, nous renvoyons à sa documentation.

PNL est distribuée sous la licence LGPL, ce qui donne une grande liberté quant à la réutilisation et à la modification de son code ce qui n'est pas le cas de solutions comme Numerical Recipes par exemple.

Spécificités

PNL est conçue selon un schéma orienté objet inspiré de celui proposé par la bibliothèque Glib. L'ensemble des structures implémentées dans la bibliothèque dérive donc d'un même objet père. Cette organisation permet de proposer des structures de listes et de tableaux pouvant contenir des éléments de types différents comme cela existe dans numpy par exemple.

PNL est une bibliothèque thread-safe qui a été conçue pour être utilisée dans un environnement de programmation parallèle. A ce titre, elle propose un binding MPI permettant de manipuler via MPI les différents objets de la bibliothèque de manière transparente. Cette fonctionnalité est probablement ce qui différencie le plus PNL d'une bibliothèque comme la GSL, Numerical Recipes ou encore ROOT (pour sa partie mathématique uniquement). Si l'on fait abstraction des licences sous lesquelles ces bibliothèques sont distribuées, elles peuvent dans de nombreuses situations d'utilisation classiques (algèbre linéaire, intégration numérique, recherche de zéros, FFT, fonctions spéciales, ...) se substituer. D'autres thématiques semblent plus spécifiquement prises en charge par PNL comme l'inversion de transformée de Laplace, la régression polynomiale multi-variée.

La manipulation de matrices et de vecteurs est souvent un point délicat dans les codes C : PNL offre des fonctionnalités permettant de les manipuler dans une logique plus proche de celle de Matlab/Octave ou Numpy : mapping terme à terme, extraction de blocs à partir d'expressions booléennes, vues, tris, re-dimensionnement, ...

Pour de nombreuses fonctionnalités, PNL se base sur des bibliothèques Fortran du domaine public disponibles sur http://www.netlib.org comme AMOS, CEPHES, FFTPACK, MINPACK, QUADPACK ou BLAS et LAPACK.

La bibliothèque est accompagnée d'une documentation, rédigée en LaTeX et disponible aux formats PDF et HTML, décrivant l'ensemble des fonctionnalités de la bibliothèque. Ce manuel détaille également les conventions utilisées durant le développement de la bibliothèque.

Installation

Les différentes versions stables ou de développement de la bibliothèque sont disponibles sur gforge.

La compilation de la bibliothèque utilise CMake qui permet de compiler la bibliothèque sur les plateformes suivantes

  • GNU/Linux avec gcc et llvm
  • Mac OS X avec gcc et llvm
  • Windows avec mingw32 et Visual C++

PNL s'appuie sur les bibliothèques BLAS et LAPACK pour la partie algèbre linéaire. Si ces deux bibliothèques sont présentes sur la machine, elles seront utilisées par PNL (la détection s'effectue au moment de la compilation), sinon une version intégrée à la bibliothèque de BLAS et LAPACK sera utilisée.

Historique du projet

Le développement de la bibliothèque a démarré en 2007 sous la direction de Jérôme Lelong avec des contributions de Céline Labart, Ismail Laachir et David Pommier.

Pour un historique des différentes versions de la version actuelle, voir le site http://pnl.gforge.inria.fr

Contexte d’utilisation du logiciel

PNL est aujourd'hui utilisée comme brique de base pour le développement du logiciel PREMIA qui est un logiciel d'évaluation et de couverture de produits financiers développé conjointement par l'INRIA Paris Rocquencourt et l'Ecole des Ponts Paristech et soutenu par un consortium d'institutions financières.

Parallèlement à cette utilisation dans le contexte de PREMIA, la bibliothèque PNL a également été utilisée pour le développement de plusieurs méthodes numériques publiées dans des articles de recherche.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 24/04/13
  • Correction mineure : 03/06/13
Mots-clés

T-lex : annotation d'éléments transposables à partir de données de séquençage (NGS)

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : Version 2 - Juillet 2012
  • Licence(s) : GPL - la licence
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Anna-Sophie Fiston-Lavier, PhD
  • Contact concepteur(s) : afiston@stanford.edu
  • Laboratoire(s), service(s)... : Labo à l'étranger, School of Medicine of the Stanford University - equipe de D.Petrov

 

Fonctionnalités générales du logiciel

T-lex (version 2) est un paquetage pour l'annotation des éléments transposables (ET) via l'utilisation de données de séquençage nouvelle génération (NGS). Il comprend deux pipelines:

  • l'un pour détecter la présence/absence des ET annotés dans une séquence de référence ("présence/absence" pipeline).
  • l'autre pour détecter et annoter les nouveaux ET - absence d'une séquence de référence ("de novo" pipeline).

Les deux pipelines de T-lex recherchent les lectures ("reads") et paires de lectures ("paired-ends") partiellement alignées ("mappées") et "matchant" avec la séquence d'un ET.

T-lex2 permet également l'annotation des TSD ("Target Site Duplication"), trace le mécanisme de transposition et ainsi l’optimisation des annotations des insertions d’ET. Pour chaque ET annoté, T-lex2 détecte sa présence et/ou son absence dans un génome via l'analyse de données de re-séquençage. T-lex2 a aussi la capacité d'estimer la fréquence des ETs dans des populations pour plusieurs ET via l'utilisation de données de re-séquençage individuelles ou des données regroupées.

Pour plus d'information voir le doc: http://petrov.stanford.edu/cgi-bin/Tlex.html

Contexte d’utilisation du logiciel

Ce paquetage est utilisé dans un contexte de recherches menées sur la dynamique et l'impact des répétitions sur l'adaptation des génomes.
T-lex peut s'utiliser pour:

  • estimer le contenu en éléments transposables d'un génome non-assemblé.
  • annoter les éléments transposables absents de la séquence de référence mais présents dans un génome de la même espèce.
  • ré-annoter les éléments transposables déjà annotés dans la séquence de référence.
  • annoter, pour chaque élément transposable préalablement annoté, les TSD ("Target Site Duplication"), trace du mécanisme de transposition.
  • détecter la présence et/ou l'absence d'un élément transposable annoté dans un ou plusieurs génome(s).
  • estimer la fréquence d'un élément transposable dans une population en combinant les résultats de détection dans plusieurs génomes ou en utilisant des "pool" de données de séquençage d'une même population.
Publications liées au logiciel

Fiston-Lavier AS, Carrigan M, Petrov DA and Gonzalez J. T-LEX: A program for fast and accurate assessment of transposable element presence using next-generation sequencing data. Nuc. Acids. Res. 2011 Mar 1;39(6):e36. Epub 2010 Dec 21

T-lex a été cité dans:

Population genomics of transposable elements in Drosophila melanogaster
DA Petrov, AS Fiston-Lavier, M Lipatov… - Molecular biology and …, 2011 - SMBE

Evolution of Genome Content: Population Dynamics of Transposable Elements in Flies and Humans
J Gonzalez… - Methods in molecular biology (Clifton, NJ), 2012 - Springer

Sequencing of Pooled DNA Samples (Pool-Seq) Uncovers Complex Dynamics of Transposable Element Insertions in Drosophila melanogaster. R Kofler, AJ Betancourt… - PLoS Genetics, 2012 - dx.plos.org

Bioinformatics and genomic analysis of transposable elements in eukaryotic genomes.
M Janicki, R Rooke… - Chromosome Research, 2011 - Springer

Transposable Elements and Their Identification.
W Makałowski, A Pande, V Gotea… - Methods in molecular …, 2012 - Springer

Whole Genome Resequencing Reveals Natural Target Site Preferences of Transposable Elements in Drosophila melanogaster.
RS Linheiro… - PloS one, 2012 - dx.plos.org

Transposable Elements: From DNA Parasites to Architects of Metazoan Evolution.
O Piskurek… - Genes, 2012

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 23/04/13
  • Correction mineure : 19/11/14
  • Auteur de la fiche : Olivier Cots (IRIT (Institut de Recherche en Informatique de Toulouse))
  • Responsable thématique : Dirk Hoffmann (Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM-IN2P3))

Hampath : résolution de problèmes de contrôle optimal via les méthodes indirectes et homotopiques

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, MacOS X
  • Version actuelle : Juillet 2014
  • Licence(s) : Eclipse Public Licence
  • Etat : diffusé, stable, utilisé en interne, en développement
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Olivier Cots, INP-ENSEEIHT & IRIT
  • Contact concepteur(s) : olivier.cots@enseeiht.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : IMB, INRIA Sophia, Institut Maths Bourgogne, IRIT

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Hampath est un logiciel open-source, destiné à la résolution de problèmes de contrôle optimal, dans un cadre académique ou industriel. Il est facile d'utilisation dans le sens où l'interface est en Matlab et performant puisque les calculs se font en Fortran. Il permet de résoudre des problèmes de contrôle optimal lisses, ou de type Bang-Bang ou encore Bang-Singulier, sans contrainte sur l'état, grâce à des méthodes indirectes telles que le tir simple, multiple ou encore par continuation différentielle. Ce principe de continuation est spécifique à Hampath et permet d'étudier les solutions en fonction de paramètres du problème, qu'ils soient physiques ou introduits comme pénalisation. Les calculs laissés à l'utilisateur sont réduits au strict minimum puisque par exemple, le calcul des équations sur le vecteur adjoint est automatisé.

Contexte d’utilisation du logiciel

Ce logiciel est utilisé principalement à l'IRIT, Toulouse, à l'Université de Bourgogne, Dijon, à l'INRIA, Sophia Antipolis, ou encore à l'Université de Hawaii, Etats-Unis :

  • pour le calcul d'orbites optimales de satellite sur des transferts autour de la Terre, Terre-Lune, ...
  • pour l'étude de système contrôlé en mécanique quantique, intervenant en imagerie médicale par exemple.
  • pour l'étude de système hamiltonien. Par exemple, on peut étudier le flot géodésique de la métrique canonique sur l'ellipsoïde.
  • ...
Publications liées au logiciel

Les publications référencées sont accessibles aux adresses http://cots.perso.enseeiht.fr et http://hampath.org :

  • Olivier Cots, Contrôle optimal géométrique : méthodes homotopiques et applications, Thèse de Doctorat (2012).
  • J. Caillau, O. Cots and J.Gergaud, Differential pathfollowing for regular optimal control problems, Optimization Methods and Software, 27, no. 2 (2012), 177-196.
  • On recommande la lecture du manuel simple d'utilisation accessible à l'adresse http://hampath.org/downloads.html.
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 23/04/13
  • Correction mineure : 23/04/13
Mots-clés

massXpert : simulation de données de biochimie et de spectrométrie de masse

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 3.4.0 - 25 12 2012
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : diffusé, stable, utilisé en interne, en développement
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Filippo RUSCONI
  • Contact concepteur(s) : massxpert-maintainer@massxpert.org
  • Laboratoire(s), service(s)... : Régulations et dynamique des génomes

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Le logiciel massXpert permet la modélisation de chimies de polymère afin de s'en servir ensuite pour simuler des réactions de biochimie sur des polymères linéaires ainsi que de spectrométrie de masse.

Contexte d’utilisation du logiciel

Le logiciel massXpert est utilisé dans le cadre de la préparation d'expériences de chimie des biopolymères habituellement suivies d'expériences de spectrométrie de masse.

Publications liées au logiciel

Rusconi, F. (2009) massXpert 2 : a cross-platform software environment for polymer chemistry modelling and simulation/analysis of mass spectrometric data, Bioinformatics, 2009, 25:2741-2742, doi:10.1093/bioinformatics/btp504. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/2...

Rusconi, F Manuel de spectrométrie de masse à l'usage des biochimistes (02/2011) - Editions tec et Doc/LAVOISIER - ISBN 2743013419

Manuel d'utilisation (format pdf) : http://massxpert.org/wiki/Main/UserManual

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 22/04/13
  • Correction mineure : 22/04/13
  • Auteur de la fiche : Odile Bénassy (UFR Droit Université Paris Sud 11)
  • Responsable thématique : Dirk Hoffmann (Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM-IN2P3))
Mots-clés

Dossier M2 : téléchargement et traitement de dossiers de pré-inscription en Master 2

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : 2.0 - Avril 2012
  • Licence(s) : choix en cours, contacter l'auteur
  • Etat : utilisé en interne
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Odile Bénassy
  • Contact concepteur(s) : odile.benassy@u-psud.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : Univ Paris 11

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Accès en ligne au téléchargement

L'application "Dossier M2" permet aux étudiants de l'UFR de Droit-Économie-Gestion de l'Université Paris Sud de télécharger en ligne de un à trois dossier(s) d'inscription en Master 2, et aux personnels administratifs d'assurer et de suivre facilement le traitement de tous les dossiers.

Les dossiers téléchargés sont pré-remplis par le logiciel grâce aux indications fournies par l'étudiant sur le formulaire d'accès. Ils doivent ensuite être renvoyés par courrier postal, avec toutes les pièces justificatives.

traitement des dossiers

Parvenus dans les locaux de l'Université, les dossiers peuvent être facilement classés.

Une équipe de validation des dossiers les traite pour déterminer s'ils sont complets, et inscrit cette information sur une interface dédiée : l'interface de validation.

Les dossiers validés sont alors envoyés aux commissions de sélection et les secrétariats pédagogiques inscrivent les convocations et les résultats sur une interface dédiée : l'interface d'admission.

À chaque étape, le candidat reçoit un courrier électronique informatif. À tout moment, il/elle peut également se connecter sur une interface adaptée afin d'obtenir toute l'information disponible sur ses candidatures (l'authentification se fait à l'aide d'un mot de passe généré par le système).

Schéma du parcours d’un dossier

Schéma du parcours d'un dossier
Figure : diagramme d'état d'un dossier, réalisé dans le logiciel.

Points faibles

  • L’alimentation des données concernant les mentions et spécialités de Master se fait pour l’instant en ligne de commande.
  • Une interface de saisie serait souhaitable.
  • Alternativement, une importation directe depuis le système d'information de l'Université pourrait être envisagée.
Contexte d’utilisation du logiciel

Le logiciel "Dossier M2" comprend un site web public ainsi qu'une plate-forme de traitement d'accès réservé.

Il est utilisé à l'UFR de Droit-Économie-Gestion chaque année depuis 2006, et traite plus de dix mille dossiers par an.

Les personnels concernés se le sont approprié facilement.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 18/04/13
  • Correction mineure : 18/04/13
Mots-clés
Pour aller plus loin

DIET : intergiciel de type GridRPC

Description
Fonctionnalités générales

DIET (Distributed Interactive Engineering Toolbox) est un intergiciel de type GridRPC permettant l'appel de procédures distantes sur des plates-formes distribuées hétérogènes de manière transparente. Il intègre une gestion avancée de l'ordonnancement des tâches permettant de définir des politiques adaptées à chaque application distribuée ainsi qu'un gestionnaire de données qui peut interagir avec l'ordonnancement. L'API de DIET permet un développement rapide et efficace d'applications distribuées sans connaissance a priori de la plate-forme d'exécution, l'intergiciel se chargeant de déterminer quelles ressources sont les plus adaptées au moment de la soumission de la tâche.

Autres fonctionnalités

DIET intègre un moteur de workflows dynamiques et des interfaces pour l'utilisation de gestionnaires de batch ainsi que des plates-formes de cloud Amazon EC2, Eucalyptus ou Nimbus (fonctionnalités encore expérimentales). Il permet également de gérer la réplication des données distribuées sur les nœuds de calcul, de manière explicite (par l'utilisation de l'API) ou de manière implicite (réplications gérées par l'intergiciel lui-même).

Interopérabilité

DIET est utilisable sur la plupart des systèmes Unix (GNU/Linux, Mac OS X, AIX, ...) et sous Windows grâce à Cygwin. Sa compilation dépend de la disponibilité de l'ORB omniORB, de la bibliothèque Boost et des bibliothèques POSIX.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Au laboratoire MIS de l'UPJV, DIET est pour l'instant utilisé pour le portage d'applications scientifiques vers des plates-formes distribuées dans le cadre d'expérimentations et d'évaluations de politiques d'ordonnancement et de placement/réplication de données. Cependant, ces expérimentations visent à proposer des solutions viables pour l'utilisation en production de ces applications.
Plusieurs applications de bio-informatique dont l'outil de recherche d'alignements de séquences BLAST et des outils destinés à l'assemblage de génomes de novo ont été adaptés à l'utilisation de plates-formes distribuées grâce à DIET.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Dans l'état actuel, DIET reste assez complexe à configurer et à mettre en œuvre. Il nécessite par ailleurs des développements en C et C++ pour le portage des applications. Des APIs dans d'autres langages faciliteraient certainement une diffusion plus large. La documentation fournie est très complète mais manque d'un guide de démarrage rapide pour faciliter sa prise en main.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Fedora 17, Debian sid (unstable)

Plates-formes

Linux : toutes les distributions permettant l'utilisation d'omniORB et de Boost. Testé récemment sous Debian (sur processeurs x86, x86_64 et ARM), Fedora et Gentoo.

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Laboratoire de recherche et éditeur professionnel Sysfera (http://www.sysfera.fr/)
Plus de détails sur http://graal.ens-lyon.fr/DIET/project/project-team
DIET fait l'objet de publications scientifiques : http://graal.ens-lyon.fr/DIET/biblio/index.html

Eléments de pérennité

DIET est utilisé par plusieurs projets importants (Décrypthon, GridTLSE) et fait partie de l'offre de la société SysFera (http://www.sysfera.com)

Références d'utilisateurs institutionnels

Projet Décrypthon http://www.decrypthon.fr
GridTLSE http://gridtlse.org

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Listes DIET-users, DIET-dev - http://graal.ens-lyon.fr/DIET/project/mailing-lists
Peu de trafic mais une excellente réactivité.

Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

DIET permet d'utiliser assez facilement des ressources de calcul dont l'accès est limité à des connexions ssh. Les "Forwarders" DIET permettent de fédérer des ressources très diverses dont la connectivité réseau est très limitée, pas forcément symétrique ou nécessitant de passer par des serveurs intermédiaires. Les exemples de configurations données dans le manuel utilisateur permettent de comprendre et mettre en œuvre facilement cette fonctionnalité.

Roadmap : la version du dépôt GIT (et donc prochaine release) s'intéresse au support de fédération de Clouds ainsi qu'une version sécurisée de l'intergiciel.

Contributions

Un outil de déploiement (GoDIET) est disponible sur le site officiel.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 18/04/13
  • Correction mineure : 12/09/13
Mots-clés

Euclidean skeletons : méthodes pour la squelettisation euclidienne robuste en 2D et 3D

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : 1.0 - sept. 2010
  • Licence(s) : CeCILL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Michel Couprie
  • Contact concepteur(s) : coupriem @ esiee.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIGM

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Les squelettes sont l'objet d'un manque de stabilité par rapport au bruit. C'est pourquoi, dans les applications, le filtrage des squelettes est une nécessité. Ce logiciel implémente des méthodes récemment introduites permettant d'obtenir des squelettes euclidiens filtrés et robustes dans des espaces discrets à 2 et 3 dimensions.

Contexte d’utilisation du logiciel

Ce logiciel a été utilisé pour obtenir et valider les résultats publiés dans les articles mentionnés ci-dessous.

Publications liées au logiciel

[CCT10] J. Chaussard, M. Couprie and H. Talbot: "Robust skeletonization using the discrete lambda-medial axis", Pattern Recognition Letters, Volume 32, Issue 9, 1 July 2011, Pages 1384–1394.

[SCL09] A. Vital Saúde, M. Couprie and R. Lotufo: "Discrete 2D and 3D Euclidean medial axis in higher resolution", Image and Vision Computing, Vol. 27, pp. 354--363, 2009.

[CCZ07] M. Couprie, D. Coeurjolly and R. Zrour: "Discrete bisector function and Euclidean skeleton in 2D and 3D", Image and Vision Computing, Vol. 25, pp. 1543-1556, 2007.

Autres références : http://www.esiee.fr/~coupriem/es/ES_biblio.html

Fiche logiciel à valider
  • Création ou MAJ importante : 18/04/13
  • Correction mineure : 23/08/13
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Fiches logiciel PLUME connexes : Cygwin
Fiche en recherche de relecteurs
Cette fiche est en recherche de relecteurs. Si vous êtes intéressé(e)s, contactez-nous !

crosstool-NG : compilation croisée sur un PC/Mac de développement

Ce logiciel est en cours d'évaluation par la communauté PLUME. Si vous utilisez ce logiciel en production dans notre communauté, merci de déposer un commentaire.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Téléchargement
  • Version évaluée : 1.18.0
  • Langue(s) de l'interface :
  • Licence : GPL, LGPL
    • Le fichier de licence (nommé COPYING) est fourni avec le paquetage du projet.
    • La documentation de crosstool-NG est en Creative Commons v2.5.
    • Les patchs fournis avec crosstool-NG sont sous la même licence que le projet auquel ils s'appliquent. Par exemple, la licence du noyau Linux s'applique aux patchs sur le noyau fournis avec crosstool-NG.
    • Le reste des fichiers qui composent crosstool-NG sont sous licence GPLv2.
Description
Fonctionnalités générales

Le projet crosstool-NG permet de mettre en place facilement une chaîne de compilation croisée sur un PC de développement (PC hôte). Une chaîne de compilation croisée permet de compiler du code source développé en C, C++, Fortran et/ou Java, à partir d’une machine hôte (majoritairement x86 ou x86_64) à destination d’une machine cible d’architecture différente (typiquement une carte électronique embarquée d'architecture Alpha, ARM, MIPS, PowerPC, Sparc...). La majeure partie des projets sur l'embarqué utilise ce procédé car la machine hôte est beaucoup plus puissante que la machine cible. Le temps de compilation et de développement s’en trouve considérablement réduit.

Autres fonctionnalités
  • Au delà du compilateur croisé obtenu par défaut (compilateur C: GCC), la chaîne de compilation croisée obtenue offre tous les outils nécessaires au développeur : addr2line, ar, objcopy, readelf, etc...

  • Avant de lancer la conception de la chaîne proprement dite, toutes les options comme par exemple l'obtention du langage C++, Fortran ou Java dans la chaîne, sont paramétrables par un menu intuitif du même type que celui du noyau Linux (menu de type ncurses).

Interopérabilité

crosstool-NG entre dans le cadre de la conception d'un système embarqué. Il est très répandu dans la conception de systèmes d'exploitation GNU/Linux embarqués. Quand bien même la carte embarquée (cible) est de même architecture que le PC de développement (hôte), il convient d'installer une chaîne de compilation croisée car celle-ci est le garant de la pérennité des bibliothèques utilisées pour la compilation et souvent un levier d'accélération notable. En effet, elle permet de mettre à "l'abri" les bibliothèques et exécutables des mises à jours du système d'exploitation du PC hôte.
Il est possible de vérifier que l'exécutable obtenu est bien pour l'architecture cible en utilisant la commande Unix :
file <nom_d_exécutable>.
Par exemple, après cross-compilation pour architecture ARM du code source binaire du nom helloworld, la commande file helloworld nous renvoie :

helloworld: ELF 32-bit LSB executable, ARM, version 1 (SYSV), dynamically linked (uses shared libs), not stripped

Entre deux binaires compilés à partir de sources identiques, avec des options identiques, l'un sur le système cible et l'autre par crosstool-NG, il n'y a aucune différence de fonctionnement.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Le Laboratoire de Physique de la Matière Condensée utilise une carte électronique embarquée pour piloter à distance un oscilloscope numérique sur une expérience scientifique de type RMN (Résonance Magnétique Nucléaire). Le chargeur de démarrage, le noyau Linux et l'ensemble du système de fichiers de la carte électronique ont été complètement ré-installés et personnalisés pour l'expérience scientifique. Le module Linux GPIB a été cross-compilé avec succès grâce à crosstool-NG. Le module GPIB fonctionne parfaitement sur la carte électronique embarquée.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • Fonctionne nativement sur plate-formes GNU/Linux (peut fonctionner sous Mac et Windows avec Cygwin),
  • Toutes les architectures cibles ne sont pas couvertes,
  • Connexion réseau indispensable afin de télécharger les différents composants (pensez à paramétrer le proxy dans les variables d'environnement de votre PC) lors du lancement de la conception de la chaîne de compilation croisée,
  • PC hôte assez récent pour limiter le temps de conception de la chaîne (il faut compter 40 à 60 minutes avec une machine bien équipée !).
Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

La plupart des revendeurs de cartes électroniques embarquées fournissent un CD/DVD contenant une chaîne de compilation croisée prête à l'emploi. Il suffit alors de lancer le script shell (ou python) pour l'installer dans son PC hôte.

Plates-formes

Voir rubrique Divers ci-dessous pour une description succincte du processus d'installation typique.

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Au-delà de l'obtention d'une chaîne de compilation croisée, les solutions équivalentes suivantes permettent de créer une distribution Linux embarquée :

  • Buildroot (sous licence GPLv2) : conçoit une distribution clé en main basée sur la bibliothèque uClibc (6 fois plus légère et donc plus adaptée pour l'embarqué que la bibliothèque traditionnelle Glibc utilisée par GNU/Linux).
  • OpenWRT (sous licence GPLv2) : projet essentiellement orienté pour les routeurs à base de puce Broadcom, la distribution est basée sur Buildroot (la chaîne de compilation est conçue avec la bibliothèque uClibc).
  • PTXdist (sous licence GPLv2) : conçoit également une distribution clé en main, le projet fournit en téléchargement quelques chaînes de compilation prêtes à l'emploi.
  • LTIB (sous licence GPLv2) : projet soutenu par l'entreprise américaine Freescale spécialisée dans la conception de cartes électroniques embarquées, la chaîne de compilation croisée peut être sous bibliothèque uClibc ou bibliothèque Glibc.
  • OpenEmbedded (sous licence GPLv2) : c'est le mastodonte ! Ce projet peut concevoir un système embarqué pourvu d'un environnement graphique allégé (avec la bibliothèque Qt 4) jusqu'à une distribution GNU/Linux embarquée minimaliste faisant moins d'1 Mo. La chaîne de compilation est quant à elle basée sur la bibliothèque Glibc.
  • Sourcery CodeBench Lite Edition (sous licence GPLv2) : anciennement Code Sourcery, depuis le rachat de Code Sourcery par l'entreprise Mentor Graphics. Sur le site Internet de ce dernier, il est proposé de télécharger des chaînes de compilation croisée toutes faites pour les architectures ARM, ColdFire, Intel, MIPS, PowerPC et SuperH. Avant de télécharger la chaîne voulue, il faut s'enregistrer sur la même page web que donne le lien du projet. L'installation est ensuite aisée car elle consiste à lancer un script d'installation. Sourcery CodeBench Lite Edition est accessible gratuitement jusqu'à maintenant. Mais nous n'avons aucune garantie de pérennité quant à sa gratuité contrairement aux autres projets cités précédemment.
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Le créateur du projet était un américain nommé Dan Kegel. Le nom du projet initial était crosstool. Le projet est abandonné par son auteur depuis décembre 2006. La dernière version (0.43) de crosstool est toujours téléchargeable à l'adresse http://kegel.com/crosstool/. Le projet est ensuite repris par un français nommé Yann Morin. Avril 2007, la première version du nouveau projet crosstool voit le jour. Le projet est d'ailleurs renommé crosstool-NG (l'acronyme ng pour Next Generation). Depuis, Mr Morin est très actif (une nouvelle version majeure tous les 3 à 4 mois) et rassemble de plus en plus de contributeurs français et étrangers autour de crosstool-NG.

Eléments de pérennité

crosstool-NG est très utilisé comme base de construction d'une distribution GNU/Linux embarquée clé en main.

Références d'utilisateurs institutionnels

L'entreprise bien connue ELDK base la conception de leurs chaînes de compilation croisée librement téléchargeables sous crosstool et crosstool-NG (http://ftp.denx.de/pub/eldk/).

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Il n'y a pas à proprement parler de forum de discussion ni de support. Néanmoins, l'auteur du projet est joignable par e-mail, par Internet Relay Chat, IRC (il donne même ses horaires probables de présence).

Documentation utilisateur

L'ensemble de la documentation est accessible dans le tarball compressé de la version de crosstool-NG que l'on télécharge depuis le site officiel du projet. Elle est rassemblée dans le répertoire "docs". Elle est claire et en anglais.

Divers (astuces, actualités, sécurité)

La chaîne de compilation croisée s'obtient en plusieurs étapes :

  1. Il convient au préalable d'obtenir le binaire "ct-ng" par compilation classique (./configure, make, make install) des sources à partir du répertoire crosstool-ng-x.xx.x (où x désigne le numéro de version de crosstool-NG). Ce binaire va permettre de paramétrer le type de chaîne que vous désirez concevoir et installer. En effet, il est impossible techniquement de créer une chaîne de compilation croisée pour toutes les architectures existantes (il est possible d'en installer plusieurs pour chaque architecture : ARM ou MIPS ou SH4 etc...).
  2. L'étape suivante est de paramétrer notre future chaîne de compilation grâce au binaire "ct-ng" (quelle architecture ?, quels outils de débogage ? etc...) en lançant la commande "ct-ng menuconfig" (menu type ncurses).
  3. Une fois le paramétrage fait, nous lançons la conception de la chaîne de compilation par la commande "ct-ng build".
  4. Une fois compilée et installée, la chaîne de compilation croisée se résume à un ensemble de binaires comme, par exemple, pour l'architecture ARM :
    arm-unknown-linux-gnueabi-gcc
    arm-unknown-linux-gnueabi-g++
    arm-unknown-linux-gnueabi-gfortran
    etc...

Remarques :
La commande "ct-ng --help" : donne l'ensemble des options du binaire,
La commande "ct-ng list-samples" : donne l'ensemble des configurations prédéfinies pour toutes les architectures supportées,
La commande "ct-ng <nom de l'architecture cible>" (exemple: arm-unknown-linux-gnueabi) : prédéfinie automatiquement la configuration désirée. Un simple "ct-ng build" et vous voilà avec une chaîne de compilation croisée capable de compiler du code source (C, C++,etc...) pour ARM.

Contributions

Pour contribuer au projet, l'auteur propose de prendre contact par courriel.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 12/04/13
  • Correction mineure : 22/05/13
Mots-clés

Pulman : gestion des publications scientifiques d'un laboratoire

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : version 2.0.10 - mars 2013
  • Licence(s) : GPL - http://projects.laas.fr/ezpublish/index.php/pulman_public/A-propos
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Thierry Danard, Gérald Cavallini, Jean-Marc Larré, Laurent Lequièvre, Jean-Michel Pons, Laurent Thomassin
  • Contact concepteur(s) : Jean-Marc.Larre@laas.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LAAS

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Pulman est un logiciel développé au LAAS-CNRS pour gérer toutes les publications du laboratoire.

Les laboratoires produisant une grande quantité de publications doivent automatiser des traitements sur ces publications afin de proposer aux chercheurs, aux directions et aux instances d'évaluations des données précises sur la production scientifique. Pulman permet de classifier les publications en tenant compte d'éléments complexes qui caractérisent les publications (revues, conférences, auteurs, etc).

Voici quelques fonctionnalités de l'outil :

  • gestion des auteurs internes et externes avec leur affectation dans une équipe et un pôle (deux niveaux de l'organigramme)
  • gestion des mots clés,
  • gestion des revues et de leur importance (bases de données internationales),
  • gestion des conférences,
  • plusieurs formes de recherches dans la base de données sont possibles ainsi que des exports.

D'autres fonctionnalités sont décrites sur le site du projet :

Pulman est organisé en documents, chaque document possède au moins un support. Un support est la forme qu'a prise l'information scientifique pour être rendue publique, par exemple l'information scientifique a été publiée dans une revue et a fait l'objet d'une présentation dans une conférence (ici deux supports sont déclarés).

Pulman est un logiciel développé en Java avec une base de données Oracle.

Voici une copie d'écran présentant la modification d'une publication avec trois types de support :

Contexte d’utilisation du logiciel

Pulman est utilisé depuis une dizaine d'années au LAAS-CNRS. Aujourd'hui environ 15000 documents sont liés à 27000 supports. Seul le service de documentation du laboratoire est habilité à saisir les publications dans Pulman. L'accès aux publications est public, les utlisateurs peuvent interroger la base de données des publications en utilisant un logiciel de type client léger depuis un navigateur Web.
La Base de Données Pulman du LAAS est accessible à cette adresse : http://www.laas.fr/pulman/pulman-isens/web/app.php/

Au LAAS, la base de données est hébergée sur un serveur Oracle 11G, le service de documentation utilise la version 2.0.10 du client Pulman en version Mac et Windows.

Publications liées au logiciel

La documentation complète (installation, licence, configuration, etc) est accessible à cette adresse : http://projects.laas.fr/pulman

La liste de diffusion pulman [at] laas [dot] fr est disponible. L'abonnement est libre et peut se réaliser depuis le serveur sympa du Laas.

 

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