Windows

Logiciels (logiciels libres en majorité) qui fonctionnent sur le système Windows ou ressources (liées aux logiciels) spécifiquement pour ce système
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 08/01/14
  • Correction mineure : 08/01/14
  • Auteur de la fiche : Julien Deantoni (AOSTE UNS/I3S/INRIA)
  • Responsable thématique : Dirk Hoffmann (Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM-IN2P3))
Mots-clés

TimeSquare : simulation de temps logique et physique en CCSL (Clock Constraint Specification Language)

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Timesquare est un solver de contraintes écrites en CCSL, un langage permettant de manipuler le temps logique polychrone. La résolution des contraintes fournit une trace sur laquelle il est possible de brancher des "back-end". Les "back-end" permettent de s'abonner aux différents événements de la spécification dans le but de faire un traitement spécifique. Timesquare fournit un ensemble de back-ends existants dont :

  • création d'un timing-diagram (VCD)
  • animation d'un diagramme UML Papyrus
  • exécution de code java
  • analyse de power
  • ...

Interopérabilité

Le format d'entrée est spécifique (CCSL). Il y a de fortes corrélations avec le profil MARTE et en particulier le modèle de temps (CCSL ayant été introduit en annexe de la spécification officielle de MARTE). Le format de la trace de sortie a été utilisé dans le projet RT-Simex. Il permet de générer une trace en VCD (IEEE Standard 1364-1995). Il existe également des travaux qui décrivent la traduction d'une spécification CCSL en logique temporelle et vers le langage polychrone Signal.

Environnement du logiciel

Le logiciel tourne dans le RCP Eclipse (version Indigo).

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Il existe des liens avec signal polychrony.

Documentation utilisateur

Voir sur http://timesquare.inria.fr

Contributions

Un projet existe sur gforge.inria.fr mais il n'est pour l'instant pas public et les contributions se font sur demande.

Contexte d’utilisation du logiciel

Le logiciel a été utilisé pour diverses applications telles que la spécification de modèles de calcul, la réalisation d'analyse temporelle sur EAST-ADL, encoder formellement la notion de tâche périodique, le déploiement d'applications, etc.

CCSL et Timesquare sont également utilisés pour décrire les aspects concurrents et temporels de la sémantique de langage dans un but de composition au sein du projet GEMOC (http://gemoc.org/sle13/).

Pour plus de détails, voir liste des publications sur le site timeSquare ci-dessous.

Publications liées au logiciel
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 15/11/13
  • Correction mineure : 15/11/13
Mots-clés

ScientiFig : création ou (re)formatage de figures pour les communications scientifiques

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 2.6 - 02/10/2013
  • Licence(s) : BSD -
    ScientiFig utilise les composants BATIK et XML-apis, sous licence Apache, et Rsession, sous licence BSD.
  • Etat : diffusé en beta
  • Support : maintenu, sans développement en cours
  • Concepteur(s) : Benoit Aigouy
  • Contact concepteur(s) : Benoit Aigouy
  • Laboratoire(s), service(s)... : GReD

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Les chercheurs passent un temps considérable à réaliser des figures pour leurs communications scientifiques (présentations orales, publications dans des revues scientifiques, ...). Pour réaliser cette tâche, ils utilisent le plus souvent des logiciels conçus pour des graphistes qui ne sont pas adaptés à la création de figures "scientifiques".

ScientiFig, au contraire, est dédié spécifiquement à la production de figures formatées pour la recherche. C'est un plugin de FIJI/ImageJ et/ou un standalone, les trois utilisations sont possibles. Il permet d'assembler de manière cohérente des panneaux d'images de même tailles ou de tailles différentes, de leur associer une barre d'échelle et des annotations dont la position est préservée même lorsque l'utilisateur change la taille de la figure. ScientiFig peut exporter les figures générées au format png avec un fond transparent pour une meilleure intégration dans les documents bureautique ou au format vectoriel (pour être finalisé dans un éditeur d'images vectorielles). ScientiFig permet enfin de formater des figures pour différents journaux (il est aussi possible de créer, avec l'éditeur intégré, un nouveau style si le journal qui vous intéresse est absent), il suggère une taille de figure compatible avec le journal, le remplacement des polices non conformes, ...

On peut citer à titre de comparaison ces logiciels alternatifs :

Contexte d’utilisation du logiciel

ScientiFig est un logiciel d'assemblage/montage et de formatage d'images pour des publications scientifiques.

Publications liées au logiciel

ScientiFig: a tool to build publication-ready scientific figures. Aigouy B, Mirouse V. Nat Methods. 2013 Oct 30;10(11):1048. doi: 10.1038/nmeth.2692.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 04/11/13
  • Correction mineure : 04/11/13
  • Rédacteur de la fiche : Pascal Mietlicki - Service informatique vice-rectorat de Nouvelle-Calédonie (Ministère de l'éducation nationale)
  • Relecteur(s) : Stéphane Deraco (DSI CNRS)
  • Responsable thématique : David Rousse (CNRS DSI)
Mots-clés

Talend Open Studio : solution d’intégration de données open source

Description
Fonctionnalités générales

Talend Open Studio for Data Integration est une solution d’intégration de données open source flexible et puissante. C'est un ETL (Extract Transform Load) open source basé sur Eclipse.

Il permet d'interagir avec les données de votre Système d'Information, les intégrer, les mettre en forme, les transformer, ...

L'interface générale vous permet de créer des "jobs" qui contiendront le workflow voulu, un workflow étant un ensemble d'activités qui s’enchaînent via l'utilisation de "composants". Comme dans un système standard d'entrée / sortie, vous avez des composants en entrée (input) et en sortie (output) qui vous permettent d'obtenir le résultat voulu (export CSV, envoi d'email pour indiquer les erreurs le cas échéant, etc). Ces composants s'interfacent entre eux via un ensemble d'"interactions" (linéaire, en cas d'erreur, en parallèle).

Un exemple typique est le fait de vouloir alimenter une base de données à partir d'autres bases tout en adaptant les données à votre convenance. Pour ce faire, vous créez un ou plusieurs "jobs", puis des composants d'entrée de base de données (tMysqlInput par exemple), puis vous récupérez le contenu de la table désirée pour laquelle vous transformez vos données (par exemple, passer d'un champ texte vers un champ date) via un composant de type tMap dont le résultat en sortie alimentera une autre base de données (tPostgresqlOutput par exemple).

Une fois terminé, il ne vous reste plus qu'à exécuter le job soit en mode débogage soit en mode normal, ce dernier étant évidemment plus rapide, avec les variables d'entrée voulues (nom de la base, nom du serveur, autres paramètres) en utilisant des variables de "contextes". En effet, vos "jobs" peuvent être paramétrés, et vous pouvez également avoir différents types de "contextes" (par exemple dév, pré-prod, prod).

Une des fonctionnalités les plus intéressantes est le fait de pouvoir générer des scripts en Perl ou Java pour exécuter vos "jobs" directement sur vos serveurs. Ainsi vous pouvez les exporter et les planifier pour s'exécuter aux heures voulues. Vous pouvez même créer un "job" qui sera en écoute d'une modification (par exemple modification d'un fichier) et qui sera alors exécuté lorsque cet événement surviendra.

Autres fonctionnalités

Talend Open Studio vous permet de créer et de générer toute la documentation de votre projet. Il utilise, pour cela, le formalisme UML. Vous pouvez indiquer des commentaires, des informations sur chaque composant de votre projet.

Etant basé sur Eclipse, vous pouvez aussi intégrer votre propre code à votre projet. Vous pouvez également y intégrer des classes ou objets ce qui vous permet de les utiliser sur plusieurs jobs différents.

Talend Open Studio permet également de traiter des problématiques proches de l'intégration des données, comme des projets de MDM (Master Data Management) et de qualité de données.

Interopérabilité

Compatible avec quasiment tous les standards du marché, une liste est visible sur :
http://www.talendforge.org/components/

Si, toutefois, un composant n'existait pas, vous pouvez le créer vous-même et le proposer à la communauté (http://www.talendforge.org).

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • Nous l'utilisons comme un générateur de script. Le grand atout de Talend Open Studio est de pouvoir générer des scripts très facilement, son interface est intuitive et vous permet d'effectuer très rapidement ce que vous auriez mis des semaines à coder.
  • Exemple typique : alimentation d'une base de données à partir de plusieurs bases de données différentes, création de Web Services, export LDIF paramétré du LDAP, enchaînement de tâches, création d'une IHM Java pour alimenter une base depuis un fichier CSV, ...
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • En cas de difficultés, il y a pléthore d'informations sur le Web :
    http://www.talendforge.org
    https://help.talend.com

  • Talend étant une entreprise française, vous n'aurez donc pas de difficultés à trouver des informations dans la langue de Molière.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Logiciel Java

Logiciels connexes

Eclipse

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Éditeur professionnel, communauté associée.

Eléments de pérennité

Basé sur Eclipse, forte communauté d'utilisateurs et de contributeurs. De plus, Talend est une entreprise en expansion et propose tout un ensemble de services tiers, autour de l'ESB en particulier (services qui, si cela vous intéresse, sont payants).

Références d'utilisateurs institutionnels

Entre autres utilisateurs institutionnels, on peut citer :
- L'Université Toulouse 1.
- L'INRA.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
  • Une multitude de composants existent :
    http://www.talendforge.org/components/

  • Un projet intéressant à créer serait d'avoir un composant IHM qui permettrait d'exporter une fonctionnalité présente sur Talend Open Studio (lorsque le job est exécuté depuis Open Studio), mais actuellement non présente quand le job est exporté et exécuté, qui est de renseigner les paramètres d'entrée du job. Ce composant afficherait une IHM dynamique permettant à l'utilisateur de saisir ces paramètres (une fenêtre avec les différents types de variables en entrée tel qu'un calendrier pour les dates, une zone de saisie pour le texte, un champ adresse IP ou DNS pour le serveur, etc).

Contributions

Principalement via Talend Exchange (informations sur http://www.talendforge.org/) :
http://www.talendforge.org/exchange/

Fiche logiciel à valider
  • Création ou MAJ importante : 11/10/13
  • Correction mineure : 11/10/13
  • Rédacteur de la fiche : Alexandre Granier - Plate-forme MRI (CNRS)
  • Responsable thématique : Dirk Hoffmann (Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM-IN2P3))
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Fiches logiciel PLUME connexes : ImageJ
Fiche en recherche de relecteurs
Cette fiche est en recherche de relecteurs. Si vous êtes intéressé(e)s, contactez-nous !

NDPITools : conversion de fichiers NDPI (Nanozoomer Digital Pathology Image) au format TIFF ou JPEG

Ce logiciel est en cours d'évaluation par la communauté PLUME. Si vous utilisez ce logiciel en production dans notre communauté, merci de déposer un commentaire.
Description
Fonctionnalités générales

NDPITools est un logiciel permettant de convertir des fichiers NDPI (Nanozoomer Digital Pathology Image) au format TIFF ou JPEG et ce, en consommant peu de mémoire vive. NDPITools se situe dans la tradition des logiciels UNIX qui ne font qu'une chose mais de façon efficiente.

Le format NDPI est un format propriétaire d'Hamamatsu qui stocke des images issues de scanners de lame à différentes résolutions, pour différents niveaux de profondeurs et éventuellement sur plusieurs canaux d'acquisition. Les fichiers obtenus sont très souvent extrêmement volumineux (plusieurs Go), contiennent des images de très haute résolution (par exemple 180000 x 70000 pixels) et difficile à manipuler, voire impossible à ouvrir avec des outils standards comme ImageJ ou GIMP. NDPITools permet d'extraire de façon très rapide des tuiles contenues dans les fichiers NDPI, en précisant un niveau de zoom, un z-index, les coordonnées et la taille de la région à extraire.

NDPITools propose un greffon pour ImageJ afin de rendre possible la manipulation de ses images dans ce logiciel.

Autres fonctionnalités

NDPITools permet également de spécifier la quantité de mémoire maximale à utiliser pour l'extraction et donc de transformer la consommation de mémoire en temps processeur.

NDPITools prend place dans une suite logicielle autour du format NDPI d'une part et de la gestion de gros fichiers TIFF d'autre part. L'idée générale étant qu'un fichier NDPI peut se traiter in fine comme un gros fichier TIFF.

On peut noter entre autres :

  • ndpi2tiff qui permet de convertir le fichier NDPI en un fichier TIFF contenant toutes les images.

  • tiffmakemosaic qui permet de créer une mosaïque au format TIFF ou JPEG à partir d'un fichier TIFF. Il permet également de spécifier la quantité de mémoire maximum à utiliser pour cette opération.

  • tiffastcrop qui permet d'extraire une région rectangulaire d'un fichier TIFF sans charger toute l'image en mémoire.

Interopérabilité

Formats NDPI (propriétaire), TIFF et JPEG.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

NDPITools intervient dans le cadre d'une application web de base de données d'images. Il permet un visionnage des images NDPI via le web et dans de très bonnes conditions. L'application web affiche les images à l'aide d'un tuilage de petites images à la manière des logiciels en ligne de cartographie. NDPITools agit en arrière plan et permet de créer les tuiles à la demande en utilisant l'option "e". La vitesse d'extraction des tuiles est suffisamment élevée pour reconstruire une image dans un contexte web.

Cette possibilité offerte par NDPITools est très appréciée par les utilisateurs de la base de données d'images et constitue pour une plate-forme d'imagerie une économie substantielle en termes de stockage, puisque les tuiles n'ont pas besoin d'être préparées à l'avance et gardées dans la base de données.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Ce logiciel se limite à la manipulation des formats NDPI, très spécifiques. Néanmoins, l'auteur propose également un équivalent pour manipuler les fichiers TIFF.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Unix-like, Windows, Mac OS X 10.6+

Logiciels connexes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Laboratoire d'Imagerie et Modélisation en Neurobiologie et Cancérologie (UMR 8165)

Références d'utilisateurs institutionnels

Parmis les utilisateurs de NDPITools, on peut mentionner :

  • Laboratoire IMNC
  • Université de Californie
  • Montpellier RIO Imaging
Environnement utilisateur
Documentation utilisateur

Des consignes d'installation et d'utilisation sont disponibles sur le site NDPITools.

Divers (astuces, actualités, sécurité)

Exemples d'utilisation :
ndpisplit -m500J60 xx.ndpi
extrait une mosaïque de fichiers TIFF (un pour chaque niveau de grossissement et un pour chaque niveau de Z) de sorte que la quantité de mémoire pour ouvrir ces TIFF n'excède pas 500 Mo.

ndpisplit -g500x500 xx.ndpi
extrait une mosaïque dont chaque fichier TIFF aura une taille de 500 pixels × 500 pixels.

ndpisplit -e xx.ndpi
permet de spécifier quelle partie l'on souhaite extraire du fichier NDPI en précisant le coin supérieur gauche, la largeur, la hauteur ainsi que le niveau de Z et le grossissement.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 06/10/13
  • Correction mineure : 06/10/13
  • Auteur de la fiche : Luc Hogie (I3S)
  • Responsable thématique : Dirk Hoffmann (Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM-IN2P3))
Mots-clés

jaseto : JAva SErialisation TOolkit

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 2013.08.30.14.13.40 - 2013.08.30
  • Licence(s) : LGPL
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Luc Hogie
  • Contact concepteur(s) : luc.hogie@cnrs.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : INRIA Sophia

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Jaseto est une librairie Java qui permet la description d'objets Java en XML, et en sens inverse, de la création d'objets Java à partir de leur représentation XML. Ce processus est communément appelé (de)sérialisation. Il est généralement utilisé pour la persistance des données, en stockant le code XML sur le disque ou dans une base de données XML.

D'autre librairies telles XStream, Castor, et JAXB ont été développées dans cette même optique. Jaseto a à son avantage un code source plus clair et plus court, de meilleures performances (il s'avère 10 fois plus rapide que Castor et XStream), et proposes des solutions à certaines de leurs limitations. En particulier, il ne nécessite pas de savoir le type concret de l’objet de retour (Castor), il n'impose pas d'avoir recours aux annotations, de respecter la spécification JavaBean, etc.

Contexte d’utilisation du logiciel

Jaseto est utilisé au sein de notre laboratoire pour le stockage de données de configuration et la persistance de données représentées sous la forme de graphes.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 30/09/13
  • Correction mineure : 30/09/13
Mots-clés

Gramlab : plate-forme d'outils collaboratifs pour des traitements linguistiques

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Licence(s) : Apache License - v 2.0
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Consortium Gramlab
  • Contact concepteur(s) : gramlab@kwaga.com ou www.gramlab.org/en/programme-beta.html
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIGM, Actimos, APIL, Aproged, CENTAL (Université catholique de Louvain), Kwaga, Lingway, Qwam Content Intelligence

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Le système GramLab étend Unitex pour offrir aux équipes des outils facilitant le travail collaboratif (partage de ressources, suivi de versions, etc.) dans les traitements linguistiques. Ces outils reposent sur des technologies de type « automates à états finis » et incorporent des ressources linguistiques à large couverture, disponibles dans de nombreuses langues.

Les packages qui composent Gramlab sont disponibles sur la forge Google :

Les sources d'Unitex sont disponibles sur le site à l'Université de Marne-la-Vallée : http://igm.univ-mlv.fr/~unitex/, voir aussi la fiche PLUME sur Unitex.

Outils et fonctionnalités

  • Intégrabilité dans une chaîne UIMA (Unstructured Information Management Architecture)
  • Gestion de versions des ressources linguistiques
  • Outils de maintenance des grammaires
  • Outils de partage de ressources linguistiques
  • Gestion de projets
  • Auto-graph : création automatique de graphes de grammaires
  • Plate-forme multilingue
Contexte d’utilisation du logiciel

Ce système a été développé pour le projet FEDER Gramlab et il s'agit d'un projet labellisé CapDigital.

La mise à disposition de GramLab/Unitex sous la forme d'un annotateur UIMA donne la possibilité à des informaticiens non spécialistes du Traitement Automatique des Langues (TAL) d'ajouter une composante linguistique au sein d'une chaîne de traitements.

Pour faciliter la prise en main par les développeurs de l’annotateur Unitex-UIMA, un exemple d’intégration est fourni (https://code.google.com/p/gramlab-unitex-cpp-annot...).

Publications liées au logiciel
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 25/09/13
  • Correction mineure : 26/09/13
Mots-clés

ASTL : librairie de manipulation d'automates écrite en C++

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 3.0 - 2013
  • Licence(s) : LGPL - v2
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : non maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Dominique Revuz, Vincent Le Maout
  • Contact concepteur(s) : dominique.revuz @ univ-mlv.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIGM

 

Fonctionnalités générales du logiciel

La librairie ASTL propose des implémentations variées d'automates, en particulier des automates acycliques de stockage de dictionnaires et des automates permettant de faire de la recherche de motifs en particulier une implémentation de Aho et Corasick.

Contexte d’utilisation du logiciel

Recherche (voir les publications citées ci-dessous) et enseignement.

Publications liées au logiciel
  • Vincent Le Maout, Tools to implement automata, a first step: ASTL, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 1436 1998, Automata Implementation - Second International Workshop on Implementing Automata, WIA'97, pp. 104-108.

  • Dominique Revuz, Operations on extended automata, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 1436 1998, Automata Implementation - Second International Workshop on Implementing Automata, WIA'97, pp. 171-175.

  • Vincent Le Maout, Expérience de programmation générique sur des structures non-séquentielles : les automates. Thèse de doctorat, Université de Marne-la-Vallée, 2003.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 22/09/13
  • Correction mineure : 22/09/13
Mots-clés

R.TeMiS : création et analyse de corpus de textes sous R

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 0.6.2 - 27-08-2013
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Milan Bouchet-Valat et Gilles Bastin
  • Contact concepteur(s) : nalimilan@club.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : INED, LSQ-CREST, OSC, PACTE

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : R.TeMiS
Fonctionnalités générales du logiciel

R.TeMiS (R Text Mining Solution) est un environnement graphique de travail sous R permettant de créer, manipuler et analyser des corpus de textes, qu'ils soient constitués d'articles de presse, de réponses à une question ouverte, d'entretiens ou encore de textes issus de la Toile. Il prend actuellement en charge les méthodes d'analyse de données textuelles, tout en facilitant l'importation de corpus depuis des sources informatisées (Factiva, Twitter).

Contexte d’utilisation du logiciel

Utilisé par des chercheurs de diverses institutions mais aussi dans le cadre d'enseignements (Université Paris VII - Diderot et ENSAI) et de l'encadrement de mémoires d'étudiants (Sciences Po Grenoble).

Publications liées au logiciel

Bouchet-Valat, Milan ; Bastin, Gilles, « RcmdrPlugin.temis, a Graphical Integrated Text Mining Solution in R », dans The R Journal, 5 (1), 2013, p. 188-196. article

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 22/09/13
  • Correction mineure : 30/09/13
Mots-clés

ImagineMVS : reconstruction 3D en stéréo multi-vues

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 20101112 - 12/11/2010
  • Licence(s) : Licence propriétaire
  • Etat : utilisé en interne
  • Support : maintenu, sans développement en cours
  • Concepteur(s) : Renaud Keriven
  • Contact concepteur(s) : renaud.keriven @ acute3D.com
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIGM, société Acute3D

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Une chaîne algorithmique complète pour reconstruire un modèle 3D à partir de photographies.

Le logiciel prend en entrée des vues calibrées (c'est-à-dire des photographies avec appareil positionné et orienté dans l'espace et paramètres internes connus). En sortie, il produit une surface 3D texturée. Les étapes sont les suivantes :

  • estimation de correspondances denses entre images par balayage de plans (plane sweeping),
  • triangulation pour obtenir un nuage de points,
  • tétrahédrisation du nuage de points et élimination des faces cachées pour produire un maillage initial,
  • optimisation du maillage par minimisation incrémentale d'une énergie mêlant attache aux données et régularité,
  • création d'un atlas de textures à appliquer au maillage à partir de fragments issus des vues.
Contexte d’utilisation du logiciel

Utilisation en interne dans le projet IMAGINE (École des Ponts ParisTech/CSTB).

Ce logiciel est le coeur de métier de la start-up Acute3D.

Publications liées au logiciel

Vu Hoang Hiep, Renaud Keriven, Patrick Labatut and Jean-Philippe Pons. Towards high-resolution large-scale multi-view stereo, Proceedings of CVPR 2009, pp. 1430-1437.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 22/09/13
  • Correction mineure : 30/09/13
Mots-clés

OpenMEEG : résolution de problèmes directs en électroencéphalographie et magnétoencéphalographie

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 2.1 - 17/08/2011
  • Licence(s) : CeCILL-B
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Theodore Papadopoulo
  • Contact concepteur(s) : Theodore.Papadopoulo @ inria.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : INRIA Sophia, LIGM

 

Fonctionnalités générales du logiciel

OpenMEEG, développé actuellement par le Projet Athena (INRIA Sophia Antipolis), s'attache essentiellement à la résolution du problème direct MEG (magnéto-encéphalographie) ou EEG (électroencéphalographie). A cet effet, il utilise une méthode par éléments finis de surface (BEM) qui fait intervenir à la fois potentiels sur les surfaces et courants normaux à celles-ci, ce qui donne des matrices symétriques contrairement aux approches classiques. Cette approche amène une meilleure précision dans les résultats.

Bien que développé essentiellement pour des problèmes liés au cerveau, OpenMEEG peut aussi être utilisé dans d'autres contextes tels que l'électrocardiographie, la stimulation de nerf ou l'étude de la propagation électrique dans la cochlée.

OpenMEEG part d'une description géometrico-physique de la tête sous la forme de surfaces emboîtées en forme de maillages (interfaces entre les tissus de la tête) et de conductivités des tissus délimités par ces surfaces. Puis, à l'aide d'une description des capteurs EEG et/ou MEG, il permet d'obtenir un leadfield, c'est-à-dire la matrice de transfert qui modélise la relation linéaire qui va des sources aux capteurs.

OpenMEEG est entièrement écrit en C++, mais est utilisable à partir de Matlab ou Python. Il est utilisé/intégré dans un certain nombre de suites logicielles dédiées à l'analyse des signaux du cerveau telles que Brainstorm, Fieldtrip ou SPM, ...

Contexte d’utilisation du logiciel

Recherche en imagerie médicale.

Publications liées au logiciel
  • A. Gramfort, T. Papadopoulo, E. Olivi, M. Clerc. OpenMEEG: opensource software for quasistatic bioelectromagnetics, BioMedical Engineering OnLine 45:9, 2010.

  • Kybic J., Clerc M., Abboud T., Faugeras O., Keriven R., Papadopoulo T., A common formalism for the integral formulations of the forward EEG problem. IEEE Transactions on Medical Imaging, 24:12-28, 2005.

  • Voir aussi la documentation du logiciel : http://www-sop.inria.fr/athena/software/OpenMEEG/i...

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