UNIX-like

Logiciels (logiciels libres en majorité) qui fonctionnent sur des systèmes dérivés d'Unix (Linux...) ou ressources (liées aux logiciels) spécifiquement pour ces systèmes
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 23/01/13
  • Correction mineure : 23/01/13
Mots-clés

OpenMeetings : webconférence via flash

Description
Fonctionnalités générales

OpenMeetings est un logiciel de web-conférence entre plusieurs utilisateurs au travers d'un navigateur Web équipé du lecteur Flash. Comme tous les logiciels de web-conférence, il permet de communiquer par l'audio et la vidéo au travers des matériels de votre ordinateur. Il doit être installé sur un serveur par un administrateur, mais l'utilisateur (responsable de conférence ou simple utilisateur) n'utilisera qu'un navigateur avec le support de Flash.

Les réunions peuvent être programmées à l'avance. Dans ce cas, les invités à cette réunion recevront un mail de rappel avec un lien permettant de se connecter. La réunion peut être protégée par un mot de passe afin que seuls les invités puissent se connecter.

Le logiciel permet aussi de faire afficher sur le tableau blanc les transparents d'une présentation ou tout document qui sera alors visible par tous les participants. Les documents sont maintenus dans le serveur pour chaque salle ou pour chaque utilisateur.

Il est possible de partager directement l'écran du responsable (ou tout autre utilisateur ayant les droits de partage d’écran) de la web-réunion pour travailler/montrer des logiciels qui ne peuvent pas être exportés (logiciels 3D par exemple).

Le responsable de la conférence peut bloquer les micros des participants, donner la parole, laisser un (ou tous les) participant(s) écrire sur le tableau blanc, donner les droits de partage d’écran.

Un chat est disponible pour ceux qui ne disposent pas d'un micro.

Une intégration SIP, Jabber est possible.

Autres fonctionnalités

L'intégration a été travaillée par l'équipe de développement. OpenMeetings s'intègre naturellement avec les annuaires LDAP pour que seuls les utilisateurs d'un domaine spécifique puissent réserver des salles (ce qui ne les empêche pas d'inviter des extérieurs). Ils peuvent s'identifier avec leur mot de passe habituel et n'ont pas à le redéfinir spécifiquement.
Si nécessaire, il est possible de gérer des utilisateurs spécifiquement dans OpenMeetings, sans interaction avec un annuaire.
Il existe une liste de plugins pour intégrer OpenMeetings dans Joomla, Drupal, un CRM, la liste est non exhaustive.

Interopérabilité

Le logiciel utilise des clients Flash pour fonctionner. Ceux-ci sont très largement répandus sur toutes les plate-formes.
Au niveau réseau, le serveur OpenMeetings utilise les ports 1935/tcp et 5080/tcp en mode non sécurisé (RTMP et HTTP) et les ports 8443/tcp et 5443/tcp en mode sécurisé (RTMPS et HTTPS) . Ceux-ci doivent être joignables par les utilisateurs.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Le laboratoire utilise ce logiciel pour des réunions de projets transverses avec des fournisseurs extérieurs. Les fournisseurs extérieurs sont invités à se connecter à la plate-forme pour participer. Seuls nos utilisateurs peuvent créer des conférences et les paramétrer.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

OpenMeetings fonctionne dans l'ensemble de manière satisfaisante. On peut noter néanmoins que les communications ne sont pas cryptées par défaut. Le site du logiciel explique comment déployer sur le serveur la solution cryptée (RTMPS et HTTPS).

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Ce logiciel est facilement installable sur Debian ou Ubuntu, même si il n'est pas directement packagé pour ces distributions.

Plates-formes

Linux Debian

Logiciels connexes
  • Pour les clients, navigateur Web avec lecteur Flash.

  • Pour la partie serveur, Tomcat, Red5, MySQL, OpenLDAP éventuellement. OpenOffice est utilisé pour le changement de format des fichiers utilisateurs. FFMpeg est aussi nécessaire.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
  • Webex, Adobe connect (qui ne sont pas libres voire pas déployables sur nos serveurs),

  • EVO/seevogh

  • Ekiga ou Xmeeting associé au pont RMS

Environnement de développement
Type de structure associée au développement
Eléments de pérennité

OpenMeetings a été accueilli dans l'Apache Incubator en novembre 2011. Il est utilisé par la communauté d'utilisateurs Sakai pour des web-conférences.

Références d'utilisateurs institutionnels

MATHRICE propose OpenMeeting aux utilisateurs de sa plate-forme pour l'organisation de web-conférences : de nombreux laboratoires de mathématiques et leurs partenaires sont utilisateurs de ce service.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

openmeetings-user [at] incubator [dot] apache [dot] org (pour l'assistance)
openmeetings-dev [at] incubator [dot] apache [dot] org (pour les développeurs)

Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

A la fin d'une conférence, il faut penser à faire le ménage : nettoyer le tableau blanc, supprimer les fichiers (ou les mettre dans son stockage personnel), effacer les traces de chat. Ces trois actions se font très simplement en cliquant sur les boutons de suppression dans les panneaux associés.

Contributions
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 09/01/13
  • Correction mineure : 07/10/13
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Fiches logiciel PLUME connexes : , ,

Rocks : système de gestion de grappes de calcul

  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Téléchargement
  • Version évaluée : Rocks 5.4.3
  • Langue(s) de l'interface : anglais
  • Licence : autre

    C'est une licence type open source, avec un copyright, qui doit être reproduit dans tout produit dérivé, demandant simplement de créditer l'Université de Californie à San Diego (UCSD) et le groupe rockscluster qu'elle héberge, de l'origine du travail. Le logo est aussi sous copyright.

Description
Fonctionnalités générales

Rocks est un système complet spécialisé pour la gestion des grappes de calcul (clusters), basé sur la distribution Linux CentOS.

La distribution est très facile à installer et inclut tous les outils nécessaires au fonctionnement et au déploiement d'un cluster. L'architecture comprend un frontal et des nœuds de calcul connectés dans un sous réseau privé (cf ce schéma). La distribution s'installe sur le frontal (noyau Linux CentOS 5.x, récemment 6.x) et peut être configurée avec différents paquets logiciels (qui sont appelés "Rolls"). La configuration du cluster est maintenue à l'aide d'une base de données MySQL.

A partir d'une configuration logicielle globale pour un groupe de nœuds, Rocks permet de découvrir et d'installer automatiquement les différents nœuds du cluster. Il utilise pour cela une solution développée en interne, appelée "Avalanche", basée sur PXE, et utilisant le Peer to Peer pour ne pas saturer la bande passante. Il est ainsi possible de déployer des centaines de nœuds en parallèle. La solution est prévue pour des clusters de milliers de nœuds. Différents outils permettent de propager des commandes et des configurations à tous les nœuds simultanément. Rocks supporte des configurations de nœuds hétérogènes. Le monitoring peut être réalisé à partir de pages Web (Roll ganglia). La documentation est complète et on trouve beaucoup d'informations complémentaires sur le wiki ou sur une liste de diffusion très active.

Autres fonctionnalités
  • Virtualisation possible du frontal et/ou des nœuds de calcul avec Xen Xen. A partir de la version "mamba", c'est Linux KVM qui est utilisé par défaut.
  • Distribution Linux autre que CentOS possible (mais compatible RHEL, type Scientific Linux, Oracle Entreprise Linux, ...), y compris Solaris, pour les nœuds.
  • Accès console sur les nœuds.
  • Volumes GFS.
  • Supporte plusieurs sous-réseaux.
  • Gestion Firewall
  • Ordonnanceurs Open-Grid-Engine, Torque.
  • Post-installation sur mesure via des fichiers XML.
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Nous avons installé ce système sur une grappe de 32 serveurs. Le fonctionnement est assez robuste pour être utilisé actuellement par plus d'une dizaine de personnes.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  1. Ne supporte pas le protocole NIS pour les nœuds. L'authentification est assurée par un service appelé 411 (n° des renseignements aux US), dérivé de NIS, qui distribue les fichiers passwd, shadow, group, autofs... sur les nœuds, pour une meilleure "scalabilité". Il est cependant possible d'utiliser un système d'authentification extérieur (annuaire LDAP ou Active Directory commun à tout un laboratoire par exemple).
  1. Après une installation très facile, la principale difficulté est probablement de maîtriser tous les éléments logiciels qui ont été installés automatiquement, SGE ou Torque, Ganglia, etc... Il faut alors se plonger dans les documentations pour configurer par exemple correctement le gestionnaire de travaux pour l'adapter à son environnement de laboratoire.
  1. Une autre difficulté est qu'il n'est (n'était ?) pas possible de mettre à jour le système par un 'yum update', car cela risquait de casser la configuration du cluster. Pour cela, le fichier de configuration des dépôts était laissé intentionnellement vide, ce qui ne permettait pas non plus d'installer un paquetage additionnel. Il fallait alors récupérer la configuration des dépôts sur une autre station CentOS. Des efforts ont été faits depuis un certain temps par les développeurs pour isoler les paquetages critiques (MySQL, ...) dans une "Rocks Foundation" (en général installée sous /opt), des paquetages système, permettant de mettre à jour ceux-ci, mais aussi d'installer des versions de paquetages plus récentes dans Rocks Foundation (par exemple Python 2.7, par rapport à la vieille version 2.4 de base dans CentOS 5.x). La philosophie de Rocks, comme l'installation est très rapide, est de réinstaller avec la dernière version pour mettre à jour.
  1. Autre difficulté, qui survient rarement, est qu'en cas de changement d'adresse IP (publique) de votre cluster, il est presque obligatoire de le réinstaller. L'adresse IP est en effet dispersée dans de nombreux fichiers de configuration, sur le cluster et sur les nœuds, ainsi que dans la base MySQL, et il est très difficile de retrouver tous les endroits où elle est enregistrée et de faire les modifications correctes.
Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Ce logiciel est intégré dans une distribution linux Centos 5.X spécifique.
La dernière version, mamba (05/2012), est distribuée en deux variantes, 5.5, basée sur CentOS 5.8, et 6.0, basée sur CentOS 6.2.

Plates-formes

Matériel :

Configuration minimale pour le frontal et les nœuds de calcul :

  • Processeur à architecture X86 ou X86_64
  • 2 ports ethernet pour le frontal et 1 seul pour les nœuds
  • 30 Go de disque dur
  • 1 Go de RAM

Logiciel :

  • Page de téléchargement des disques d'installation : http://www.rocksclusters.org/wordpress/?page_id=271
  • Pour une version donnée (version 5.4.3), il faut télécharger au minimum :
    • Kernel/Boot Roll
    • Base Roll
    • OS Roll (disk1 et disk2)
    • Puis optionnellement pour les différents Rolls (disk3, disk4, disk5, disk6, disk7 et disk8)
  • Installer Rocks sur le frontend et les nœuds de calcul en suivant cette procédure: http://www.rocksclusters.org/roll-documentation/base/5.1/getting-started.html. A noter qu'il faut impérativement choisir
    • kernel : to be able to kickstart compute nodes
    • base : to setup Rocks
    • jumpstart : to be able to JumpStart compute nodes and NAS appliances
    • OS : provides the base OS bits
Logiciels connexes
  • bio: logiciels de Bioinformatique
  • ganglia: système de supervision des performances d'un cluster
  • hpc: outils logiciels pour l'exécution de programmes en environnement parallèle (MPI, PVM...)
  • perl perl
  • python python (2.7 et 3.x)
  • sge: gestionnaire de lancements de jobs de calcul Sun Grid Engine (Open Grid Scheduler)
  • torque: gestionnaire de lancements de jobs de calcul Torque+Maui
  • Xen Xen: environnement de virtualisation pour créer des machines virtuelles sur les nœuds de calcul
  • KVM : environnement de virtualisation pour créer des machines virtuelles sur les nœuds de calcul
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

UCSD (Université de San Diego)

Eléments de pérennité

Bien que la distribution Rocks ait une certaine ancienneté (plus de dix ans), qu'elle ait connu un développement continu, qu'elle ait été largement adoptée un peu partout dans le monde, qu'elle ait divers contributeurs en dehors de L'université de San Diego, la pérennité n'est néanmoins pas assurée. Les développeurs à l'UCSD, en particulier le leader du groupe, Philip Papadopoulos, sont payés sur des financements qu'ils obtiennent de diverses sources, par exemple la NSF, comme souvent aux Etats-Unis.

En Mars 2011, deux des principaux développeurs du groupe, Greg Bruno et Mason J. Katz, ont quitté le projet pour rejoindre une entreprise commerciale, StackIQ, basée aussi à San Diego, qui développe des produits commerciaux développés autour de Rocks Cluster. Suite à des questions sur la liste de diffusion concernant l'avenir du projet, Philip Ppadopoulos a répondu franchement qu'il dépendait des financements qu'il pouvait trouver, qu'il avait un emprunt pour sa maison, et que s'il ne trouvait plus de financement, il serait obligé de trouver un emploi ailleurs. Il est lui-même actionnaire de StackIQ.

Actuellement, il ne doit plus y avoir que deux développeurs à l'UCSD, Philip Papadopoulos et un développeur plus récent. StackIQ a été le premier à sortir une version de Rocks basée sur CentOS 6.x. Néanmoins, le développement à l'UCSD a continué et Philip Papadopoulos a réussi à sortir sa version basée sur CentOS 6.2, mamba, en mai dernier.

Pour l'instant, il n'y a pas de signes comme quoi il serait mis un terme au projet à l'UCSD. La solution Rocks est développée pour les besoins internes à l'Université.

A noter que StackIQ propose une version gratuite, jusqu'à 16 nœuds, de son produit commercial.

Références d'utilisateurs institutionnels

Cette distribution HPC est utilisée par de nombreux laboratoires et institutions dans le monde et en France. Il y a une page pour enregistrer son cluster. N'hésitez pas à enregistrer le vôtre pour assurer la pérennité du projet (qui dépend des financements qu'il peut obtenir, NFS ou autres..., qui dépendent eux-mêmes de la diffusion du logiciel prouvant son utilité) : http://www.rocksclusters.org/rocks-register

Environnement utilisateur
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 09/01/13
  • Correction mineure : 06/11/13
Mots-clés

GLOP : gestion des absences (congés, missions) du personnel d'un laboratoire CNRS

  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version évaluée : décembre 2012
  • Langue(s) de l'interface : français
  • Licence : unknown

    GLOP n'est pas distribué en dehors du CNRS pour le moment. Si vous souhaitez l'utiliser (dans un laboratoire CNRS ou autre), contactez l'auteur et assurez vous d'avoir une licence ou un accord d'utilisation.

Description
Fonctionnalités générales

GLOP (Gestion LOcale de personnel) est une application web écrite en Java qui permet aux agents de faire des demandes de mission et de congés depuis leur poste de travail avec leur butineur préféré, aux responsables de valider ces demandes de la même façon et au gestionnaire du laboratoire de gérer aisément les absences et les missions : les principales règles de calcul des congés sont prises en compte par l'application.
Cela permet au directeur du laboratoire d'avoir un planning des personnes présentes au laboratoire.

GLOP est composé :

  • d'une application web qui permet à chaque agent de faire une demande de congé ou de mission et au responsable de l'agent de valider cette demande,
  • d'une autre application web destinée au gestionnaire de personnel pour la gestion des dossiers des agents et la configuration de l'application.

Remarque : ces applications Web Java sont téléchargées depuis le serveur avec Java Web Start. Il faut donc s'assurer que le mimetype jnlp est associé à l'application java.

Les dossiers du personnel sont initialisés et mis à jour à partir des données des applications de gestion de personnel du CNRS (SIRHUS et LABINTEL). Les différents statuts des personnels d'une unité CNRS sont pris en compte (CDD/permanents) de même que les différentes tutelles (CNRS/Université).

Autres fonctionnalités

GLOP inclut les fonctionnalités suivantes pour chaque agent :

  1. faire une demande de congé ou de mission
  2. signaler une absence professionnelle
  3. afficher son solde de jours de congés
  4. afficher son propre planning d'absence
  5. gérer son compte épargne temps (CET)
  6. visualiser le planning des absences de son service ou groupe, mais aussi celui de tout le laboratoire
  7. gérer des plages horaires de travail

GLOP inclut les fonctionnalités suivantes pour un responsable de service :

  • valider les demandes de congé ou de mission (le responsable est averti par mail de la demande de congé ou de mission)

GLOP inclut les fonctionnalités suivantes pour le gestionnaire du personnel :

  1. extraire les données des bases SIRHUS et LABINTEL
  2. gérer les rôles des agents dans GLOP
  3. gérer l'organigramme (les services, les groupes)
  4. gérer le dossier de chaque agent (CET, reliquat, attribution de congés)
  5. calculer le droit à congé pour l'année pour tous les agents selon la quotité, le reliquat, les jours de fermeture du laboratoire, l'organisme d'appartenance des agents
  6. GLOP est multi-profil, c'est à dire qu'on peut gérer plusieurs organismes d'appartenance (profil CNRS, profil Université, profil CEA)
  7. définir une politique de laboratoire, c'est à dire attribution du nombre de jour de congés, déclaration des jours de congés pour tout le laboratoire, ...

Voici deux exemples d'écrans de GLOP :

  • L'écran d'accueil de GLOP pour l'agent :

  • Le solde des congés :

Interopérabilité

Le serveur applicatif est hébergé au Centre de Calcul de Lyon.

Il n'y a pas de dossiers de personnel à télécharger en local par le gestionnaire. Par contre, l'application WEB est téléchargée sur le poste de travail de l'utilisateur par Java Web Start.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Nous utilisons GLOP depuis plus de 6 ans. Cela simplifie beaucoup la vie des membres du laboratoire : nous pouvons faire des demandes de congés ou de mission sans nous déplacer au service du personnel du laboratoire, et notre responsable peut valider ces demandes sans se déplacer non plus. Le calcul des jours restants est fait automatiquement et nous pouvons consulter notre solde de congés à tout moment. De même l'affichage du planning permet de savoir quels sont les collègues présents au laboratoire.

Les postes de travail du laboratoire sont en MacOS, en Windows ou en Linux.

Les butineurs principalement utilisés sont :

GLOP est bien adapté aux gros laboratoires bien structurés avec des services, des groupes de recherche, des groupes de projet, où, du fait de notre implication dans de grosses collaborations internationales, les missions sont très nombreuses.

Mais de plus "petits" laboratoires CNRS ont fait le choix de GLOP pour ses multiples fonctionnalités.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Pour utiliser ce logiciel, il faut être un laboratoire du CNRS et en faire la demande au LAPP. Les demandes passent d'abord par le LAPP auprès de Thierry Le Flour essentiellement et ensuite celui-ci sollicite le Centre de Calcul pour l'ouverture des accès ORACLE et l'infocentre du CNRS pour les extractions de données SIRHUS/LABINTEL.

La politique d’utilisation et d'installation de GLOP actuellement mise en œuvre est très simple : toute unité CNRS en faisant la demande peut bénéficier de son installation après avoir évalué l’intérêt de l'outil à travers une version de démonstration disponible depuis le WEB.

Autre limitation : les congés ne peuvent pas être posés de manière rétro-active par l'agent lui-même, par contre le gestionnaire du personnel peut le faire.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Linux, MacOS, Windows

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Ce logiciel a été développé au LAPP pour les besoins propres du laboratoire, puis son usage s'est répandu dans plusieurs laboratoires à l'IN2P3 d'abord puis dans d'autres laboratoires du CNRS en dehors de l'IN2P3. Actuellement, une trentaine de laboratoires répartis sur toute la France et représentant plusieurs disciplines scientifiques utilisent GLOP quotidiennement.
Il est maintenu par son auteur avec le soutien de la direction de son laboratoire.

Eléments de pérennité

Le logiciel est maintenant bien abouti et sa maintenance a le soutien de la direction du LAPP.

L'auteur du logiciel est réactif et très patient !

Références d'utilisateurs institutionnels

La liste des laboratoires utilisant GLOP fin 2011 :
APC (in2p3), CNSNM (In2p3), DR11 (CNRS Grenoble), DSI (CNRS Toulouse/Meudon), IAP (CNRS Paris), IAS (CNRS Orsay), ICSN (CNRS Gif) , IPNL (In2p3 Lyon), IRISA (CNRS Rennes), ISV (CNRS Gif), ITAV (CNRS Toulouse), INT (CNRS Marseille), LAPP (In2p3), LAPTH (In2p3), LEBS (CNRS Gif), LEGI (CNRS Grenoble), ISTerre (CNRS Grenoble), LLR (In2p3), LNCMI (CNRS Toulouse/Grenoble), LPNHE (In2p3), LPSC (In2p3), NED (CNRS Gif), NEEL (CNRS Grenoble), SBR (CNRS Roscoff), ULISSE (CNRS Annecy)

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Suivi du développement : http://glop.in2p3.fr/GP/GLOPSuivi.html

Documentation utilisateur

La documentation utilisateur riche et précise est disponible en aide en ligne dans l'application.
On peut aussi consulter sur le web une ancienne version de la documentation pour se faire une idée des fonctionnalités disponibles à cette époque.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 21/09/13
  • Correction mineure : 21/09/13
Mots-clés
Pour aller plus loin

Code::Blocks : environnement de développement intégré orienté C/C++

Description
Fonctionnalités générales

Code::Blocks est un IDE (Integrated Development Environment) orienté C, C++ et D. Consommant peu de ressources matérielles et évolutif grâce à l'ajout de plugin, il est aussi bien adapté aux petits projets qu'aux projets de grande envergure.

Il est de surcroît compatible et configurable avec de nombreux outils d'ingénierie logicielle tels que cppcheck, gcc, valgrind, CMake...

Il est un bon compromis entre la légèreté, que l'on peut attendre d'un IDE, et les fonctionnalités proposées :

  • sauvegarde, compilation (génération) et exécution avec une seule touche (F9)
  • erreurs de codage directement indiquées dans le code
  • mise en forme automatique du code (PlugIns->Source code formatter)
  • pas besoin de créer un projet pour compiler un seul fichier *.c ou *.cpp
  • auto-complétion (y compris sur des fonctions / templates / librairies développés en interne)
  • coloration syntaxique
  • intégration complète du débuggeur (gdb)
  • compatible avec de nombreux compilateurs (gcc, watcom c...)
  • gestion de projets multiples (y compris projets avec de nombreuses dépendances)
  • intégration de doxygen
  • intégration de valgrind, cppcheck
  • gestion (par plugin) des librairies manquantes
  • gestion de WxWidgets, Ogre, Qt, OpenGL, GTK+
  • système ouvert de plug-in
Autres fonctionnalités

Éditeur de texte proposant la coloration syntaxique pour de nombreux langages. Éditeur de texte rapide et multi-plateformes.

Interopérabilité

txt, c, cpp, d

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • Code::Blocks a été utilisé pour un développement au sein d'Inria (projet d'un an - 1 personne - bibliothèques multiples). Après avoir effectué une adaptation du projet pour pouvoir utiliser le compiler au sein de Code::Blocks, ce logiciel m'a fait gagner un temps précieux.

  • Pas de bug majeur, ou mineur, à signaler durant son utilisation alors que j'utilisai les versions de build (Nightly).

  • Code::Blocks est utilisé à l'université Paris VI pour des TPs en licence de Physique et Biologie. Les avantages pour les étudiants sont la compilation automatique et l'affichage direct des erreurs de compilation. Pour les enseignants, la mise-en-forme automatique permettra de relire plus facilement d'éventuels codes mal-formatés. Code::Blocks permets aux étudiants de facilement commencer à programmer chez eux, voir ici.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Ubuntu, Mageia, Fedora (dernière version stable)

Plates-formes

Linux (.deb &.rpm). Paquets disponibles pour Suse/Fedora/Debian/CentOs 32 et 64 bits, Windows, Mac OS X

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Eléments de pérennité

Développement actif depuis de nombreuses années, avec des mises à jour très régulière.
Manuel disponible en français, anglais et allemand.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

Vous pouvez utiliser la version du svn (nightly), cette dernière bénéficie des toutes dernières fonctionnalités et est généralement suffisamment stable pour être utilisée.

Des modules complémentaires, regroupant un nombre conséquent de plugin utiles, sont disponibles.

Afin de prendre en main plus rapidement Code::Blocks vous pourrez trouver les ressources suivante :

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 20/12/12
  • Correction mineure : 12/09/13
Mots-clés

Topological smoothing : méthode de lissage pour des objets 2D et 3D

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : 1.0 - 2004
  • Licence(s) : CeCILL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Michel Couprie
  • Contact concepteur(s) : coupriem @ esiee.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIGM

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Ce logiciel implémente une méthode permettant de lisser des objets 2D et 3D dans des images binaires, tout en préservant la topologie. Ici, les objets sont définis comme des ensembles de points de Z2 ou Z3, et la préservation de la topologie est assurée par l'utilisation exclusive de transformations homotopiques dans le cadre de la topologie digitale. Le lissage est obtenu par l'utilisation d'ouvertures et fermetures morphologiques par des boules euclidiennes.

Contexte d’utilisation du logiciel

Ce logiciel a été utilisé pour obtenir et valider les résultats publiés dans l'article [CB04].

Publications liées au logiciel

[CB04] Michel Couprie, G. Bertrand: "Topology preserving alternating sequential filter for smoothing 2D and 3D objects", Journal of Electronic Imaging, Vol. 13, No. 4, pp. 720-730, 2004.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 17/12/12
  • Correction mineure : 13/11/13
Mots-clés

Ensembl API : interface de programmation pour l'accès aux bases de donnees Ensembl

Description
Fonctionnalités générales

Bibliothèques Perl permettant d'accéder facilement :

- aux données d'annotations avec le module Core : séquences, gènes, transcrits aletrnatifs, exons, introns, Gene Ontology, Symbol, Ensembl ID, FBgn, ...

- aux données comparatives inter-espèces avec le module Compara : alignements entre génomes, synténie, prédictions paralogues et orthologues, familles de protéines , ...

- aux données d'évolution avec le module Variation : SNP, mutations somatiques, variants de structures, ...

- aux données de régulations transcriptionnelles avec le module Funcgen : ouverture de la chromatine, facteurs de transcription, modifications de l'histone.

Autres fonctionnalités

Ces composants permettent un lien entre un programme et les bases de données Ensembl. Il est ainsi possible de requêter directement la base de données de l'EBI ou n'importe quel miroir tout comme une instance locale.

Les fichiers de configuration des API permettent de spécifier pour chaque espèce quel serveur de base de données utiliser. Pour un usage local il n'est donc pas nécessaire d'installer la totalité des bases de données Ensembl, mais uniquement celles d'intérêt.

Les API proposent des objets de haut niveau dotés d'une gestion efficace et rapide aux données et permettent de s'abstraire du schéma relationnel sous-jacent.

L'API fournit également des méthodes de modifications des données ... dans le cadre d'une instance locale, il va de soi.

Interopérabilité

Ces bibliothèques Perl ont comme sources de données d'annotation celles proposées par l'EBI.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Les API EnsEMBL sont utilisées pour annoter les données produites, et permettre les comparaisons entre espèces.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Une maîtrise du langage Perl est nécessaire.

Pour un usage intensif, l'accès direct aux bases de données d'EnsEMBL est déconseillé : lenteur du réseau, risque d'être black-listé dans le cas d'un usage vraiment trop important.

Il est primordial de garder une adéquation entre la version des API et celles des bases de données, au risque de générer des résultats partiels ou incohérents.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Linux, Mac OS, Windows (Active Perl)

Logiciels connexes

BioMart DAS

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Le plus connu des "Genome Browsers" outre-Atlantique est celui de l'UCSC. Ce dernier offre également des API pour consulter de façon automatique ses données.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement
Eléments de pérennité

Existe depuis 1999, le projet comporte 7 équipes représentant entre 40 et 50 personnes.
Le projet met à disposition plusieurs versions par an.

Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 26/03/14
  • Correction mineure : 27/03/14
Mots-clés
Pour aller plus loin

Advene : lecture active de documents audiovisuels

Description
Fonctionnalités générales

Le projet Advene offre, dans le domaine de la lecture active de documents audiovisuels, une plate-forme flexible permettant l'expérimentation de nouvelles formes d'interaction avec les documents audiovisuels et leurs métadonnées. Cette expérimentation passe notamment par la possibilité offerte aux utilisateurs de définir eux-mêmes leurs propres structures d'annotations et leurs propres manières de les visualiser, ce qui veut favoriser l'émergence de nouvelles pratiques.

Les domaines d'utilisation du prototype vont de l'échange de commentaires et de critiques de cinéphiles amateurs à l'indexation et à la recherche dans des corpus audiovisuels dans le cadre de la recherche, jusqu'à l'exploitation pédagogique en cours de langue ou toute autre matière où le support audiovisuel peut être exploité.

Autres fonctionnalités

L'objectif du logiciel est de fournir une plate-forme auteur pour la génération de documents à partir d'annotations posées sur des documents audiovisuels. Elle permet donc

  1. de créer des annotations via diverses méthodes (manuelle avec différentes interfaces, algorithmes automatiques (découpage en plans, segmentation audio, etc), importation de données préexistantes)
  2. d'utiliser ces annotations pour explorer les vidéos via diverses visualisations et possibilités de recherche
  3. de créer des documents basés sur les annotations et les vidéos, via des systèmes de règles ou de _templates_
Interopérabilité
  • Importation des données d'autres logiciels : SRT (sous-titres) ELAN, Transcriber, PRAAT, CMML, IRI, Anvil, MPEG7 (FreeTextAnnotations only), Xi, AnnotationGraph
  • Exportation personnalisable et fournie d'office pour SMIL, SVG, HTML+CSS, sous-titre SRT, CSV (tableur), CMML, RDF
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Utilisation quotidienne par un petit cercle d'utilisateurs, notamment pour des expérimentations autour de la notion de trace d'utilisation.

Utilisation pour du prototypage rapide, par exemple d'une plate-forme d'enrichissement de vidéos à destination des mal- et non-voyants (audiodescription).

Utilisation du logiciel Advene comme outil principal permettant une analyse fine de l'activité d'un acteur filmé en situation. La flexibilité d'Advene autorise de multiples représentations de l'activité de l'acteur à partir des composantes annotées de son activité. Ainsi, sur le même écran, nous pouvons donner à partager l'activité d'un acteur à travers ses verbalisations (texte écrit), l'enregistrement de son activité (vidéo image et bande son) et l'analyse de cette activité (texte écrit). L'écran est alors structuré par des espaces de différentes natures qui concourent à une compréhension émotionnelle et intellectuelle de l'activité de l'acteur.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Advene demande quelques heures de formation et de pratique car Advene a été pensé par ses concepteurs comme un logiciel ouvert, offrant de grandes possibilités d'adaptation aux besoins d'un projet.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Debian, Ubuntu

Plates-formes

Linux, Windows, MacOS X (avec serveur X11)

Logiciels connexes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Laboratoire de recherche

Références d'utilisateurs institutionnels

Voir le site http://liris.cnrs.fr/advene/collaborations.html pour une liste à jour.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 11/12/12
  • Correction mineure : 16/02/15
  • Rédacteur de la fiche : Sébastien Geiger - IPHC (CNRS, Unistra)
  • Responsable thématique : Dirk Hoffmann (Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM-IN2P3))
Mots-clés
Pour aller plus loin

x2go : Connexion à distance du bureau sous Linux.

Description
Fonctionnalités générales

X2Go vous permet d'accéder à un bureau graphique Linux d'un ordinateur distant depuis une connexion locale ou via une connexion ADSL.
L'ordinateur Linux que vous accédez, est le serveur X2Go. Il existe des clients X2Go pour Linux, Windows ou Mac OS X. X2Go supporte les connexions multiutilisateurs, le détachement d'une session et sa reprise depuis un autre client.
Pour la partie graphique des sessions de bureau à distance, X2Go utilise la libraire NX3 de Nomachine. Par contre le client Nomachine n'est pas compatible avec X2Go, mais il est possible de les faire fonctionner côte à côte.

Autres fonctionnalités

X2go intègre :

  • le report du son via PulseAudio,
  • l’impression via CUPS ou via un export par PDF,
  • la déconnexion de client,
  • le partage de l'affichage d'un bureau sur plusieurs clients,
  • le redimensionement de la taille du bureau sans déconnexion,
  • la possibilité de fonctionner en plein écran,
  • la gestion du copier-coller entre le client et le serveur.

La distribution Ubuntu integre X2go comme solution d’affichage à distance.

Interopérabilité

Il y a une forte interopérabilité en utilisant les protocoles SSH et X windows.
X2go compte exploiter au maximum la version 3 de la librairie NX, car la version 4 du protocole NX n'est plus distribuée sous forme ouverte.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

A l’IPHC, X2go a été déployé sur les serveurs Linux interactifs, accessibles à l'ensemble des utilisateurs du laboratoire. Ces serveurs Linux sous Scientific Linux 6 sont accessibles depuis l'extérieur du laboratoire.
X2go fournit des clients pour Windows, MacOS ou Linux.
Le client X2Go est distribué via WPKG sur les postes Windows, et fournit un meilleur rendu d'affichage par rapport aux solutions freenx, neatx ou à la solution Nomachine en version 3.

Les applications de CAO d'electronique fonctionnant sous Linux sont également accessibles à distance pour les personnes travaillant depuis un poste Windows via le client X2Go.

Freenx ou neatx ne sont plus maintenu, le choix s’est porté sur x2go.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Le projet est développé sur la plateforme Ubuntu, et le portage vers les autres distributions n'était pas toujours assuré.
Depuis 2011, toutes les distributions Linux possèdent un repository permettant une bonne mise à jour du produit.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Debian, Ubuntu, Redhat

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

freerdp, initialement un client pour se connecter à un serveur RDP, a repris le développement de la partie serveur permettant d'offrir un proxy XWindow via RDP.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Le projet X2go est maintenu par trois membres chargés du développement des fonctionnalitées et des définitions des API. Plusieurs contributeurs sont chargés de maintenir les paquets de déployement ou la tractuction des documents. L'organistation du projet est consultable depuis http://wiki.x2go.org/doku.php/doc:organigram

D'après ses indicateurs sur ohloh, 18 contributeurs ont soumis 498 contributions de code en 2012.

NoMachine, société italienne, qui vend aussi le logiciel en version serveur.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Le projet comprend  une  FAQ et plusieurs listes de diffusions dont :

x2go-announcement - liste des des annonces
x2go-user - liste pour le support utilisateurs
x2go-dev - liste pour les developpeurs
x2go-commits - liste des changement sur git
x2go-tags - liste des tag utilise sur gi

 

Documentation utilisateur

documentation générale du produit
http://www.x2go.org/doku.php/doc:start

document pour l'installation du client
http://wiki.x2go.org/doku.php/doc:installation:x2g...
document pour l'installation du serveur
http://wiki.x2go.org/doku.php/doc:installation:x2g...

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 26/10/13
  • Correction mineure : 26/10/13
Mots-clés

X!TandemPipeline : filtrage, édition, regroupement de résultats d'identifications MS

Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations : X!TandemPipeline
Description
Fonctionnalités générales

X!TandemPipeline est une interface graphique permettant la visualisation, l'analyse et l'export des résultats de recherche en banque de données, produits par le logiciel X!Tandem à partir d'informations MS/MS.

X!TandemPipeline utilise le logiciel X!Tandem pour le traitement des spectres MS/MS et l'identification des peptides dans une banque de données de séquences protéiques. Il offre la possibilité de définir facilement une liste complète de paramètres d'interrogation des banques de données et permet d'interroger plusieurs banques simultanément. Il permet de lancer plusieurs interrogations simultanément.

X!TandemPipeline permet également de filtrer les résultats d'identification selon des seuils statistiques ajustables, et de gérer efficacement la redondance d'information dans de très larges quantités de données grâce à un algorithme de regroupement original.

X!TandemPipeline est aussi une interface qui offre la possibilité de visualiser et d'éditer les résultats MS/MS.

Autres fonctionnalités
  • L'interrogation des listes de spectres peut être réalisée à partir de formats de "peak-lists" libres tels que mzXML, mgf, mzDATA, etc.
  • Le filtrage des résultats peut être effectué à partir de fichiers XML générés par X!Tandem ou à partir de fichiers DAT générés par le logiciel MASCOT
  • X!TandemPipeline est une interface permettant de filtrer des données de phosphoprotéomique complexes
  • X!TandemPipeline permet l'export des résultats sous différents formats (Microsoft Office 2010, OpenOffice et LibreOffice)
  • X!TandemPipeline permet l'export des résultats au format MassChroQml (compatible avec le logiciel MassChroQ) pour la quantification des peptides identifiés
  • X!TandemPipeline permet l'export des séquences des protéines identifiées dans un format standardisé de type FASTA
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • Analyse large-échelle des protéomes et phosphoprotéomes
  • Analyse comparée de grandes séries d'échantillons de type bandes de gel SDS-PAGE
Environnement du logiciel
Logiciels connexes

X!Tandem

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Plateforme PAPPSO

Références d'utilisateurs institutionnels
  • INRA
  • UR1268 BIA - Plate-forme IBiSA « Biopolymères, Biologie Structurale » (BIBS)
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Souscription possible à la liste de diffusion "pappso-tool" à http://pappso.inra.fr/mailinglist.php

Documentation utilisateur

Documentation en anglais disponible à http://pappso.inra.fr/bioinfo/xtandempipeline/docu...

Contributions
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 26/03/14
  • Correction mineure : 27/03/14
Mots-clés

LibreOffice : suite bureautique intégrée

  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Téléchargement
  • Version évaluée : 4.1.3
  • Langue(s) de l'interface : français, anglais, autres
  • Licence : LGPL

    V3.

    Textes et images du site web : Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 License.

    "LibreOffice" et "The Document Foundation" sont des marques enregistrées dans un ou plusieurs pays. Leurs logos et icônes sont soumis au droit d'auteur.

Description
Fonctionnalités générales

Suite bureautique intégrée comprenant :

  • un traitement de texte «Writer»,
  • un tableur «Calc»,
  • un module de création de présentation «Impress»,
  • un module de dessin vectoriel «Draw»,
  • une base de données intégrée «Base»,
  • un éditeur d'équations «Math».
Autres fonctionnalités
  • Dictionnaire, dictionnaire des synonymes.
  • Installation multilingue permettant un grand nombre de langues nationales et régionales.
  • Signatures numériques de document.
  • Environnement de développement de macrocommande (différents langages : LibreOffice Basic, Python, BeanShell, JavaScript).
  • Dans cette version, la gestion des espaces insécables en français est intégrée.
  • De nombreuses extensions sont disponibles : http://extensions.libreoffice.org/libreoffice-extensions-and-templates-fr?set_language=fr
Interopérabilité
  • Par défaut, le format des documents est en standard ouvert ODF (OpenDocument Format), voir : http://opendocument.xml.org/ (OASIS et ISO), et la fiche PLUME : https://www.projet-plume.org/fr/ressource/format-o...
  • Export possible en PDF y compris pour les formulaires.
  • Peut ouvrir et enregistrer des fichiers dans les formats d'autres suites bureautiques comme les fichiers à extension .doc(x), .xls(x), .ppt(x) de Microsoft Office ainsi qu'au format HTML.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

J'utilise la version française sur un poste Windows principalement comme outil de traitement de texte, tableur et pour la création de diaporamas.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • En cas de dysfonctionnement, on peut consulter les pages :
    - notes de version : http://fr.libreoffice.org/telecharger/notes-de-ver...
    - lisez-moi : http://fr.libreoffice.org/home/lisez-moi/
  • Les utilisateurs de MS-Windows 2000 peuvent avoir besoin de cette mise à jour avant de pouvoir installer LibreOffice, voir http://www.microsoft.com/downloads/en/details.aspx....
  • Sur MacOS et sur MS-Windows (en particulier MS-Windows 7), les diaporamas peuvent apparaître incomplets. Comme contournement, allez à LibreOffice -> Préférences -> Affichage, et désactivez l'accélération matérielle.
  • La version 3.5 utilise un algorithme de chiffrement différent de celui des versions précédentes : AES a remplacé Blowfish. En conséquence, les fichiers chiffrés avec LibreOffice 3.5 ne peuvent pas être ouverts avec les versions de LibreOffice précédentes jusqu'à 3.4.4. LibreOffice 3.4.5 permet d'ouvrir ces fichiers. Cependant en enregistrant à nouveau avec LibreOffice 3.4.5 l'ancien algorithme de chiffrement sera utilisé. Les fichiers chiffrés avec l'ancien algorithme peuvent évidemment être utilisés par LibreOffice 3.5.0.
Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Plusieurs distributions GNU/Linux intégrent LibreOffice : Arch Linux, Fedora, Gentoo, Mageia, OpenSUSE et Ubuntu.

Plates-formes

Windows (XP, VISTA, 7), GNU/Linux, MacOS (>=10.4)

Logiciels connexes
  • Un pack d'aide en français est téléchargeable sur le site afin de bénéficier de l'aide en local. Sans installation du pack d'aide, LibreOffice accède automatiquement au site Internet d'aide lors de l'utilisation d'une fonction d'aide (menu, touche F1 sur Windows...) de LibreOffice.
    *Environnement d'exécution Java : il faut installer JRE (Java Runtime Environment) pour avoir certaines fonctionnalités comme le module de base de données (Base), certains assistants et extensions (générateur de rapports, solveur, etc.). Il est préférable d'installer la dernière version de l'environnement d'exécution Java avant d'installer LibreOffice.
    Pour installer un environnement d'exécution Java ou pour vérifier si vous en disposez déjà, consultez le site officiel de Java en français : http://java.com/fr/
  • De nombreuses extensions permettant de compléter et personnaliser la suite sont disponibles sur : http://extensions.libreoffice.org/. On trouve notamment des modèles de présentation pour le module "Impress" qui remplacent avantageusement ceux proposés par défaut.
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement
  • Editée initialement par la société StarDivision, fondée en 1995 par Marco Börries, StarOffice est repris par Sun Microsystems en 1999 et est alors une suite propriétaire et commerciale. En 2000, Sun Microsystems met la plupart du code sous licence LGPL ce qui donne la suite libre OpenOffice.org. A la suite du rachat de Sun Microsystems par Oracle en 2009, des membres quittent le projet OpenOffice.org. Ils forment un nouveau groupe appelé The Document Foundation et continuent le développement de la suite sous le nom de LibreOffice, tandis qu'Oracle cède OpenOffice.org à Apache. Pour en savoir plus : http://www.framablog.org/index.php/post/2012/05/27...
  • LibreOffice et OpenOffice sont désormais dans une sorte de concurrence : Ubuntu a choisi de soutenir LibreOffice ; il n'y a plus de paquet OpenOffice dans la logithèque des dernières versions d'Ubuntu.
  • The Document Foundation est une organisation constituée en fondation en 2010 par les membres leaders de l’ancienne communauté OpenOffice.org. Elle bâtit sur les fondations des dix ans de travail sur OpenOffice.org. Elle a été créée avec la conviction qu’une fondation indépendante est ce qui convient le mieux aux valeurs intrinsèques d’ouverture, de transparence et de reconnaissance des personnes pour leur contribution à la Communauté. Elle est ouverte à toute personne qui est en accord avec ses valeurs et contribue à ses activités. Elle accueille la participation des entreprises, par exemple en parrainant le travail d’individus et de contributeurs dans la communauté.
Eléments de pérennité
  • La suite LibreOffice dérive de logiciels qui existent depuis 1999. Elle est un embranchement (un « fork ») d'OpenOffice.org, lui-même issu de StarOffice.
  • Elle est soutenue par de nombreuses entreprises, communautés et organisations du logiciel libre : FSF, Gnome, AFUL, APRIL, NeoOffice, Canonical, Novell, Red Hat, Google.
  • Elle est intégrée dans plusieurs distributions GNU/Linux.
  • L'enregistrement des fichiers (.odt, .ods...) se fait en format OpenDocument Format, standard OASIS et ISO (Voir fiche PLUME sur ODF).
Références d'utilisateurs institutionnels

Groupe de Mutualisation InterMinistérielle pour une bureautique Ouverte (MimO : http://www.journal-officiel.gouv.fr/mimo/) qui regroupe ministères et administrations tels que environnement, défense, intérieur, économie, budget, culture, justice, agriculture, DILA, ENA, Assemblée nationale, CAF...

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
  • LibreOffice est parfois abrégé en LibO ou LibrO dans les forums.
  • Sous Windows, choisissez le mode "installation personnalisée" pour installer les langues et dictionnaires souhaités.
  • Pour saisir l'espace insécable, utilisez les touches Ctrl Maj Espace.
  • Pour la version 3.5, il est préférable sous Windows XP d'avoir une version JRE 32 bits ou JRE 6 (téléchargeable sur http://www.oldapps.com/) plutôt que JRE7 sinon un message signale une erreur mais ce n'est pas bloquant.
  • Extension permettant d'insérer directement des OpenCliparts : http://extensions.libreoffice.org/extension-center...
Contributions

Pour développer, assister, traduire, financer... : http://fr.libreoffice.org/participer/

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