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FindStat : the Combinatorial Statistic Finder

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  • Création ou MAJ importante : 07/10/13
  • Correction mineure : 07/10/13
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FindStat : the Combinatorial Statistic Finder

FindStat est à la fois une base de données et un service web pour les chercheurs en combinatoire.

La combinatoire est l'étude des ensembles finis d'objets. A ces objets, on associe souvent des nombres qu'on appelle des statistiques. Par exemple, à une permutation [2,4,1,3], on associe le nombre d'inversion (ici 3 inversions : 2 et 1, 4 et 1, 4 et 3). FindStat se propose de répertorier les différents objets combinatoires et les statistiques qui leur sont associées.

Le service web permet à un chercheur de savoir si les nombres qu'il obtient dans ses calculs correspondent à une statistique connue dans la base de données. Par ailleurs, les objets combinatoires sont liés par de nombreuses bijections et certaines statistiques se comprennent mieux sur certains objets que sur d'autres. FindStat utilise Sage et Sage-Combinat pour appliquer toutes les transformations connues sur les objets entrés par l'utilisateur et ainsi décupler le nombre de statistiques à comparer.

Publications associées :

Sarah Biley and Bridget E. Tenner
Fingerprint Databases for Theorems
AMS Notices, September 2013,
http://www.ams.org/notices/201308/rnoti-p1034.pdf

SourceSup : plate-forme pour l'hégergement de projets logiciels

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  • Création ou MAJ importante : 24/07/13
  • Correction mineure : 24/07/13
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SourceSup : plate-forme pour l'hégergement de projets logiciels

Cette fiche est une nouvelle version de la fiche archivée suivante.

  • SourceSup est une plate-forme web de gestion de projet, destinée aux établissements d'enseignement supérieur (universités, écoles d'ingénieurs, ...) et aux organismes de recherche français. Un projet hébergé par SourceSup peut être diffusé publiquement ou bien être privé, il dépend d'un établissement, mais des utilisateurs d'autres établissements peuvent y contribuer. SourceSup est un service inclus dans la fédération éducation supérieure - recherche.
  • Les outils proposés sont :

    • Hébergement et gestion collaborative de sources par Subversion, git.
    • Serveur d'intégration continue Jenkins.
    • Serveur d'analyse de code Sonar.
    • Listes de diffusion.
    • Forums de discussion.
    • Outil de rapport de bogues, de demande de fonctionnalité, de gestion de patch, gestion de tâches.
    • Gestion de documentation, gestion de sondages, hébergement de pages web.
  • Le service SourceSup est gratuit et ouvert à tous les membres de l'éducation supérieure et la recherche.
  • Le service SourceSup est fédéré, toute personne ayant un compte dans la fédération d'identité nationale de l'éducation supérieure - recherche peut y accéder. Des comptes CRU peuvent aussi être utilisés dans des cas particulier.

Ecole Informatique Ingénierie Logicielle pour la Recherche - INRA 2011

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  • Création ou MAJ importante : 16/05/13
  • Correction mineure : 16/05/13
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Ecole Informatique Ingénierie Logicielle pour la Recherche - INRA 2011

Le PEPI IDL a pour vocation d’apporter une animation autour du développement d’applications à l’INRA, en particulier dans le domaine de l’informatisation des modèles scientifiques. Il a organisé cette école dont l'objectif principal est de parcourir les différentes phases indispensables au développement logiciel en mettant l'accent sur l'approche AGILE et le formalisme de modélisation UML (UML est le formalisme reconnu pour la modélisation informatique et son usage, approfondi ou non, est incontournable).

Les journées étaient composées :

  • d'interventions faites par des experts du domaine présentant un état de l'art sur un aspect particulier du processus du développement,
  • de travaux pratiques permettant de matérialiser les concepts présentés,
  • de partages d'expériences et d'échanges informels.

Cours

  • Approches de développement (vers les Méthodes Agiles)
  • UML ( Base et Avancé)
  • Fondamentaux Agiles : tests unitaires, refactoring
  • Code : évolution, maintenance, réutilisation
  • Code : Débogage
  • Développement logiciel : Bonnes pratiques
  • Code : construction de logiciel et packaging

Mises en pratiques

  • UML de base et avancé
  • Tests dans une démarche Agile
  • Débogage
  • Évolution du code
  • Packaging

Débats

  • Quelles méthodes dans notre contexte, quelles conséquences pour le PEPI
  • Libre ou Propriétaire

Liste des supports des présentations et TPs

RunShare : développer un site web exécutable complémentaire d'une publication scientifique

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  • Création ou MAJ importante : 25/11/12
  • Correction mineure : 22/10/13
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RunShare : développer un site web exécutable complémentaire d'une publication scientifique

L'application Run&Share repose sur le concept novateur de site compagnon de publications scientifiques (articles, document de travail, ouvrages, etc ...). Un site compagnon est un site internet à partir duquel les utilisateurs peuvent exécuter en ligne de façon interactive des programmes informatiques associés à une publication à partir de leurs propres données et/ou de leurs propres choix de paramètres. Ils utilisent pour cela un navigateur sur le principe d’un SaaS (logiciel en tant que service). Les calculs et les post-traitements nécessaires à la restitution des résultats sont effectués sur des architectures de calculs mises à disposition par le Centre de Calcul (CC) de l’IN2P3 via le TGE Adonis. Une des originalités du projet RunShare est de permettre aux scientifiques de créer en ligne un site compagnon à partir de leurs propres codes développés sous différents logiciels (Matlab, R, SAS, C ou C++, ...) grâce à une application appelée Meta-Site.

L'application Run&Share permet :

  • de diffuser de façon rapide et à l’échelle mondiale les résultats de la recherche académique à une large communauté d’utilisateurs (chercheurs, étudiants, professionnels, ...),
  • d’utiliser les méthodes scientifiques les plus récentes,
  • de fournir à la communauté académique (chercheurs, éditeurs, arbitres) un moyen de pouvoir répliquer les résultats scientifiques.

JeBiF : Jeunes Bioinformaticiens de France

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  • Création ou MAJ importante : 20/09/12
  • Correction mineure : 22/03/13
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JeBiF : Jeunes Bioinformaticiens de France

Depuis 2008, JeBiF constitue une structure nationale, associée au Student Council de l’International Society for Computational Biology (ISCB) en tant que Regional Student Group, permettant le rassemblement des jeunes acteurs exerçant dans le domaine de la bioinformatique.

JeBiF s’est défini plusieurs objectifs, dont :

  • Le rassemblement des jeunes acteurs de la bioinformatique en France dans le but de créer une communauté active à portée nationale et internationale.
  • La stimulation des synergies locales et nationales en favorisant la mise en place de projets collaboratifs entre la recherche publique et les entreprises privées et en encourageant les partenariats entre ses membres afin de développer les activités scientifiques.
  • La promotion de la communauté française des bioinformaticiens auprès des institutions publiques, des entités privées et à l’international.
  • La communication auprès du grand public de cette discipline et des formations associées.
  • La défense et la promotion du doctorat.

Pour favoriser les rencontres entre acteurs de la bioinformatique, JeBiF organise différents types d’événements incluant :

  • les journées JeBiF consacrées aux Jeunes Bioinformaticiens à l’occasion des Journées Ouvertes de Biologie, Informatique, Mathématiques (JOBIM) organisées par la SFBI.
  • les petits-déjeuners JeBiF, organisés en sous forme de tables rondes, sont l’occasion de préparer l’insertion professionnelle en bioinformatique.
  • les JeBiF pubs, ce sont des soirées décontractées organisées dans différentes villes par les membres actifs. On y discute de tout et de rien, et même de bioinformatique...

Le site internet JeBiF permet de prendre connaissance de l'association, de son historique, ses statuts, son conseil d'administration et surtout de suivre son actualité.

SFBI, Société Française de BioInformatique

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  • Création ou MAJ importante : 20/09/12
  • Correction mineure : 22/03/13
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SFBI, Société Française de BioInformatique

  • http://sfbi.fr
  • Type de ressource : projet / groupe, site web
  • Date de publication du document ou de l'événement : 2005
  • Auteur(s) ou responsable(s) : Conseil d'Administration composé de bioinformaticiens
  • Contact pour plus d'informations : contact@sfbi.fr

La Société Française de BioInformatique (SFBI) a été créée en 2005 pour promouvoir la recherche pluri- et inter-disciplinaire en Bioinformatique, à l'interface entre la Biologie moléculaire, l'Informatique, les Mathématiques et la Physique.

La SFBI a vocation à rassembler les chercheurs, enseignants et ingénieurs francophones qui travaillent sur des questions relevant de la bioinformatique, pour des rencontres et des échanges scientifiques.

La SFBI assure l'organisation des Journées Ouvertes de Biologie, Informatique, Mathématiques (JOBIM), conférence nationale annuelle de bioinformatique qui réunit de 300 à 500 personnes. Dans cette conférence sont présentés regulièrement des développements logiciels de la communauté, voir par exemple la séance Software Tools de JOBIM 2011 ou les démonstrations logicielles de JOBIM 2008.

La SFBI gère et diffuse la liste bioinfo et assure également la diffusion d'offres de recrutements, de stages et de thèses, et d'informations sur les formations en bioinformatique, sur les manifestations scientifiques nationales et internationales relevant de la bioinformatique.

Le site de la SFBI se veut une vitrine de la recherche et de la formation en bioinformatique en France. Son site internet donne la possibilité aux membres de la communauté de contribuer en ajoutant des informations (évènements, laboratoires et équipes de recherche, thèses et HDRs, offres d'emploi, stages, thèses, ...) ou en participant aux divers forums. Il contient la liste des plates-formes appartenant au Réseau National en Bioinformatique (ReNaBi).

FullCircleMagazine en français

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  • Création ou MAJ importante : 05/09/12
  • Correction mineure : 27/02/13
  • Fiches logiciel PLUME connexes : Ubuntu
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FullCircleMagazine en français

Le Full Circle Magazine est un magazine en ligne anglophone ayant pour sujet la distribution GNU/Linux Ubuntu et ses dérivés : Kubuntu, Xubuntu et Edubuntu.

Le magazine se définit lui-même comme étant le magazine de la communauté Ubuntu. Mais les sujets abordés tournent plus généralement autour des logiciels libres et Open Source.

Sa parution est mensuelle.

Le numéro 0 du magazine est paru le 15 avril 2007. N'étant qu'un numéro dit de test, le premier numéro officiel du Full Circle Magazine (numéro 1) est paru en juin 2007.

Des équipes de traduction se sont mises en place dans plusieurs pays, les plus actives étant à ce jour les équipes italienne, française, chinoise et hongroise.

Début 2013, le magazine en est à son 70ème numéro.

Le site du magazine : http://fullcirclemagazine.org/

Le site de l'équipe francophone : http://www.fullcirclemag.fr/

The European Journal for the Informatics Professional

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  • Création ou MAJ importante : 01/09/12
  • Correction mineure : 01/09/12
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The European Journal for the Informatics Professional

The European Journal for the Informatics Professional a publié le dernier volume de sa revue bi-mensuelle anglophone en décembre 2011.

Né en 2000 à partir de la collaboration initiale de ATI (Asociación de Técnicos de Informática, Espagne) et de SVI/FSI (Swiss Federation of Professional Informatics Societies), CEPIS UPGRADE a publié 60 numéros entre 2000 et 2011.

Le site de CEPIS UPGRADE : http://www.cepis.org/upgrade/index.jsp?p=2100&n=2103

Pour accéder à tous les numéros publiés : http://www.cepis.org/upgrade/index.jsp?p=2100&n=2103

Voici les numéros qui composent le volume 2011 : http://www.cepis.org/upgrade/index.jsp?p=2103&n=2701

  • No. 1 Internet of Things
  • No. 2 Engineering e-Learning Systems
  • No. 3 Business Intelligence
  • No. 4 Green ICT: Trends and Challenges
  • No. 5 Risk Management (Farewell Issue of CEPIS UPGRADE)

Entre autres, il y a aussi :

  • Volume: 2010, No.3 Emerging Information Technologies (I)
  • Volume: 2010, No.4 Emerging Information Technologies (II)
  • Volume: 2010, No. 5 The Informatics Profession in Europe: An Overview
  • Volume: 2009, No. III Free Software for Enterprises
  • Volume: 2009, No. V Experiences and Advances in Software Quality
  • Volume: 2008, No. I IT Governance
  • Volume: 2007, No. VI Free Software: Research and Development
  • ...

Bioinfo-fr, blog de bioinformaticiens francophones

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  • Création ou MAJ importante : 19/04/12
  • Correction mineure : 19/04/12
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Bioinfo-fr, blog de bioinformaticiens francophones

Bioinfo-fr.net est un site web, sous forme de blog, édité par et pour des bioinformaticiens francophones. L'objectif est de présenter cette discipline, et de "partager les connaissances". On y trouve ainsi une rubrique "Journal Club" (un focus sur quelques articles scientifiques), une rubrique "Formations" qui commence à répertorier les principales formations françaises en bioinformatique, et peut-être le plus précieux : la rubrique "Astuces" pour s'échanger les divers trucs et astuces (changement de format de fichiers, requêtes sql, etc ...)

Le ton général est très convivial : pas d'élistisme ici, on partage ce que l'on sait, et le style est alerte et plein d'humour, normal pour un "repaire des geekus biologicus" !

Le site est associé à une adresse IRC, qui constitue la "machine à café virtuelle" des bioinformaticiens francophones : retrouvez-les en direct sur http://webchat.freenode.net/?channels=bioinfo-fr.

Un excellent complément au thème "biologie" de PLUME !

 

Plateforme ISIG, Imagerie et Systèmes d’Information Géographique

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  • Création ou MAJ importante : 17/04/12
  • Correction mineure : 17/04/12
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Plateforme ISIG, Imagerie et Systèmes d’Information Géographique

La plate­forme « Imagerie » et Systèmes d’Information Géographique » (ISIG) est un lieu de par­tage, d’échange et de mise en réseau des mem­bres de l’l'Unité "Environnement Ville Société" (EVS) tra­vaillant dans le domaine de l’ima­ge­rie et de la géo­ma­ti­que.

Elle est com­po­sée d’une équipe de recher­che auto­nome en géo­ma­ti­que, télé­dé­tec­tion et ana­lyse spa­tiale et d’une pla­te­forme métho­do­lo­gi­que et tech­ni­que au ser­vice de l’unité repo­sant sur deux pôles tech­ni­ques (à Lyon et Saint-Étienne) et quatre sites en réseau (dans les uni­ver­si­tés de Lyon 2, de Lyon 3, de Jean Monnet et à l’ENS de Lyon - Site Descartes).

Les objec­tifs de la pla­te­forme tech­ni­que sont de 3 ordres :

  • Elle assure un appui de proximité pour les chercheurs sur les techniques et les outils génériques de traitement de l’information spatialisée et propose une mise à disposition de ces outils sur chaque site d’enseignement. Elle peut également apporter son aide sur la saisie d’informations géolocalisée (prise de mesure par GPS différentiel, photographie géolocalisée, etc.) .
  • Elle assure également une veille technologique dans le domaine de la télédétection et de la géomatique et met en œuvre des formations à destination des membres de l’unité EVS sur les outils avancés ou spécifiques partagés ;
  • Elle propose enfin une mutualisation des données (achat commun de base de données de référence) et développe des outils spécifiques transversaux : création d’une plateforme d’échange d’informations via un protocole FTP, mise en place d’un Géorépertoire qui permet de recenser, structurer et décrire, grâce à des mots clés, les lots de données produites.

Pour aller plus loin :

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